對於努爾哈赤的興起，龔正陸起著決定性作用，這包括軍事的、外交的和政治的。
軍事上，他直接做了努爾哈赤的啟蒙老師，也就是說，他是努爾哈赤的軍事教官，把自己紙上得來的，未加驗證的理論灌輸給他這個學生，當然，加上他這個學生的天才發揮，從而造就了一代戰神努爾哈赤。
努爾哈赤的案頭，放著《三國演義》，之外，還有《水滸傳》，這是漢人中十分流行的兩本書。無事時，努爾哈赤就和龔正陸談起這兩部書，尤其是《三國演義》中戰爭得失。做為一個“夷人，”努爾哈赤對於這本書的理解，當然遠沒有龔正陸的深刻，龔正陸大概感到，自己所學終於有了用武之地吧，於是，結合書中戰例，詳細分析了戰爭勝敗得失，甚至國家興衰經驗。
我個人猜測，大概就是在這些戰例中，努爾哈赤終於領會了他最精典的戰法，以至於後來，在薩爾滸之戰中，以數萬之眾，一戰打敗明朝幾十萬軍隊。
外交上，龔正陸時代，努爾哈赤至少有兩項外交策略，是在龔正陸那兒得到的，因為，兩項都是漢人外交中的常法。
第一是遠交近攻，各個擊破。努爾哈赤在統一建州時，幾乎都是應用這個方法，平定哲陳部，滅完顏部，克北佳城，收服鴨綠江部、米舍裏部，無一不是如此。有時，為了達到這種目的，不惜采用聯姻的方法，如為了打擊左近部落，努爾哈赤家曾五次與烏拉部聯姻，努爾哈赤娶烏拉部首領布占泰侄女為妻，並將自己女兒嫁與布占泰為妻。努爾哈赤之弟舒爾哈齊娶布占泰之妹為妻，又將自己兩個女兒嫁與布占泰為妻。
這種方法，使得努爾哈赤最終從十三部的圍困中打開缺口，各個擊破，一統建州。
第二是對明朝示弱和臣服。這在初始的力量，都必須如此。當年，成吉思汗初起時，也是向金朝廷稱臣，然後，才悄悄發展自己的勢力，發展到足夠大時，才調過頭，一口吃掉自己過去的宗主國。
努爾哈赤也是如此，而且比成吉思汗臣服得更順溜、徹底，他自稱王之前，多次到明廷朝貢，獲得明廷一係列封號。這樣恭順，極大地麻痹了明廷，也給自己的壯大贏得了時間。
政治上，建城費阿拉，在曆史上堪稱濃墨重彩的一筆。
努爾哈赤稱王之後，準備在愛新覺羅家族發祥地赫圖阿拉建城，隻有龔正陸獨持異議，建議定都費阿拉。用曆史的眼光來看，這無疑是英明的。
首先，費阿拉地理條件優越，它三麵依山，一麵臨河，真如古人所言“依山帶河，金城萬裏”，這樣的地方，在現代談不上什麽優點，大炮架起，“咣咣”幾炮，或者來兩枚“飛毛腿”導彈，立即煙消雲散。可在冷兵器時代，這兒，實在是得天獨厚，易守難攻了。
其次，消解了家族矛盾。努爾哈赤初起時，外部侵略固然很多，但家族矛盾更大，這關鍵來自愛新覺羅氏其它支係的人，如二祖留闡的後人，就不斷起兵反對，甚到派人暗殺努爾哈赤，雖然，都被努爾哈赤鎮壓下去了，但一個個仍暗地裏等待時機，隻等一粒火星，馬上發出驚天爆炸。而在赫圖阿拉稱王，無疑有搶奪祖宗地盤的嫌疑，也無疑會成為點燃家族炸藥的火星，在費阿拉這個無人居住的山崗築城，則免除了此厄。
最主要的一點，是隱藏了自己的勢力。
當時努爾哈赤周邊，強敵環繞，尤其明朝，更不會坐視一個部落在自己眼前強大起來，最終羽翼豐滿，滅掉自己，它會千方百計將這個新生力量消滅掉。因此，此時，最明智的做法不是讓自己成為一枚紮出布袋的錐子，光亮奪目，而應隱藏在布襲裏。
明朝一直沒把蟄伏在費阿拉的努爾哈赤放在眼裏。他們一定想，躲在草叢裏的，一定都是兔子，可是，沒想到，到了時機成熟時，從費阿拉跳出來的，竟然是一隻東北虎。
他們發現了，可是已晚了。
龔正陸影響的不隻是努爾哈赤，也不隻是大清龍興之初，甚至，他影響到清初起的幾十年，幾乎延續了整整一個後金時期。
龔正陸是真正的帝王師，這不隻是表現在他是努爾哈赤黑暗中的一盞燈；同時，他還是大清第二代領導人皇太極的正宗老師。
龔正陸一到努爾哈赤處，馬上，努爾哈赤就開設了私人貴族學校，學生中，就有皇太極在內，並且嚴格要求，對襲正陸，皇太極這些人不能擺高幹子弟身份，要恭行弟子禮。
