江西、南京起事的時候，袁總統動員國會，希望由國會提出征伐叛黨的議案。那時，參議院院長張繼已因國民黨連帶的嫌疑，辭職而去；其他的國民黨議員因江西、南京起事屢戰屢敗而無從立足，不是離京，就是回籍，導致國民黨失勢，進步黨愈加占有優勢。袁政府本想利用進步黨，恰巧進步黨也願受指使。於是由汪榮寶、王敬芳兩議員提出征伐叛黨的議案，谘請政府。袁總統得此議案，更加冠冕堂皇，竟命北京檢察廳傳訊國民黨議員，說：“黃興是否黨魁？黨中人如與他聯絡，應由政府取締。否則由黨人自行宣布，立即將黃興除名。”國民黨議員無計可施，隻好開會公決。就在此時，一件極為秘密的事情被兩院議員知道了。這件事發生在四月，七月才暴露出來。
原來，大借款協議未達成之前，政府向奧國斯哥打軍器公司密借三千二百萬鎊，約合華幣三千二百萬元，擔保品仍是契稅，利息六厘。密約中並附有特別條件，即必須用一半借款承購軍械。雙方早已簽押，政府卻不露一點兒痕跡。直到三個月後，議員才從洋人嘴裏聽到這個消息。國會中無論是進步黨，還是非進步黨，都說政府違法，向政府提出質疑。政府無詞可辨，還是老辦法——擱起不答。但議員不肯罷休，接連遞交質問書，政府無可抵賴，隻好承認。議員不便彈劾袁總統，隻好彈劾國務委員。
當時，國務總理由陸軍總長段祺瑞暫代，但所有奧款交涉均發生在從前趙秉鈞任內，與段無幹。再加上南方起事，軍務繁雜，段任陸軍總長，整日調兵遣將，日理萬機，國務總理一職早由袁總統提出讓熊希齡繼任，並谘交兩院議決。熊屬進步黨，當然輕而易舉地得到議院的通過。於是政府正式下令，調熊入京任為國務總理。熊立即卸了熱河都統一職，來京組閣。此時，正值借款外露，質問以後，剛開始提出彈劾，國務委員借機辭職，袁總統也乘勢照準。於是，各部總長都辭職了，部務由次長代理。唯獨陸軍總長段祺瑞、海軍總長劉冠雄專司軍政，與借款一事沒有任何關係，所以自問無愧，絕不辭職。
熊鳳凰一上台，立即改組閣員。當下與袁總統商議，除陸、海軍兩總長仍由段祺瑞、劉冠雄二人連任外，各部總長全部換上新人，財政總長一職由熊兼任。袁總統將閣員提名交議院，得多數同意，於是一一任命。自此，熊內閣成立了。
袁總統本以為進步黨受籠絡，能夠死心塌地地為自己辦事，但通過這次奧款彈劾事件，他發現兩院議員都是些靠不住的人物。要想為所欲為，必須撤銷議院。但現在時機還不成熟，必須先除掉國民黨，才好除掉進步黨。於是老袁通電各省，撤除所有國民黨機關。因江西、廣東、湖南三省議會附和亂黨，老袁勒令解散，還派遣偵探，暗地探緝。當時，眾議院議員伍漢持，因國民黨連帶的嫌疑，憤然出京。行至天津，突然被偵探捉去，說他私通叛黨，抓到軍署後立即槍斃。眾議院議員徐秀鈞已回江西原籍，也被拘留，無非是罪關黨惡，處死了案。就連原參議院院長張繼也被下令通緝，幸虧他有先見之明，避難海外，才得以保全性命。袁總統又以湖南會匪為借口，特下一道通緝令，限製各省人民集會結社。袁總統如此大開殺戒，將所有反對者當匪類對待，無非是想借戰勝的機會變共和為專製。
