在浙江戰場上，盡管增援富陽的太平軍已經撤回杭州防守，富陽城內的太平軍實力仍然相當雄厚。蔣益澧的部隊無力在短時間內攻克富陽。
劉典的部隊轉戰皖南贛北，一時無法返回浙江。6月份，劉典所部與江西湘軍在鄱陽和陶溪擊敗太平軍。太平軍北進彭澤和湖口。
清廷見左宗棠在浙江取得了軍事上的重大進展，決定讓他出任閩浙總督，將耆齡調任福州將軍。左宗棠卸任的浙江巡撫一職，交給了正在攻打天京的曾國荃。由於曾國荃無法到任，由左宗棠兼代巡撫。劉典則因在皖南和江西的軍功，升任浙江按察使。
益陽人周開錫在左宗棠幕下，體恤百姓，為地方做了許多功在久遠的大事，因此不免得罪權貴顯要，遭到誹謗非議。但是周開錫將官場毀譽置之度外，堅持推行仁政。左宗棠對他十分看重，奏告清廷，將他提拔為浙江糧儲道。
清廷對曾國荃的任命，引起了曾國藩和曾國荃的不安。兩兄弟都上疏請辭。清廷下旨慰勉，曾國荃才把這個暫時無法赴任的官職接受下來。曾國荃對浙江的軍事顯然並無興趣，他隻有一個目標，就是攻下太平天國的國都。
左宗棠統轄的水師、步兵和騎兵，隻有兩萬多人。劉典和王文瑞率領一萬人常駐安徽南部，蔣益澧率領一萬人圖取杭州，衢州、嚴州和金華各郡縣，還得留兵駐守，左宗棠頗感兵力不足。
軍餉的匱乏，始終牽製著兵力的補充。為了盡可能地用好有限的軍餉，隻能淘汰作戰不力的部隊。左宗棠現在有權節製浙江和福建兩省的軍隊，認為福建清軍和寧波清軍兵員冗雜，耗費頗大，便提出淘汰這兩支部隊，節約軍餉。
江蘇的湘淮軍於7月份從鬆江西攻浙江嘉善，嘉興的太平軍北援，兩軍相持於張涇。
劉典的部隊於8月份從江西返回安徽歙縣。左宗棠見蔣益澧所部對富陽圍攻多時，無力攻克，而軍中流行疾疫，左宗棠自己也患瘧疾，身體困乏。他決定增調康國器的廣東勇丁，蔣益澧也請求征調法國人總兵德克碑率洋槍隊會攻富陽。
9月18日，蔣益澧大舉攻打富陽，湘軍從水陸兩路發起攻擊。
9月19日，徐文秀率部渡到江北，奪取城北雞籠山的新橋。太平軍過來爭奪，被徐文秀部擊退。
徐文秀占據舊壘，背水列營，水師戰船在後麵護衛，用炸炮轟擊城牆。德克碑率領花勇從嶺上衝下，楊政謨率領水師合擊，從夜間戰到天明，炮聲不絕。
9月20日，高連升率部攻破新橋的二十座太平軍壁壘，湘軍攻占富陽。蔣益澧派劉清亮率部駐守新橋，派王月亮率部駐守富陽，自己率領各路部隊逼到杭州城下，在清波門和鳳山門前紮營。
左宗棠下令，讓康國器部和魏喻義部攻打杭州西麵六十裏處的餘杭鎮。天國康王汪海洋從杭州出兵西援，康國器率部攔截，將汪海洋部擊敗。但是，太平軍的兵力依然強盛，軍營從倉前長橋算起，縱向排列到武林門和北新關，橫向排列到古**，綿延四十裏，西達餘杭鎮。
蔣益澧率部駐紮在留下，命令高連升部駐紮六和塔與萬鬆嶺，占據高阜，俯瞰杭州城。
10月18日，太平軍從杭州城內出動一萬多人，從雷鋒塔攻擊新營，高連升等部將太平軍擊退，追擊到饅頭山。10月20日，高連升部進駐天馬和南屏諸山。在杭州以西，魏喻義也率部占據了青山，康國器率部占據寶塔山，逼近餘杭鎮。
攻打餘杭鎮的戰役首先打響。康國器率部攻破城南的長沙堰卡，然後圍攻南門。魏喻義部在石門橋打敗太平軍。太平軍決定死守餘杭鎮至杭州一線，從餘杭東門直至杭州女兒橋一線集結精銳部隊，企圖繞過何母橋，襲擊餘杭湘軍背後。
11月份，蔣益澧命令劉樹元等部在何母橋排列，在天水橋、護國橋、方家橋和太平橋增築四座壁壘，以阻擋太平軍的攻擊。
嘉興的太平軍大舉增援杭州，趁著漫天霧氣，悄悄翻越萬鬆嶺，攻擊湘軍軍營。劉誌功率部憑借濠溝阻擊，高連升領兵趕來援救，德克碑乘淺水輪船夾擊，楊政謨率水師登岸作戰，將太平軍擊敗。
12月份，左宗棠為了加緊對杭州的攻擊，從嚴州移駐富陽，率領輕騎到餘杭督戰。將富陽駐軍朱明亮等人的五個營，以及分水駐軍張聲恒的四個營，調到餘杭協助攻擊。又派劉明珍率領嚴州駐軍的兩個營和淳安駐軍的四個營，到分水駐防。增援安徽的黃少春部，從分水開往新城，扼守餘杭西南。