1789年4月，莫紮特欣然接受一位貴族學生的邀請，陪伴他前往普魯士首都柏林一行。旅行對於處在憂慮和痛苦中的莫紮特來說，自然是一件緩解心情的好事。旅途中，他曾在萊比錫等城市舉行了音樂會，吸引了當地很多熱情的觀眾。

他在萊比錫曾拜訪聖托馬斯教堂和約翰·塞巴斯蒂安·巴赫的故居，並在那裏逗留了很長時間。莫紮特彈奏了巴赫曾彈奏二十五年之久的一架風琴。巴赫以前的學生也是巴赫的繼任者約翰·多爾斯認為他已故的老師所受的重視可以在莫紮特的身上看到。令多爾斯感到意外的是，如此一位現代的作曲家竟然會對巴赫棄之不顧的作品感興趣。他為了對莫紮特表示尊敬，曾領導合唱隊用八部二重合唱唱了一首巴赫的教會讚美歌。一位旁觀者寫道：“莫紮特在聆聽的時候，靈魂似乎在耳朵裏。”

攻占巴士底獄（油畫）

一位偉大的作曲家在聽另一位名家的音樂時的表情，是非常動人的。

會拉大提琴也愛好音樂的普魯士國王歡迎莫紮特的到來，並委托他作幾首弦樂四重奏和幾首奏鳴曲。

在回程途中，莫紮特再次來到萊比錫，他在這裏舉行了一場音樂會，音樂會中管弦樂的音量大到驚人，幾乎令人忍不住擔心那座舊建築物會不會被震塌。當時的情況雖然熱烈，但是金錢的收入仍舊很少。他寫信給太太說：“你應該會對我能夠再度回家，比我帶回來多少金錢更感到高興才對。”

6月，他回到維也納。

康絲坦茲又懷孕了，而且還在生病。她在維也納郊外的一處礦泉進行一連串的治療。莫紮特又向普契博格求救：“上帝！我的境遇很慘，即使是我的頭號敵人，我也不希望他遭遇如此的境況。上帝！我無法表達我的謝意，我又得向你提出新的懇求。”

在莫紮特寫完這封信的幾天後，一群憤怒的巴黎人攻進封建主義壓迫象征的巴士底監獄，並釋放了一群政治犯，法國大革命的武裝階段已經開始了。

起初，維也納的生活還很正常，沒有受到法國大革命的影響。到了8月，《費加羅的婚禮》重新上演，盡管有些情節與法國革命有關，但劇中生動的各種角色，優美而多變的音樂使得人們對這部歌劇還是很喜愛的。統治階級也沒有因為其中的一點激進元素而禁止它的公演。

皇帝這時委托莫紮特和龐提再合作寫一部歌劇。龐提決定不再寫前人寫過的東西，而是自己創作一個新的故事。他想以皇帝告訴他的一件逸事作為劇本的基礎。這部歌劇也是與愛、偽裝、理想和人性有關。

莫紮特的第五個孩子是個女孩，這一年11月間出生，一小時後就夭折了。

這時候，莫紮特寫了一首豎笛與弦樂五重奏（K.581），這是一首充滿愛的音樂，豎笛的使用極富技巧性，以至多年以後常常被其他的作曲家所模仿。