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陝西的回民起義軍於7月12日攻打西安的北關，進擊馬德昭的軍營。閻丕敏從東關出擊，孔廣順從南路出擊，兩下合擊，將起義軍擊退。第二天，起義軍出動全部精銳，攻擊西關和北關，馬德昭和孔廣順的部隊分頭將起義軍擊退。

清廷見回民起義軍攻城宰官，不願再行安撫，命令吳振棫率部從雲南趕赴陝西，協助瑛棨，委任多隆阿指揮陝西軍事，又命令勝保率部入關。成名已率兩千京兵到達蒲州，駐紮嚴家莊，不敢前進。有人向他求援，他便推說軍糧匱乏，供給困難。同州官民大為失望。

回民起義軍以一萬兵力攻打長安的六村堡。馬德昭率領一百名騎兵赴援，被起義軍包圍，瑛棨派兵將他們救出。馬德昭不服氣，第二天又領兵血戰，協領圖克庚阿訥勒與和春陣亡。

起義軍攻占長安的六村堡，頗有殺戮。

左宗棠在7月份率部到達龍遊，炫耀兵力，偵察地勢。太平軍隱伏不動。李世賢為了牽製湘軍兵力，率部從嚴州和淳安攻擊遂安。左宗棠命令浙江按察使劉典從嶺路馳援，魏喻義控扼汾口。又命令江西湘軍將領屈蟠和王德榜從常山進軍華埠攔截。

7月14日，李世賢揮師猛攻遂安，王文瑞登上城樓，發射巨炮，適逢江西的援軍繞小路趕到，李世賢不知湘軍有多少兵力，決定小心從事，率部撤離。王文瑞打開城門，將援軍接入城內，安排飲食，飯後再戰。劉典率部從南路合擊，大破太平軍。李世賢再次率部返回金華。

到這時為止，天京感到了更大的壓力。曾國荃的部隊正在加緊圍攻，李鴻章的部隊攻破了浦東的廳縣，鮑超的部隊攻克了寧國和廣德，都為曾國荃聲援。洪秀全十分緊張，再度飛馬送書，召李秀成和李世賢率部，會同蘇州和浙江的其他部隊，一同回援天京。

李世賢擔心左宗棠逼近杭州，派使者報告天王，要等到擊退衢州的湘軍，才能率部回援。於是，他在金華城內集結精銳部隊，修繕城壘，挖浚壕溝，增強防守，作為出兵援救的根據地。

洪秀全見救兵遲遲不到，決定對天京城外的湘軍發動一次突襲。7月12日，天京城內的太平軍排列成二十多隊，每隊奔向湘軍的一座壁壘，另派精兵突破雨花台的長濠。

太平軍奔到濠前，發現長濠過寬過深，無法越過，便向湘軍拋擲火器。

曾國荃命令部隊憑濠抵抗，李臣典和倪桂節這兩名副將護衛著曾國荃。等到太平軍逼近，曾國荃命令劉連捷率部開卡衝擊，斬殺兩千名太平軍。太平天國對王陣亡，各路太平軍部隊迅速撤退。當時天氣酷熱，天降大雨，曾國荃命令軍士們冒雨修牆。

此戰以後，清廷加授李臣典提督官銜。

左宗棠決定配合浙江清軍向南攻擊。衢州駐軍將領廖士彥率部進入遂昌，協助林文察攻打鬆陽。7月16日，林文察所部攻克鬆陽，民團攻克宣平。

在上海周邊，潘鼎新和劉銘傳攻克金山衛，太平軍逃往浙江，鬆江和上海解嚴。

黃翼升代理水師江南提督以後，不僅統領淮揚水師，鬆江和上海的各路水師都聽他指揮。

前任提督曾秉忠被清廷罷官，因為他所部的艇船廣勇，分別防守浦東和浦西，搶掠欺侮百姓。

黃翼升的兵船穿越太平軍壁壘，許多戰船被炮火擊傷，暫時無法投入戰鬥。李鴻章命令曾秉忠嚴厲約束部屬，扼守要隘，等到黃翼升的戰船修補以後，再行換防。

李鴻章還上奏說，紅單船不可用，請求裁撤。淮揚水師都是使用長龍和舢板，要分派四十艘船防守三江口，其餘駛入鬆江、泖湖和澱湖。然而，水師軍士無法掌握海麵的風向，李鴻章開始考慮製造輪船。

黃翼升將所部十營淮揚水師，分撥兩營駐紮浦口，四營駐紮揚州，自己率領四營駛抵鬆江，在上海增造戰船，移守青浦。