袁總統密圖帝製，專從內政上著手。先是下令設政治會議，又在立法機關以外特設一造法機關——約法會議，作為增修約法及各種法案的基礎。並規定遇有議決事件，必須谘請總統裁定，才能公布。政府可以派人員出席，發表意見，但不能加入議決。這些規定分明就是限製民意，集權政府。因為一時不便作威作福，老袁就借這非驢非馬的法子掩飾。接著又修正法製局官製，訂定法律編查會規則，都是總統指派長官，不采用公舉、決議的方式。
很快，老袁又取消了地方自治權。於是各省都督、民政長又推趙秉鈞領銜，呈請將各省議會議員一律停止職務。袁總統非常高興，名正言順地將各省議會取消了。自此，民意機關摧殘殆盡，就連司法這一部分也借口財政艱難，將初級審檢廳裁去，並歸縣知事代管。於是行政權擴充極大，官僚派乘時得位，又借幾種古聖先王的政治，曲為迎合，什麽祭天祀、孔製禮、作樂等，一時間又盛行起來。袁總統一一照準，說什麽對越神明、尊崇聖道。大祀典禮，一律改為拜跪，大有希蹤虞夏，淩駕漢唐的規範。
內閣總理熊希齡剛開始是一往直前，想要施展抱負，建成一法治國家。所以一經就任，便書寫大政方針宣言書，準備向國會宣布。偏偏國會停止，變為政治會議，熊又將大政方針交政治會議審定。政治會議的諸位成員以內閣將倒為由，譏諷熊不用再製定什麽責任內閣政策。京內外人士又因袁總統種種命令多半違法，熊總理不加可否，一一副署，而認為熊既然失去官守言責的義務，又有何麵目職掌首揆，大談政治？從此，第一流內閣的名譽又變得落花流水，**然無存。熊內心也不安，提出辭職。袁總統批示挽留，隻準他辭去財政總長的兼職，另調周自齊擔任財政總長，仍讓周自齊兼代陸軍總長。至於交通總長由內務總長朱啟鈐兼任。熊希齡再行力辭，袁總統這才同意。又令外交總長孫寶琦兼代理國務總理。司法總長梁啟超、教育總長汪大燮，因與熊氏有連帶關係，陸續辭職。
熊內閣倒台後，熊希齡隨即離開了北京。此時，忽然有一急電到了總統府，說是現任直隸都督趙秉鈞暴斃。
趙秉鈞本是袁氏心腹，自袁氏出山後，所有規劃多虧有他參議，第一大功便是謀刺宋教仁。他指示洪述祖勾結應桂馨，所以是宋案的要犯。二次革命失敗後，國民黨的要人都亡命海外，這樁天大的案件就這樣無形打消了，應桂馨也從上海監獄趁機逃脫了。應在上海混跡數月，自思刺宋一案有功，不如就此北上謁見老袁，老袁念著前功定會給他優差。但自己與老袁並不相識，不便直接前往，湊巧趙秉鈞調任直隸總督，正好讓他代為介紹。於是，應寫了一封密函電達趙秉鈞，很快得到趙都督的回複，說老袁召他北上。應桂馨隨即整備行裝，放心大膽地從上海乘火車北上。到天津後，與趙秉鈞相見，得到了趙秉鈞的優待，彼此也相處融洽，成為莫逆之交。應想立即進謁總統，趙用電話先與總統府接洽，然後送應出署，並派衛隊送至車站，等應上車後，衛隊才回署交差。
不料不到半天，直督署中忽然接到京津路線車站的緊急電話，報稱應桂馨被刺死了。趙秉鈞得此消息，大吃一驚，急忙問是什麽人如此大膽，是否拿住凶手。不料回電說，凶手勢大，不便拿訊。聽到此話，趙秉鈞已料到十分之九，隻因良心不忍，他仍將電話打到總統府，向袁總統直接問話。袁總統沒有接電話，接電話人隻說了“總統殺他”四字。趙秉鈞又向電話中說道：“自此以後，何人肯為總統府盡力？”連呼數聲，也沒人答應。趙隻好放下話筒，歎惜連連。
