也許比起戰國時代大規模的軍事集團衝突來，江戶幕府末期暗殺型的小型格鬥更適合電子遊戲，因而即使專業人士不太知曉的新撰組，中國的年輕人談起來眉飛色舞，其日本曆史知識大多來自電子遊戲製造商——任天堂。盡管在曆史的長河中，這個輔助幕府組織實在是算不得什麽，而且是逆潮流而動，但“各為其主”的忠誠、奉獻與犧牲，特別是冷兵器時代的刀光劍影，仍使後來人對他們懷有惺惺相惜之情。
“黑船來航”後，圍繞“開國”或“攘夷”，日本亂成一鍋粥。在佩裏大炮政策的威脅下，幕府準備屈服，但好不容易獲得發言權的天皇自然希望看將軍的洋相，再加上孝明天皇反感外國人，那些多少年來受盡委屈的外樣大名乘機提出相反的意見。1858年4月，成為幕府掌門人——大老的井伊直弼采取果斷措施，即使沒有天皇的批準也與美國簽訂開國條約，並為此鎮壓那些自命不凡的反對派——安政大獄。經過一年的搜捕、審判，包括水戶藩主德川齊昭在內的100多人受到處分，吉田鬆陰等人被處死刑。
高壓政策引起強烈的反彈，失去藩籍到處遊**的下級武士——浪士揭開日本近代曆史延續不斷的暗殺行動開端。1860年3月，18名刺客埋伏在井伊直弼所必經的櫻田門，盡管衛隊人數多於刺客，但猝不及防之下，刺客逼近井伊直弼的坐轎，刺死並割下其首級。18名誌士中1人戰死，4人重傷自盡，8人自首，5人逃逸。衛隊被殺死8人，負傷10餘人。受其衝擊的朝廷與幕府覺得應當攜手共赴國難，因而轉向“公武合體”，也就是在1861年10月將天皇的妹妹和宮嫁給將軍家茂。但此舉再次引起尊王攘夷浪士的憤怒，1862年1月，積極推動聯姻的幕府首席老中安藤信正在江戶城阪下門受到襲擊，在50名警衛的護衛下，6名刺客均被殺死，但安藤還是在背上挨了一刀，其臨陣脫逃的不光彩行為使其丟掉官職。
接下來“強藩聯合”開始登場。1862年4月，薩摩藩掌權人島津久光破天荒地率1000人軍隊堂而皇之地進入京都，首先鎮壓了本藩出身的尊王攘夷浪士，此為“寺田屋事件”，接著從天皇處得到要求幕府進行政治改革的命令，隨後東下江戶宣布聖旨。3個月後島津回到京都時，形勢發生巨大變化，浪士們開始大規模地暗殺活動——“天誅”那些親幕派和“公武合體派”成員，僅在1862年下半年，就在京都發生了20起暗殺事件，其中有公卿貴族的家臣，也有幕府的高級官員。
盡管在曆史的長河中，這個輔助幕府組織實在是算不得什麽，而且是逆潮流而動，但“各為其主”的忠誠、奉獻與犧牲，特別是冷兵器時代的刀光劍影，仍使後來人對他們懷有惺惺相惜之情。
1863年初，幕府根據清川（河）八郎的建議，召集江戶浪士構成“浪士組”，首領為清川八郎、山岡鐵舟，以保護將軍家茂到京都覲見天皇。浪士組以武藏多摩郡（今東京都調布市、日野市）的農民居多，例如赫赫有名的近藤勇、土方歲三等。因為在16世紀末德川家康進入江戶時，將戰國大名武田氏的250名家臣移居八王子，給予土地，防備來自甲州的威脅。後來附近的農民也加入進來，到1600年關原之戰時共有1000人，他們既是農民，又是武士，農忙季節耕田種地，閑時練習劍道和學問。此傳統一直保留下來，近藤、土方都是著名劍道天然理心流的高手。
1863年2月，300名左右的浪士隊進入京都後駐紮在壬生村，但很快因是否尊王攘夷發生分裂，支持尊王攘夷的清川一派回到江戶，清川被組員佐佐木隻三暗殺。留在京都的浪士組成員改稱“新撰組”，直屬京都守護鬆平容保指揮，最初的首領（局長）是芹澤鴨。出身水戶藩的芹澤鴨具有強烈的尊王攘夷意識，不適應新撰組愈來愈明顯的輔助幕府色彩，言行變得十分粗暴，並因燒毀大和屋招致朝廷的憤怒，在1863年9月為近藤勇等人所殺。近藤成為新撰組局長，土方為副局長。
