永曆元年，清順治四年。正月癸卯朔，帝在梧州。十六日戊午，李成棟以清兵取肇慶，帝奔平樂，瞿式耜從，諸臣多棄上自去，丁魁楚降於成棟，旋為成棟所殺。式耜奉帝由平樂如桂林。成棟盡取廣東屬郡，又取梧州、平樂、潯州。王坤又請帝入楚，式耜止之不得，請暫駐全州，疏言：“半年之內，三四播遷，兵心民心，無不惶惑。我進一步，敵亦進一步；我去速一日，敵來亦速一日。若去而不守，即拱手送敵，請得以身留桂。”乃進式耜文淵閣大學士，兼吏、兵二部尚書，留守桂林，以焦璉兵隸之。二月丙戌，十五日。帝幸全州，時定蠻侯劉承胤自武岡以兵入衛，駐全州。清兵取長沙，何騰蛟退衡州。孫可望連陷貴州列郡。三月乙卯，十四日。清兵攻桂林，式耜率璉拒戰，破之。清兵既退，承胤援兵至，反與璉兵主客不和，相擊鬥，大搶而去。承胤逐王坤，名尊朝廷，劫駕幸武岡，改其州為奉天府，政事皆決焉，跋扈遂不可製。李成棟聞桂林有主客釁，再來犯，焦璉複大破之，桂林獲全，成棟不複來窺。八月，璉複收陽朔、平樂，陳邦傅複梧州，全桂稍定。方擇日迎駕返桂林，而降將孔有德、耿仲明等以清兵又由湖南克寶慶，逼奉天，劉承胤降，帝走靖州，又如柳州，複奔象州。式耜連疏請還蹕桂林。清兵又連取永州、辰州，逼全州，何騰蛟禦卻之，複逼梧州，帝欲走南寧，道阻，乃還桂林。
二年，順治五年。正月丁酉朔，帝在桂林。是日，降將金聲桓偕其黨王得仁以南昌叛清來歸。得仁又克九江，尋引還。會聲桓攻贛州，而桂林有郝永忠敗兵入掠之亂，式耜被劫出城。帝走南寧，何騰蛟入援，清乘之取全州。式耜、騰蛟複入桂林。清兵直抵桂林北門，騰蛟督焦璉等大破之。閏三月，清曆作四月。李成棟又以廣東叛清，劫總督佟養甲來歸，乃迎駕還肇慶。騰蛟亦複取全州、永州、衡州，諸軍更連複寶慶、常德。既而軍帥內哄，爭駐軍地不相下，盡棄湖南新複州縣，楚事遂不可為矣。
三年，順治六年。正月庚申朔，帝在肇慶。戊寅，十九日。清克南昌，殺金聲桓、王得仁，江西複陷。又陷湘潭，騰蛟死之。二月甲寅，二十五日。長沙複陷。乙卯，二十六日。李成棟兵潰於信豐，溺死。初，江、廣反正，楚軍奏捷，中外謂興複可期，一朝崩潰，舉朝大駭。是時滇中孫可望已由巡撫楊畏知招使歸款，滇境尚為明有。四年順治七年。正月乙卯朔，帝尚在肇慶，清兵旋陷南雄，帝出奔。清兵至韶州，南澳總兵吳六奇降，進逼廣州，帝至梧州。十一月，清克廣州，遂入桂林，瞿式耜、張同敞死之，大臣之忠正者盡矣。帝奔潯州。五年順治八年。二月，帝在南寧，孫可望遣兵至，殺大學士嚴起恒等，挾封秦王，並殺大學士楊畏知，自是政在可望。九月，陳邦傅誘殺宣國公焦璉，率潯州數叛將降清。帝聞報，發南寧。十月，次新寧。十二月，清取南寧，帝走土司中，孫可望遣兵迎扈，請移蹕安隆。六年順治九年。二月，帝至安隆所，改名安龍府。可望奏遣所部李定國拒清將孔有德，劉文秀拒吳三桂。七月，定國複寶慶、全州，有德走桂林，定國攻拔之，有德自殺，執叛將陳邦傅父子，送貴陽可望所誅之。文秀亦取敘州，三桂走綿州，進拔重慶。賞恢複川、楚功，封定國、文秀皆為王，而可望駸駸有篡國意。帝在安龍，日益窮促，將吏罕人臣禮。