李成棟殺宣忠伯王承恩。承恩，大興人，世錦衣指揮僉事。甲申，出為福建都司，隆武正位，累官管錦衣衛事，加今秩。其標下彭鳴京等及故中丞田辟有眾數千，皆願隨承恩往召弋陽王。成棟忌之。初八日，兩舟相遇於英德縣，成棟邀承恩過舟歡飲，至夜闌，佯醉，即席手刃之。
時江西宗室朱由藝入閣。由藝壬午鄉舉，廣東教諭。丙戌閩省鄉試同考，受紹武命為侍讀。至是入閣，帝旨也。成棟亟命錦衣衛捕係，瘐死獄中。
十三日，大學士朱天麟罷。先是，潯、梧參將陳邦傳以功封富川伯，尋以迎駕進思恩侯。成棟歸正，先疏入告。進爵慶國公，官其子曾禹右副都禦史。帝過潯州，邦傳挽留月餘，求守潯州，如瞿閣部故事。帝不許，許以居潯、梧。而邦傳賄誥敕中書張孟先，使易居為守。為言者追改，然邦傳進疏，則直稱世守。當成棟未歸正時，邦傳潛通降啟，以故為成棟所輕。兵科金堡承風指劾之。邦傳疏辨：“陛下蒙塵兩年，並無一位兩衙門，何今日議論紛紛若是？以臣為無將，請即遣金堡為臣監軍，以觀臣十萬鐵騎。”大學士朱天麟票擬：“金堡從來，朕亦未悉，所請著即會議。”丁時魁，堡之黨人也，怒曰：“堡論邦傳，即請監軍。堡又淪郝永忠，若請其頭，亦與之耶？”率科道官十六人直入丹墀，大聲疾呼，繳印於內閣。帝方燕語，聞之震驚，翻茶沾服。急諭諸臣照舊供職。天麟即日罷相。然天麟但言會議，固未嚐出金堡於邦傳也。第金堡往日臨清受闖賊官，發其從來，是所深忌耳。
江西自全鳴時受事，能軍善守，相持至八閱月。副將楊國柱私降。江南運紅夷大炮至，盡日力攻，聲聞百餘裏，山穀皆震。十九日亭午，城破。聲桓知不可守，豫使匠為數棺，闔門親屬漢裝坐其中，縱火焚之，乃自衣其銀甲寶錠赴帥府荷池死。先是，聲桓病時，使人問死生於八角廟漢將番君梅钅之神，神曰：“死在浮漚。”至是始驗。王得仁突圍出澹台門，兵衝不得前，三出三入，遭之者輒死。與譚固山馬首相值者再，而不識其為大將軍。遂被執，支解。宋奎光城破後二日得之城西空舍，擒見固山，諭之降，不食，乃殺之。薑曰廣服儒衣冠死於禊家池。陳芳、黃人龍皆死亂軍中。餘將不知死狀者，大率皆為人所食也。人臘薰膊，充刃廨宇雲。
二十八日，起舊輔何吾騶、黃士钅入直。南昌已破，何騰蛟方統諸鎮兵圍長沙。清烏金王統大兵南下湘潭。馬進忠、胡一清等皆走。騰蛟曉起，營壁皆空，乃大慟曰：“五年督師，心血嘔盡，而所成竟如是，天也。”遂緋衣坐堂上不去。執見烏金王，勸之降。對曰：“王何患無降官降將哉？果以我為血性男子，何惜一劍。”遂不食七日，且死，謂寺僧曰：“取一瓢河水飲我，是水自衡來，猶吾君之水也。滌腸胃而死，暝目矣。”遂遇害。並擒其夫人某氏及幼子，皆被殺。騰蛟其先山陰人，戍貴州黎平衛。騰蛟生而所居井忽生魚，鱗具五色，居人異之，號為神魚井。登辛酉賢書。起家南陽令。時流寇充斥，至邑，輒破走之。後從巡撫陳必謙擊賊於安皋，斬首四百級，由是知名。擢武庫主事。尋備兵淮、徐，平土賊程肖宇、王道善、張方造等眾數萬。弘光建號，擢撫湖、廣，盡瘁邊事，未幾晉總督。後左兵犯闕，以討馬士英為名，騰蛟百計沮之，不聽。左兵大掠，城中人走避督署者數萬。騰蛟以印授家人速持去，獨坐於堂。亂兵入，飛矢集幾，不為動。良玉使人請曰：“公不行不強，但一語而別。”騰蛟赴之。既登舟，舟遂發，使四裨將守之。行四十裏，至陽邏鎮。騰蛟罵曰：“吾封疆重臣，豈相從作賊耶？”因自投於江。守者懼誅，亦赴水死。騰蛟順流數十裏，遇漁者救之，得蘇。標將熊朝佐等及士卒聞騰蛟在，稍稍來集，家人亦持印至，遂入大冶、通山之間。乙酉四月，良玉死，闖賊被殺。騰蛟自寧州間道入瀏陽向長沙。時楚人相傳騰蚊入水，浮沉三晝夜不死，有大龜負之登陸，皆以為神，爭相從之。監軍道章曠、長沙道傅上瑞、督學道堵胤錫各練兵一萬，及舊鎮馬進忠、張先璧、盧鼎等皆次第以兵來會。軍聲稍振。既而隆武建號，晉騰蛟閣部，封定興侯。並以章曠、堵胤錫為湖南北巡撫，分駐湘陰、常德為犄角，皆從騰蛟請也。騰蛟令南陽時，雅與王善，故所陳皆報可。及是遇害。章曠亦疽發背卒。
二月，李成棟進兵擊贛州，次信豐。高進庫遣使乞款，以緩其師。李兵老而懈。進庫夜劫之，盡沒信豐江中。成棟倉卒手提小號燈，夜半渡江，至江心，忽失所在。後三日，有鐵人鐵馬浮於水麵，始知成棟死也。兵部尚書張調鼎、監軍道姚生文俱死於亂兵。
三月七日，騰蛟、成棟敗問至。贈騰蛟中湘王，諡忠烈。子文瑞奪情拜都禦史，監胡一清軍，後以病卒。騰蛟死，家中井自是遂無神魚。贈成棟江夏王。進元胤車騎將軍，南陽侯。成棟妻妾四十八房，元胤悉勒死於廣署。聲桓亦贈王爵。皆設壇祭之。其陣亡諸鎮將，俱加贈恤。
以杜永和為兵部尚書，總督兩廣。敕南陽侯李元胤保扈行畿。封楊大福為安樂伯，羅成耀為宜城伯，馬寶為安完伯，四路援剿。又加都督車任重宮保，鎮守惠、潮。總兵張世新、張祥等各行分汛。命收海上四姓餘眾，訓練水師。封新會土鎮王興為高明伯，招集義旅。王興身材短小，相傳所謂繡花針者也。又封總統林時望為勇毅將軍。
忠貞營李赤心等潰兵於茶陵，由道州入粵西。堵胤錫以胡一清、趙印選兵守衡州，清師至，擊敗之。胤錫走道州，衡、永俱不守。
瞿式耜疏請兵科給事吳其雷監各營軍再出。諄諄以歲月稍暇，財賦優裕，用心盡力，修內治以自固，嚴外備以自強。且積弊之後易致中興也。一才一藝之士，靡不收羅幕府。每慨人才凋零殆盡，凡趼足而至者，非懷忠抱義之人，亦亂世取功名之士。人之歲月精神，不用之於正，則用之於邪，安可驅為他人用？故一時鹹以桂林為稷下。
四月，孫可望遣楚雄道楊畏知及偽戶部龔彝弟龔鼎（永昌人，癸未庶吉士）、偽總兵潘世榮等詣行在，獻南金名馬，移書求親王名號。初，張獻忠入蜀，屠戮無噍類。收載蜀府金銀，道錦江而下。川將楊展截而殺之，重貨悉沉於江。獻忠遁入貴州，後誅死於西充。其勁旅尚有四部，曰孫可望、李定國、劉文秀、艾能奇，皆去獻偽號，自稱將軍，可望平東，定國安西，文秀撫南，能奇定北。四人者慨然曰：“我輩汗馬二十年，破壞天下。張、李究無寸土，甚無謂也。我當歸朝，力挈天下而還之，一雪此恥。”遂率眾入雲南。會沐天波為洞蠻所劫，即提兵討定諸夷。可望年差長，又稍知文墨，故位第一；定國以能，次之；文秀、能奇又次之，然實等夷無統屬。已而能奇死，其將馮雙禮主其營事，可望籠之以術，遂兼兩部，浸欲自大。
