原來，袁總統的谘文中提出《臨時約法》有好幾條不便照行，需要修正。《臨時約法》規定，臨時大總統製定官製官規，任免國務委員、外交大使，宣戰媾和以及締結條約，都必須經參議院的同意。袁總統則提出這些隻需大總統決定即可。同時，要求追加兩條：第一，大總統為維護安定、防禦災患，於國會閉會時，可以製定與法律同效力的教令。此教令至下次國會開會十日內，必須提交兩院，求得承認；第二，大總統為維護安定、防禦災患，有緊急之需用，而來不及召集國會時，可以以教令為臨時財政處分。此處分至下次國會開會十日內，必須提交眾議院，求得承諾。
當時，憲法草案已擬定十一章一百一十三條，大旨已定，不便變更。況且袁總統提出的這些條款，全然是君主立憲國的法例，與民主立憲毫不相容。憲法起草委員，及憲法會議中人怎麽肯一一聽命老袁，難道要委曲遷就不成？當下便對八位委員說道：“本會章程規定，裁定憲法草案時，隻許國會議員列席旁聽，此外無論何人不得入席。今諸君來此，欲代大總統陳述意見，更是與會章不符，本會隻知遵章而行，請諸君自重。”施愚等人本打算再說點什麽，誰知會員們已不理睬他們，接著開會去了。施愚等人奉命而來，趾高氣揚，沒想到碰了一鼻子灰，顏麵掃地，一個個氣得胸都要炸了。隨即退出院中，回報袁總統，除陳述實情外，難免不添油加醋一番。袁總統沉默半晌道：“我自有辦法，你等且退。”施愚等人唯唯退出。隔了一天，即由國務院發出袁總統電文，通告各省都督、民政長，反對憲法草案。
原來，憲法草案的內容，袁總統早已探聽得明明白白。所定草案仍然以《臨時約法》為藍本，不過增修字句，更為詳備，並沒有特別通融，所以袁總統極力反對。各省都督、民政長本是行政人員，當然不能立法，老袁並非不知道，但既為民選的總統，未免有些悍然自恣，不得不借重官吏，反抗立法機關，壓倒國會。各省都督、民政長見老袁正在得勢，哪個不想賣點乖，得點便宜？於是你上一篇電陳，我達一篇電複。有的說是應解散國民黨，有的說是應撤銷國民黨議員，有的說是應撤銷草案及解散起草委員會。還有幾個袁氏心腹，簡直是主張專製，說：“國會議員與逆黨國民黨通同一氣，莠言煽亂，顛倒黑白，不如一律解散，正本清源。”袁總統接到這些電文，心花怒放，忙邀請國務總理熊希齡和各部總長，商議撤銷議員等事宜。熊總理等人毫無主見，全由袁總統決定。十一月四日，老袁便下令解散國民黨並撤銷國民黨議員。
此令下達後，不光國民黨議員異常驚愕，就連別黨議員也有兔死狐悲的感慨，準備就議院法中“凡議員除名必須經議院決定”一條，與政府辯駁。就連新組建的民憲黨，也是擁護憲法草案，抵製政府幹涉，都說袁總統能戰勝兵戎，不能戰勝法律，發誓同心協力要與憲法共存亡。彼此抖擻精神，要與袁政府辯論曲直。哪知不等他們出牌，袁政府這邊已經動手了。就在宣布解散國民黨等命令的當天下午四點，軍警遍布大街小巷，前往每一位國民黨議員的寓所，追繳證書、徽章。議員稍一遲疑，軍警便拔出手槍，指示威嚇。無奈大家都是血肉之軀，為了保全性命，不得不將證書、徽章繳出了事。截至半夜，已追索三百五十多件，一並移交政府。哪知老袁意猶未盡，又下令追繳湖口起事前脫黨人員的證書、徽章。軍警們不敢懈怠，隻好再去挨戶搜索。一直折騰到天亮，太陽高高懸掛，才追繳完畢，又追得八十多件。不料，政府繼續下令，叫軍警們監守兩院大門，依照追繳證書、徽章的議員名單，盤查出入。凡議員進院，必須經過查問手續，單內未列姓名，才準進去。要知道議院章程規定，必須議員過半數列席才能開議，而最初追繳國民黨議員證書、徽章三百多件，計算起來不過是兩院中的三分之一，但後來又續繳八十餘人，兩院議員就去了一半，肯定已不足法定人數，還怎麽開會議事？因此，立法部的機能全然失去。雖然命令中提到各省候補議員來京替補，但現在這種情形誰敢赴京？袁政府見國民黨無計可施，索性命各省將省議會中的國民黨議員也一並取消。
