西安周邊的回民起義軍,趁著勝保的部隊南下攻擊起義軍,省城周邊兵力空虛,向西安發起攻擊。勝保十分焦急,命令王佐臣等人率部返回鹹陽,增調馬升和譚玉龍的部隊會戰。
11月2日,勝保和雷正綰親自率部作戰,在畢郢原擊敗回民起義軍,這裏就是漢代的細柳營。
11月6日,勝保和雷正綰所部攻克馬家堡,連破六座壁壘,打通了省城的西路。11月8日,倉頭的回民起義軍占據白起營,清軍又將起義軍擊退。
西安以北七十裏處的涇陽,守城的清軍糧食吃完了,向勝保求援。勝保令成祿等部奔赴三原,繞到起義軍後方。烏勒興阿等部直接增援涇陽,用馬匹馱運大米和麥子接濟城內的清軍。勝保留下雷正綰駐紮鹹陽,自己率部返回西安,與巡撫籌劃餉事。
陝西多處燃起戰火,多隆阿的援軍與太平軍和撚軍在湖北河南交戰,無法西顧。勝保所部隻有一萬兵力,不足以四處征戰,便征調苗沛霖的團練入關。消息一出,輿論嘩然。
在曾國荃的部隊被圍困在天京周邊時,李鴻章曾上疏請調多隆阿的部隊南援,而將陝西的軍事交給勝保指揮。然而,多隆阿所部遠在西邊,來不及救天京之急。程學啟正在黃渡作戰,抽不出身來,便打算讓吳煦率領白齊文的洋槍隊到天京作戰。
到了12月初,曾國荃已經擊退增援的太平軍,便飛馬送信,阻止洋槍隊前往。但是,這件事已上報清廷,不能中止,便提出讓洋槍隊去攻打九洑洲。
吳煦來到鎮江,等待白齊文領兵前來,卻沒有等到,於是返回上海。白齊文關閉鬆江城門,索要軍餉,在上海毆打道員楊坊,搶奪了四萬兩餉銀。上海的軍事,各國都受英國指揮。李鴻章便把英國將領士的佛立和領事麥華陀請來,告之原委,解除白齊文的兵權,並將其逮捕治罪。又上奏彈劾吳煦和楊坊,將他們罷官,並責成他們賠償所費的十多萬兩銀子,理由是洋槍隊是這兩人創建的。
李鴻章抓到白齊文以後,沒有判他死刑,而是勒令他回國,由李恒嵩和奧倫率領部隊。
李鴻章鞏固了上海的防務,決定進軍蘇州和常州。
12月17日,黃翼升率領水師攻打蘇州,在蘆圩、尤家莊、汾湖和三官塘作戰,攻破了所有的關卡。
12月18日,淮揚水師返回洪家灘,到達嘉善的窯街。
12月19日,黃翼升抵達夏湖的西塘。太平軍的增援大軍趕到,兩軍交戰,副將蔡東祥和都司曹相主陣亡。
淮揚水師推進到青浦,在白鶴江打敗太平軍船隊。
太湖水師已經建立,擁有十營兵力,由李朝斌統領。曾國藩派湖南清泉人江福山任前營統領。
太平軍的常熟守將駱國忠此前已經投降,太平軍大舉出動,包圍常熟。湘淮軍前往,企圖援助駱國忠,但在太倉受阻,無法前進。黃翼升所部在福山擊敗太平軍,協助陸師進入常熟,與太平軍相持。