1948年 4月，李宗仁當選為中華民國副總統，本想大幹一場，可是共產黨領導的人民軍隊，己經在八年抗戰中發展壯大，對國民黨的戰爭，開始由戰略防禦轉為戰略進攻。
李宗仁在副總統的位置上坐了還不到半年，1948年9月12日，遼沈戰役開始，這場東北野戰軍70萬人圍殲國民黨軍55萬人的戰鬥，打了一個多月，至11月2日，以國民黨軍傷亡47萬人結束。
隨著國民黨軍隊的大慘敗，1948年11月6日，共產黨又以60萬解放軍發起了對國民黨軍 80萬守軍的淮海戰役。這場戰役打了二個多月，到1949年1月10日，以國民黨軍隊傷亡、被俘55萬結束。再接下來是1948年11月29日至1949年1月31日的平津戰役，國民黨軍隊損失52萬人。
僅此三大戰役，國民黨軍隊損失過半，精銳主力大部被殲，在軍事上大力支持蔣介石的美國人，對此十分不滿。
1948年10月23日，司徒雷登向美國政府提出：“是否建議委員長退休，讓位與李宗仁。”
為了達到此種目的，1949年1月17日夜，司徒雷登秘密來到李宗仁官邸傅厚崗，對李宗仁說：“現在，你要行動。假如在一周之內，蔣介石還不肯下台，那麽，你就馬上去武漢，在那裏發表主張和平的聲明，我們美國政府會立即表示支持。”
在美國政府與李宗仁的逼迫下，1949年1月21日，蔣介石宣布“引退”；24日，李宗仁宣誓就任代行總統職權。
從來是野心勃勃的李宗仁，終於如願以償，1949年 1月22日，在他58歲生日後，終於當上了中華民國代總統。遺憾的是，留給他統治的民國，大勢已去、風雨飄搖，麵臨覆滅的命運。
可李宗仁並不甘心，他從來是大難不死，一生幾乎都在挑戰困境，更何況這一次還有美國人的支持。對這次如何麵對困境、化險為夷，李宗仁早在逼迫蔣介石下台時就有所考慮，此刻更是有了自己的打算。
1949年1月24日，剛登上代總統寶座的李宗仁宣布：“為著結束內戰，我不得不誠心同共產黨人舉行和平談判，以求和解。”
當然，李宗仁的“誠心和談”，其實隻是嘴上說說。他的骨子裏，不過是想通過“和談”爭取時間，編練軍隊，等到長江漲水，造成軍事上的優勢，阻止人民解放軍過江，實現“劃江而治”即“兩政府並存”的目的。
1949年2月25日，李宗仁從廣州回到南京，親自主持召開了國民黨高級幹部會議，安排“和談”事宜。
“我們絕對不能讓共產黨以勝利者自居，強迫我們接受不體麵的條件……我們不能同意建立以共產黨為統治黨的聯合政府……我們不能全部接受所謂八條。而隻同意在兩政府共存的條件下討論八條。”
李宗仁一麵讓他的代表提出，“和談時期停止一切軍事行動”；一麵信心十足地對自己說，隻要共軍暫時停止軍事行動，讓我騰出手來，用3～6個月時間，就可以編練出150～200萬新兵，造成軍事上的優勢，到時一定可以阻止共軍過江。
說這話時，李宗仁已經派人在南京、浙江、江西、湖南、四川、台灣等地設立七個編練司令部，加速訓練新兵。李宗仁認為，三大戰役之後，解放軍雖然已增至200萬人馬，但國民黨軍隊經過調整補充，兵力仍可達350萬人，況且其中還有10個師的美式裝備，加上幾十艘炮艦在長江上巡邏，足夠阻止共軍渡江。
１９４９年４月１３日，國共兩黨代表在中南海舉行正式會談，共同磋商《國內和平協定》，
李宗仁基於自己的考慮，他反對解放軍渡江，拒絕在“協定”上簽字，和平談判宣告徹底破裂。
4月21日 ，毛澤東、朱德下達全國進軍的命令，百萬解放軍，橫渡長江。
