黃興在南京聽說江西、徐州、上海三路人馬屢戰屢敗，北軍四路雲集，料知大勢已去，暗想此時不走，更待何時，當即傳令下去，說要親自前往戰地督戰，卻沒有說明要去何處。
七月二十八日半夜，黃興與代理都督事章梓改穿洋裝，邀日本人做伴，乘輪船抵達上海。誰知上海領事團已轉命總巡捕房緝拿亂黨，第一個要抓的就是黃興。工部局決定驅逐孫中山、岑春煊、李平書、王一亭等人，不準他們逗留在租界。害得黃興無處棲身，隻好轉去吳淞口。
鬆軍司令鈕永建、福字營司令劉福彪帶領敗軍，先後逃至吳淞口。他們一來，嚇得炮台官薑文舟連夜逃跑，炮台由要塞總司令居正接管。居正與陳其美等都是一路人，自然收集敗軍，守住炮台。黃興到了吳淞口，與鈕永建、居正會晤，彼此無限感慨。鈕永建說道：“孫中山、岑春煊都已去了香港，陳其美也不會留在上海，即日就要遷避至此。”黃興道：“全局失敗，單靠這個吳淞炮台，能站得住腳嗎？”鈕永建道：“在一天盡一天的心，到了危急時刻，再作計較。”黃興連連歎息。在鈕營暫住的這一晚，黃興輾轉反側不能入睡，暗想這孤立的炮台肯定立不穩腳，不如亡命海外，更何況隨身還帶有外國鈔票，也價值數萬元。於是，天剛蒙蒙亮，黃興便起身出營，沒有與鈕永建告辭，就帶著皮包，登上東洋商船，逃命去了。
黃興走後，第一師長洪承點也走了。南京無主，眾官員集議取消獨立，並選派代表去上海迎回程德全都督。誰知程都督不肯回南京，隻是派杜淮川繼任第一師師長的職位。但當時南京人已公舉旅長周應時接管第一師，當即電告程都督。程不但沒答應，還將周應時的旅長之職一並撤銷。於是軍民不服，都懷疑程變誌了。
杜淮川到任時，正好張勳、馮國璋二軍從徐州趕來。杜便前往固鎮歡迎。上海《民權報》主筆何海鳴趁機帶領黨徒百餘人，闖入南京占據了都督府，宣讀程德全、應德閎的罪狀，並宣布恢複獨立，還自封為討袁總司令。正組織司令部時，第八師師長陳之驥來到署裏，何海鳴趕緊迎接。陳之驥笑著問道：“何先生，帶了多少餉銀來？”何答道：“造幣廠中，取用不盡。”“有兵多少？”何又回答說：“都督的兵，就是我的兵。”陳之驥便回顧左右道：“這些亂黨，真是膽大妄為，快給我捆起來！”何海鳴與其黨徒立即被抓住。陳之驥又指著何海鳴說道：“現在先不殺你，等程都督發話，再行定奪。”於是將何海鳴等人關押在獄中，並取消獨立，全城又恢複平靜。
南京地方維持會聽說張勳張辮帥要來，擔心他的軍隊入城後會**百姓，於是與商會妥議，公舉代表，渡江請馮國璋馮軍使來保護南京人民的生命財產，並請他轉告張軍，千萬不要入城。馮軍使如代表所請，一一同意。代表當天回到南京轉告陳之驥，陳立即親自前去拜訪馮，接洽一切。不料，第一師聽說陳之驥出城，竟去搶劫第八師司令部，與第八師打了起來。第八師倉促遇變，不敵第一師，被趕了出來。第一師放出何海鳴，並前往督署，再次宣告獨立。城內商民又嚇得魂飛魄散，一個個躲在屋裏，連門都不敢出。何隨即設立衛戍司令，並委任參謀各職和旅團軍官。滿城紳商急得沒有辦法，隻好邀請軍人商議。沒想到軍人紛紛索餉，聲稱有錢到手，便能罷休。當時南京城早已被羅掘一空，哪有巨款，沒奈何，隻好任他所為。何海鳴卻積極籠絡哄誘第一、第八兩師，為他所用。除了第八師的三十團不肯附和外，其餘兩師人馬都願聽他的號令。此時，正好馮、張二使率軍抵達南京，又將有戰事發生了。