原來，袁總統慣使陰謀，好比當年的曹操，有“寧我負人，毋人負我”的意思。想到應桂馨來京，如何安置他？還不如殺死他，既免為難，又可滅口。於是，袁總統暗遣刺客王滋圃乘京津火車，直達津門，與應在車中相見，說是奉總統之命特來迎接。應桂馨非常快慰，哪裏還去防備。不料到了中途，“啪”的一聲，王滋圃竟送應一顆子彈，結束了他的性命。車中的巡警上前來捉拿凶犯，王滋圃竟抬出“總統”二字，作為護盾。
應桂馨被刺殺後，趙秉鈞一直暗暗悔恨，抑鬱成疾，好幾天眼睛都看不見東西，便致電總統府請病假。袁總統自然照準，並特派一個名醫給他看眼睛。趙秉鈞想，既然是奉總統的命令前來，肯定是高手，便讓他悉心診治，並依方服藥。誰知藥才入口，便覺胸前脹悶，過了半個多小時，藥性發作，渾身疼痛，腹中好像刀絞。趙秉鈞連哭帶嚎，急忙派人找那位給他看病的醫生，誰知那醫生已出署回京。趙秉鈞知道自己中毒，恨恨地說道：“罷了，罷了。”說出兩個“罷”字，已經支撐不住，兩眼一翻，嗚呼畢命。死後的情形更是可怕，四肢青黑，七竅流血，比去年林述慶死狀還要加重三分。當下電訃中央，袁總統談笑自若，隻是形式上發了一道命令，說趙秉鈞如何忠勤，給了點治喪金了事。事實上，趙秉鈞中毒，與應桂馨被刺一樣是遭人暗算，不過應桂馨被刺完全是因為宋案，老袁是殺人滅口；而趙秉鈞中毒，一半為了宋案，一半為了帝製。原來，之前趙秉鈞在京，非常痛恨東南黨人，並屢次詰責，他曾對袁總統說：“名為元首，常受南人牽製，真是令人懊恨，不如前時統領北洋，還可以自由行動呢。”袁總統點頭無言。袁大公子袁克定認為他言外有意，隱諷老袁為帝，所以暗探趙秉鈞對帝製的看法，不料趙秉鈞強烈反對。應被刺死後，袁克定便向老袁進讒，說趙秉鈞心懷怨恨。老袁信以為真，隻愁無從下手。也是趙秉鈞命數該絕，偏偏生起病來。得此機會，老袁便暗囑醫生赴津治病，投了一劑“猛藥”，將他活活治死。
約法會議成立後，於三月十八日正式開會。推舉孫毓筠為議長，施愚為副議長，將民國元年的《臨時約法》逐條修改。一麵尊重主權，去除民意；一麵設平政院及肅政廳，規複前朝禦史台規製，並組織海陸軍大元帥統率辦事處，將全國海、陸兵權一股腦兒收集中央。緊接著老袁召段祺瑞回京供職，另派段芝貴代任湖北都督。此時《臨時約法》已經修正完畢，並由袁總統核定，照例公布了。新約法共計十章，六十八條，就其文字而言，其實是袁氏潛圖帝製的先聲。
新約法施行，舊約法當然廢止。於是，袁總統按照新約法第三十九條“行政以大總統為首長，置國務卿一人讚襄之”，請來他的老朋友，清末的內閣協理徐世昌來做他的國務卿。徐世昌，字菊人，東海人氏，世人稱徐東海。他與袁總統是故交，一直隱居青島觀望時局變化。接到袁總統的委任令，他起初是上書告辭，說年老體弱，難勝巨任。後經孫寶琦、段芝貴兩人代總統勸駕，獻盡殷勤，這位徐東海才幡然心動，不再顧忌什麽，居然做起了國務卿。當下將國務院官製一律取消，總統府下設一政事堂，由國務卿輔助政務，國務卿以下分設左右兩丞，任楊士琦為左丞，錢能訓為右丞。並下設五局：法製局、機要局、銓敘局、主計局和印鑄局。每局各設長官，又選入八名參議，與議政事，這明明就是置相立輔，惟王建國的意思。