嘉靖七年（1528年）九月，王陽明將平亂善後諸事安排妥當，決意離開廣西。
這個時候，他的病情已經非常嚴重，因咳痢之疾（肺癆）日益加劇，生命已近尾聲。他給嘉靖皇帝朱厚熜寫了《乞恩暫容回籍就醫養病疏》，訴說了每天麵對的病痛之苦，希望皇帝能允許他回籍養病。
在這篇奏疏中，王陽明詳細論述了他回去就醫的原因。說他在南贛剿匪時中了炎毒，導致他遍體腫痛，咳嗽不止，後來稍好，一遇炎熱就大發作。事實上，王陽明奉詔自浙江餘姚啟程前往廣西時，肺病就已嚴重惡化，夜裏持續咳嗽無法入睡，臉色青黑得猶如鬼魅。這次來廣西本來帶了醫生，但醫生自己卻先得病回老家了。他繼續南下，炎毒更甚，結果遍體腫毒，劇烈咳嗽日日不斷，無休止的咳嗽把整張臉都擠壓得變了形，腿上瘡傷的潰爛一天比一天嚴重。後來他連吃飯都費勁，每天隻能喝幾勺粥，稍多一點就嘔吐腹瀉。
可以說，這時的王陽明幾乎隻剩下半條命。他拚著這疲病羸弱之身完成了在廣西的平亂重任，可謂“鞠躬盡瘁，死而後已”。
實際上王陽明晚年無論是講學，還是帶兵打仗，都忍受著巨大的身體苦痛。不辭辛苦終日操勞，此番身心之苦非常人所能理解與忍受。而長期征戰與講學操勞，已經極度透支了王陽明的生命能量。
王陽明在廣西等來等去，沒有等到皇帝允許他告歸的詔書。到了九月份，才得到朱厚熜的嘉獎詔書：因廣西剿匪有功，賞賜五十兩白銀。而對於其他，朱厚熜和內閣隻字未提。
有關對將士們的封賞和一係列關於邊疆問題的建議都沒有下文。這區區五十兩白銀更像是一種調侃和嘲弄。
然而，王陽明還是掙紮著從**爬起來，遙望北方叩謝隆恩。接著，他又連夜寫了《謝恩疏》，八百裏加急送往京城，表示此生願鞠躬盡瘁以報皇恩。
每況愈下的病情讓王陽明感到了一絲不祥的氣息。他一直在船上靜臥，希望朝廷盡快批準他回鄉。然而朝廷仍然沒有回音。
他似乎隱隱意識到自己大限將至，不能在這裏待下去了，再不走就來不及了。
在生命垂危之際，王陽明不得不做出決定：不等皇帝詔書，馬上回家！樹高千尺，葉落歸根，死也要死在家鄉。於是，他帶著幾個隨從坐船順著漓江東下，踏上了回鄉的路。
一日午後，船在一處河灘停了下來。王陽明問前麵是何處，船夫說是伏波山，山上有個紀念漢朝將軍馬援的伏波廟。王陽明心頭一震，回想起四十年前從嘉峪關長城回京後做的一個夢，夢境就是自己去伏波廟遊覽，並賦詩一首。
這讓王陽明不禁回想起**飛揚的少年時代。那個時候的王陽明青春血液沸騰不已，渴望著血戰沙場，建功立業。那是他軍事家之夢開始的地方啊！
王陽明堅持要撐起病體緩步下船，勉力登上了那座小山。推開廟門，馬援威武的塑像映入眼簾，一切都像是當年夢境的重現。此時此地，此情此景，如夢如幻，王陽明頗為感念，他努力回想起夢裏那首詩，將之刻於廟中，名為《夢中絕句》。
青春的回憶總是令人心情激動，隻是現在的心境不再那麽清純明亮，而是百感交集，悲喜莫名，甚至有幾分蒼涼。那位**平南方蠻寇的名將馬援一直被誣告所困擾，一生不得誌，最後鬱鬱而終。同樣的遭遇引發了王陽明的強烈共鳴。自他走向平叛治亂的戰場後，已建立不世之功。然而，他竟沒有半分欣喜之感。是啊，他一方麵要對付戰場上的敵人，一方麵還要應付朝廷中的攻訐和誹謗，可謂心力交瘁。如果不是有心學作為精神支撐，他早就不在人世了。