吳淞為江海要口，被居正占領後，鄭汝成、李鼎新特向袁總統請調水陸軍隊，一起攻打該處。海軍總長劉冠雄奉令督領水師南下，因吳淞口被阻，繞道浦東川沙東灘登陸，迂道至上海，暫駐製造局，與鄭汝成、李鼎新會晤，修艦整隊，決意進攻吳淞炮台。八月一日這一天，各軍艦駛抵吳淞，距炮台九英裏處開炮轟擊，炮台也開炮相答。居正親自督戰，互轟了一個多小時，未分勝負，雙方停炮。第二天，雙方小戰一場。第三天，海軍散艦齊擊炮台，有數彈擊中台內土牆，台上稍受損傷。原來，劉冠雄總長因吳淞一帶留有居民，擔心用猛炮會傷及無辜。他探悉炮台守兵缺乏糧餉，軍無鬥誌，便決意靜待敵變，然後一舉拿下。所以數次攻擊，無非鳴炮示威，並沒有打算猛撲。與此同時，劉冠雄轉致程德全都督，讓他速勸吳淞炮台居正等人投降。居正、鈕永建不肯聽從，劉福彪卻想將炮台交出去。居正察悉後，對著劉軍就是一陣炮轟，劉福彪倉皇潰逃，轉投程都督。劉冠雄得悉情形，便調齊海陸大軍，合力圍攻。遠近居民，逃避一空。紅十字會長沈敦和特攜西醫柯某，乘紅十字會小輪奔赴戰地，想勸鈕永建等人罷兵停戰。當時，鈕永建在寶山城已設立司令部，居正因鈕通曉兵事，讓鈕做吳淞總司令。柯醫以收護傷兵為名，冒險進入寶山城，進見鈕永建。鈕問有多少傷兵，柯歎道：“屍骸遍地，滿目瘡痍，商業凋敝，人民流離，幾乎暗無天日。公也是吳淞人，為什麽不為家鄉考慮呢？”鈕歎息道：“事已至此，騎虎難下，就是有心桑梓，也是愛莫能助，如何是好？”柯於是進言道：“不如全師而退，明哲保身，淞、滬生靈亦免塗炭，一舉兩得。”鈕聽後，沉默了半天才答道：“君言甚是。北軍如能不殺我部下，我怎會忍心使江東父老為我遭此劫難？”柯答道：“公何不開一條件交給我，由我拜謁劉總長。即使赴湯蹈火，在所不辭。”鈕於是親書條約，交給柯，說道：“我與劉總長頗有交情，勞君為我致書劉公，不要把書信送到別人手上。”柯連聲答應，出城後，乘一小輪駛往海軍軍艦。那時正值炮彈紛飛，柯手執紅十字旗，搖動起來，指示停戰。雙方這才漸漸停炮，柯登上軍艦，與劉總長協商。劉總長看了鈕訂的條約後，認為可行。於是命艦隊駛回，與李鼎新、鄭邊成兩司令商議了兩小時，彼此允洽。於是，柯返報沈敦和，一麵致信鈕永建，請鈕踐言。鈕答複稱已按條約實行。
八月十三日，柯率救護隊進入寶山城，四麵察看已沒有一個士兵。司令部中隻留了四個職員，與柯交接。鈕已率衛隊三百人，退至三十英裏外，並命炮台豎海軍旗。
吳淞收複後，鄭汝成接到袁總統的電令，嚴拿陳其美、鈕永建、居正等人。那時，陳、居或匿或逃，無從緝獲，隻有鈕永建賣讓炮台，由寶山退據嘉定，還準備募兵防守。為了長久之計，海軍司令李鼎新和旅長李厚基決定兩路出擊，剿滅鈕軍。鈕永建自知事不可為，竟搭乘美國公司輪船，飄然出洋。陳其美、居正等也陸續逃到外洋避難。接著李烈鈞從南昌出走，柏文蔚從安慶出走，亡命海外。就連歐陽武、陳炯明等人也因政府懸賞緝拿，狼狽逃去。