陳炯明見戰事接連失敗，十分懊喪，隻得退守博羅等處，同時向吳佩孚求救。吳佩孚雖然擁兵甚眾，無奈鞭長莫及，不能立刻派兵援助，隻得電令沈鴻英、方本仁、陸榮廷火速入粵。沈鴻英此時已有歸附孫中山、回桂攻陸的意思，不願接受吳佩孚的命令。方本仁的目光全在江西督軍一席上，早就想取蔡成勳而代之。蔡成勳像防賊一般防著方本仁。方本仁當然不願意離開江西，失去乘勢而起的機會。蔡成勳更不願接濟子彈餉械，為虎添翼。有了這兩種原因，方本仁自然不願聽從吳佩孚的命令入粵。陸榮廷在廣西不過占得一部分地方，實力有限，也無暇遠征。三路援軍，沒有一路成為陳炯明實際上的援助。另外，湖南的唐生智也曾接到吳佩孚的命令，助攻廣東。但唐生智是新派人物，本來就反對北軍，隻因時局緊急，自己實力還未充實，所以不曾有露骨的表示，現在叫他進攻廣東，自然辦不到。陳炯明見盼不到救軍，隻得用離間引誘的辦法，動員楊希閔、劉震寰所部的滇、桂軍停止進攻，或者幹脆背叛孫中山。這一招還頗有效力，由於孫中山此時正全力改組中國國民黨，所以不是十分注意東江戰事的進行。因此，戰事日趨沉寂。
民國十二年秋，高一涵在《努力周報》上發表了一篇文章，批評國民黨的成員太複雜，組織不適當，主張加以改組。孫中山先生見這個提議十分合理，便派汪精衛等人著手改組國民黨。在未改組之前，孫中山先在廣州召開了一次座談會，請黨員發表意見，並定於民國十三年一月二十日，召集第一次全國代表大會。大會代表由各省黨員選出三人，由總理指派三人，其餘如黨綱、黨章以及改組手續等一切都由大局決定。
開會的那一天，各省代表紛紛出席，議決修改黨章並製定了黨綱。這次改組最大的變化，就是容納共產黨和共產主義青年團加入國民黨。此舉卻遭到了老黨員如馮自由、謝英伯、劉成勳等人的極力反對，以致引起外麵“國民黨赤化”和“國民黨新舊派衝突”的謠言。孫中山因他們違背大會的決定，便是不守黨紀，特向中央執行委員會提出控告。馮自由等人不敢再堅持，隻得向中央執行委員會解釋自己不曾違反黨紀，事情便就此解決了。
國民黨改組的問題一經解決，孫中山便全力應付東、西、北三江戰事。但是財政為難，而且還有一個海關關稅餘款問題需盡快解決。因為這問題，北京外交團雖曾派艦示威，武力脅迫，但孫中山先生堅持到底，並沒有被各種壓力嚇退。外交團沒有辦法，隻好派美使出來調停，希望和平解決。但東路方麵的軍事，因滇軍王秉鈞受了陳炯明的慫恿，叛孫降陳，多少受到了影響。西路方麵，陳天太部也被粵籍各軍繳械。北路方麵，高鳳桂旅被誘北歸，而趙成梁部滇軍則被北軍誘去兩團。從這幾點看來，孫中山所率軍隊的內部團結力非常差，但是孫中山平生經曆過的憂患不知有多少，怎麽會因此灰心呢？好在此時陳炯明內部也非常不穩，洪兆麟、林虎均有離陳獨立的消息。另外，桂派舊人沈鴻英困頓於廣東北邊，不能前進，後退無路，餉械又接濟不上，想來想去，他決定歸降孫中山，帶兵回廣西，推翻陸榮廷而代之，因而屢次派代表和孫中山先生接洽投誠。孫中山因他反複已不是一次，不敢再輕易相信他。蔣介石奉孫中山的命令，依照全國代表大會的決議案，在黃埔創辦軍官學校。孫中山去黃埔和蔣介石商量沈鴻英的事，蔣介石道：“沈鴻英反複成性，他說的話全不可信。但眼下他四麵受敵，大有困獸走險之勢，我們拒絕得太厲害，則更不合適，不如答應他投誠，令他依照投誠的條件，即日西征陸榮廷。如此一來，我們便可抽調西征的軍隊去討伐東江，等東江的戰事一定，沈鴻英就是再叛變，也不足憂了。”孫中山笑道：“我的意思也是這樣，你我意見既然相同，便就這樣決定了。”於是，孫中山答應沈鴻英的代表，準他投誠，但必須即日西征，不得在境逗留。沈鴻英都一一遵從，事情定妥後，便拔隊向梧州進發，聲討陸榮廷去了。
孫中山見西路戰事已沒有什麽憂慮的，便專心對付東江，兵分三路出動。中路楊希閔的滇軍進攻博羅，劉震寰的桂軍向廣九鐵路進逼，譚延闓的湘軍進攻龍門。陳炯明因洪兆麟部在閩南與臧致平、楊化昭作戰，自己這邊兵力單薄，所以不敢戀戰，稍微抵抗退走，楊希閔乘勢占領博羅；劉震寰軍連克樟木頭、淡水、飛鵝嶺各要隘；譚延闓的湘軍深入河源，把整個惠州城圍了起來。孫中山見戰事順手，想一舉破敵，便令楊希閔向惠州進攻。不料楊、劉占領各地已覺得心滿意足，都屯兵觀望，不肯前進，隻有湘軍孤軍深入，向梅縣方麵進逼。陳炯明料定楊、劉不肯再前進，便把中左路的得力軍隊抽調到北路來攻打湘軍。林虎隨即用誘敵之計，把湘軍圍困起來。湘軍衝出重圍時，已經被敵軍繳去一千多支槍械。陳軍乘勢前進，經湘軍奮勇反攻，勉強突圍。這樣一來，孫中山的大包圍計劃受了影響，無法繼續進行。幸好陳軍力量薄弱，雖獲得勝利，仍然不能反攻，因此雙方相持不下。到了九月，東南戰事爆發，盧永祥派代表到廣東請孫中山北伐，孫中山說：“曹錕毀法賄選，我早就想出師北伐了。”盧永祥的代表欣然而去。原來此時的北方，曹錕已逐去黎元洪，用重金賄賂國會，做了總統，盧永祥因反對賄選，通電討伐曹錕。孫中山的目的雖比盧氏更大，但如果北伐不成功，便不能貫徹救國救民的主張，所以也非討曹不可。於是，一接到東南戰事的消息，孫中山便親自到韶關指揮北伐大軍。