唐訓方代理安徽巡撫以後，率部駐紮在臨淮。如何處理與李世忠的關係，是他必須考慮的問題。
清廷認為李世忠雖然驕悍，但袁甲三安撫了幾年，他還能盡力為朝廷辦事，命令曾國藩仍舊按照袁甲三的辦法對待他。
曾國藩上奏說，李世忠剛投降時，勝保讓他保留了一萬八千人，實數將近三萬，近來又招收到五六萬之多，占據了城池，自成一種風氣。
李世忠在長淮五河及長江新河口設了許多稅卡，征收的稅款頗為豐厚。又運鹽自售，對上麵而言，侵吞了公家的利益，對下麵而言，為害商人百姓，非常令人憂慮。但是，這種情況沿襲已久，如果要將他繩之以法，恐怕很難辦到。
而且，李世忠的部隊近來攻克了天長、六合、浦口和江浦，擊退了陳坤書的部隊，對於大局來說，不無功勞，不能埋沒他的勞苦而馬上懲治他的罪過。不如讓他維持原狀，對他收稅賣鹽的行為不加禁止，對他的請求也不加拒絕。但是，不要給他大力的支持，也不要輕易調用他的兵力。如果打算收回國家的權利，則必須另籌月餉，足以供養他的部隊，才能實行這套辦法。
於是，曾國藩催促廣東提供稅金，清廷同意他的辦法。
比起對於李世忠的政策來說，曾國藩還有更頭痛的問題。9月份江南傳染病大流行，徽州和寧國疫情最為嚴重，鮑超等人患病，無法指揮部隊。張運蘭告病回鄉，所部老湘營由二十九歲的湘鄉人劉鬆山和易開俊分別統領。劉鬆山從此成為獨當一麵的將領，據守寧國。他的部將易德麟堅守寧國至涇縣一帶。
圍攻天京雨花台的湘軍部隊，也有很多人染上了疾病。曾國藩憂惶不安，非常沮喪。
自然災害也影響到貴州湘軍的作戰。這時秋瘴已起，湘軍為了避免疾疫侵害，必須盡快結束戰鬥。
9月9日，湘軍在貴州東部集中主力攻打漢寨場。這裏是二十九歲的侗族好漢薑應芳經營了十多年的地方，清軍一直無法進入。現在湘軍乘勝招撫了旁邊的村寨，所以深入無阻。湘軍逼近漢寨以後，擲火燒寨。起義軍由於叛徒將抬炮灌水，沒有了火器，隻能用刀和石塊抵抗。大火燃起以後，起義軍都翻越寨牆逃走，退入清江防守。
湘軍增援部隊害怕瘴毒，都返回晃州，派出小部隊增援銅仁。
勝保的部隊到達陝西以後，於9月份轉戰西安以東，在鄰近西安的臨潼和黃河之畔的朝邑連續擊敗起義軍，然後挺進西安。西安周邊灞橋一帶回民村堡的起義軍聞風撤走，西安的清廷官府鬆了一口氣。清廷命令勝保專門指揮陝西軍事，雷正綰的部隊進駐西安。
勝保率部攻破省城附近的回民村堡，向西北方推進幾十裏，攻擊鹹陽的馬家堡和蘇家溝，指望牽製涇陽和鳳翔起義軍的兵力。成名的京兵在同州被起義軍擊敗，轉移到朝邑紮營。起義軍又集中兵力攻打朝邑，成名向清廷苦苦求援。清廷命令勝保和雷正綰領兵夾擊。這時太平軍襲擊商南，撚軍攻擊洛南，陝西東南部軍情緊張。
10月初，多隆阿的部隊在武關外打敗太平軍，洛南的撚軍也東撤河南盧氏。10月7日，勝保親自趕到鹹陽，於10月11日在鹹陽城北攻擊回民起義軍，攻克四座壁壘，獲得大勝。10月12日，起義軍集結兵力反擊，雷正綰率領騎兵將起義軍擊退，追逐三十裏。
10月下旬，郭刀刀的起義軍襲擊陝南寧陝的的火地嶺，勝保為了防止這支起義軍繼續北上，派王佐臣領兵到西安以西的周至和眉縣境內阻擊，連連擊敗起義軍。郭刀刀率部奔到寶雞的山中。
鹹陽的回民起義軍偵察到勝保的部隊分兵南下作戰，趁機集結三四萬兵力，四麵出擊，雷正綰連連抵擋，無法抑製起義軍的勢頭。
石達開於10月份率部從四川綦江南下貴州，部隊分為三支，每支三萬多人。一支奔向貴州西部，一支南下遵義，另一支到達遵義以北的桐梓就停下了。湘軍派沈宏富、李有恒和全祖凱等部反擊，挫敗了石達開的部隊。石達開分兵襲擊遵義西北方的仁懷和東北方的綏陽，以及貴州西部的畢節和郎岱。貴州清軍分兵追蹤，太平軍便從西南部的普安進入雲南。不久又從雲南進入四川，攻占筠連，北上宜賓。胡中和與劉厚基等部駐紮橫江，準備攔截。
川東順天軍在10月份遭到湘軍重創，湘軍在大竹以東俘虜了起義軍首領周紹湧。先前駐紮在鶴遊坪的順天軍，現已無人留在四川境內，隻剩下先後進入陝西的二部了。