馬吉翔掌戎政，宦官龐天壽督勇衛營，謀逼上禪位可望。可望又自設內閣六部官，盡易舊印，立太廟，享太祖高皇帝主於中，張獻忠主於左，右則可望祖父，擬國號曰後明。帝聞之憂懼，遣人密敕定國，謀出險。可望亦忌定國，襲之而敗，相持不發。自六年順治九年。至十年，帝皆在安龍，時清已為順治十三年矣。其間於八年二月，可望聞密敕事，遣人至安龍脅帝索主謀者。帝謂必外人假敕寶所為，可望殺大學士吳貞毓等多人。帝在安龍，塗韋薄以處，日食脫粟。守將承可望意，更相淩逼，挾彈乘馬，直入宮門，文吏乘輿過殿，嗬之不下。九年冬，仍改安龍為安隆，歲造開銷銀米冊報可望，稱：“皇帝一員月支若幹，皇後一口月支若幹。”帝亦隱忍之，苟延殘喘而已。
十年順治十三年。正月，可望複遣兵襲定國於南寧，為所敗，降其眾三千人，遂進趨安龍。可望知定國既決裂，必至安龍衛帝，三月，遣所部白文選將兵迎帝入貴州。太後聞之哭，從官皆哭，文選心動，故緩行候定國至，與連和，奉帝走雲南，抵曲靖。守滇者劉文秀，亦怨可望，因偕扈入省垣，沐天波迎駕，帝即居可望第。沐氏世鎮雲南，當北都既陷，所在蠢動，雲南元謀土司吾必奎反，連陷郡縣，天波檄各土司討之。既定，而後至之阿迷土司沙定洲聽奸民豔稱沐氏世守之富，於隆武元年十二月朔，入城辭行，呼噪焚劫，天波逸而家屬盡死，貲產盡被劫，省城為所踞。偽疏達福京，行鎮守府事，悉兵追天波，陷列城。時楊畏知為金滄副使，以好語紿定洲，又為天波籌策，得保楚雄、永昌兩地，與之相持。石屏人龍在田為副將，退竄大理，始嚐從熊文燦軍，文燦受張獻忠降於穀城時，與獻忠部下多相識，獻忠死，可望入黔，逼滇境，在田使人告急乞援，可望乃入滇。定洲久圍楚雄，畏知堅守不下，可望來圍解，與可望戰大敗，遁歸阿迷，可望遂據雲南，故省城有其第。阿迷地險，可望遣劉文秀攻不下，定國攻之，乃盡滅沙氏，故定國兵強，遂非可望所能製。定國亦歸心於帝，可望篡奪之謀憚不敢發。及是，定國合文秀、文選與天波同奉帝都於滇，改雲南府為滇都。可望雖怒，而以家口在滇，未敢反。明年夏，永曆十一年，清順治十四年。帝歸可望妻子。七月，可望反，定國、文秀禦之。文選先歸黔，至是糾可望部下馬進忠等悉反正，可望狼狽歸黔，挈妻子奔長沙降清。帝自入滇，稍具國體，追上弘光、隆武兩朝尊諡等事，皆十一年四月朔事也。自此至十二年順治十五年。之冬，帝皆在滇都。清於十二年二月，命貝子洛托、都統卓布泰偕降臣洪承疇、吳三桂、線國安分楚、蜀、粵三路取雲貴。會永昌有反者，定國討平之，清兵入黔不及救，遂失貴州地。至十月，清三路師皆會平越，勢不可敵，定國部署諸將力抗。十二月，定國戰敗，清兵直抵曲靖，定國奔還滇都，請上出幸。時劉文秀已前死，遺表請帝入蜀；定國主入湖南蠻中；天波主走騰越入緬甸，眾多是天波。定國泣請留太子慈煊督師，以牽製緬甸，帝猶豫不忍別幼子，乃盡發滇都，定國以大兵殿後，國勢既搖，人心思叛，可望餘黨糾眾謀劫定國，定國嚴備之。百官扈從男婦馬步數十萬人，日行不過三十裏，兵士乏食，取之民間，所在逃避，禦前供頓缺，庶僚貧病，離次不前，乘輿奔波之艱，不可言矣。