左宗棠在8月上旬已做好攻打龍遊的準備，劉培元所部駐紮在圭塘山，王德榜的部隊扼守著全旺，崔大光所部駐紮茶圩，左宗棠自己率部駐紮在潭石望。
太平軍已經定下死守金華的策略，而龍遊是金華的西部屏障，必須守住。蘭溪的太平軍趕來增援，幾十座軍營相連，與湘軍對峙。
左宗棠下令肅清龍遊外圍。8月12日，劉典率部在東門橋打敗太平軍，進攻龍遊與蘭溪之間的遊埠，再次將太平軍擊敗。
8月13日，清軍在浙江東南部和東北部都有捷報，秦如虎和林文察的部隊攻克處州，寧國的湘軍攻克餘姚。李鴻章派部隊從海路南下，協助湘軍攻打餘姚。李鴻章把湘淮軍和洋槍隊派到浙江，是為了進一步鞏固上海的防務。
龍遊周邊，楊昌濬的部隊於8月16日在蓮塘阻擊太平軍，又將太平軍擊退。
劉典所部於8月19日在裘家堰攻破太平軍的五座壁壘，李耀南和楊昌濬在孟塘擊敗太平軍，與劉典的部隊會合。蘭溪的太平軍見湘軍大勝，隻得撤退。
湘軍在四川對於李永和順天軍的作戰，到9月已經進入尾聲。
李永和於9月初率部進入犍為縣的龍孔場。湘鄉人劉蓉於9月9日出任四川督軍。駱秉章命令他到犍為督戰。湘軍把龍孔場團團包圍。經過十幾天鏖戰，李永和率領五千多人於9月19日突圍。
李永和頭發短，容易辨認，四川人和雲南人都稱之為“李短搭搭”。湘軍認出了他，將他俘虜。湘軍同時抓獲起義軍的另一位首領卯得興。
藍朝鼎與李永和起義四年，轉戰四川各地，至此已被湘軍平定，而順天軍殘部，已將戰火燃到了陝西。
川東鶴遊坪的順天軍也放棄軍營，逃向北部邊界上的太平，湘軍分派周達武和曾傳理等部追趕過去。
李侍賢為了對付左宗棠對龍遊的攻擊，在9月份再次派出援軍，首先攻擊圭塘山。劉培元和崔大光率部屢次將太平軍擊退，追逐到龍遊西南門，仰攻城樓，未能攻克，但是擊斃三百多名太平軍。
李世賢聽說龍遊告急，派出五六萬驍勇的部隊，從永昌和湖鎮分三路來攻，龍遊城內的太平軍也出城援應。左宗棠增派劉榮和馬德順率領親軍騎兵赴援。中路太平軍正在攻擊劉培元的軍營，劉榮的援軍從左路包抄過來，劉培元率領全軍出壁作戰，楊昌濬率部從山上衝下，將士們踴躍高呼，無不一以當十。
太平軍中路首先潰退，王德榜和屈蟠的部隊從右路夾擊。增援的三路太平軍全部後退，從永昌北返壽昌。
李元度再次因以前失守徽州一事遭到彈劾，曾國藩給他羅織了四條罪名。
清廷下詔，對曾國藩參李元度一案，要求左宗棠查核是否屬實。
前麵說過，李元度辜負了曾國藩對他的厚望，沒有守住徽州。但是，很多人，包括李鴻章，都認為責任不在李元度，而在曾國藩自己。
李元度是個不懂軍事的書生，紙上談兵還可以，卻不是打仗的料子，明眼人都能看出來。曾國藩卻偏要他領兵打仗，打敗了，又要參劾他。所以，上一次參劾，許多人為李元度求情，李元度沒被清廷治罪。
後來，李元度領兵增援浙江，曾國藩認為他是擅自行動，又沒能成功地救援杭州，於是曾國藩再次參劾自己昔日的這個部下。
由於李元度現在歸左宗棠管轄，所以清廷要聽聽閩浙總督的意見。左宗棠於11月份實事求是地回複朝廷，說曾國藩參劾李元度的四條罪狀，隻有一條成立，其餘三條都是莫須有的罪名。
左宗棠說，關於徽州失守這一條，李元度固守徽州，守了三天，但因太平軍兵力太多，李元度兵力太少，所以沒有守住。曾國藩說李元度在徽州失守前棄城逃避，是不符合事實的。
關於擅自招募勇丁增援浙江這一條，左宗棠說，李元度不是擅自做主，也不是別人唆使的，而是奉了前任巡撫王有齡的奏調，而朝廷也下了諭旨批準的。對於曾國藩的這條參劾，李元度一直感到冤枉。
關於援救杭州不及時這一條，左宗棠說，李元度率領安越軍進入浙江時，金華和嚴州兩城已被太平軍占領，浙江東部到處都是太平軍，龍遊本是太平軍防守嚴密的城市，李元度在城外駐兵，兩個月都攻不下來。本來他打算放棄對龍遊的攻擊，火速增援杭州，但是在前麵的行軍道路上，堅城要隘都在太平軍手裏，進兵之路早已斷絕，他是想進也進不了的。
左宗棠說，他的新楚軍進入浙江之後，都花了兩年多的時間，才能攻克杭州，李元度當時孤軍一支，未能深入，是情有可原的。如果把丟失杭州的責任，怪到李元度的頭上，說是由於他的逗留不前而造成的，不足以令他服氣。曾國藩說李元度沒有努力援救杭州，是“事外論人，每多不諒”，這條指控不足為憑。