當諸軍之從貴陽入滇也，貴陽不置一守。有皮熊者，初名羅聯芳，守黔，以範礦薦授總兵。至是，遂以其軍入貴陽而據之，報稱恢複黔省，駐平越。大學士王應熊還自京師，開幕府於遵義。有綦江人王祥者，委任特專，應熊死而祥據遵義。各疏告行在，言今之入滇者為張賊餘蘖，名雖向正，事豈革心，朝廷無為所愚。
及滇使至，朝議以為不可，不行封賞。兵科金堡言：“祖製無異姓封王者。”楊畏知曰：“不與無益，彼固已自王也。一旦降號公侯而能欣然受命者，此純臣之節，寧可望於若輩。若因其向義，破格明恩，猶幸收用於萬一。且法有因革，今時異勢殊，土宇非故，猶必執舊法耶？”議久不決。於是龔鼎等先歸。
廣西之南寧，與滇省之廣南壤地相接。而可望來書有不允敕號，即提兵出戰等語。陳邦傳以兩廣告急，兵備單弱，密存異誌，欲私結可望。其中軍武康伯胡執恭者，紹興人也，謀以原請空敕，私填封可望為秦王。又鑄王印，令執恭率兵五百齎赴雲南。矯敕所載，崇之以監國，許之以九錫，推以總攬朝政，節製天下兵馬，事之以父師。可望大喜，迎拜受敕，宣諭黔、滇文武。款贈執恭，具表稱謝。執恭偽稱遣使齎奏，滅其表，不以聞也。又請與可望合營，許之。留為總理提塘，以通兩粵聲息。
時清師入衡州，又敗忠貞營於柳州，追至龍虎關而還。先是，正月，金堡參何吾騶，謂與司禮監夏國祥此呼彼應，有若桴鼓。吾騶不自安。五月四日，慈寧太後垂簾召吾騶及堡，為解釋之。
督師堵胤錫來朝，道龍虎關，楚鎮曹誌建遣兵圍之。誌建，鄞人也，字光宇，世襲滄州衛。清師入京，闔門死王事者九十三人。胤錫初為長沙守，與誌建善。時誌建為楚將，封保昌伯，有眾數萬，屯三湘之南界。地險而僻，得免**，誌建安之。忠貞營兵敗，過其地，大掠。誌建恚甚。時胤錫複督忠貞營入衛，誌建並憾胤錫，迎入龍虎關，阻隨行將士五百人於關外，一夜盡縛而殺之。胤錫寓佛寺中，幾不得脫，聞粵西明經何圖複方結寨楚、粵界上，使人告以難。圖複率兵迎之，因得脫，走至賀縣。圖複尋為誌建所殺。
六月，胤錫至肇慶，召入閣。三日，加督師大學士兼尚書，賜白鏹五千錠，使調李赤心、高國勳等於藤、鬱間，率之出楚。國勳等皆自成部將，所謂高李十三家者也。自何騰蛟招撫後，請封赤心興國公，國勳鄖國公，協守湖南，名為忠貞營。騰蛟死，堵胤錫撫之。湖南既失，赤心等由郴桂竟趨梧州，大縱**掠。欲入廣東，胤錫力主其議。李元胤曰：“我輩為子時，公何不來複廣東？今反歸後，乃來爭廣東乎？陛下在此，他來何為？”胤錫語塞而止，移瞿式耜書曰：“上有密敕雲，東人握君於掌，一朝不戒，生劫入舟，朕不複有中土之望。唯卿與先生圖之。”
初，清師入南都，滇將趙印選同王一青、王永祚出滇勤王。至江西，與高進庫戰，襲其老營，盡殺其父兄妻子。進庫忿，戰益力，破滇軍。三人走湖南，投閣部何騰蛟。及騰蛟被執，楚地盡陷，三人相謂曰：“吾儕以勤王出滇，因國破君亡，暫依何閣部。今閣部死，軍新破，不可複振，將死封疆乎，則吾無封疆責。將就降乎，則當時之出滇者謂何？桂林留守督師仁慈好士，可與共當一麵，盍往焉？”收殘兵得萬餘，宵走桂林。式耜大喜，遣使郊迎。但部署不嚴，所過劫掠。焦璉部將趙興好剛使氣，怒滇兵之橫，遂治兵相攻，殺滇兵四五人，幾成肘腋之變。式耜亟召焦璉與語曰：“國家危在旦夕，方賴諸將軍協力同心，共扶社稷，豈容相鬥？”兩軍皆感泣。璉斬趙興以謝滇諸將，事始得釋。
是時，楊畏知將回滇。朝議賜可望一字親王章而無封號。畏知西過梧，遇堵胤錫，曰：“可望業自王雲南，今賜之印而無國名，是猶靳之也。激猛虎而使噬人，奈何？”胤錫然之，為補牘入。七月，始封可望為平遼王，賜國姓與名曰朱朝宗，定國曰李如靖，文秀曰劉若，爵皆為公。畏知至，可望始知初封之偽，顧深恥之，曰：“為帝為王，我所自致，何藉於彼，而屑屑更易，徒為人笑耳。”仍厚待執恭，屏畏知所齎篆不用也。具疏辭封，曰：“臣惟一意辦賊，成功之日，始敢議及封爵耳”。定國、文秀亦辭賜名。可望雖不受爵，然已張皇其稱。土司懾服者，修省貢獻，已仿親王禮行事。沐天波亦謙讓不敢以公爵均敵。
滇土略定，封黔鎮皮熊為匡國公，播鎮王祥為忠國公，新興侯焦璉開國公，防滇寇也。
趙印選遣將王永祚、張明剛同圍永州。
八月黃士俊、何吾騶罷。時台諫橫甚，金堡等以李元胤為東援，瞿式耜為西援，嚴起恒為內援，焦璉為外援，朝政在握，輒行白簡，政府票擬，置底簿以待之，任其改削。黃、何入直以來，彈章盈篋，至是告歸。
遣使以蠟丸封國姓成功為延平王，封薊國公吳三桂為漢中王，皆不報命。
九月，嚴起恒獨相。是時，清定南王孔有德攻道州。永國公曹誌建與戰，敗，遂出白金二十餘萬置營中，令曰：“斬一級者賞金一錠。”軍士爭先赴敵，殊死奮擊。清師大敗，斬首無算。遣人獻捷。
陳邦傳鎮粵西，橫州徐彪、鬱林梁士奕各聚兵據境，邦傳不能製。聞赤心等至，思借之以為重。乃與盟，結為婚姻，以討徐彪等，且藉其力以傾東勳。忠貞營遂散處賓、衡境上。居民苦之。邦傳亦不能堪，幸堵胤錫之調之出楚也。而赤心等初敗於郴州，殘破之餘，不樂北出，欲請高、雷二郡以息士馬。胤錫不可。數日，竟拔營而西。胤錫恚恨病作。
十月，別部劉世俊、劉國昌使人來告，願從出楚。胤錫悅，親至潯迎之。
十一月，二劉果至，遣東下梧以待；並檄他鎮兵，期以望日北發。忽感寒，疾遂篤，草遺疏，自為誄詞。潯流湍急，時舟居且夜半矣，命從者解維放舟。曰：“吾荷國重任，不能免胄赴鬥，馬革裹屍，今斃命臥榻，死有餘恨。固不若自沉於江，葬江魚腹中耳。”從者力諫乃止。以二十六日卒。贈鎮國公，諡忠肅。子世明，是夏先卒於軍。
忠貞營次橫州，赤心死，高必正統其眾。
王永祚、張明剛之圍永州也，永城三麵距水，二將以陸軍臨其一麵。北帥李鬥東堅守，至五月不下。十二月十二日，清定南王孔有德統兵至，銜枚疾走，繞出河外，乘其不意襲其營。自相擾亂，棄甲兵而走，逃入山穀。百姓恨滇營之虐掠也，爭縛而獻諸定南。唯焦部將張明剛全師而還。留守瞿式耜頓足曰：“吾畜銳兩年，一朝奔潰，豈天果不祚明耶？”自是粵西門戶危於累卵。
清師遂入南雄，屠之，西上韶州。羅成耀棄城走，至廣城，會輔臣何吾騶輦餉至行在，成耀劫之。乃密敕李元胤於席間斬之，以正失守封疆、縱軍劫掠之罪。
時郝尚文守潮州，其子囚於南京。已遣人通馬部院國柱。及是，清師至潮，尚文遂降。
