9月間,歌劇《魔笛》(K.620)完成。莫紮特曾親自指揮首次公演。《魔笛》講述了這樣一個故事:埃及王子塔米諾被巨蛇追趕,後來被夜女王的宮女所救。夜女王拿出女兒帕米娜的肖像給王子看,王子一見傾心,心中燃起了愛情的火焰。夜女王告訴王子,她女兒被壞人薩拉斯特羅搶走了,希望王子去救她,並允諾隻要王子救回帕米娜,就將女兒嫁給他。王子同意了,夜女王贈給王子一支能解脫困境的魔笛,隨後王子就起程了。事實上,薩拉斯特羅是智慧的主宰、“光明之國”的領袖,夜女王的丈夫死前把法力無邊的太陽寶鏡交給了他,又把女兒帕米娜交給他來教導,因此夜女王十分不滿。夜女王企圖借助塔米諾的力量摧毀光明神殿,奪回女兒。王子塔米諾經受了種種考驗,識破了夜女王的陰謀,終於和帕米娜結為夫妻。
莫紮特的音樂中富有人們所能想象到的一切變化。《魔笛》裏,夜女王唱的是冷冰冰的花腔,比在意大利歌劇中所能找到的任何花腔的變化都要多。塔米諾唱的是流行曲調和華爾茲。薩拉斯特羅和他的部下們唱的是共濟會風格的音樂,豐富、深沉而感人。蕭伯納對這部歌劇的評價很高,稱它是“從上帝口中唱出來的音樂”。
這部歌劇的第二幕中,當夜女王強迫她的女兒去殺薩拉斯特羅時,音樂的變化和對比更為強烈。這首“複仇抒情調”用快速、強烈、冷淡而驚人的聲音跳上跳下,達到了歌劇最高的音符。緊接著,薩拉斯特羅唱出和平與寬恕,他的抒情調“在這些神聖的會堂裏”是緩慢、柔和、熱情而舒適的,逐漸降到男低音範圍內最低的音符。
《魔笛》是一個傑作。斯勘奈德飾演塔米諾,康絲坦茲的大姐飾演夜女王。觀眾們不斷地喝彩,但是莫紮特卻更為感謝他所說的“無聲的喝彩”。
《魔笛》的初次演出,就為斯勘奈德賺了一筆財富。同月,莫紮特完成了他最後一首管弦樂,這是一首豎笛協奏曲(K.622)。它那令人心碎的慢樂章極具表現性,似乎不是豎笛,而是一個聲音在低唱。
康絲坦茲這時發現莫紮特病得更重。她勸他安靜休養,但他堅持要將《安魂彌撒曲》寫完。有些時候他還能工作,有些日子雖想工作但卻無法拿起筆來。
他感到好像是中了毒,用今天的醫學觀點來看,他很有可能是患了尿毒症。這之後,歐洲大陸上不斷流傳著一個謠言,說他的敵手薩列瑞曾對他下毒。實際上,薩列瑞雖然一直嫉妒莫紮特的才華,但他曾是《魔笛》的座上賓,而且對這部歌劇大為讚揚。可是不管怎麽樣,這個謠言流傳至今,後來俄國詩人普希金還根據這個故事寫過一首詩。
薩列瑞在1825年去世,他在生命的最後幾年裏已經精神錯亂,但仍不斷地否認曾對莫紮特下毒。
當莫紮特覺得健康狀況略為好轉時,他會到上演《魔笛》的劇院去看看,每次看到觀眾爆滿時總是覺得快樂而欣慰。
身體不舒服時,莫紮特就虛弱而痛苦地躺在**。他看著表,唱著《魔笛》中的音樂,往往與劇院中正在上演的進度不差分毫。
11月初,莫紮特稍微好轉,他為共濟會寫了一首短的清唱劇,結尾的歌詞是:“弟兄們,請把你們的手握在一起。”中旬,他親自指揮這首清唱劇的演出,這是他最後一次的公開露麵。
莫紮特利用所有能夠利用的時間寫他的《安魂彌撒曲》,有時候實在不能執筆,就改用口述,然後由蘇斯邁爾完成書麵的記錄。月底的時候,《安魂彌撒曲》(K.626)終於完成。
曲中有一個部分來源於亨德爾的《彌賽亞》,而且其中有些地方聽起來不是很好。但是它最好的部分,比如“悲慘曲”,那些情緒上的強烈,表現了莫紮特此時的心情。
1963年11月,莫紮特的《安魂彌撒曲》曾在美國總統約翰·肯尼迪的葬禮上演奏,並由衛星傳送到世界各處。