至於第四條罪名，說李元度擅自招募勇丁增援浙江時，假報攻克義寧等城。左宗棠經過分析，認為可以成立。
左宗棠說，當時李秀成從安徽南部和江西進軍湖北，意圖收羅部眾，擴張軍力。他擴軍之後，又借道江西和皖南，回歸金陵。李元度從平江和通城尾隨李秀成而推進，在太平軍撤退後進駐各城，卻把收複各城當作自己的功勞，實在近於無恥。他曾就此事詰問李元度，得到的回答是：當時安越軍隻是看見了太平軍的旗幟，可見兩軍確實沒有交戰。而李元度卻寫信報捷，致使湖北和江西的官員都根據他的報告上奏朝廷。因此，這條罪名，是可以成立的。
另外，李元度率領安越軍來到浙江之後，固守江山一地，分出八營兵力，隨左宗棠作戰，頗為出力。左宗棠對他倍加獎勵，期望他與自己共度時艱。由於欠餉無從籌措，應該暫留幾營，緩期裁撤，等到軍餉能夠周轉時再說。可是，李元度自從聽說曾國藩彈劾自己，致使自己罷官之後，就心煩意亂，大發牢騷，嚷著要走。
當時，左宗棠所部出了留守遂安的部隊，隨同出戰的隻有五千人，麵對的敵人是李世賢的全軍，加上譚星等人的花旗軍，人數多達二十幾萬，眾寡懸殊。左宗棠允許李元度裁撤幾個營，選留幾個營隨同作戰。李元度堅決不同意，要全部裁撤，而且把左宗棠指名要留下的幾個營撤去，以表示他的決絕。
左宗棠認為，在這件事情上，李元度做得太過分。他明知當時浙江大部分被太平軍控製，湘軍得不到軍餉，陷入困境，還天天向左宗棠逼發軍餉，不肯罷休。左宗棠申斥道：“國家有什麽對不起你啊，你竟然如此無情。”李元度仍然不顧。
左宗棠說，李元度一介書生，蒙朝廷恩典，擢升皖南道，轄境失守，革職拿問，又蒙恩擢升浙江臬司。革職後奉旨交給左宗棠差委，當浙江軍事危險時，他因自己心情鬱悶，如此不顧大局。這是可以成立的第二個罪名。
不過，左宗棠在奏折的末尾，再次指責曾國藩初次參劾李元度有負於曾國藩和王有齡，是出於“臣僚情義之私”，而不是出於“國家刑賞之公”，所以他不敢附和曾國藩的意見，請皇上將此案發到部裏按律定罪處罰。
清廷將李元度發往軍台效力。後來經過左宗棠、沈葆楨和李鴻章等人聯名保奏，他才免了當一名小卒的命運，回到家鄉休養。
清廷命令慶端改任將軍，耆齡出任閩浙總督，史致諤代張景渠出任寧紹台道。
太平軍加大對浙江東北部的攻勢，攻占餘姚以北的慈溪和以南的奉化。江蘇吳淞的太平軍向淮揚水師發起攻擊，黃翼升率部擊退太平軍，掃平七座壁壘。9月19日，淮揚水師華元龍部在澱山湖北岸的太平軍石壘，將太平軍趕走，奪得二十艘戰船。
徽州和寧州的太平軍乘船越過東壩，企圖爭奪金柱關，戰船聚集在固城以南的漪湖。彭玉麟親自率部入湖抵抗。太平軍采用火攻，來到花津，楊嶽斌率部前往阻截。
9月20日，洋槍隊攻克慈溪，美國紐約人華爾中炮身亡。李鴻章令白齊文統領洋槍隊。華爾是1860年由吳煦招募的外國將領，因屢立戰功而被清廷提拔為副將，曾經率領五百人在鬆江的迎喜濱和天馬山擊敗十多萬太平軍。他死後，人們根據他的遺願，按照中國的禮俗將他葬在鬆江。
蔣益澧的新軍於9月下旬到達衢州。他的部隊是從廣東開來的。他故意取道廣東，是為了向總督勞崇光請求供給軍餉。勞崇光念他過去勞苦功高，給了他幾十萬兩銀子。於是，他的部隊度嶺而來，軍容十分齊整。
蔣益澧過去在羅澤南手下任裨將時，起初並不為曾國藩和胡林翼所知。他率領一支部隊進入廣西，連續立下戰功，便有了名氣。
廣西官紳尤其感激蔣益澧立下的首功，他所到之處，官紳們都修了祠堂祭祀他，山穀間往往可以見到。湘軍在廣西的功勞，多虧有蔣益澧自告奮勇打前鋒。他被罷官之後，隱忍不拔，終於熬到出頭。
蔣益澧從到達浙江開始，就成為左宗棠最倚重的大將。他總結了以前的教訓，力戒魯莽，折節下士，獲得了好評。
左宗棠正需要兵力向北追擊太平軍，便於9月29日命令蔣益澧部攻打壽昌。蔣益澧的部將高連升和熊建益分別被任命為左軍將領和右軍將領，各自統領三千人。高連升出兵上方嶺，熊建益出兵梅嶺，蔣益澧自己率領一軍攻打中路。
太平軍開城迎戰，蔣益澧揮軍驅趕，喊殺聲震撼山穀，太平軍大為吃驚，趕緊撤退。湘軍追到城邊，城內的太平軍奪門而逃，湘軍進占壽昌。
高連升率部南下，會同熊建益的部隊攻打湯溪。
上海的湘淮軍已經出兵浙江，蔣益澧又率勁旅趕到，江蘇和浙江的湘軍氣勢大振。