永曆四年（清順治七年）庚寅正月乙卯朔，帝在肇慶。
南韶報至，百官爭竄，家丁沿途殺人。帝將戒舟西上，兵科金堡爭之，不得。瞿式耜疏曰：“粵東水多於山，雖良騎不能野合。自成棟歸順，始有寧宇。財賦繁盛，十倍粵西。衣甲糧餉，內可自強，外可備敵。村官兵士，南北相雜。製勝致王，可操券而求也。且韶去肇千餘裏，強弩乘城，堅營固守，亦可待勤王兵四至。《傳》曰：‘我能往，寇亦能往。’以天下之大，止存此一隅，退寸失寸，退尺失尺。今乃朝聞警而夕登舟，不知將退至何地？”疏再上，而帝於九日登舟，十三日解維。百官踉蹌就道。提督禁旅都督同知南陽侯李元胤慨然曰：“百官皆去，將委空城以待敵耶。”獨監守不去。二十六日，舟至梧州，即舟中為水殿。文武羅列，棲於梧江之濱。
二月，清師圍廣州。命調陳邦傳、高必正入援。邦傳久與東鎮構隙，且怨金堡等之善元胤也。奉調赴援，意在修怨。
三月，戶部吳貞毓、詹事郭之奇、兵侍程源、萬翔、禮科李用楫、戶科朱士鯤、李日煒等迎邦傳意，合疏論袁彭年、金堡、丁時魁、蒙正發、劉湘客罪。馬吉翔幸於帝，時窺太後，金堡欲殺之。戶部吳貞毓薦縣令於李成棟，得賄八百金，金堡奏其事。二人切齒。劉湘客貪，丁時魁富，金堡刻，有所彈劾，金輒先之。袁彭年，中郎子，神宗朝東林苗裔也，與東諸侯善。蒙正發給事，其鄉人每除降，輒出五人手，遂為眾的。奉旨，彭年反正有功，免議；餘下錦衣獄。掌衛事張鳴風鞫之。嚴起恒請對於水殿，不得入，複率諸臣伏沙灘求免刑。程源立舟頂揚言曰：“金堡即‘昌宗之寵方新，仁傑之袍何在’兩語，便當萬死。”其聲達慈寧之舟。蓋堡駁禦史呂爾疏，有“臣何人也，而何人也。以仁傑之袍，賭昌宗之裘”語，故源以為言。留守瞿式耜閱邸報，得堡疏，愛其文，憐其遇，至於泣下。上疏申救，謂中興之初宜保元氣，勿濫刑。再疏爭之曰：“詔獄追贓，乃魏忠賢弄權煆練楊左事，何可祖而行之？內頒敕布四人罪狀，乃出忌者之手。”式耜封還，謂“法者，天下之至公也，不可以飛語飲章，橫加考案，開天下之疑。且四人得罪，各有本末。臣在政府，若不言，恐失遠近人望。”凡七疏，不報。獄具，杖金堡、丁時魁，削奪袁彭年，而劉湘客、蒙正發亦遣戍。於是馬、吳及朝士並恨式耜，思中傷之。
四月，高必正至。李赤心之死也，其黨張良籌四虎等一時物故。必正疑邦傳藥之。邦傳亦恨必正等久擾其境。必正率所部西回，惟邦傳東出，駐清遠，馬吉翔等駐三水，俱觀望不敢進。時廣州被圍日久，江寧伯杜永和棄城奔海口。李元胤以檄責之。永和複還廣州，為堅守計。乃進永和爵為侯。
五月，掌衛事張鳴鳳臥病。忽如夢魘，見青衣人四，求與之坐。隨出大牌，謂鳴鳳曰：“天子欲來，閻羅查驗幽冥兵冊，先取官四十八員，聽分職事迎候，故來延公耳。”鳴鳳視牌，果得四十八名，而俱不注銜。內為鳴鳳熟識者共一十八人，皆行在文武也。遂默識之。既醒，令人記籍其名，為內閣王化澄、兵侍程源、提督太監徐元、尚寶大監周進賢、錦衣衛王之臣、國舅王惟讓、皇親薑佐周、京營總兵劉大用、張應舉、禮科朱士鯤、清近司陳家相、勇衛旗鼓沈天德、西寧侯宋國柱、祁陽伯楊奇、藩鎮軍門朱容藩、朱盛濃、援剿督鎮成大用及鳴鳳也。至是鳴鳳疾卒，餘皆相繼病殞，惟宋國柱、楊奇尚存焉。
高必正與興平侯黨守素率兵自梧州來朝，而李元胤亦至自肇慶。慈寧垂簾召三帥賜封，元胤伏地請死曰：“金堡等非臣私人，果有罪，皇上何不處之於端州？今若此，是臣與堡等為黨也。向以封疆急，不敢請罪，今已稍定，敢請其罪。”帝慰勉再三曰：“卿大忠大孝，朕不疑卿。”元胤曰：“皇上既不疑臣，何故以處四臣之故賜臣敕書、令臣安心辦事乎？慈寧曰：“卿莫認金堡等是好人，卿如此忠義，他卻謗卿謀反。”元胤曰：“說臣謀反，還是有本？還是麵奏？還是傳言？”帝不答。必正曰：“皇上重處堡等，是也。但處堡等之人，不如堡等，處堡等之後，亦無勝堡等之事。”慈寧曰：“隻滇封一事，豈非金堡誤國？”諸臣皆不敢對。
六月，廣西巡撫魯可藻以丁艱去職，登舟將發，永國公曹誌建、榷稅官劉成玉劫其資。宣國公焦璉聞之，怒，即遣兵討成玉。成玉奔永國軍。兩國幾治兵相向。前行人司瞿共美時在恭城，聞之，致書永國曰：“方今天子蒙塵，強敵四逼，唯藉群公固廉蘭之交，繼桓文之烈。乃忘君父之大仇，修細人之微隙，後世以此為何等舉動哉？”誌建悟，即杖殺成玉。兵始解。
七月，焦璉帥師入衛。
八月，孫可望遣偽總兵常榮率兵三百人至梧州，入貢黃金一萬兩，良馬一百匹。複以黃金四萬賄朝貴。疏奏列秦王銜，且以不願改封為請。廷臣愕然，謂可望既歸誠，不合以私封擅奏。因召榮麵質之，曰：“是奉上恩，遣胡執恭親齎敕寶所封。”於是諸臣始知為邦傳矯旨。因議秦王乃親藩上十五王之首，輕犯宗牒，有違祖訓。但國家多事，須恃滇、黔為援，宜姑與王爵。惟更易字樣，另遣敕諭為可。匡國公皮熊首參可望不道。留守瞿式耜疏請斬胡執恭以正欺君辱國之罪。有言於帝者，曰：“不若賜之璽書，直雲皇帝致書秦王，則前此葛藤斬斷。”已允行矣，而高必正出疏爭之。閣臣嚴起恒亦堅執不許。會內江楊鼎和至梧，力言王封之非。起恒悅，授鼎和兵部尚書。議遂寢。由是可望怨兩人次骨。
既而朝議擬封冀王，遣太監夏國祥齎敕宣諭。俄聞國祥被殺於養利州橋下。再遣司禮監趙進齎赴，複報中途被劫，羈進不遣。又遣禦史薑爾文入黔、蜀聯絡，道經可望營，亦留不遣。蓋可望惟患朝使之宣揚真偽也，故但係朝使未經人耳目者，密殺之，否則留禁之。皮熊在黔，畏其相逼，九月，遣官李之華通好稱盟。可望致書曰：“貴爵坐擁貔貅，戰則可以摧堅，守則足資保障。獨是不肖有司，罔知國本，征派日煩，民生日蹙。黔中多兵出之途，寧無救災恤鄰之念，而以不穀為假道長發之舉。若黔若滇，總屬朝廷封疆，留守留兵，無非綢繆糧糗。惟欲與行在聲息相通，何有一毫私意於其間？若止以一盟了局，為燕雀處堂之計，非不穀所望於君子矣。”熊得書，愈懼，避之苗寨。黔中院司道官會請前軍都督白文選入黔省。可望下教安定之，遂下平越，收其軍。令所屬文武呈繳濫劄，武職加授總製參遊，文職加授監軍督餉，部卿僉憲，概行裁革。
王祥招烏合六七萬，分為三十六鎮，與滇兵一戰於烏江河而大潰。祥乃裹其文繡、珠玉、金寶之屬，作竹夾三千背，使牙將負之先驅。眾心盡懈，多送款可望。可望掩擊之。祥夜走。牙將已劫其貲而去。比曉，失妻子，從者僅百餘騎。追者至，祥率死士數十人短兵接戰。創重，自刎死。可望遂下遵義。於是寶慶駐鎮南陽侯張先璧、馬進忠等，由湖南入黔，皆歸可望。其勢益張，地與粵西相接。