龔正陸對皇太極的教導內容，究竟包含哪些內容，現在我們已無法知道了。但從皇太極後來的行事中，可以約略猜測到，其內容也包括政治、軍事和外交諸多方麵。因為，每一個人的智慧都不可能是天生就有的，皇太極也是的。但，這位出於蠻荒之中的、努爾哈赤的革命接班人，卻把漢人的兵書戰策、外交手法運用得圓熱自如，如軍事上避實就虛，避開錦州，攻打長城；使用反間計促使袁崇煥之死，就是例子；再如，廢除八大貝勒議政製，從而獨斷專行等等。
在對待漢人上，皇太極沒有蹈襲元朝蒙古貴族的等級製，對讀書人，一改乃父的做法，采用包容籠絡的方法，怕也是龔正陸對其教導的延續吧。
同時，龔正陸影響了大清龍興之初的幾乎所有八旗高級將領，因為，起事之初，他們還是來自原始部落，隻知搶奪，隻知廝殺。此時，極需一個有文化的人出來，撩開他們的眼皮，對他們說，別鼠目寸光了，抬起頭看遠一點。
努爾哈赤的偉大之處，是首先在這叫喝聲中醒來。他不但拜龔正陸為師，辦一所貴族子弟學校，而且把自己的子侄如代善、湯古代、阿拜、莽古爾泰、阿巴太、塔拜、皇太極全趕進這所學校，不但掃除了文盲，而且增長了見識，開擴了視野。這些人，都成了女真人中出類撥萃的人才，成為八旗子弟的中堅力量。以後，他們或馳騁疆場，或立身宮廷，在女真人崛起之初的五六十年中，稱得上中流砥柱。
萬曆二十九年，也就是公元1601年後，為努爾哈赤竭盡心血的龔正陸，在努爾哈赤麵前消失，就如一個影子，走入曆史深處，不見了蹤跡。
《清史》中沒有龔正陸的名字，《明史》也是如此。龔正陸如在曆史中蒸發了一般。幸虧朝鮮史臣申忠一的筆記，和明人的筆記中記載，讓我們還可以透過曆史的雲霧，隱隱聽到他孤獨的歎息，看到他彷徨的影子。
龔正陸是矛盾的，尤其越到後來，越是這樣。
一方麵，他是中原人，又是一個飽讀儒家文化的人，這使得他的心中，無時無刻不思念故鄉，思念故國；另一方麵，在明朝，皇家棄他如敝屨，而女真人，尤其努爾哈赤又如此重視他，也不會不讓他產生“士為知己者死”的想法。初開始時，他一定渴望努爾哈赤強大，這是一定的，他積極為努爾哈赤出謀劃策，做一盞引路的燈，便是明證。但是，當努爾哈赤強大到一定地步時，他又揪起心來。
他是在走蹺蹺板，搞平衡，既不想明朝滅掉努爾哈赤，更不想努爾哈赤吃掉明朝，但是，以他的閱曆與眼光，不可能看不出來，病入膏肓的大明王朝遲早會被建州這股新興的力量吞掉。
他不願父母之幫淪喪。
於是，他竭盡所能來阻止這個日子的到來，最不濟，也要遲緩它的到來。如果說後金初興時，他勸努爾哈赤對明朝“忠順學好，看邊效力”是為了努爾哈赤，那麽，到了後來，隨著努爾哈赤羽翼豐滿後，還這樣勸，則純粹是為了給明王朝贏得一點回光返照的機會。
他的悲劇就在於他不像後來的範文承，頭發一剃，斷絕與故國的一切關係，包括籍貫、血脈、鄉思。時時刻刻，他的心中都有故國的影子。
他的這種思想，一代梟雄努爾哈赤不可能看不出來，於是，他也走到了曆史的盡頭。他的消失，據史家猜測，無外三種：老死、投明，或者被殺。
老死之說，被幾乎所有史家否定，因為，以龔正陸當時功勞與地位，正常老死，《清史》煌煌，會有他的傳記的，但清朝官書無任何記載。這是清朝慣例，凡重要人物因叛逆被誅，官書甚至宗譜將除名不載，清朝阿敦敏、李延庚就是例子。
投明之說也不可信，如果投明，這是一件不小的事，《明史》應有記載，可是明朝官方不一見片言隻語。
那麽，隻有一說不可推翻了，龔正陸之死，是由於被殺，即被努爾哈赤所殺。
被殺原因，已成曆史之謎了。但有一點見諸鮮使臣記載，可備一說。一次，朝鮮使臣到建州，龔正陸趁他人不在，向朝鮮使者訴說了思鄉的苦悶，並請求朝鮮使者幫忙把自己在中原的兒子帶過來讓自己看看。朝鮮使者辭掉了龔正陸送的重金，但提出一個條件，讓龔正陸講出努爾哈赤營中機密，當時，龔正陸身邊耳目混雜，謝絕了這個條件，但答應在赴朝鮮時再談。
朝鮮，當時是大明藩屬，和建州來往，實為形勢所迫，這點，龔正陸不是不清楚。
努爾哈赤對待政敵下手無情，對生死相依的弟弟舒爾哈齊和愛子褚英都下得手，更何況一個漢人。於是，為女真振興建立大功的龔正陸走到了生命的盡頭。