張居正死後第三天，一場由萬曆帝暗中授意，張四維在暗中主導的無情的大清洗就展開了。最先是禦史雷士禎上書彈劾張居正,臨死前舉薦入閣的潘晟能力平平不足以委以重任，請求皇上收回成命，不要擢升潘晟為內閣大臣。雷士禎的上奏彈劾被萬曆帝準許後，其他本就反對張居正的官員敏銳的察覺到風向後，立即聞風而動，開始紛紛列舉張居正的罪名，彈劾張居正,李太後和萬曆帝隨即密令張四維羅列張居正罪名，正是對張居正展開清算。
張四維為了給張居正編織罪名也是絞盡腦汁煞費苦心，但是礙於張居正之前做的很多事情都是李太後、萬曆帝所同意的，自己也曾親自參與其中，張四維也不好拿來做文章,無奈之下，他竟然拿著高拱臨死前寫的《病榻遺言》，拿裏麵的內容當做了攻擊張居正、給他編織罪名的理由。
並堂而皇之地竟在朝堂上念道：“人情洶洶，科道官各具本欲言，荊人乃隻稱病不出，科道以閣中無人姑待。
而荊人出則即語科道曰：‘今後內邊事不要說他。’眾方觀望，而荊人已上揭帖考察百官。既命下，則科道皆聽處分，誰敢聲言？於是，但異己毫發者悉去之，一網打盡，而留者又示恩以收之……而彼則引用奸黨，布滿朝廷，盡反我所行之事，笑吟吟掌定三台印，裏迎外合，挾天子以令諸侯，乾坤世界任其翻弄，無複誰何之者......”
借住高拱的《病榻遺言》，張四維給張居正安上了三大罪名，一是壓製言路，打壓異己,二是爛子登科，攜私弄權為自己兒子索取功名,三是威權震主，有挾天子以令諸侯之嫌。
聽到張四維給張居正羅列的罪名，萬曆帝心裏有些猶豫，他隻是想借助給張居正羅列罪名,推翻張居正之前的某些施政舉措，一來借此向世人證明皇權威嚴,二來他自知沒有張居正的能力和魄力,繼續頂住天下士紳的反對壓力繼續推行一條鞭法，所以想要依靠推倒張居正之前的作為來討好天下士紳。
但是從心底最深處來說，萬曆帝也並無意將自己的恩師張居正的名聲搞得那麽不恥,然而，事已至此，看到朝堂上多半官員都群情激奮的支持張四維的建議，萬曆帝騎虎難下，本就毫無主見的他也隻能妥協。而張四維不止要給張居正羅列罪名推翻他之前的施政舉措，還打算清算張居正的家人。
得知消息的馮保,馬上跑到李太後麵前為張家人求情,李太後道：“哀家也是不得已呀，張太傅生前為了推行他的改革變法舉措,得罪了太多太多人，他生前靠著他的威勢尚能威懾住那幫人。可是如今他死了，誰還能壓住那群官吏呢？為了朝堂穩定，哀家和皇上也隻能對不住張太傅了。”
馮保見李太後已經決心如此，隻能退而求其次，繼而道：“那太後，可不可以隻問罪已死的張太傅，放過他的家人呢？”
李太後搖頭道：“恐怕當年被張居正抄家的官員也未必會同意呀！”
其實對李太後無比了解的馮保比誰都清楚，李太後急於去抄張居正的家，目的就是為了用抄家得來的錢財，為她那個寶貝兒子璐王置辦奢華大婚，馮保苦心勸說無過後，心灰意冷離開。
幾天後，馮保也被萬曆帝奪取司禮監掌印太監之職，趕去應天祖陵守陵。
李太後原以為，會在張居正的府中至少查抄數百萬兩白銀，可是抄家官員把整個張府翻了數遍，可僅僅隻搜查出來了兩千兩黃金、十萬七千兩白銀，這點財產對一名做了十幾年一品大員的高官來說簡直不值一提。不甘心的張四維，又到處說張居正一定把絕大部分財產都轉移到了江陵老家，隨後萬曆帝又下旨命丘橓帶著楊廷相、張誠以及一隊錦衣衛前往張居正的江陵老宅進行二次抄家。丘橓、楊廷相、張誠這幾個人，無疑都跟張居正素有恩怨，萬曆帝此舉足可見其用心歹毒。
申時行自知難以勸說萬曆帝收回成命，隻能私下裏去找丘橓通融，希望他可以在對張居正江陵老宅抄家的時候，適當的手下留情，不要做的太過分，給張家上下留下一些謀生之銀。
丘橓表麵答應了申時行，然而一到江陵立刻就露出了殘忍可恥的嘴臉。他們把整個江陵老宅翻了個底掉，就差掘地三尺，到最後，連錢帶各類物品，總共加起來也就抄沒了不到五萬兩銀子價值的東西。不甘心的丘橓又把張居正的幾個兒子綁在烈日下暴曬，逼問他們張家財產的去向，張居正長子張敬修不堪受辱，在當夜憤然懸梁自盡，臨死前留下一封血書，大罵：丘橓狠辣，萬曆無情。
丘橓看到張敬修大罵自己的血書後，異常氣憤，竟私自決定把張敬修的妻子賣入妓院，張敬修妻子無比剛烈，憤然刺瞎自己一隻眼睛，嚇得丘橓慌忙打消了這個主意。事情傳到京城後，朝中嘩然，申時行、餘慎行、張學顏等原先張居正的親信，紛紛站出來指責丘橓太過分，為張家人求情。