十月，清師陷廣州。範承恩迎降，杜永和率舟師入海，奔瓊州。
十一月五日，清定南王孔有德入桂林。初，式耜分布趙印選、胡一清與焦璉、楊國棟等兵扼榕江，及是，一清等佯以分餉入桂，榕江其空壁也。武陵侯楊國棟、寧武伯馬養麟方馳出小路，軍榕江，未見敵而四潰。式耜發使趣印選兵出城。城中大亂，沿途驅掠。式耜令戢不得。城外潰兵，雲飛鳥散。水東門外煙火蔽天，鳴鏑聲繞城。靖江王及綏寧侯蒲纓出走，王世子及其次子俱縊於宮中。式耜方巾行衣，危坐署中。胡一清躍馬入署曰：“至矣，至矣。公上馬，且從一清去。”式耜曰：“去何之？從一清去，何如從留守？”因舉杯屬一清曰：“能飲酒乎？”一清曰：“今日豈飲酒時？”遂躍馬遁。
江陵張同敞號別山，故相居正孫也，以總督監胡一清軍於靈川。已南走矣，中道問瞿公安在？曰：“尚在城。”同敞曰：“安可使留守獨殉社稷？”遂回從江東泅水過江，不入寓，過式耜署。式耜喜曰：“同敞至，我死不孤矣。”同敞曰：“事迫矣，公將奈何？”式耜曰：“封疆之臣，知有封疆耳。”同敞曰：“然君恩師義，敞當共之。”式耜曰：“子無留守之責，可以去。”同敞正色曰：“死則俱死耳。”遂留，與式耜飲。明燈正襟而坐。督標戚良勳牽三馬至，跪而請曰：“公為擁戴元老，係國安危。身出危城，尚可號召諸勳，再圖恢複。”式耜曰：“四年忍死留守，其義謂何？我為大臣，不能禦敵，以至於此，更何麵目見皇上、提調諸勳乎？”遣之出城。複有家人泣請曰：“當忍須臾，次公子從海上來，二三日且至，萬裏赴行在，乞一麵而訣。”式耜曰：“吾重負朝廷，尚念及兒女耶？”亟揮之曰：“去，毋亂我。”
厥明六日，清師入。二公衣冠南麵坐，兵士望見，以為神，不敢入，乃發數千人圍之。被執。式耜欲入與妾訣，同敞牽臂止之曰：“徒亂人意耳。”遂行。見定南。定南曰：“汝閣部耶？好閣部。”式耜曰：“汝王子耶？好王子。”定南箕踞於地，曰：“坐。”式耜曰：“我不慣趺坐。”定南肅然起，且揖之。見同敞，曰：“汝何人？”左右命之跪。敞大罵曰：“汝非我毛姻家仆耶？提溺器時，誰為汝跪？”定南大怒，厲聲曰：“餘大聖人之後也。”敞曰：“汝等已為虜，辱侮先聖，罪當死。”定南氣咽，直前批其頰。旁武士或牽項，或以刀背折足，強作跪狀。敞大罵，不屈。牽去，將斬之。式耜正色叱曰：“張司馬國之大臣，不得無禮。死則吾同死。”定南素重留守，悚然遂止。因曰：“某年二十起兵海上，橫行山東，南麵稱孤。後為清將，賜號稱王，擁眾數萬，任以南方之事。富貴如此。公今日降，明日亦然。《語》曰：‘識時務者呼為俊傑’。清自甲申乘闖賊之變，躪入中國，五年之間，南北一統。天時人事，意可知矣。公守一城捍天下，數年於茲，屢挫強兵，能已見於天下，尚複誰為乎？不若轉禍為福，建立非常，以事明者事清，毋憂富貴。空以身膏草野，誰複知之？”式耜曰：“汝為丈夫，既不能盡忠本朝，複不能自起逐鹿，稱孤未幾，甘為鷹犬。俊傑固如是乎？尚得以時務富貴欺天下男子耶？本閣部無功德異能，受累朝大德，位三公，兼侯伯，常願殫精竭力，掃**中原。今誌不就，自痛負國，雖刀鋸湯鑊，百死莫贖，尚蒙恥求活耶？一死足矣。毋多言。”定南知不可屈，愈欲降之。同敞叱曰：“豈有天朝大臣降者？”定南愈重之，館兩人於別所，防禦甚嚴，而供張飲食如上賓。
式耜日與同敞賦詩，慷慨賡和。清臬司王三元、蒼梧道彭曠，皆式耜裏人也，定南使說以百端。不應。複進曰：“國家興亡，何代無之？生若朝露，何自苦如此？公可剃發為僧，自當了悟。為世人所不能為，豈僅僅守拘儒之節耶？”式耜曰：“僧者，降臣之別名也。佛即聖人，聖人，人倫之至也，未識人倫，何謂了悟？”王、彭見其至誠，喟然曰：“嗟呼！此真正人。”不敢複言。
會式耜遣死士遺焦璉書，極言清兵羸弱、城中空虛狀，勸璉急提兵抵桂林。且曰：“中興大計，毋以我為念。”邏卒得之以獻定南，定南大恐。
閏十一月十七日晨，請二公。式耜方食。食徹，與同敞振衣出。謂敞曰：“我兩人多活四十一日，今事畢矣。”敞曰：“快哉！行也。今日獲死所。”士卒皆為泣下。二公顏色不變，洋洋如平時。敞藏一白網巾於懷，至是服之，曰：“為先帝服也，將服此以見先帝。”至獨秀山下，式耜指曰：“一生隻愛泉石，願死於此。”整衣冠爭就刃。俱被害。日色無光，大雷冬發。遠近士民皆為流涕。同被難者，旗鼓陳希賢、錦衣衛楊芳齡、家人陳祥。
先是初三日，式耜知桂必不守，遣坐營徐高齎印、謝表赴行在。道阻，匿陽朔山中，清師獲之。至是亦同殉難。滇營一卒怨同敞，剜其心食之。定南怒，戮之於市。
清將馬蛟麟蒞殺，雅重式耜，以葦席覆之，加土其上。時給事金堡已為僧矣，上書定南，請收葬。許之。越三日，侍禦姚端、式耜門下客吳江、楊藝入王邸，謀殮兩公。啟視留守，刃血在頸，身首不殊，麵如生。兩人撫之而哭，曰：“忠魂儼在，知某等殮公乎？”忽張目左右視，楊撫之曰：“次子未見耶？長公失所耶？”目猶視。端叩首曰：“吾知師心矣。天子已幸南寧，師徒大集，焦侯無恙。”目始瞑。遂具衣冠殮，淺葬兩公於風洞山之曠地。姚端築室其旁，與清凝上人守墓不去。事聞，贈式耜粵國公，諡文忠，贈同敞江陵伯，諡文烈。臨難詩載在《浩氣吟》。
時廣州亦先四日為清平南王尚可喜所破。報至梧州，帝於十一日登舟幸潯州。勇衛提督周金湯大掠梧州。陳邦傳在清遠聞之，飛帆先歸，邀帝於藤江，將謀劫之以為重。十二日，帝舟衝雨而過，邦傳謀不及發，而百官及鹵簿之舟在後者，邦傳劫之於江。殺部郎潘駿觀、童英、許王鳳等，以帝鹵簿陳列營中。帝及三宮易小舟前行。十六日，至潯州。二十八日，駐蹕南寧。馬吉翔、李元胤追從後至。從官稍集，饑凍無人色。括行囊並吉翔所獻得四千金，散給之。
十二月，勇毅將軍林時望以京營潰散空虛，捐貲招募，收集遊兵數千，及是方至。戎政馬吉翔所部皆失，忌時望獨擁重兵，遂與龐天壽等密奏時望逗留有異誌，不早圖，變在肘腋。時望初至，十七日早，矯命犒兵，預令健丁即演武場擒時望，以弓弦勒死。時望本黃得功偏將，貌極偉麗，膽力過人。自入行畿，保扈功最著。雖驕悍如郝永忠等，皆嚴憚之。時望被害，於是禁旅無人。
