1791年12月4日晚，莫紮特的家人和朋友們為莫紮特演唱這首《安魂彌撒曲》，他已經病得無法在鋼琴上彈奏它了。

當他們唱到“悲慘曲”時，莫紮特開始嗚咽起來，很快地就神誌模糊，全身僵硬了。他們趕緊派人請來一位牧師。由於牧師不認識這位作曲家，所以很勉強地前來為他主持臨終的儀式。

第二天淩晨大約一點鍾，莫紮特在距離他三十六歲生日還差一個月零二十二天的時候離開了人間。

盡管有人作過很多研究，但他的真正死因始終未能確定。有一段時期，人們說他是精力消耗殆盡，但據現代科學推測，可能是因為尿毒症或是急性關節風濕症，也有可能是兩種病的並發。

康絲坦茲受不住打擊崩潰了，由斯維登代辦一切葬禮。殯葬采用最便宜的一種形式，隻不過勉強保有一點尊嚴而已。莫紮特被和另外二十具屍體合葬在一座沒有標識的公墓中，舉行了簡單的喪葬儀式。這樣做除了為節省金錢外，也是為了避免莫紮特生前討厭的虛飾和迷信。

教堂裏隻有三個送喪者：斯維登、蘇斯邁爾，以及被世人傳說下毒害死了莫紮特的薩列瑞。他們都沒有送遺體前往公墓，據說是因為當時的天氣不太好。

與莫紮特這樣淒清的葬禮形成鮮明對比的是三十六年後貝多芬的葬禮，當時有兩萬名維也納人跟隨在貝多芬的遺體後麵，一直送他到最後安息的地方。

莫紮特去世以後，他的音樂幾乎立即受到全世界的注意，其實這些早在他活著的時候就應該受到關注。莫紮特的遺孀康絲坦茲舉辦了一連串的莫紮特作品音樂會，以籌措她自己和兩個孩子的生活費。莫紮特死後還留下三千元銀幣的債務，相當於他兩年的薪水加上三部歌劇的報酬，不過這筆債很快就還清了。死亡提高了莫紮特的名聲和他的音樂在金錢上的價值，提高的程度幾乎無法衡量。

1798年，歐洲最著名的音樂出版公司宣布出版莫紮特的全部作品。以前，盡管利奧波德和莫紮特多次要求，但這家公司始終拒絕出版他的任何作品。

康絲坦茲的運氣似乎也好轉了，她認識了一位丹麥外交官，他叫喬治·範·尼森，對莫紮特音樂的愛好使他們結合在一起。1809年，他們結婚。之後夫婦二人在哥本哈根停留了一段時間，最後定居在薩爾斯堡。在這之前，喪夫寡居的南妮爾也搬到了這座城市，以教授鋼琴為生。可是姑嫂二人並沒有什麽來往。南妮爾在1829年去世，享年七十八歲。康絲坦茲則於1842年七十九歲時去世。

1828年，關於莫紮特的第一本傳記出版，他的作者正是康絲坦茲後來的丈夫尼森。

到19世紀，莫紮特的歌劇以及他的音樂，受到了廣泛的認同和喜愛。首先是在音樂家之間，後來擴展到一般大眾。他的音樂總是能給人不同尋常的力量，後來的一位作曲家臨終時說：“不朽的莫紮特，多虧了你，我才能在走完這一生以前，深深受到震撼，也才能在離開人世以前，深刻地覺得自己曾經愛過人。”

1861年，維也納市在一個可能是莫紮特墳墓的地方豎立了一塊紀念碑。那是一根維多利亞時代式樣的柱子，形狀不算好看，邊上有一位哭泣的天使。