人死三年後，按習俗要給亡者開設個道場，讓靈魂早日超生。石道姑早已準備好，在梅花庵門外插起了很多旗幟。韶陽郡碧雲庵的庵主帶著一個徒弟剛好遊經梅花庵，夜幕即將降臨，他們師徒倆決定在梅花庵寄宿一宿，等天明再作打算。碧雲庵主看到梅花庵外遍插靈旗，像是要開設道場，猜想這裏應該正需要人手。石道姑接見了遠道而來的兩位同道中人，詢問道：“道姑，你從哪裏來的啊？”碧雲庵主回答道：“我們師徒倆從韶陽郡來，請求在此寄住一宿，望庵主能接納我們。”石道姑笑了笑：“東頭房已經有個嶺南來的柳秀才住著養病了，我這裏還有個廂房可以住。”碧雲庵主見落腳的地方已經有著落了，便打聽道：“今晚的道場是為誰開設的呢？”石道姑回答道：“杜太守的千金小姐離開人世三年了，開設這個道場希望杜小姐可以早日升天。”碧雲庵主合手一算：“今晚月圓之夜是開設道場的良機，貧尼與徒弟倆人願為杜小姐亡靈升天之事盡微薄之力。”這時，石道姑的弟子們已在內堂裏敲響了鍾鼓，並叫道：“請師父上香。”石道姑拿起了一炷香跪向南鬥星君和東嶽杜夫人禱告道：“敢請南鬥星君和東嶽杜夫人，功德無量，憐憫杜麗娘，助她早日升天。杜麗娘凡心未盡，日後若再投身為人，無論是男兒還是女兒，但願他們可以成雙成對，不要再像這輩子少年亡命。”於是眾人跟著石道姑叩拜天神。
石道姑禱告後站起身來，想起麗娘因愛花而死，於是到後花園折取了幾枝殘梅插在淨瓶中。石道姑低頭默念了幾句，碧雲庵主聽不清楚便向石道姑問道：“師兄，你剛剛說小淨瓶像什麽？殘梅像什麽？”石道姑回答道：“淨瓶如同大千世界，無所不包；人身像殘梅，有水無根。”話音剛落，靈堂忽起一陣陰風，把蠟燭吹得忽明忽滅，道姑們心裏打了一下寒戰。石道姑聽見了鍾鳴聲，便吩咐弟子收拾道場，一起吃齋去。
夜闌人靜，村裏的人們都在做著香甜的美夢，看守庭戶的家犬聽見風吹草動之聲機警地汪汪大叫。麗娘的肉身在木棺裏一躺就是三年，墳頭外已經長滿了綠油油的青草，此刻陪伴她的隻有縈繞在墳頭的幾隻螢火蟲。杜麗娘的靈魂得到胡判官的批準返回人間，她獨自徘徊在那個令她魂牽夢縈的後花園，隻可惜當日春光明媚的牡丹亭和芍藥闌都荒廢了，而且令她日夜牽掛的父母也離開南安三年了。杜麗娘回到了物是人非的人間，看到斷垣荒徑，心中感到無限惆悵和失落，不由自主地滴下了幾滴冰冷冷的淚水。麗娘繼續尋找熟悉的回憶，沒想到生前的書堂後麵卻變作梅花庵了，傷心又增益三分，但馬上被梅花庵溢出的濃鬱的香味吸引住了。漆黑的四周，突然撞見了一座香煙繞繞、燈火幢幢的梅花庵，麗娘便好奇地往裏走去。靈堂上供奉著兩個神靈，麗娘立馬跪地向東嶽杜夫人和南鬥星君叩頭拜謝並出示了胡判官發給她的通行證，虔誠地祈求神靈幫助，讓她早日超生。杜麗娘抬頭順眼看見青藤紙上寫著數行字，仔細一看原來是石道姑為自己開設超度亡靈的道場，隻有在心中暗暗感傷，接著發現靈台上的淨瓶裏插了幾朵殘梅，杜麗娘於是為這幾朵跟她遭受同樣命運———半開而謝的殘梅感到悲傷。麗娘想到石道姑專門為自己開設了如此隆重的道場，應謝謝她一番，因此決不能無蹤無影地離去，便把殘梅撥撒在靈台上。
梅花庵中滿眼物是人非的淒涼，麗娘大聲地呼喚道：“父親，你在哪裏？母親，你在哪裏？春香，你在哪裏？”然而她卻聽不到一絲回應。這時麗娘在幽寂的庵堂中隱隱約約聽見了幾聲深沉真切的呼喚聲，“我的姐姐啊！我的美人啊！”麗娘被這突如其來的聲音嚇了一跳，但轉而又被它吸引住了並且被這一陌生男子的癡情所打動。麗娘感歎道：“唉，生生死死，分分離離，有情郎卻沒有得到有情人的回應，為什麽你不直接叫出你心上人的姓名呢？像我這樣的孤魂野鬼，又有誰會叫一聲我的名字呢？”男子一直在不停地呼喚，這癡情的呼喚聲又勾憶起麗娘對情人的思念，不免又黯然淚下。麗娘想了想，心中的好奇驅使她依循聲音傳來的方向去找尋那個癡情郎。麗娘離開了靈堂向東頭房走去。麗娘離開靈堂的一刹那卻被碧雲庵主的弟子撞見了。女弟子驚叫道：“師父快來，師父快來。”石道姑和碧雲庵主兩人趕了過來，驚訝地問道：“發生了什麽事情，如此大驚小怪。”女弟子哆嗦著身子回答道：“剛剛我撞見一個女神仙，袖拂花幡，一閃而去了。你們看靈台上撒滿了殘梅呢！”石道姑冷靜地問道：“她長的是什麽模樣？”女弟子用手比劃道：“她有這麽高，這麽大。一副俏麗的臉蛋，穿著紅裙綠襖，佩戴著玎璫佩環，好像神仙下凡一般。”石道姑歎了一聲：“唉，杜麗娘生前就長這個模樣的，這肯定是她的靈魂了。”於是眾人立馬跪拜在地上，口中念念有詞地禱告道：“願杜小姐早日升天，願杜小姐早日升天。”