接下來的歸程愈發漫長，王陽明在朦朧中聞到了死亡的氣息，死神的腳步正由遠及近，清晰可見。
然而，無論水路陸路，船夫和車夫都不敢走得太快，怕他的病體受不了劇烈的顛簸。就這樣，王陽明以日行不過五十裏的速度來到了廣東境內。路過增城時，王陽明拖著病體前去祭拜了六世祖王綱廟。這位先祖因平亂而死，際遇也是不堪。王陽明感慨於心，撰寫了《祭六世祖廣東參議性常府君文》，祭文中說：“父死於忠，子殫其孝，各安其心，白刃不見，又知有一祀之榮乎？”
此後，他又到老友湛若水的故宅瞻仰一番，並題詩於壁上：
我聞甘泉居，近連菊坡麓。
十年勞夢思，今來快心目。
徘徊欲移家，山南尚堪屋。
渴飲甘泉泉，饑食菊坡菊。
行看羅浮雲，此心聊複足。
雖然王陽明晚年同湛若水因學術分歧越走越遠，但他始終忘不了這個相知相交了幾十年的老友。
在王陽明人生最後的時光裏，仍不忘諄諄告誡弟子們要好好“致良知”。他強撐著病體給他的弟子聶文蔚寫信，申明“事上磨煉”的真諦。他又給浙江老家的弟子們寫信，追問弟子們的學業是否有進步，同時談到了他的病。弟子回信說很擔心他。
廣東布政使王大用是王陽明的學生，聽說老師入境，趕緊帶一隊士兵前來護駕。眾人一路向北，必須翻越氣候惡劣的梅嶺。陰雲低垂，遠山失色，天與山的交接處，如縷的輕靄被大風吹散，使人頓感寒意徹骨。
王陽明從昏睡中醒來，從竹躺椅上支起身子，問兩個抬他的軍士此地是何處。王大用見狀，策馬過來，告訴他前邊是梅嶺。王陽明剛想說些什麽，一陣北風將他嗆得咳嗽不已，又暈了過去。
不知過了多久，天空中開始飄雪。深山之中奇寒無比，風雪更甚。王大用找來兩條厚厚的棉被，給恩師蓋上。
王陽明抓住他的手，說道：“你知道三國時孔明出祁山前托付薑維的故事吧？”王大用愣了愣道：“老師多慮了，事情不至於壞到這種地步。”
王陽明搖了搖頭：“此行凶多吉少，你且按我說的去準備。如果我在途中死了，你一定要將我的靈柩運回餘姚。”王大用哽咽起來，拚命地點了點頭。
王陽明咳嗽了一會兒，喘息著說道：“兩廣要太平，必須要以良知對待土著之民，將心比心，否則還會大亂。”
王大用含淚點頭，表示自己記住了。王大用聽懂了老師是在交代後事，便調來了一支軍隊跟隨保護；又準備了一口上好棺材，跟在隊伍最後麵，以備不時之需。
到了梅關城樓，一行人生火歇息。士兵們圍著火堆，一邊跺腳，一邊哈氣。王陽明強撐著下了竹椅，望著城堞上“梅關”二字，不由一陣眩暈。多虧王大用眼疾手快，一把將他扶住，他才不至於摔倒。
王大用提議在梅關住一宿再走，王陽明卻是一刻也不想耽擱，催他趕緊動身。於是，漫天大雪中，一行人又出發了。十一月二十五日，他們一行下了陡峻的驛道，終於到了江西南安府。
明朝詩人鄺露《赤雅》一文中說，南安有一老僧，在王陽明到南安前的幾天突然在丫山靈岩古寺密室坐化。王陽明到南安後曾來到寺中，忽見廟裏案幾上的一張紙上寫有幾句偈語：“五十七年王守仁，啟吾鑰，拂吾塵，問君欲識前程事，開門即是閉門人。”