永曆五年（清順治八年）辛卯正月乙酉朔，帝在南寧，行殿受朝賀。
十日，祀太廟。諭東閣大學士文安之督師經略楚、豫，賜上方劍，便宜行事。
時趙印選率兵入行在，鼓噪拔餉，搜括宮中簪珥及布帛ブ褥綿絮等物而去。
二月，孫可望遣偽將軍賀九儀、總兵朱養忠、張明誌、張勝等率兵入衛南寧。初，以冀王封可望，終以不允秦封，切齒朝士。監軍楊畏知曰：“秦固美號，然假何如真？”可望不悅。李定國等亦勸可望趣畏知行以終始之。畏知行未至，可望已遣賀九儀等至南寧，求阻秦封者而甘心焉。九儀朝見後，使人盜殺楊鼎和於昆侖關，即舟中殺閣部嚴起恒，投屍於水，隨殺兵科張載述、劉克珍、吳霖等於各署。朝臣惶怖。龐天壽、馬吉翔叩請之，九儀曰：“前者國主請封，此數人實阻之，故奉令來殺之耳。”天壽等具以邦傳擅封、今已改造冊寶、齎頒前去告之，九儀唯唯而退。起恒死三日，有漁者報雲：“江中有浮屍順流至，一大虎入水負之入山，以爪掊土，方事葬埋。”時賀九儀在司禮監署，聞之，遣人往視。虎尚在旁，墓已成矣。虎見人，乃搖尾緩行去。九儀亦為驚歎。楊畏知入朝。詔進東閣大學士，入直辦事。畏知，陝西寶雞人，舉鄉試第一。崇禎庚辰，以保舉特用，曆官雲南金滄道。好言王霸之略，故為可望所重。及朝行在，帝以孫氏故，引之內閣。畏知疏辭再三，不允。九儀譖之可望，遂疑其貳心於己。
三月，三宮上田州。
二十五日，賀九儀修行宮，為帝駐蹕。
是月，遣使偕賀九儀齎補秦王金冊於可望。可望大喜，遠迎拜受。隨遣偽中書楊惺先奉表稱謝，略雲：“秦王臣朝宗望闕奏謝。臣自入滇以來，紀年而不紀號，稱帥而不稱王，正欲留此大寶，以待陛下之中興。此臣耿耿孤忠，矢之天日者也。”諸臣得疏，額手相慶。
四月十二日，太後王氏崩於田州。十四日，訃聞。十七日，成服。二十三日，奉安靈輿於慈寧宮。喪禮以日易月。
先是庚寅十月，式耜遣孫檢討昌文入行在，辭世襲臨桂伯爵印，且陳桂林不可守狀。聞警，辭朝，同巡撫魯可藻、禦史朱田麟間道而上，阻山中。至是月，為叛將王陳策扶之以出，至梧州。大學士方以智為僧在大雄寺，聞昌文將至，謂清將馬蛟麟曰：“瞿閣部精忠，今古無兩。其長孫來，汝能以德綏之，義聲重於天下矣。”蛟麟以為然，厚遇之。浙人魏元翼，式耜以墨吏黜之，遷怒昌文，譖於清將，執之至桂，將甘心焉。未至一日，元翼家中鐵索鏗然，繞室有聲。元翼伏地請罪。忽吳語曰：“汝不忠不義，乃欲殺餘孫耶？”元翼叩頭乞緩三日，少畢家事。又忽楚語曰：“此不義奴，速殺之，奚問焉？”九竅流血而死。定南王疾，遣將禱於城隍神，恍忽見宮詹司馬四大字，入殿見司馬儼然南麵。大驚，拜歸以告。定南駭甚，供雙忠神位於鐵佛寺。而昌文適至，定南因厚禮之。昌文遂遷留守柩於明月洞。清凝亦遷司馬之柩與夫人合葬焉。司馬無子，女適兵部主事吳重義。清凝改葬之晨，而重義夫婦適至。清凝者，陽羨人，不談禪、能急人難。入粵西，式耜愛而禮之。桂陷，清凝在昭平，同式耜次子玄錆崎嶇赴難。走至永安州，遇兵，玄钅育失於路，清凝倉猝入桂林，而留守已歿。玄錆自庚寅三月航海覲親，備嚐艱苦，至十月始至粵西。萬裏尋親，不獲一見。哀哉！後玄錆或雲已死，或雲入滇，不知所終。
五月，孫可望諭九儀械畏知還滇。可望怒叱曰：“遣爾至粵，所行何事？且爾做內閣耶？”畏知曰：“此由聖恩。畏知三疏力辭，不蒙俞允。業已報聞久矣。”可望曰：“果爾，即宜潛還本國，爾寧做得內閣耶？”畏知憤然曰：“殿下已歸正，遣畏知請駕。畏知在朝，乃欲為殿下行尊周盛事。假令畏知不可為內閣，殿下何以獨可為秦王乎？”可望大怒，命從軍法，欲脅之使改，逆知必有諫者。畏知昂首即出。時安西、撫南等鹹在旁，謂可望曰：“我等欲行大事，如此人尚須留下。”可望即諭傳宣：“且留他死。”而畏知已戮矣。可望恨曰：“楊公死，我桓文事不成矣。”
是月十八日，敕鴻臚寺曰：“頃以憂戚之中，不遑親政。今值服除，當麵與輔臣商決政事，兼行日講。該寺即傳工部修中極殿。翰林院舉堪日講記注員名，以二十七日舉行。”
六月，帝患足痛。
七月十五日，中元，遙祭祖陵。十八日，葬太後於兩江之宋村山，諡孝正。
九月，陳邦傳叛降於清定南王。南寧震恐，帝議移蹕，人心惶惶。龐天壽、馬吉翔素與賀九儀有成約，力排眾議，堅請向黔。
十月，九儀入朝，謂廷臣曰：“昔秦王為請移蹕滇、黔，特命我扈駕。今諸臣既各疑貳，我豈能擔此重任乎？”遂撤營去。帝遣官齎留。不應。
十一月，南陽侯李元胤疏請航海。不允。
十二月，初十日，帝至瀨湍而南寧陷。太仆寺少卿丁元相、戶部員外郎楊尚甸死之。開國公趙印選報清師已過新寧州，從陸路追襲，僅隔百餘裏。於是君臣悉登陸，焚舟楫，踉蹌失次，扈蹕官員相失。皇嫂桂恭王妃亦不能相顧而棄之。
十一日，帝由土司入黔境，至邏江界已三十餘裏。清帥線國安以精兵追躡於後。塵掩其輿，群臣相顧失色。國安行次，遇白發老人，問曰：“永曆何往？汝見之乎？”答曰：“見邏江土官迎駕入土司矣。”又曰：“去此幾何？”答曰：“止半日程。但山峻路狹，恐大馬難行。”言已，遂入深篁中。國安視西日就山，即令駐營。協鎮馬雄趨進曰：“永曆相去不過三十裏，何以不追？”國安曰：“我奉令取南寧，未聞令進土司也。若連夜追襲，或有疏失，誰任其咎？”雄聞唯唯。遂同還南寧。次日，鄉民以聞，雲清兵已回，上下稍安。及過邏江，猝遇可望所遣總兵高文貴、陳國能、狄三品等討皈朝叛夷，方還師，乃相率扈蹕。可望致書從官曰：“南寧不守，當走安隆。”從之。
是冬，宋國柱、楊奇扈從入滇，舟覆溺海中死。卒如張鳴鳳之夢雲。
永曆六年（清順治九年）壬辰正月癸酉朔，帝野次。三日，至皈朝。十一日，發皈朝。十二日，次富川。十三日，次沙鬥，十四日，次西洋江。十五日，次寶月關。
十六日，至廣南。孫可望遣總兵王愛秀迎駕，上言：“臣以行在孤處僻粵，再次迎請，未奉允行。然預慮聖駕必有移幸之日，所以先遣各營兵馬肅清夷氛，道路無礙。廣南雖雲內地，界鄰交趾，尚恐夷情叵測。臣再思維，唯安隆所（隸貴州晉安縣）滇、黔、粵三省會區，城郭堅固，行宮修葺。一切糧儲，可以朝發夕至。莫此為宜。”帝允之。
