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華東江南的疫情到10月份還在蔓延，軍士們相互傳染，死者的屍體堆積如山。曾國藩後來在《金陵湘軍陸師昭忠祠記》一文中，描寫了當時的情狀。

他說，湘軍進入雨花台以後不久，就碰上了傳染病的大流行。哥哥生病，弟弟傳染，早晨還在笑，夜晚身子就僵硬了。十座營帳，有五座不常開火做飯。一人暴斃，數人送葬，返回時又有一半人死於路途。附近縣城的藥都用完了，便派大型戰船，一艘接一艘地駛入安徽和湖北各省，征集藥材。

湘軍軍士病倒如此之多，惟獨曾國荃沒有病倒，算得上一個奇跡。

曾國藩憂心忡忡，上奏說，戰事剛剛順手，卻又流行天災。如果太平軍趁此危急之時來進攻，湘軍不但不能戰守，而且不能預先逃走，以圖再振。幾年來經過百戰所占領的地方，由尺寸而擴大到幾百裏，有可能前功盡棄。

他說自己德行單薄，不能挽救厄運，請清廷派親信大臣奔赴江南，分清責任的輕重，在艱難的時局裏挽回氣數。

清廷下詔說，近日已進入深秋，疫病仍未止息，寧國、金陵、徽州、衢州、上海和蕪湖的各路軍隊，都因疾病而不斷有人死亡。鮑超、張運蘭和楊嶽斌等人都各自抱病在軍中，軍營甚至很少看到炊煙。這種時候，無論是進攻還是防守，都沒有把握。

朝廷信用湘軍，由於曾國藩的忠勇是發自於至誠，因此推心置腹，希望他能挽救東南全局。自從各路軍隊逼近金陵，太平軍的老巢已成陷阱。隻是因為遇到艱難的時局，很難攻占，所以朝廷屢次下旨告誡，不要徒然地隻求旦夕功效，而應該立足於不敗之地，以等待可乘之機。

現在將士們正在患病之餘，朝廷怎麽會忍心重加督責？應該讓他們都知道朝廷的旨意，加以慰問。這是無可奈何的事情，不是曾國藩一個人的過錯。朝政有很多不周到的地方，足以上幹天和，君臣應當痛加自責，努力尋求禳救的方略，為民請命，指望天心轉移。

至於天災流行，太平軍中也會有人傳染。眼下京城本無大臣可以委派，就算有，環顧朝野，才力器量如曾國藩者，一時也難以選拔。曾國藩素嚐學問，更應當堅毅不拔，倍加小心，不要有一刻鬆懈。

清廷認為太平軍也會受到瘟疫的打擊，但是太平軍偏偏還有強大的作戰能力。正當群醫來到湘軍營中廣施醫療，患者們正在休息生養的時候，李秀成率領三十萬大軍，從蘇州和常州趕來天京增援，號稱六十萬兵力。東起方山，西至板橋鎮，連營幾百座。

曾國荃的兵力不足三萬人，被太平軍重重包圍。彭玉麟和楊嶽斌的水師，都被太平軍阻隔，無法與陸師聯絡。湘軍將領們吸取了向榮與和春的教訓，提出撤圍去投奔水師，退保蕪湖。曾國藩身在安慶，終日憂慮，廢寢忘食，派人飛馬送來命令，叫曾國荃撤圍。

曾國荃對將領們下令說：“賊寇傾盡全力突圍，是他們的慣技，向公與和公正是因為撤退而遭致挫敗。現在，如果我們重蹈覆轍，賊寇就會長驅西上，顛覆大局，我們怎能保住蕪湖？賊寇雖然人多，卻都是烏合之眾，不守紀律。又因就住江蘇的都會，驕奢**逸，沒有經曆過大的挫敗。我正苦於他們分散在各處，難以分兵打擊，現在他們都來了，聚在一起，我軍予以重創，必然打得他們大敗而逃。於是我便得以專力攻擊他們的巢穴，必定攻破。願諸位共同努力！”

湘軍將領們聽了這番話，都欣然從命。