從此，國民黨員銷聲匿跡，而那幫袁氏爪牙都想趁此攀龍附鳳，恨不得將袁大總統即日抬上禦座做個太平天子，自己也好做個佐命功臣。無奈老袁的總統位置還是臨時充選，不是正式就任，如果驟然勸進，未免欲速不達。就是袁總統自己也未必會立刻同意。於是大家議定，請國會先選舉正式總統，大家順勢推舉袁氏，然後再慢慢地尊他為帝。兩院議員都已懼怕袁政府聲威，樂得順水推舟。原本國會打算按照西方各國的慣例，先製定憲法，再選舉大總統。但由於發生江西、南京的亂事，議員為形勢所迫，幡然變計，於九月五日由眾議院開會投票，決定是先選舉總統還是先製定憲法。讚成先選舉總統的有二百一十三票，不讚成的隻有一百二十六票。再由參議院公決，也是讚成先選舉總統。於是，召開兩院聯合會，商立《總統選舉法》。《總統選舉法》本屬《憲法》中的一部分，《憲法》還未製定，隻能將《選舉法》提出另訂。這本是件非常困難的事情，但議員們有意迎合，所有問題自然迎刃而解。十月四日，《總統選舉法》公之於眾。
十月六日，按照選舉法的規定，組織總統選舉會。第一次投票，袁世凱的票數最多，但由於投票的人數不滿四分之三，此次選舉無效。第二次投票，仍不足法定人數，雖票上多寫“袁世凱”三字，終歸無效。參議院議長此時已改選王家襄。因兩次投票都白費工夫，於是王邀集兩院議員，私下密語道：“我看眼下這時勢，不推舉袁世凱為總統恐怕是不行了。更何況他身邊的人都想借此機會推他為帝。據我愚見，不如趕緊推舉袁世凱為正式總統，免得君權複活。諸君洞明時局，我想不至於認為我的想法荒謬吧？”各議員隨口答應，到了第三次投票，仍然是袁世凱、黎元洪二人各占多數。根據大總統選舉法“兩次投票無人當選時，就第二次的票較多者二名決選之，以得過投票數之半者為當選”。然而，正在寫票，投票時，忽然有很多人擁入議場，服飾鮮明，麵容威赫，像軍隊一般。會長詢問來由，眾人齊聲道：“我等都是公民團，來觀盛舉。今日推選正式大總統，關係重大。總統賢良，都是諸君所賜，若選出一個不令人滿意的總統，將來國家擾亂，全是諸君的罪過，我公民團是決不允許的。與其日後遭災，不如今日審慎些。如果推舉的總統讓人不滿意，諸君不得出議院一步。先此通告，休要見怪！”說完，竟形成包圍圈，把會場內議員圍了數十圈。眾議員一看這情形，已窺透政府的意思，沒奈何握筆，草草寫上“袁世凱”三字，投入票箱中。等到檢票唱名時，自然票票是袁世凱。於是當場宣布，袁世凱當選為中華民國正式大總統。隨後，就聽見這數十層人的聲浪傳出去，都是“大總統萬歲”五字。
公民團歡呼以後，一起退出，簡直是得勝班師的情景。第二天，選舉副總統，一次投票，就推舉出黎元洪。選舉告終，國務院當日通電全國和照會駐京各公使，並定於十月十日行就職禮。
中華民國二年十月十日，正值國慶節，再加上袁總統正式蒞任，更是錦上添花，喜氣洋溢。大總統正式就職於太和殿。太和殿是紫禁城內規模最大的殿宇，舊稱“金鑾殿”。從前，清帝登基以及元旦、誕辰，受百官朝賀，都是在此殿中行禮的。袁總統在此受任，很有代清受命的意思。當時，殿中布置整齊，陳設華麗，一幫伺候人員穿著大禮服站在殿前，按班鵠立。好不容易等到十點，才見大禮官入殿，引著那位龍驤虎步的袁總統，慢慢走來。兩旁奏起國樂，殿門外麵，遠遠地鳴炮宣威，共計一百零一響。袁總統步上禮台，站在中間，麵向南麵。侍從各官聯步隨登，站立左右，國樂暫時停止。由袁總統宣讀誓詞和宣言書，接受各部官員以及駐華各國公使的祝賀。