二十五日，發廣南，次童卜。二十六日，次曬和。二十七日，次鼎貴。二十八日，次加浦。二十九日，次那年。三十日，次侄堂。二月癸卯朔，次呼馬。二日，次扁牙。三日，次板屯。四日，次板橋。五日，次峒沙。六日，至安隆所。可望遣總兵張勝屯兵安隆城外，來謁，請易安隆所為安龍府。又遣督捕張應科為總理提督，實用以陰製帝也。淩逼百端，無複人臣禮。其疏辭雲：“人或謂臣欲挾天子令諸侯，不知彼時尚有諸侯，諸侯亦尚知有天子。今天子已不能自令，臣更挾天子之令以令於何地？令於何人？”
九日，遣太常寺少卿吳之俊齎璽書至滇。
三月，可望欲入安龍陛見。偽兵部任饌進曰：“國主欲入安龍，恐二龍不便相見。”可望遂止。饌博學能文，尤善太乙六壬。常語人曰：“明運已終，事無可為矣。”曾具啟勸進，稱為國主，設六卿，鑄興朝通寶，以幹支紀年，可望昵之。故聞言遂止。惟諭令應科奏報，每年進膳羞銀二千兩、米六百石於府倉庫支給開報而已。於是偽知府範應旭直署於簿曰：“皇帝一員，後妃幾口，月支銀米若幹。”可望見之，恬不為異。
帝日居宮中，一籌莫展。從宮紛紛告艱請俸，則悉搜所用金銀器皿銷毀濟之。或所給銀米已至，即用以呼盧取快，否則灌園怡情，不複計軍國一事。
四月，清平西王吳三桂由漢中統兵入四川。可望守將白文選走回雲南。定南王孔有德自廣西以七百騎出河池州向黔，大軍駐柳州接應。可望使李定國與馮雙禮由黎平出靖州，馬進忠由鎮遠出沅州，會於武岡，以圖桂林，步騎八萬。劉文秀與張先璧由永寧取敘州，白文選由遵義取重慶，會於嘉定，以圖成都，步騎五萬。疏聞安龍，封定國西寧王，文秀南康王，餘各加公侯。從可望請也。
是月，南陽侯李元胤往海南招集散亡，至欽州之防城，為土兵王勝堂所執。絕粒九日。送靖南王，不屈。左右梃下，元胤笑曰：“鼎鑊不懼，何有於梃？”又令作書招瓊州杜永和，元胤曰：“杜將軍繕兵窮海，差有丈夫氣。乃招之耶。”靖南義之，使其故人往說之曰：“將軍昔未受國恩耶？”元胤大慟曰：“某昔者不過帥府一親人耳。今爵通侯，司禁旅，狼狽被擒，計惟一死報國。豫讓不言之在前乎？吾父俟於九泉久矣。”故人曰：“李果將軍父耶？”元胤曰：“岐陽、黔寧俱以養子自奮。子毋多言。”遂與弟建捷及前鋒將李朝用俱被害。
五月，定國等進攻靖、沅、武岡，皆下之。定南王還守桂林。定國由西延大埠疾趨廣西，敗清師於嚴關。嚴關者，所由入桂林要道也。
七月四日，定國率諸軍克桂林。定南奔入營中，悵然無一言，久之，曰：“已矣。”其妻曰：“勿慮我不死。”乃囑一嫗攜其子出避，曰：“苟得免，度為沙彌。勿效乃父作賊一生，下場有今日耳。”遂自縊。定南赴火死。俘叛將陳邦傳並其子曾禹送貴州，殺之。獲定南一子，平西王婿也，因留於營。
劉文秀克敘州，白文選克重慶，平西王等回兵保寧。文秀由嘉定成都追至保寧。討虜將軍王複臣曰：“不可，我師驕矣，而彼方致死，以驕兵當死寇，能無失乎？”諸軍皆不以為然。張先璧軍其西南。先璧號黑神，軍容耀日，然未經大敵。三桂登城望之曰：“獨是軍可襲。”乃出精騎犯其壘，果驚潰。轉戰而南。複臣手斬數人，環之者益眾。乃曰：“大丈夫不生擒名王，豈可為敵所辱？”遂以刀自剄。清師皆驚歎以為烈士。文秀撤圍而退。三桂不敢追，曰：“生平未見如此勁敵，特欠一著耳。”蓋如複臣所雲也。
報至滇，可望下令曰：“不聽謀，損大將，劉撫南罪應誅。念有複城功，罷其職，閑住。”文秀歸雲南。
九月，李定國北取衡州。自南寧既敗，胡一清、趙印選、馬寶、曹誌建等尚留粵西，屯聚山穀間。定國至，皆相率來歸。民間亦多嘯聚以應者。聲勢大振。孫可望亦自至沅州，使白文選、張虎攻辰州，下之，殺清總兵徐勇。長、嶽相繼奔潰。而清敬謹王率兵南下，十一月，遇定國於衡州，相持匝月。定國密令馮雙禮率兵伏永州小路，而親率所部決戰。佯敗至寶慶，複還奮擊，伏兵起而夾攻。敬謹王大敗。後得盔號，始知敬謹王亦死於亂軍中。定國退屯武岡。
可望殺陳邦傳，剝皮傳屍至行在。大書於牌曰：“逆犯陳邦傳，先經肆劫皇扛，鏢掠宮人，罪已漏網。不思建功贖罪，輒行背主反叛。今已拿獲，解赴軍前，立將邦傳父子剝皮，傳示滇黔。”雲雲。絕無奏報之疏，遣人遞送安龍即去。禦史李如月疏劾孫可望擅殺，無人臣禮；邦傳宜加惡諡，以懲其逆。疏上，留中。召如月入朝，麵詰雲：“諡法乃褒獎忠良字樣，從無惡諡之例。爾小臣何得越典妄言？著革了職，於午門外廷杖四十。”張應科即入朝看科抄，科臣以本留中告，應科遂往如月署，索其疏稿。如月笑雲：“何須用稿，自有揭帖，明早發來。”既而果遣人以揭帖投應科署雲：大明山東道禦史揭帖遞至偽營提塘當官開拆。應科大怒，馳報可望。可望得報，即令應科殺如月，剝皮示眾。乃縛如月至朝門，應科捧可望令旨，喝如月跪。如月叱曰：“我是朝廷命官，豈跪賊令？”乃步至中門，向闕再拜，大哭曰：“太祖高皇帝，我皇朝從此無諫臣矣。奸賊孫可望，汝死期不遠。我死立千古之芳名，汝死遺萬年之賊號，孰得孰失？”應科促令仆地，剖脊及臀。如月大呼雲：“死得快活，渾身清涼。”又呼可望名大罵不絕口。及斷手足，轉前胸，猶微聲恨罵，至頸絕而止。
時行宮湫隘，內監宮人非輪班入直者，皆居朝外。有宮人夏良璞者，年十九，聰敏殊麗，能詩，工真、草書，馳馬試劍，皆絕技也。時居西城。應科朝罷過之，見良璞方據案作書，心動，即令民家婦出入通殷勤。又廉知良璞與巴東王妃結姊妹，常往來王第。應科所居適相對，遂饋遺巴東，交契甚密。王妃常出見，應科以嫂呼之。漸以良璞情事告，妃為誘致良璞通焉。後良璞晝入王第，夜宿應科署，益無忌憚。有密啟司禮監者，遂以上聞。執良璞考訊，具得實。發內官杖斃。以內監知情不舉，同杖死。賜巴東王及妃皆自縊。應科大怒。既而知龐司禮奏報，淩晨率數十人至司禮署，怒問天壽曰：“夏宮人有何罪過而致之死？”天壽曰：“此官家事，與卿何預？”應科語塞，手按其刃擬甘心於天壽者三。見有備，不敢動。已而馬吉翔至，解之，乃密遣戎標參將張隆齎璽書，以良璞致死事告可望。可望已先得應科密報矣，謂張隆曰：“朝廷何苦因一宮人殺多命，孤當遣人去處應科，爾可同回。”其明日，傳宣王愛秀同隆還，即以愛秀代應科，而令杖應科於朝門外，革其官，押解至黔。未幾，委任如故。
永曆七年（清順治十年）癸巳正月戊辰朔，帝在安龍。