使新撰組名聲大振的是“池田屋事件”。1864年6月，30多名尊王攘夷浪士在池田屋旅館聚會，密謀襲擊幕府在京都的機構並劫持天皇進行倒幕，得到消息的近藤勇率10名部下進行搜捕，經過1個多小時的格鬥，對方死7人，負傷4人，被捕23人。甚至有這樣的說法：該事件使明治維新推遲了一年。同年7月，在長州藩武士進攻京都皇宮的“禁門之變事件”中，新撰組也嶄露頭角，最盛期成員達到200人。紀律嚴明，有5條組規，違背者剖腹自殺。副局長監督執行，因而有“魔鬼土方”之稱。
新撰組比較有名的成員還有：伊東甲子太郎，雖然在池田屋事件後入組，但受到近藤勇的重視，提拔為參謀，但後來產生對立，以護衛孝明天皇陵墓為借口脫離組織，並另組成高台寺黨，1867年被新撰組所殺；衝田總司，最早的浪士組成員，劍術超強，參加過許多重大行動，斬殺數人，新撰組副局長助理、第一隊隊長。由於患病未能參加鳥羽伏見之戰，1868年5月因結核病去世，隻有25歲；山南敬助，劍術高強，一度為新撰組首領，與近藤勇等產生矛盾，1865年脫離組織，為衝田總司捕獲，剖腹自殺。
由於輔助幕府有功，1867年近藤勇、土方歲三等均被封為幕臣。不僅政治地位高，經濟待遇也非常好。一般組員月薪為10兩，副局長40兩，局長50兩。如果換算成今天的幣值，近藤的月工資為300萬日元，土方為240萬日元。同一時期著名人物阪本龍馬創建的倒幕派股份公司“龜山社中”，從社長到職員，月薪均隻有3.2兩，也就是21萬日元。重賞之下必有勇夫，怪不得新撰組特別為幕府賣命。
1967年底，盡管將軍慶喜“奉還大政”予天皇，但仍與倒幕派發生軍事衝突。新撰組參加了1868年1月的鳥羽伏見之戰，許多組員戰死，近藤勇等乘坐幕府軍艦敗退江戶。其後受命組成甲陽鎮撫隊，在甲府迎擊東上的政府軍，但冷兵器不敵熱火器，敗走下總流山尋找機會，被包圍後投降。1868年4月，近藤勇在江戶板橋刑場被斬首，享年35歲。其後土方歲三率領新撰組殘餘勢力繼續轉戰東北各地，抵抗政府軍。最後與幕府海軍副總裁榎本武揚進入北海道箱館，1868年12月蝦夷共和國成立後，任陸軍第二把手。1869年5月，政府軍猛攻箱館，土方中彈死亡，也是35歲。
在新撰組主要成員中，也有幾位活下來。副局長助理永倉新八轉戰東北後逃回江戶，隱名埋姓生活，後成為杉村家的養子，改名為杉村義衛。1874年，明治政府赦免陣亡的抵抗者，新撰組成員恢複權利。永倉後來到北海道任劍道教師，1915年去世，享年77歲，留下了《浪士文久報告記事》、《新選組顛末記》等寶貴史料。齋藤一戰爭後期化名山口次郎並移居青森縣，後改名藤田五郎任職警視廳，退休後做東京教育博物館的警衛，1915年去世時73歲。現在仍能查到新撰組成員的後人，例如衝田總司的後人衝田勝芳目前在東京任日立倉庫的管理員，而土方歲三的後人土方康是日野市議員。
在日語裏，“撰”與“選”相通，因為前者不是常用漢字，所以多寫為“新選組”，但讀音相同。最初出現疑義是在1928年，作家子母澤寬的《新選組始末記》和曆史小說家平尾道雄的《新撰組史》相繼問世，子母澤寬的根據是壬生屯所遺留的隊員塗鴉是“新選組”，平尾道雄的理由是《會津藩廳記錄》中均寫作“新撰組”，當時人們不太拘束文字，所以兩個觀點都得到認可。但是，根據《會津藩廳記錄》編寫的書籍，例如山川浩的《京都守護職始末》、澀澤榮一的《德川慶喜公傳》、福井鬆平家的《續再夢紀事》等均寫作“新選組”，鬆平容保在有關池田屋事件的獎狀中也寫作“新選組”。正如“參覲交代”與“參勤交代”那樣，直到今天，日本人還是混用，倒也不覺得有什麽不合適，從中也可以看出這個民族突出的實用主義特征。