等各部官員和外交團都退至接待室後，大禮官又引來清室代表世續與袁總統相見，所有禮節與各國公使大致相同。世續退後，袁總統的就職禮也算完成，各伺候官按例三呼。國樂裏還夾雜著軍樂，仿佛有鳳凰來儀、百獸率舞的景象。袁總統緩步下台，退至休息室小憩。大約一個小時後，陸軍總長段祺瑞身穿戎服，請袁總統蒞臨天安門閱兵。袁總統又囑咐外交總長孫寶琦，邀請各國公使及清室代表，同去校閱。各公使自然樂從。於是，袁總統走在前麵，各公使跟在後麵，還有一幫伺候官員，一同來到天安門。門前早備好了座位，袁總統坐在中間，外賓坐左邊，陸軍、外交等坐右邊。一聲令下，萬軍齊來，先向上座參見，行過軍禮，然後按著步伐，排齊隊伍把平時練習的技術當場試演，顯然得心應手，純熟無比。各公使滿口稱賞，袁總統更是笑容可掬，滿麵春風。閱兵禮完畢後，座客都自行散去，袁總統乘著禮車返回總統府。
下午，總統府頒發命令，世續、徐世昌、趙秉鈞均特授勳一位。其餘如閻錫山、倪嗣衝、孫淑筠等人均授勳，就連參議院議長王家襄也被授予一等嘉禾章。另外可喜的是，自美洲各國承認中華民國後，歐洲諸國一直不肯承認，現在聽說正式總統已經就任，俄、法、英、德、奧、意、日本，及比、丹、葡、荷、瑞、挪等國，各於袁總統蒞位這一天，致外交部照會，承認中華民國，願友好共處。
內務部、農林部、工商部及交通部特頒通告，凡公共遊玩等場所，一律開放三日，任人遊覽，免收門票，大概是想與民同樂。與此同時，國務院電達武昌，道賀黎副總統正式就職，各省官吏也通電致賀。當時，黎元洪已辭去江西都督的兼職，保薦李純署任，但仍擔任湖北都督。他本就是隨遇而安，正式副總統一職對他來說無足輕重，所以人家祝賀他，他也隻是淡淡地答謝數語，並沒舉行什麽隆重的典禮，依然我行我素。
當初，《總統選舉法》經憲法會議議決後，就直接宣布了，並未經過袁政府的許可。袁總統為此非常懊惱，認為國會專製，連自己的公布權都被奪去，將來製定憲法也必須由國會取決，事事不能自主，反成為一個傀儡，這還了得？但因正式就職的日期，已預定在國慶日，如果為此爭議，勢必會推遲選舉。所以袁總統暫時容忍，就援照國會谘文，將《總統選舉法》全案刊登政府公報，當日宣布。就任以後，老袁馬上谘照憲法會議，決定爭回公布權。
接到此谘照，議員們都認為直接宣布是各國通例，原本就無需經過總統之手。再加上正在裁定憲法草案，大家悉心斟酌，異常忙碌，根本無暇特別開議，因而沒有答複總統。老袁靜等了兩天，見國會沒有答複，便想越俎代庖，於是特命國務院派人幹涉。當時，憲法起草委員會正在開會，突然有八個人陸續進入會場，說是奉大總統之命前來陳述意見，並送達總統谘文，請憲法會查照施行。原來，袁大總統特意囑托國務院派遣委員施愚、顧鼇、饒孟任、黎淵、方樞、程樹德、孔昭焱、餘棨昌前往國會，代達大總統之意見。意見說：“嗣後貴會開議時，或開憲法起草會，或開憲法審議會，均希先期知照國務院，以便這八位委員隨時出席陳述。”會中人員讀完谘文後，對八位委員說道：“民國立法，權在國會，不受行政部幹涉。諸公來此，未免違法，還請轉達總統，收回成命。”八位委員齊聲道：“大總統還有谘文在此，請諸君再閱，便可分曉。”說著又遞交一份谘文，眾議員看完後，都不覺搖起頭來。