封李定國西寧郡王。定國自桂林勝後，不複稟可望約束。馮雙禮與爭鹵獲金帛，遂回黔，譖於可望。可望連發令箭調還，密令雙禮總統，而以偽都督關有才等潛師躡其後。有龔銘者，為定國中書，使黔，聞其事，即馳書間道密白定國。時訛言繁興，有傳定國滋不悅者，曰：“我奈何受郡王封？當亦如國主。”有傳諸營偶語者，曰：“秦王下長沙，即改年號，受禪讓矣。”及廢處劉文秀，鹹曰：“大功未行厚賞，偶敗則膺嚴罰，我等如何苦捐身命？”又以殺楊畏知故，內外鹹怨。是月，可望出師，慨然經略中原。其封定國詔使已出黔境，複追還之，曰：“孤今出師入楚，當麵會安西，大慶宴，親奉上敕以光寵之。”而眾益交相論歎，以為此真項羽之元刂印吝封賞也。至有為定國慮者，曰：“此偽遊雲夢計耳。”當是時，定國已統兵過左江，克複柳州、慶遠、南寧、太平諸城，而可望所遣令箭，一日三至。定國因涕泣謂其下曰：“不幸少陷軍中，備嚐險阻，思欲立尺寸功，匡扶王室，垂名不朽。今甫得斬名王，奏大捷，而猜疑四起。且我與劉撫南同起河南，戰功具在。一旦詿誤輒廢棄，於我忌害，當必尤甚。我妻子俱在雲南，我豈得已而奔哉？”將欲還師。俄得龔銘密報，知雙禮等追兵將至，即遣精兵伏柳州江口蘆荻中，俟雙禮過遷江來賓二邑間，方逆之。雙禮敗回，伏發，一軍皆陷，悉投江中。定國令縱雙禮、有才還，易旗幟以誅逆為名，移師柳州，聲言東下。可望聞，悵然久之。欲止軍東下，然業已督師在道。又信其軍士言：“敵殊易殺。親履行間，立大功以服眾心耳。”諜知敵屯回路江，遂欲襲擊破之。令於軍中曰：“凡獲敵馬者悉給之。時方四月，陰雨延連，行三日至回路江。敵驚欲潰。南軍殊易之，甫斬數人，便掠其馬。敵睨軍亂，還南搏戰。南軍潰。清師鑒衡州之失，亦不追，遂各引還。而李定國於是遂據有廣西。
行在聞之，君臣慶幸。計欲通好安西，密與內監張福祿、全為國、內閣吳貞毓、內翰蔣乾昌、李元開、禦史李頎、周允吉、朱議昶、武安侯鄭永元、大仆少卿趙賡禹、郎中張鐫、蔡繽、朱東旦、中書易土佳、任鬥虛、太常博士胡士瑞等謀。以馬吉翔、龐天壽素黨可望，秘不令聞。
八月，遣馬吉翔往南寧省陵。既行，而貞毓等始撰敕及禱屏翰親臣金章，以賜定國，許封晉王。
九月，遣主事林青陽、孔目周官，由間道趨柳州。
十月，青陽等至柳州，定國率官軍郊迎。受讀感激，泣數行下，軍中皆流涕。遇青陽等有加禮焉。且雲：“因係密敕，未敢複奏。俟恢複東粵，即來迎駕。”有劉議新者，自行營回，過南寧，為馬吉翔言其狀。吉翔雖赴南寧，留其弟雄飛在安龍覘動靜。乍聞議新言，大驚曰：“不早自為地，事發，禍且及我輩矣。”陰使提塘王愛秀報可望。可望大怒，使人邀青陽，周官執之。並執馬吉翔赴黔以待對理，陰厚待之。
是年，清師破廣州，杜永和降。
永曆八年（清順治十一年）甲午正月壬辰朔，帝在雲南。改雲南為興龍府。
可望遣偽指揮鄭國至行在，言定國私通奸臣，要脅封爵，今使者已被執供明，乞查發同謀者付之，以報國主。帝諭曰：“事非內人所敢為。假敕假寶，外間多矣。”國怒而出，質之諸臣，皆曰不知。國曰：“有金章密旨差官姓名，豈同風影？”朝臣佯應曰：“是必文安侯馬吉翔奉命謁陵，或攜有先年視師空敕，因而填發，未可知也。”國即南去，械吉翔還朝麵訊。吉翔力辨。於是職方司郎中張鐫、禦史周允吉、吏科徐吉應之曰：“此係我等所為。因我君臣性命懸於賊子之手，惟有藉安西一人，或可得延朱家國祚。今既事敗，天也。生不能戮力王廷，死當為厲鬼以殺奸逆，奈何箝口以貽主上憂乎？”乃供同謀者吳貞毓等一十八人。國按名執禁，令錦衣衛康永寧會同嚴訊，備極五刑。因問誰為敕稿？鐫曰：“我為之。”允吉曰：“改定者，我也。”問何由得寶？張福祿曰：“我為尚寶，寶由我盜用。”國曰：“此事必有主使。”蓋意在連及帝也。遂複加毒楚。鐫曰：“果有主使者。”國問為誰？鐫厲聲曰：“主使者，逆賊孫可望也。”國怒罵之。鐫亦大罵。十八人皆同聲不屈。既訊，以報可望。可望令磔張鐫、張福祿、全為國三人，餘俱斬。帝諭鄭國，貞毓以輔臣處絞。鐫等臨刑猶從容入慰主上，挺然就戮，顏色不變。共相謂曰：“我等死後不可分離，須戮力同心，活擒秦逆，獻之闕下。”因向闕拜而就死。吳貞毓絕命詩曰：“九世承恩未盡酬，憂時惆悵乏良謀。魂迷故國長依漢，夢繞高堂愧報劉（貞毓祖母，百歲尚在）。忠孝兩窮嗟百折，匡扶有誌藉同仇。擊奸未破朱Г額，空竭丹心報國仇。”李元開詩曰：“憂憤呼天灑酒卮，六年心事戀王畿。生前痛為忠奸辨，身後寧知仆立碑。報國癡心終不死，還家春夢已無期。汨羅江上逢人語，慚愧無能續楚詞。”蔣乾昌詩曰：“天地從來不可欺，寸心肯許世人知。奸臣誤國非常慘，誌士成仁自大悲。辛苦十年今已矣，間關千裏竟何之？孤魂飄渺從風去，化作山河壯帝畿。”胡士瑞詩曰：“撫景千年恨，捫心一片丹。太阿柄已失，巢覆卵無完。夜雨青磷暗，秋風白骨寒。彼蒼如可叩，封事死猶彈。”朱議昶有“精忠貫日吞河嶽，傲骨淩霜砥浪濤”之句。餘皆不傳。安隆人哀之，後為祠以祀，稱十八先生。
可望諭雲南城守偽固原侯王尚禮，令籍定國宮眷並文武兵丁婦女，欲分配各營。尚禮慮大營分散，將滋內亂，乃三啟止之。惟汰安西大營糧餉。尚禮遣女使饋茶果於王妃，實皆金銀也。安西大營，賴是得濟。
六月，孫可望自黔還滇，急謀僭號。及期，冕小不可冠。自辰及午後大雨，震雷交作。可望不懌而止，遂還貴州。
八月，可望設科取士，以慧光寺為貢院，取中陳士基等五十四人。
是月，定國破廣東高州府，雷、連亦下。
永曆九年（清順治十二年）乙未正月丙戌朔，帝在興龍府。
可望遣兵犯常德，敗歸。
秋，定國帥師圍新會。
永曆十年（清順治十三年）丙申正月庚辰朔，帝在興龍府。
時清平南王尚可喜率大兵救新會，擊定國，敗之。定國率殘兵數千奔回南寧，標下高文貴、靳統武亦次第奔回。南寧駐鎮不知虛實，奔黔告可望，謂定國將席卷而東。可望大驚，恐定國直入安龍，即調鎮國劉啟明等十三營，遣關有才統之，以拒定國。使白文選赴安龍促帝移黔。帝母子聞之哭。從官亦哭。白文選亦心非其所為，對之心動，因以情告曰：“姑緩行，俟西府至，可無危矣。”遂以輿徒不集報可望，陰以留俟定國。定國兼程疾進，先遣參將楊祥詐為營卒，詣行在，謁司禮龐天壽，於衣甲後心出密疏，署雲藩臣李定國謹奏，而鈐以屏翰親臣賜章。天壽以聞。帝閱疏雲：“臣今統兵迎扈，不日即至行畿。先遣奏安，萬勿輕信奸逆，輒行移蹕。”雲雲。帝稍安，然甚秘之。
關有才等見衣甲皆皂，又有捷取字號，則以為清師從天而下，遂跨馬而逃。
