張曜所部於11月6日從哈喇沙爾西進庫車。
庫車以南是沙雅，這裏的部族首領麻木爾叛投了安集延部。他聽說湘軍已經攻下東四城，便逃到哈番藏匿。
哈番在阿克蘇西南方四百裏處，劉錦棠親自率領席大成等部前往，於11月14日抵達哈番，發起攻擊。麻木爾受傷逃走，部眾解散。劉錦棠回師阿克蘇。
帕夏的長子伯克胡裏所部占據著喀什噶爾，還守衛著西三城。和闐的伯克呢牙斯打算歸順清廷，把握時機，率部向西北方推進，包圍了葉爾羌，遙為湘軍聲援。
伯克胡裏見自己手裏隻剩下一座城池，氣急敗壞，率領五千騎兵，與呢牙斯所部大戰葉爾羌。呢牙斯所部敗走，向湘軍投降。伯克胡裏率部東進，奪取和闐，駐紮部隊。
喀什噶爾並未被伯克胡裏完全占領，這裏的漢城還有清廷守備何步雲和章京英韶率領幾百名滿漢官兵防守。他們本來已經投靠安集延人，聽說湘軍開近，便派使者出城迎接湘軍。
安集延部將領阿裏達什率部守衛回城，攻擊漢城，還約白彥虎率部過來助戰。伯克胡裏便放棄和闐，奔向喀什噶爾以南的英吉沙，所部一並進入回城。
劉錦棠部於12月上旬分三路進兵。黃萬鵬等部從烏什出發，取道布魯特邊界進軍，作為奇兵，將要發起突襲。桂錫楨等部從阿克蘇出發，取道巴爾楚克進軍，這是正兵。兩支兵力都聽令於餘虎恩，目標是攻取喀什噶爾。
劉錦棠自己率部駐紮在阿克蘇與喀什噶爾之間的巴楚和瑪納爾巴什，扼守葉爾羌與和闐的衝要。
12月17日，餘虎恩率部抵達喀什噶爾城北，黃萬鵬率部抵達喀什噶爾城東，兩軍相隔六十裏。安集延部的偵察騎兵突然遭遇湘軍，連忙飛馳回城，在城下大喊：“大軍殺來了！”
纏頭回民聽說湘軍殺到，驚慌潰散，安集延首領砍殺禁止，仍然無效。伯克胡裏和白彥虎隻好分路逃跑，留下部隊守城，以牽製湘軍。
當晚三鼓時分，湘軍兩部開抵城下。城內守軍縱火燒房，派出騎兵抵抗。餘虎恩率部從中路進攻，蕭元亨等部從左路攻擊，戴宏勝等部從右路攻擊。
交戰之後，安集延部大敗，湘軍俘虜安集延元帥王元林。降將何步雲與英韶等人在漢城內大聲呼喊助威，回城的守軍驚惶失措，打開西門逃走。湘軍於黎明前進占喀什噶爾。
12月18日，餘虎恩留下張俊所部駐守喀什噶爾，黃萬鵬率部向西北方推進，追趕白延虎部。餘虎恩率部向正西方推進，追趕伯克胡裏所部。
餘虎恩追上敵軍以後，在交戰中斬殺敵軍副帥白彥龍，俘虜於小虎和馬元。白彥虎、伯克胡裏和阿裏達什逃入俄羅斯。
劉錦棠已率部抵達阿郎格爾，遇到安集延部的一百多名騎兵。劉錦棠揮軍交戰，很快將他們全殲。然後，湘軍疾驅向前，於12月21日抵達葉爾羌，城內的安集延軍已經撤走。
湘軍開進葉爾羌，劉錦棠入住新城。然後率部向西北方挺進，於12月24日收複英吉沙。