四川的新年第一天，胡中和、何勝必與劉厚基等部在橫江打了勝仗，斬殺一萬多名石達開的部屬。劉嶽昭部攻擊雙龍橋，約好投降的起義軍做內應，攻克二十多座壁壘，石達開的部隊逃往寧遠。
在四川東北部，周達武的部隊於1月2日在儀隴遭遇起義軍，將他們打敗。
1月22日，周達武部抓獲雲南起義軍元帥郭刀刀。
縱觀四川省內，各路起義軍都遭到重創，首腦已被湘軍處死，無法形成氣候了。曾傳理等湘軍將領認為在四川已無用武之地，請求率部返回湖南。劉德謙等部先後起程。駱秉章隻留下胡中和、劉嶽昭與周達武的部隊，在四川堵防石達開的太平軍。
石達開本人已率部離開四川，進入雲南東北部的東川。陳玉成的部將陳得才率部從湖北進入陝西南部，襲擊陝西的漢中和興安。陝西布政使毛震壽的部隊與陳得才部作戰，久無戰功，清廷命令駱秉章推舉大將，分兵前往陝南作戰。
駱秉章向清廷推薦了李雲麟和嚴澍森。李雲麟隸屬於漢軍旗，以諸生的身份轉戰湖北與安徽，因功被提拔為郎中，當時領兵駐紮在湖北西北角上的鄖陽，於是清廷命令他率部西進陝西。清廷還派江西布政使嚴澍森負責陝南軍事。
四川的戰事平息之後，南邊的鄰省貴州仍未安定。2月下旬，思南和石阡的苗民起義軍和教民起義軍聯合占據荊竹園，攻占思南東北麵的印江，聯合銅仁的起義軍，分兵南下，攻擊玉屏和青溪。清廷令江蘇人張亮基代理貴州巡撫，令長沙人勞崇光代理雲貴總督。
清廷又任命湘軍將領沈宏富為貴州提督。
駱秉章於3月下旬派張由庚率領五千人增援漢中。這時石達開又率部從雲南進入四川，先令中旗大將賴裕新率部進入寧遠，又派李複猷率部東進貴州。
李複猷的一部從鎮雄襲擊畢節，得到豬拱箐苗民起義軍的響應，攻占林口民團的兵營；另一部從雲南的昭通向東南方挺進，進入貴州威寧，影響到貴州西部的水城、郎岱和平遠一線。石達開自己率領主力三四萬人，從米糧壩渡過金沙江。
不幸的是，石達開的中旗部隊進入四川後，賴裕新被湘軍所殺，殘部奔向四川西部腹地榮經和天全，然後北上平武，進入甘肅的文縣。
李複猷的兩支部隊，從鎮雄進入貴州的一支奔向大定，從昭通進入貴州的一支奔向遵義。
貴州東南部清江的苗民起義軍攻占古州，向黎平進攻，影響到湖南的芷江和黔陽。湖南邊界的許多民眾受到起義軍的潛移默化，響應起義。
4月下旬，石達開打算進軍寧遠，卻誤入了四川西南部大渡河以南、金沙江以北的邛部土司領地，與他分出的兩支部隊隔絕了音信。
石達開偵察到越西大道上有漢族和少數民族的部隊，打算避開，便走小道迂回，於5月29日抵達紫打地，也就是現在所說的安順場，準備渡到大渡河以東。前鋒結紮木筏，已經渡到對岸。
大渡河畔已是暮色蒼茫，石達開擔心清軍前來襲擊，命令已渡河的部隊返回西岸，打算第二天全部渡河。
石達開沒有料到，當晚會有一場暴雨，使大渡河水漲高幾丈，而唐友耕的駐防軍已經趕到，在對岸列隊防守。
石達開部糧食已經吃完，前麵無路可走。石達開下令用弓箭射書，給千戶王應元，許以重利，約他讓路。又派人向土司嶺承恩說情，請求緩兵。王應元和嶺承恩都拒絕了他的要求。
石達開非常憤怒，殺死兩百名向導，下令渡河，部隊乘筏衝向湍急的亂流之中。但是轉眼之間，激流就吞噬了筏上的生命。石達開不得不下令停止強渡。
石達開部久處絕境，更加疲憊困乏，部隊被困在山穀裏，得不到食物，每天殺馬煮桑葉果腹。
6月上旬，王應元和嶺承恩偵察到石達開的部隊已經衰弱不堪，便率領漢族和少數民族的部隊壓縮包圍圈。石達開的部隊解散，奔向老鴉漩，餘部仍有七八千人。土司兵在前麵攔截，石達開部丟失了全部輜重。石達開的五名妻妾，抱著幼子沉入河水，他手下的官員多數自溺身亡。
石達開知道大勢已去，豎旗請降。6月12日，嶺承恩將他捆綁起來，送交湘軍。劉蓉親自趕來接收俘虜，將石達開和太平軍的其他五名首領一起用囚車送往成都梟首處死，解散石達開部眾四千多人。
駱秉章出任四川總督，曆時三年，主要依靠湘軍，肅清了各路起義軍，抓獲了太平軍的大首領，於是以擅長軍事而聞名於天下。
清廷銳意謀求天下大治，清廷的谘詢公文，有時一天發來三四封，向駱秉章和曾國藩這些封疆大吏問計。手握兵權並且掌握著地方武裝的漢人大臣，已經成為清廷唯一的依靠。
石達開在太平天國的諸位王爺之中，以富有愛心而著稱。所到之處，都以仁義之心，結交各方人士，因此有許多人願意追隨於他左右。自從韋昌輝和楊秀清互相仇殺以後，石達開離開天京，從安徽奔走江西，自成一部，力圖割據一方，卻找不到容身之處，八年間轉戰於廣西、福建、湖南、貴州和四川，直至走上英雄末路。
石達開死後，太平軍還有四位王爺的部隊集結在陝西西南部的興安和漢中，擁有十多萬兵力。陝西布政使毛震壽不是他們的敵手。李桓率部到達湖北，因病而免職。清廷催促駱秉章推薦的李雲麟率部奔赴陝西，並責成湖廣總督官文和湖北巡撫嚴澍森不要把鄰省當作溝壑。於是官文等人派李雲麟率領三千多名鄂軍，從鄖陽渡過漢水，派道員梁作楫領兵駐紮鄖竹，防禦湖北的西北門戶。
6月下旬，清廷下詔，任命李雲麟為四品京堂，陝南一帶四川和陝西的各路部隊都聽從他的指揮。命令駱秉章增撥勁旅增援漢中。官文等人又推薦劉蓉可以任一省長官，清廷令劉蓉率領湘軍越過四川劍閣，北上陝西，與鄂軍會合。