二十一日夜半，白文選率步騎至安龍城外，大呼曰：“安西兵馬即至矣，切須謹慎。”言畢，奔馬而去。黎明，忽有叫門者曰：“我西府長隨夏太監也。”遂令入朝麵奏曰：“定國即至矣，遣臣先馳奏聞。因至凍灑箐，秦兵倒塞路，馬不能前，所以少遲耳。”俄而周城炮起馬嘶，聲震數裏，結寨遍九山頭。安西率騎入朝陛見，君臣相持痛哭。帝諭曰：“久知卿忠義，恨相見之晚。”定國泣奏曰：“臣蒙陛下知遇之恩，欲取兩粵以迎鑾輿，乃不惟不副臣願，且置陛下於重憂，臣萬死無能自贖矣。”帝慰諭，賜坐及茶。定國還營，知文選去未遠，遣夏太監等追留之。及於普平市，文選乃還，隨定國入朝，密計幸滇。
二十六日，帝自安龍進次普安。遣兵守盤江，以禦可望。
二月十一日，定國發前導後衛各騎卒三千，親與白文選居中扈從，自新城普安直抵曲靖。請帝於行營安置，而親率精兵入雲南。時守滇者為劉文秀與王尚禮、王自奇等。文秀亦素怨可望，聞定國至，佯與王尚禮等勒兵，私以數騎馳迓定國曰：“我輩以秦王為董卓，尤恐卓後複有曹瞞。”定國為之指天誓。
三月，定國及文秀、文選等各率所部至曲靖，扈從鑾輿入滇。以定北府為行宮，暫駐蹕焉。改雲南為滇都。賜定國晉王冊寶，封文秀蜀王，文選鞏國公，王尚禮保國公，王自奇夔國公，秦王扈衛張虎為淳化伯，水軍都督李本高為崇信伯，高文貴廣昌伯。又以定國記室金惟新為吏部侍郎，龔銘為兵部侍郎。馬吉翔素黨可望，知不為朝議所容，乃諂事維新及銘，為言於定國。五月得奏請，仍以文安侯入閣辦事。
六月，遣白文選、張虎齎璽書還黔慰諭可望，宴辭，諭曰：“卿等往道朕意，務使兩藩複敦舊好，事事為祖宗社稷起見。卿等功名垂竹帛矣。”文選等謝。往見可望，曰：“國主倘以舊好為念，不必苛求。若必欲擒之，假臣精兵二萬，當立致定國於麾下。”可望以為詐，欲殺之。眾救之，得免。乃奪文選所部兵並鞏國公印，羈之營中，使張虎複命。然以妻子在滇，未敢顯為逆也。
七月，光祿寺少卿高績、禦史鄔昌期疏劾馬吉翔、龐天壽以讒邪專擅，二藩與之友善，恐滋奸弊，複蹈可望故轍。疏上，兩藩聞而不朝。帝以績等妄言，諭廷杖革職。安西中書金維新趨渭定國曰：“績與昌期罪固當死，而藩主則不宜留殺諫臣之名。”定國悟，馳救之，至則績已死，而昌期得複原官。
八月，晉王李定國奏請歸秦王宮眷，遣張虎護送至黔。定國親餞之郊外。
十一日，移蹕秦王宮，即雲南府城中五華山地也。山有五華寺，為滇南諸刹之冠。於是初蒞朝堂，二王侍立，文武肅然。朝賀出，皆喜相謂曰：“今日乃見真聖主也。”是日，帝為二王割襟，訂二姓之盟。二王謝恩感悅。先是，定國有龍驤、天威二營，既出粵，祁三統龍驤營留蜀。可望令鎮遵義。及定國入滇，調三，而可望亦使人調之。三謂其所部曰：“國主安西，舊主義均。今安西尊帝為民主，名正言順，我等亦有所依，當遵西府之調為正。”眾皆諾。於是卻秦使，整旅還滇。可望遣兵追襲。三且戰且走，輜重盡失。十月達行在。朝賀畢，即命封鹹寧伯以旌忠正。
永曆十一年（清順治十四年）丁酉正月甲辰朔，帝在滇都。
可望遣偽臣程萬裏請大營及舊標還黔，許之。仍給夫馬以送。
二月，起用先朝禮部尚書雷躍龍入閣辦事。躍龍為可望所寵任，時告假在滇，故特起之。龐天壽以秦黨自疑，懼晉王害之，憂憤病卒。贈恤甚隆，葬省城之華亭寺前。命太監李國泰掌司禮監事。
三月，以偽戶部龔彝仍掌部事。彝以進士為先朝侍郎，可望任為戶部者也。彝乃辭曰：“臣受秦王十年知遇，未有所報，安敢拜新命乎？”晉、蜀劾奏曰：“龔彝止知秦王十年之恩，獨不念祖宗父子受國家三百載之恩乎？”有詔議處。彝伏闕免冠謝罪。降印局大使。數月，仍還原官。
初，可望在滇，偽兵部任饌屢表勸進。時饌已死，定國追論其諂逆。詔掘饌屍戮於市，籍其家，子孫俱遣邊遠充軍。
四月，舟山監國魯王遣總兵何達武齎表請會兵出吳、楚。
王自奇反於楚雄，率張明誌、關有才二鎮營兵西上永昌。
八月，舉雲南鄉試，以演武場為貢院，取中王肇興等五十四人。
可望自定國入滇，久謀內犯，畏定國兵強不敢驟發。因程萬裏奏請大營回黔，具以滇兵單將弱告可望。又諸鎮自楚、粵至者皆聚於黔，所部甚眾。遂大舉犯闕。然人心多不直可望。馬進忠、馬惟興、馬寶以同姓相密，又與文選交，陰謀助定國，從容為可望言：“文選心膂舊人，諸將才望無出其右者，特前為定國所脅，使其心果向外，必不敢複來。今來而奪其兵，失歸向心。試重用之，必能為國盡力。”可望信之，乃以文選為征逆招討大將軍，總統諸將前行。自率大軍而進。留馮雙禮守貴州。馬進忠以病留安順。可望令預造醜鎖三百具，曰：“破滇之日，械送行在君臣也。”雙禮力諫不聽。及送師於郊，又諫曰：“國主往而果勝，難免犯闕之名。若其不濟，則黔非國主有矣。”可望叱去。雙禮痛哭而回。及師行在途，雨水濘泥，馬多倒斃。抵交水，定國以沐天波、王尚禮、靳統武留守扈從，而親與文秀督各鎮兵禦之。帝禦五鳳樓宴餞，簪花犒賞三軍。時久雨忽霽，人心踴躍。
王尚禮素有異誌。天波、統武精嚴城守，召尚禮入朝，悉收其兵器，以兵守之。天波素善流星錘，經亂每攜袖中。是日恐左右有變，出錘舞，縱橫擲擊。尚禮俯首歎曰：“吾已為檻中虎，不複煩公攘臂也。”
九月朔，定國等兵至曲靖，屯於三岔。與可望接戰，連北，退守曲靖，堅壁不出。
十四日，文選抵交水，距三岔二十裏，輕騎奔定國軍，且言人心內向，可一戰走也。可望聞變欲還。馬寶佯為切齒曰：“吾乃為跛賊所欺，要當手縛之，生食其肉。且一人去，何足重輕而廢大事耶？”文選前為賊時，嚐戰傷足，醫者生截他人足以接之。雖愈而跛，故寶呼跛賊雲。可望乃止，曰：“兩酋齊出，會城必虛。”因使馬寶、張勝、武大定間道襲雲南。
十八日，鄂國公馬進忠密遣人報定國曰：“可望已使張勝等統銳卒三千襲雲南矣。公可坐而待斃乎？”定國遂傳令三鼓蓐食，五鼓發兵，攻之。可望大敗，潰走白水。所隨不及三百人，皆傳宣官校。餘悉陷沒。於是急問左右馬國公曰：“總總安在？”眾應曰：“未敗之先，白、馬二營已歸晉寨矣。”可望始大悔恨，曰：“馮雙禮阻我興師而堅不聽，天亡我也。且仙台老僧能前知，嚐問以出師凶吉，曰：‘惟不令白馬相隨，可無咎也。’初謂白馬有礙於師行，既悉除不用，豈意其為進忠、文選乎？”因仰天大哭。複遇淋雨。既又謂其眾曰：“昔年有石碑出水，鐫文雲‘來是觀音麵，去是老僧頭，’由今推之，天意欲令我去發歸清也。定國不世之仇，定須報複，我又豈惜此數莖頭毛乎？”於是決計歸清。