在說明中，笛卡爾簡單介紹了全文各部分的主旨，以下我們也以這樣的結構來介紹每部分的主題，並試著闡發主題之外一些“隱藏”[1]的東西。
第一部分：對當時各門學科的看法
這部分開篇提到的是“理智”或“理性”，說這是人間分配得最好的東西。但人人都有不意味著人人都會用，唯有使用得當才能獲得好的結果，因而內容自然引到運用理智的“方法”問題上。
笛卡爾借此考察了當時各學問的實用性。但他發現各門學問皆有不足，文學、曆史、哲學、法學這些古往今來一直教人向善的學問都非常可疑，充滿了修辭和混亂，唯數學所蘊含的一些因素才值得保留。同時，他還根據自己的人生經驗表示，既要從經驗實踐上去“研究世界這本書”，同時還要保持研究自我，即反思。
第二部分：方法的幾條準則
通過第一部分可發現，雖然人人都分有理性，但唯有科學地使用它才能發現真理，因而更重要的是如何用科學的方法去運用理性。之前笛卡爾雖質疑了很多學科，但認為數學卻有頗為值得借鑒的方法。他由此總結出四條方法準則，可概括為：“分明”“細化”“簡易”“整全”。
第三部分：思想與行動的差異
運用上述這些清楚分明的方法，就可以考察一切，發現真理。但笛卡爾聲明：這些考察隻能是思想上的，行動中萬不可做懷疑論者，否則自身無安身之處。所以，他緊接著就製定了三條行為[2]準則：（1）遵守國家法律與習俗；（2）行事果斷堅定；（3）反求諸己。他將這些準則提升到了和“信仰之真理”同等的地位，借以應對思想與行動這兩方麵的各種問題。
第四部分：我思，故我在
本部分伊始，笛卡爾還表示自己猶豫是否告訴大家其安靜時的獨自思考（或說懷疑），但旋即便全盤托出它們[3]：由於在思想上一切都不可信，所以感官能獲得的信息全都可疑。最極端的例子就是做夢：一個人完全可以把全部的所知疑為夢中的情景（包括數學原理），如此，任何東西都不能不被懷疑了。
但轉念又會發現，雖然我們可以懷疑一切，但這恰恰肯定了那個正在做夢、正在懷疑的東西不可能不存在。如若沒有它，連夢境本身都不會出現。所以，那個想到一切都可懷疑的東西，其自身一定是某種存在的實體。
因而，“我”若去思，那麽“我”就是這個在思的東西，即便其他的一切都可以懷疑，但至少，“我思，所以我存在”（je pense, donc je suis），這是無疑的[4]。
在確定了“我思，故我在”這一不可懷疑的前提後，笛卡爾又確定了兩件事：（1）“我”即是“思”，“思”即是“我”，也就是說，作為“我”是實體的存在，而它的唯一屬性就是“思”，除此之外，任何屬性都不能決定“我”的實體性[5]。因此該命題也就可寫為“思即在”；（2）“思即在”是“清楚分明”（clair et distinct）的，也是無可懷疑的。由此它便成為一條普遍的規則。這條規則就好似幾何學的公理，它是幾何學的起點和基礎。“清楚分明”這條準則不是邏輯證明的結果，而是論證的前提，正如“我懷疑是不可懷疑的”一樣，是直觀的呈現。
關於上帝存在的證明，笛卡爾走了另一條完全不同的路線。問題源於：自己作為一個並不完美的有限存在，如何會有一個無限完美的上帝的觀念呢？而且這個觀念是如此“清楚分明”，所以就必須尋找“上帝”這個觀念的源頭。
如果把“思即在”作為無可懷疑的底層基礎，以此作為證明的起點來看，那麽與之相對，上帝存在的證明則是由上向下的推理。也就是說，一種是認識論的、由自己出發的向外認識；另一種則是類似新柏拉圖主義流溢說的本體論邏輯：完善生出不完善，低等的完善出於最高的完善。而連接這兩個方向的，就是“清楚分明”。從認識上看，它來自“思即在”；從完滿性上看，它由上帝這個至高完滿的存在來保證。