餘慎行在朝堂上激動無比道：“張閣老生前常常以王安石自比，常常以改革變法蓋世之功自豪，絕不會自甘墮落，行那下三濫的斂財之舉。”
張四維還想繼續落井下石，提出要鞭屍張居正，但這時候萬曆帝也受不了了，他盡管對張居正有所不滿，但是對張居正的為人還是十分了解的，知道張居正雖然戀權，但絕不是一個貪財之人，於是便道：“張居正的事情到此為止，隻見他幾個兒子奪去功名發配充軍即可，其他家眷一概不予治罪問責。”
下朝後，申時行和餘慎行默默不語的並肩走出皇宮，等到四下無人時，申時行不禁感慨道：“悲哉，張閣老！我等不能阻止皇上清算張家，實在愧對他的栽培！”
餘慎行無奈道：“申大人，知足吧，皇上沒有清算我們這些‘張黨’就算好的了。”
申時行還是難以介懷，悲戚道：“今日全盤推翻張閣老，其實就等於推翻了我們大明的國本啊！”
餘慎行冷笑道：“皇上清算張閣老此舉，就是‘盡反其政，以媚天下士紳’。”
萬曆十一年。
戚繼光作為張居正一手提拔起來的親信，也終於免不了遭到排擠，他被撤掉了薊遼總兵一職，調到廣東擔任總兵。在南下途中，戚繼光在湘江的一座小碼頭上，遇到了從海南老家北上應天府赴任的海瑞，老友相見自然免不了一聚，酒過三巡菜過五味後，倆人聊起了張居正。
海瑞憤憤不平道：“我與太嶽一生未見，也因政見不同，一生彼此瞧不得，但是想到太嶽兄為國為民傾盡一生，死後竟落得如此淒涼下場，我亦不勝傷悲，如果能以死明誌，規勸君王，我願屍諫，代替太嶽受未打的鞭屍之刑罰。”
戚繼光忙勸道：“汝賢兄莫要如此衝動，如今朝堂黑暗，好好地保全自己為國為民，多做點兒力所能及的實事就比什麽都強，相信這也是張閣老在天之靈希望我們做的。”
海瑞唏噓道：“我原先並不認可張居正的一條鞭法，認為他不夠有魄力，不敢得罪天下士紳，改革變法不夠徹底。哎，現在看來當初還是我想的太天真了，張居正隻是做了這些就得罪了天下士紳，導致他的改革變法，最終還是功虧一簣。當初若是按照我均分天下土地的設想，恐怕根本就來不及實行就會胎死腹中。現在想想真是可惜了張居正的一番才能，也是他‘工於謀國、拙於謀身’死後才會落得如此下場。”
這時一直站在戚繼光身後的一名小兵，忽然開口道：“海大人此言差矣！我認為張閣老不是‘工於謀國、拙於謀身’，而是為了他的改革變法大計不得不如此。試想，張閣老的改革辦法舉措，針對的都是權貴階層的利益，如果張閣老不以咄咄逼人的強勢之姿，震懾那些高高在上的士紳、官吏、宗室，又如何能夠順利推進他的改革變法舉措？”
這時海瑞才注意到戚繼光身後的這名小兵氣質不凡，絕非尋常士兵，於是便問道：“敢問這位小哥是誰？”
戚繼光立刻拉著這名小兵坐到自己身側，向海瑞介紹道：“不瞞汝賢兄，這位乃是張閣老的三公子，張懋修是也。幾個月前被流放邊關，張家家奴馬小四找到我，我們又幾經輾轉打聽到三公子的去處後。這家奴馬小四感念張閣樓提攜之恩，竟然選擇了毀容扮作三公子的屍首，我們一起設計了這一出假死戲碼，騙過了官差們，以免再遭人報複迫害。哎，張家現在男丁也隻剩下了他這一棵獨苗。”
海瑞連忙站起身來衝張懋修拱了拱手道：“原來是張三公子，失敬失敬。”
張懋修也向海瑞施禮一拜道：“久聞海青天大名，今日有緣得見，小侄不勝榮幸。”
海瑞歎息道：“張居正的家奴尚且如此忠誠剛烈，我一生未與張居正有過交集，實在是憾事啊！這喚作馬小四的家奴，現在何處啊？”
張懋修回答道：“已經回荊州江陵縣張家台了，我父親的墳墓葬於此，這馬小四與我分別時，要此生不要再回老家，他會代我陪著我父親的。”
海瑞又是一聲歎息，不再言語，三人深聊了一夜後，次日各奔南北。
自此之後，張懋修便跟在戚繼光身邊隱姓埋名，用後半生的時間編撰刊印《張居正全集》，留於後世。
萬曆十五年。
海瑞病逝於應天府，臨死前仰天長歎道：“帝國腐朽若膏肓，世間已無張居正！”
萬曆十六年，被奪職奪權的戚繼光在窮困潦倒中病逝於登州衛老家，臨死之前，戚繼光手握張懋修剛剛草編完成的《張居正文集》，心中百感交集，他想要親自提筆寫下一段評價，卻又覺得自己的評價又太過片麵，不足以描述張居正複雜的一生，在支持其的人眼中，張居正是治世之孤臣，在反對其的人眼中，張居正是霸道之權臣，在文人眼中，張居正是愧對孔孟之敗類，也許隻有普天下的平民百姓才會認為，張居正是千年難遇之良輔。