袁總統削平異黨，摧殘議院，事事稱心，般般順手，唯我獨尊的氣勢一覽無遺。雲南都督蔡鍔在二次革命時，憑法理辦事，成功地使兩方罷兵。此事為袁氏所忌，於是召他入京，令貴州都督唐繼堯兼署雲南。湖南都督譚延闓、福建都督孫道仁曾附和獨立，雖事後歸罪他人，但卻瞞不住老袁的慧眼，自是將他們一律免職。三省都督被撤，所有人都俯首帖耳，不敢有異議，隻有國會議員對法定人數不足而無法開議頗為不滿。為此，袁總統特創一新例，挑選了幾個有名的人物組成議事機關，叫做政治會議，集中議政，也算是國會的替身。同時，還授意各省長官遣散議員，取消國會。接著副總統兼湖北都督黎元洪邀集各省都督、民政長，聯名電致袁總統道，仰承意旨。
這黎元洪原本是起義首領，一心想推翻專製，建設共和。此次袁總統摧殘國會，明明想恢複專製，他為何也隨聲附和，帶頭讚成呢？所謂“識時務者為俊傑”，既然大家都讚成袁氏，他也就不便強出頭與袁對抗了。不料通電發出沒幾天，參議院院長王家襄就來到湖北，聲稱奉總統密令，邀副總統入京商議要事。黎元洪也不推辭，立即將各項文書委任民政長暫管，草草地收拾行裝隨王北上。為了預防部下生變，黎假裝說是因公渡江，辦完事後便立即返回，所以出城之後行蹤詭秘，連他的左右也不知道他的行蹤。等到黎已到京，才傳出袁總統的命令，說兼任湖北都督的副總統黎元洪因公來京，現已派段祺瑞暫代湖北都督。當時，中外人士都莫名其妙，以為政府有什麽大舉動，必須這黎副總統到京。
原來，黎元洪、段祺瑞二人為袁氏的左右手，黎擅長出謀劃策，段擅長調軍作戰，老袁遇事必內外籌商，謀定後動。黎、段也盡忠職守，所以二次革命黎為外護，段為中堅，在兩個月內就肅清半壁。袁總統得此奇捷，難免不顧盼自雄，常對左右說道：“我略用武裝，約叛黨相見，不到兩個月盡已平定，論起功力不在拿破侖之下。隻是拿翁自恃武功，覬覦大寶，改變民主，再行帝政，我雖很是羨慕，但不準備輕易效仿他，以免重蹈覆轍。”左右唯唯如命，不敢亂說一句話，隻有一位躍躍欲逞的貴公子聽到此話，趁機進言。老袁笑著說道：“你想讓我做皇帝嗎？但做事時必須三思而後行，倘若騎梁不成，反輸一跌，豈不是弄巧成拙？”於是這位貴公子，垂首告退。這位大膽的貴公子便是袁總統的長子袁克定。袁總統有一妻十五妾，十五個兒子，十四個女兒，隻有長子袁克定為正室於氏所生。他機警不亞於其父，年少時除讀書外，就喜歡研究帶兵打仗，之後赴德國留學，畢業於德國陸軍學校。歸國後，他常常想化家為國，一展所長。當時正值民國成立，袁世凱當選總統，他便想趁這機會勸父為帝，好把錦繡江山據為袁氏私產，偏偏父親不肯答應。日子一天天過去，不知道何時才能達到目的。袁克定躊躇再三，猛然想到好友阮忠樞，他與段祺瑞是莫逆之交，如果他能說動手握陸軍重任的段祺瑞鼓吹帝製，號召軍民，那時成功的機會就更大了。當下，袁克定派人找來阮忠樞，囑托一番後，阮便前往國務院與段密語。誰知段不等他把話說完，便厲聲喝道：“休得妄言！世凱屢次宣言，誓不為帝，克定癡心妄想，一味瞎鬧，真是可笑！”阮撞了一鼻子灰，將段的話一字不漏地返報克定，克定十分懊惱。當下便與袁乃寬密謀，擠排段氏。袁乃寬並不是袁氏家族的人，隻是姓袁，平時對老袁俯首帖耳，頗得老袁歡心。於是他認老袁為叔父，與小袁也以兄弟相稱。在老袁的屢次提拔下，乃寬已官至陸軍次長，因此段氏的一舉一動，他無所不知。於是，袁乃寬吹毛求疵，伺機進盡讒言。老袁雖然聰明，但一個愛子，一個愛侄，整日絮叨，難免有些半信半疑。
段祺瑞性情直率，隻知道效忠老袁，有時袁總統與他談及湖北軍情，讚美黎元洪，他卻說黎仁柔有餘，剛斷不足。袁克定看段不願助他，便決定聯合黎，不料黎的論調卻與段大致相同。於是，袁克定密結爪牙，慫恿老袁，調黎入京，調段離京守鄂。一是軟禁黎元洪，慢慢地熔化他；一是驅開段祺瑞，撤掉他的兵權。黎、段並非一無所知，但在他人屋簷下，隻好低頭奉令，做個傀儡。黎元洪倒也識時務，一入京便上書辭去湖北都督一職，袁總統當天就答應下來。
湖北都督換人後，又免去張勳，改任他為長江巡閱使。另調馮國璋為江蘇都督，趙秉鈞為直隸都督。