王陽明見了偈語，不禁愕然：他時年正是五十七歲。當下心中明白，不再言語。
在南安，有兩個王門弟子—七品的南安推官周積、從四品的贛州兵備道張思聰聞訊早在大雪中迎候多時。
周積，字以善，號二峰。明浙江江山人，正德五年（1510年）舉人，從王守仁學。嘉靖五年（1526年），授南安府推官，善斷獄。此時的王陽明臉色青紫，身體顫抖，見了二人幾乎說不出話來。兩人一見老師模樣，鼻子一酸，流下了淚水。王陽明緩緩地搖頭，說：“不要這樣，你們近來的學業如何？”
周積擦了擦眼淚，簡單地匯報了一下自己平日如何做到知行合一，如何致良知。王陽明微合雙眼，聽了一會兒就緩緩地點頭。張思聰已不知該說什麽，隻是勸道：“老師保重身體要緊，不可過於操心勞累。”
王陽明臉現笑意，一陣劇烈的咳嗽卻突然襲來。周積和張思聰急忙上前，一個輕拍他的背，一個則撫他的胸口。王陽明好不容易才止住咳嗽，用盡全身力氣說道：“病勢危亟，所以還沒有離開你們，隻是一口元氣在。”
周積見狀不禁哭出聲來，王陽明握住他的手勸慰說：“不必難過，要時刻注意學問的增長。”說完這句話，王陽明就閉上了眼睛，呼吸悠長。
盡管周積找來了南安最好的醫生，但王陽明的身體還是沒有任何起色。昏昏沉沉中，他聽見王大用在跟張思聰商量後事，囑咐他買最好的木材，用錫紙裱棺……
兩天後，王陽明執意要啟程，眾人不再拂逆，為他準備好了木船。周積含淚將王陽明扶上船，一直守在他身邊。船啟動了，王陽明抑製不住傷感，對周積道：“很遺憾，不能再同你們切磋學問了。”周積忙道：“老師哪裏話，南安的學子們都盼著您明年春天來講學呢！”
可惜，王陽明再也等不到開春了。
他無語地望著外麵的天空，天上灰蒙蒙的。雪粒紛紛，無聲地落入河中，耳邊聽得船槳擊水有節奏的嘩嘩聲，益發顯出夜的沉寂。
“不知道陽明書院諸弟子的學問有長進否，也不知兒子正憲如何了，陽明洞旁的柏樹長高了吧……”王陽明在一片寧靜中沉默著，思緒飄得很遠。
黃昏時分，夜幕降臨，江麵**漾著粼粼波光。王陽明微微睜開眼，喘息著問：“現在到了哪裏？”
旁人答：“青龍埔。”這個碼頭離梅關隻有五十多裏，屬大庾縣。
翌日清晨，船停在青龍埔。風雪已經停了，一灣江水清澈碧綠，整個天地間一片潔白。清冽的空氣讓王陽明頭腦一時清明起來，他想再多看一眼這個世界。
周積見他麵色紅潤，還有些欣慰，不料王陽明卻平靜地告訴他：“我要去了。”
周積一愣，待反應過來，鼻子一酸，眼淚不禁奪眶而出。他顧不得去拭，湊近了泣不成聲道：“老師，您還有什麽話要說嗎？”
刹那間，王陽明忽然有些激動，心底仿佛有千言萬語湧上心頭，卻無話可說。
這時船裏非常安靜，麵對跪在病榻前痛哭流涕的家眷和弟子，王陽明不停地喘息著，等氣息稍微平息後微微一笑，平靜地說道：“此心光明，亦複何言？”
過了片刻，一代哲人王陽明便閉上眼睛，永遠地停止了思考和言說。
這時，正是明嘉靖七年十一月二十九日辰時（1529年1月9日），王陽明病逝於歸途南安，終年五十八歲。