為了增強說服力，笛卡爾還用“三角形三內角之和為兩直角之和”以及“球麵任意一點到中心的距離都是相同的”去類比“上帝的觀念本身就包含存在”，借以說明，無論世界上是否真的存在三角形或球體，三角形的內角和以及球的半徑總符合上述的描述。上帝的存在也是如此，它甚至比我們所知的任何幾何學結論更為確定。
當然，如果我們去讀一下哲學史特別是康德的分析就會知道，這仍是本體論的證明邏輯。但笛卡爾認為：因為那些懷疑者用想象力去思考問題；而想象本身隻適用於物質性的東西。對於上帝的觀念，它在感官中並不存在，而隻能被理性所領會。並且，理性絕對正確，因為它是“清楚分明”的，就如同“思即在”一樣。另一方麵，一般靠感官去認識的存在未必是真的存在，感官雖在感覺對象上具有一些觀念，但在判斷時卻常會出錯。
這應該就是他作為唯理論者反對經驗論的最好例子吧。
第五部分：物理世界與創世神話
在前言中，笛卡爾隻提到了本部分是講述自己曾研究過的一些物理問題，包括心髒與醫學，還區分了人與動物的靈魂。但絲毫未提他的創世神話。實際上，創世神話在這部分所占篇幅的比重也十分少，作為點題的“前言”本就應去除旁枝末節，直奔主題。但這不過是通常的理解，是提供給認為“這篇談話篇幅太長無法一次讀完”的讀者，與論述相比較，這些人更想知道的是結論。所以，涉嫌瀆神的“創世神話”最好一晃而過。
關於自然世界的描述，學者眾說紛紜，並未達成統一定論。所以笛卡爾聲稱自己不得不拋棄這些通常對世界的紛雜描述，給出新的解釋：
笛卡爾認可上帝首創世界，但這個世界在初創時卻是混沌的，唯有在上帝樹立了“自然規律”後，宇宙才開始有序運行[6]。天宇星辰的構造、潮汐的運行、洋流與氣流，包括動植物都遵循著這些規律。然而這也意味著，當規律一旦確立，代表上帝的奇跡就不再可能發生。
這段描寫隻用了短短幾行，隨後便繼之以生物和物理學方麵的長論作為本部分的“主題”。但新創世神話的描述絕非可有可無，細心研究就會發現，新神話的結構與整部《談談方法》形成了某種對應關係。具體分析如下：
《談談方法》第一部分的“懷疑”與本部分開篇放棄學者的爭論相對應。在第一部分，笛卡爾講述了自己的求學經曆，這些經曆增長的不隻是知識，還有“知識”間的衝突所帶來的疑惑，它們就像不同民族間的習俗一樣，雖自成係統，卻難以互相包容。並且，這些“知識”也不是像數學那樣推理明確的知識，而隻是一些意見和想象。新創世神話的建立也是在類似前提下開始的：學者們未成定論的問題就應先放棄，笛卡爾由此“拋開了”這個當下的世界，假定上帝在想象的空間創造了另一個新世界。
第二部分所確定的四條方法規則也正是新神話中創造世界的方法。因為新世界本身是被上帝創造的，所以人根本不可能知道上帝所創的“自然”是什麽樣的，但人所認識的“自然”就是當前的模樣，它符合幾何學的運行規律，並且真理的唯一性與認識的唯一性也確保了兩者的一致。
第三部分主要講思想與行動的關係，也就是說，思想上的純粹邏輯，並不意味著要在行動方麵去徹底貫徹。而第三部分的俗世中關於笛卡爾作品的流言，直接引出了第四部分關於“我思，故我在”，以及關於上帝存在的證明。三、四兩部分也與新神話的主題剛好扣合在了一起。