4月22日，南京總統府裏的李宗仁站在窗前，皺緊眉頭聽著南京城裏不時傳來幾聲槍響，看著有人拖家帶口地走在人行道上，他長長地歎了口氣，自言自語地說：“兵敗如山、人心惶惶，大家都要走了！”
第二天一大早，李宗仁坐上“追雲”號飛機，向廣州飛去。沒多久，他突然下達命令，讓飛機去桂林。就在當天晚上，人民解放軍攻占了南京。
桂林的漓江之濱，疊彩山麓中，有一個青灰色牆體圈圍著的院落，舊式的兩層樓房，青磚青瓦、古色古香的。庭院裏，花木扶疏，潔淨清雅。裏麵，住著李宗仁的原配夫人李秀文。
李秀文和李宗仁是同鄉，比李宗仁大半歲，倆人1910件結婚。14年後，李宗仁再娶郭德潔。當時，廣西允許一夫二妻，不分大小，平等相待的“平妻製”， 李秀文曾與郭德潔一起在南寧相伴李宗仁。到後來，李宗仁轉戰南北，身邊就隻帶了郭德潔。不喜官場酬酢的李秀文，隻身寓居在這裏。這一晃，竟又是20多年過去了。
李宗仁走進院落，見過老妻，一時百感交集。人生，真是一場夢啊！這麽多年過去了，結發的妻子老了，自己也累了。他本想在這安靜而美麗的院落裏多呆些天。可是，作為代總統，外麵的世界需要他，他要去繼續組織國民黨軍隊，進行最後的頑抗，看能否爭取到一線生機。
可是，世事往往不由人。11月中旬，他大半輩子的老搭擋白崇禧，指揮的桂係部隊大部被殲。李宗仁隻好趕往重慶，可還沒來得及喘口氣，重慶又丟了，他又把政府遷往成都。眼見著解放軍摧枯拉朽，勢如破竹，李宗仁知道是不可能爭取到生機了。
1949年11月20日，李宗仁以治病為名，從廣西南寧飛到香港，隨即又以向美國求援為名飛到了美國。
這一次，作為一個國家的代總統，李宗仁臨走之前，僅給閻錫山一份電文：“仁以胃疾劇重，亟待割治，不得已赴美就醫，以一個月為期，即當遄返，在仁出國之短暫時期，請兄把中樞軍政仍照常進行，至於重大決策，盡可隨時與仁電商。來電所雲，似未明了仁之本意，特再電達，希仍就兄職權範圍內處理一切。”
蔣介石知道這事後，大發雷霆，在21日的日記中寫道：“德鄰出國，既不辭職，亦不表示退意，仍以代總統而向美求援，如求援不遂，即留居國外不返，而置黨國存亡於不顧。此純為其個人利害打算，其所作所為，實卑劣無恥極矣！”
李宗仁攜妻將雛到了美國後，在哥倫比亞大學長老會醫院很快治愈他的十二指腸炎，在美國各處轉悠，想找一個宜居的地方。
這時候，12月9日，由於盧漢、劉文輝、鄧錫侯的起義，大西南幾天內解放。“大勢已去，無法挽回啊！”蔣介石感歎著，沉沉地下達命令：將“中央機構”遷往台北！
1949年12月10日，蔣介石父子，一邊唱著“國歌”、一邊走出成都中央軍校大門。他倆眼含悲愴的淚水，來到鳳凰山機場，由此飛往台灣。
後來蔣經國在回憶當時的情景時說：“飛機到了天空，俯視眼底大陸河山，心中愴然。”
到了台灣後，蔣介石企圖繼續經營他的王朝，可總統之位已給李宗仁“代”去。為有一個名符其實的名號，1950年1月20日，蔣介石讓台灣“監察院”致電李宗仁，促其返台。言語之中，多指責。
“病體尚需休養，未能即返。”李宗仁複電，儼然“代總統”身份。完了再複電說：“赴美就醫未廢政務，接洽美援，仍可遙領國事。”
好一個“可遙領國事”，更是名副其實的代總統氣派，似乎“國事”非他莫屬。蔣介石看了，氣得大聲罵娘；赴台隨員官兵，也憤憤不平；台北輿論，頓時大嘩。
2月4日，《中央日報》、《中華日報》、《掃**報》同時發表社論，紛紛抨擊李宗仁，要求蔣“總裁”複出，“綰領國事，統率三軍”。