王陽明自少年時，勤讀詩書，立下大誌，後在龍場三年吃盡人間苦，而龍場悟道則受用一生。複出後曆經磨難，建功當世，深受萬民愛戴。然而聖人出世，往往是來替眾生受苦的，可謂備嚐艱辛，受盡磨難。但其內在心靈世界卻充滿著光明。正如孟子雲：“聖人之道，無他，盡心而已。”
司馬遷說過：“人固有一死，或重於泰山，或輕於鴻毛。”王陽明這一生立功立言立德，不負黎民百姓，不愧蒼天良知。可謂是了無遺憾，心境澄明，故能從容麵對死亡—“此心光明，亦複何言？”
想必當年佛陀釋迦牟尼涅槃入滅之時，也大抵如是吧。
然而，一代大哲死後亦難安生。
桂萼在得知王陽明死訊後，竟要清算他生前擅離職守之罪。嘉靖皇帝朱厚熜也認為王陽明不等批複便擅自離任是蔑視朝廷，命群臣議罪。後竟下令革去王陽明的職務，並稱王陽明心學為偽學，禁止流傳。最後，朝廷削奪了王陽明的新建伯爵位。
正所謂“公道自在人心”。王陽明之死，令當世上到宰相徐階，下到普通農夫、鹽丁無不悲痛。從南安到南昌，王陽明的棺槨所經之處，士民遮道，哭聲震天。經過贛州，官府迎祭，百姓攔路哭吊；到了南昌，自發前來祭奠的人更是連綿不斷、踏破門檻。
正要進京參加殿試的錢德洪和王畿立刻取消了行程，訃告同門，趨迎先師，眾人一路護送靈柩而歸。回到紹興，一直到落葬，前來吊唁者每日上千。有致仕的內閣閣臣、六部官員，有浙江的督撫衙門、王陽明的生前好友。
弟子李珙等人則含淚在紹興市蘭亭鎮花街村洪溪鮮蝦山的南麓為先師修墓。這塊墓地是王陽明親自選定，坐北朝南，四麵環山，蝦須水過，洪溪水兜，前方兩排青山如仆傭相侍，宛轉至遠天之外。
明世宗嘉靖八年（1529年），王陽明靈柩下葬於洪溪，王門弟子千餘人披麻戴孝，扶柩而哭，不能趕到紹興的人也在家中焚香遙祭。同時，數以萬計的人從四麵八方趕到洪溪，哭聲震撼山穀，有的人因悲慟欲絕竟然昏死過去。可謂舉國同哀。
三年後，方獻夫公然違抗桂萼的禁令，聯合京城四十多名科道官員、翰林學士，日夜講會，共倡師學。六年後，鄒守益與歐陽德分別主持南北國子監，堂而皇之地宣揚心學。二十年後，徐階以內閣大學士的身份，與王門弟子上千人會講於北京靈濟宮。
隆慶元年（1567年），廷臣多頌其功。王陽明被追贈為新建侯，諡號“文成”。隆慶二年（1568年），明穆宗詔予世襲伯爵。在頒布的鐵券文書中做了蓋棺定論：“兩肩正氣，一代偉人，具撥亂反正之才，展救世安民之略。”
萬曆十二年（1584年），在明神宗朱翊鈞親自過問和大學士申時行等人一再堅持下，王陽明從祀孔廟。
兩百年後，《明史》定稿。萬斯同、王鴻緒、張廷玉一致寫下了那句由衷的讚歎：“終明之世，文臣用兵製勝，未有如守仁者也。”
王陽明的門人，摯友黃綰專門寫文稱讚：
公生而天資絕倫，讀書過目成誦。少喜任俠，長好詞章、仙、釋，既而以其道為己任，以聖人為必可學而至。實心改過，以去己之疵；奮不顧身，以當天下之難。上欲以其學輔吾君，下以其學淑吾民，惓惓欲人同歸於善，欲以仁覆天下蒼生，人有宿怨深仇，皆置不較。雖處富貴，常有煙霞物表之思，視棄千金，猶如土芥。藜羹瓊鼎，錦衣縕袍，大廈窮廬，視之如一，真所謂天生豪傑，挺然特立於世。求之近古，誠所未有也。