創世之後，物體與動物都遵照著“自然的規律”演化發展。但人的出現卻與一般物質不同，在第一部分笛卡爾就曾提到，人與其他生物的根本不同就是理性。理性保證了人之為人的特點和本質，任何人類所創造的機器都不能與之媲美，他不同於這個有朽的物質世界，隻能是上帝創造的結果。故推求其存在的證明，也隻能依靠上帝，而非幾何學的方法。這類同於第四部分關於上帝存在的本體論證明。對比第四部分關於“我”的存在和“上帝”的存在，可以發現，它們分屬兩條不同的證明路向。在論述“我思，故我在”時，笛卡爾運用認識論的方法，從最不可懷疑的認識基礎出發，證明了“我”作為一個在思考的主體必然存在。而關於上帝的證明，笛卡爾卻與安瑟爾謨的證明如出一轍，遵循另一條邏輯推論的路向：從“完滿的觀念”開始——“完滿”必然意味著存在（否則就談不上完滿），再到“我”心中有了這個完滿的觀念（上帝），故而上帝也就必然存在。安瑟爾謨的證明早已被托馬斯等人批判過，笛卡爾卻仍選擇這一老思路，這不得不令人感到困惑，但有一點可以肯定，如此成問題的證明笛卡爾不會不知道，但他不顧後人的批評，仍然選擇這種備受爭議的方式去證明上帝的存在，必然是有意而為之。
反觀第五部分的新神話可以發現，神話伊始也提到，上帝創造了世界，但這個世界並非秩序井然，它給予世界的形式隻是一團混沌。隨後上帝建立了自然規律，向世界提供了一套數學樣式的秩序。各種物質性的東西便如同附有了亞裏士多德的“形式”一般，逐漸變成了現在世界的樣子。這個世界不再是一次定型，而是以幾何學規律的方式逐漸形成。所以，在《談談方法》第四部分提到的“我思”存在的證明與上帝存在的證明之間的區分，就被笛卡爾在新神話的建構中化解了。雖然世界從邏輯上看由上帝創造，但一旦世界遵從了自然規律——也就是證明“我在”的清楚明晰的數學方式——那麽世界的存在就可以從上帝手中重回自然；而笛卡爾卻聲稱“這跟創世奇跡並不衝突”。在《沉思集》中，可看到這一思路得到了更激進的發展，他甚至從自我的證明得出“隻要我想到了我將是一個東西，他（上帝）就不能使我什麽都不是”的結論。
在講述完神話之後，笛卡爾論述了心髒的運作機能，並提出了生物活動的原因：生命氣息。雖然這個術語看上去比較抽象和神秘，似乎與精髓、本質相關，類似於形而上學的範疇。但實際上，笛卡爾將其歸為血液的一種：它們是那種最靈活、最敏銳的血液分子。按照機械學的規律，它們向著大腦運動，最好的把次好的擠掉，之後由於血液的流動，行動成為可能。通覺連接了靈魂與肉體，從而使人成其為人，與動物區分開來。從這裏可以看出，雖然靈魂與肉體不同，但笛卡爾一直試圖用幾何學的方法去解釋上帝和靈魂。可以發現，雖然笛卡爾的理性已經成為蘇格拉底所說的“理智”層麵的工具理性，但在其所設定的最完善的上帝方麵，他又力圖保持這一最高的維度。然而在證明上帝存在的路線上，笛卡爾又回到了基礎確定性的科學證明，這種上下不同的思路導致了一種不徹底性，也正是在處理此不徹底性的問題上，後世拋棄了上帝的存在與理性證明的緊張關係，更多地走向了明晰的科學路向，用科學精神取代了上帝。
第六部分：修辭和語言
這是文章的最後一部分，笛卡爾說明了寫作的原因。通常認為，笛卡爾是在宗教外衣下闡述科學精神。因為在當時的環境中，宗教仍舊是主導意識形態，科學隻流傳在少數學者之間，《談談方法》是一部用通俗語言寫給公眾的書，無論公眾還是學者都可以閱讀，因而在寫作時就必須注意不同讀者並講究恰當的寫作方法。同樣，作為讀者也必須考慮到這一點，才能更好地明白作者的用意。