對此，遙居美國的李宗仁給了居正一封信，說：“我並無戀棧之意，因為在代總統任內，名為元首，實等傀儡，屍位素餐，如坐針氈，早擬引退以謝國人。又何以遲遲不退呢？因為考慮再三，我若下野，依法由行政院代行職權，為時僅限三月。今既無法召開國大選舉總統，則代理如逾三月法定期限，即為違憲。同時，我現正與美國接洽反共複國計劃，美國雖對我政府現狀、措施表示不滿，然在其反蘇政策下，並未放棄中國。我們宜以群策群力以圖之，國家前途，尚大有可為。”
李宗仁自己躲在美國，卻還不願引退，又不願讓蔣介石上台；加上共產黨的一路追打，如今正在調兵遣將欲攻台灣；而對蔣介石失望的美國人，此時又袖手旁觀地等待他死去。
蔣介石若要硬做總統，就是違憲，這是他此時最不願做的事情。因為李宗仁不願放棄國家元首的寶器，蔣介石遇到了他有生以來最難堪的處境。正在這時，蔣介石接到駐美“大使”顧維鈞的報告：
“李宗仁通過甘介侯與艾奇孫接洽，安排杜魯門與李宗仁於2月21日晤麵。李宗仁想遊說杜魯門，讓他拿出政治家的眼光來，在經濟方麵全力支持李，讓其團結海內外民主人士，回台著手改革，使蔣先生投鼠忌器，不敢過分阻撓。因李宗仁欲以元首身份見杜魯門，依國際慣例，須預先通過使館安排，顧大使請示辦法。”
蔣介石聽後，大吃一驚，一邊指示大使館應設法推遲李、杜之晤麵，一邊授命“監察院”再電李宗仁。指責他滯留美國，遙領國事，為此向“國大”提出彈劾。2月14日，國民黨非常委員會委員聯名致電李宗仁：
“同人等僉認為總統的統帥職權不可再虛懸，政府更不能處於危疑莫定之境。如我公能於立法院開會以前命駕返台，主持國政，實為衷心所禱。倘公屆時實在不能返國，則同人等怵於時局艱危，群情殷切，惟有籲請總裁依照中常會三十八年十一月二十七日臨時會議決議，繼續行使總統職權。”
對李宗仁接到這最後通牒，躺在**想了一天：“台灣現在已是蔣先生清一色的天下，他掌握了生殺予奪的絕對權力……在這局麵下，我如貿然回台，則無異自投羅網，任其擺布。蔣的第一招必然是迫我‘勸進’，等他複正大位後，我將來的命運如何，就很難預料了。以蔣先生過去對我銜恨之深，我一旦失去自由，恐欲求為張漢卿第二也不可得了。”
這麽想過之後，李宗仁28日複電說：“餘出院後，即準備返國，嗣據醫囑，身體尚未完全複原，不能於此時遂作長途旅行。”
理由太無道理，情況如此，蔣介石哭喪著臉說：“倘若我去年初不下野，無論如何想象不到大陸各省會在一年之內斷送幹淨。我下野的後果，終意如此，殊為痛心……現在國家情勢危急非常，如果我再不負起政治軍事的責任，在三個月之內，台灣一定完結。我出來之後，台灣可望確保。”
蔣介石決定不去管李宗仁，3月1日，在台北“總統府”宣布複行視事，並發表複職文告。
當天下午，美國白宮發表聲明：國務院收到了蔣複職的正式通知，美國承認蔣介石為中國國家元首。
李宗仁沒有正式辭職，也再沒有辭職的機會，蔣介石把他的各種權力給剝得一幹二淨。李宗仁再無職權，隻好退出政治舞台，在美國過了十六年的流亡生涯，過著孤寂封閉的日子。
1950年 3月，蔣介石在台灣恢複“總統”職務。1954年 3月，蔣介石正式罷免李宗仁“副總統”職務。
1965年7月，李宗仁耐不住孤寂封閉的日子，終於衝破重重險阻，7月20日，偕妻從美國回到北京。在機場上，李宗仁發表聲明：
決定為完成國家最後統一做出貢獻！
1969年1月30日，李宗仁肺炎在北京逝世。