多隆阿部署兵力之後，疾病加劇。他擔心朱希廣和趙希發輕易出戰，臨走前一再叮嚀，但他擔心的事情還是發生了。
回民起義軍於7月27日在夜色掩護下鳧水渡過渭河，向多隆阿部發起突襲。趙希發自恃驍勇，忍耐不住，忘了多隆阿的告誡，命令部隊開壁出擊，將起義軍擊退，然後跟隨起義軍渡河，攻破起義軍的十三座壁壘。朱希廣也領軍渡到渭河北岸。起義軍以一萬兵力包抄，擊敗多隆阿軍，擊斃朱希廣和趙希發。
多隆阿聽說部隊大敗，一恨趙希發和朱希廣不聽命令，輕易出戰，二恨將士作戰不夠勇猛。他叫人用轎子抬著他到交口，於7月31日親自指揮作戰，對起義軍發起三麵圍攻，還動用炮船助戰，殺死幾百名起義軍。起義軍撤進堡壘，閉門不出。
8月20日，多隆阿軍攻克葡萄窪和拜家村。
8月24日，多隆阿軍攻克三府裏，將白鴨嘴和烏什的回民堡壘幾乎全部搗毀。
8月25日，多隆阿部拔掉了起義軍的根據地，致使起義軍幾千名勇士溺死，流水為屍體所阻塞。
到此為止，多隆阿軍已肅清省城以東的起義軍。
9月4日，多隆阿到達西安，與將軍和巡撫商議軍事。瑛棨被革職充軍，英桂暫代陝西巡撫。
清廷見鳳翔和平涼被起義軍圍攻已久，命令多隆阿撥兵前往馳援。多隆阿派陶茂林率領三千五百人增援鳳翔，派曹克忠領兵攻打戶縣，派穆圖阿領兵攻打十三村。至於平涼，多隆阿軍仍然是鞭長莫及。
10月4日，多隆阿率部返回交口紮營。10月8日，多隆阿率部進軍普陀原。時逢大雨，部隊紮橋渡河。然後，多隆阿命令雷正綰部攻打涇陽和高陵之間的永樂店與塔底，派馬升的部隊扼守鹹陽。
10月10日，穆圖善率部攻克十三村，然後進占高陵，留兵戍守。雷正綰部攻克永樂和塔底。
10月16日，起義軍從渭河渡過涇河，多隆阿軍轉移到河北紮營，逼近起義軍。起義軍趁勢發起攻擊，多隆阿派騎兵截殺，起義軍撤走。多隆阿的騎兵追到長陀灣。
10月19日，多隆阿揮軍進攻起義軍精銳部隊集結地蘇家溝，連戰四天，於10月22日攻克蘇家溝，斬殺五千名起義軍，還抓獲大批俘虜。接著進軍渭城灣，斬殺一萬七千人，起義軍大部西奔甘肅。
總督熙麟呆在甘肅東部邊界的慶陽，護總督恩麟則呆在西邊的蘭州，起義軍所到之處，沒有清軍阻攔，平涼和固原一帶，井舍都成廢墟。
陶茂林在眉縣擊敗四川的順天軍，進攻眉縣以東的槐芽鎮和白家凹，攻占了起義軍的堡壘，然後挺進西北方，逼近鳳翔，在七裏河修築壁壘，鳳郡的形勢平靜下來。知府張兆棟因防守鳳翔而出名。清廷將陶茂林提拔為甘肅提督，多隆阿改任西安將軍，三十七歲的天津人曹克忠出任河州鎮總兵。
曹克忠領兵渡過渭河，攻擊白起營和馬家埠，占領這兩處以後，關輔一帶稍稍平靜。
清廷再次下詔，催促多隆阿派兵增援甘肅。陶茂林奉命拔營越過隴縣，揮師北上，與雷正綰部一起攻打平涼。
11月17日，四川順天軍攻占周至。11月28日，曹克忠的部隊在白吉原打了個大勝仗，起義軍西奔固原。11月29日，雷正綰部從永壽北上邠州，也就是現在所說的彬縣。起義軍解圍西撤。
從此以後，陝西的回民起義軍為了避免與多隆阿軍交戰，逐漸向西邊轉移。
這時，寧夏府發生了漢民與回民的爭鬥，兵備道侯登雲訓練民團守備。將軍慶瑞認為應該安撫，上奏彈劾侯登雲，勒令安民團練部隊繳械。這裏的寧夏府，就是現在所說的銀川。
12月4日，回民起義軍攻占寧夏府城，侯登雲喪命，漢民全被斬殺。慶瑞就在幾裏之外的滿城，置若罔聞。
12月5日，靈州回民起義，占領州城，攻進滿人軍營，繳獲大量物資，捆載而去。這個靈州，就是現在寧夏自治區的吳忠。
清廷得到報告後，頒下嚴旨，斥責慶瑞，催促熙麟趕赴蘭州接受總督官印。又命令陝西巡撫英桂調撥一千名湘軍駐紮陝西與寧夏交界處的定邊，命令直隸總督劉長佑挑選兩千人組成的勁旅，由提督訥欽統領，增援寧夏。
自從1862年陝西發生回民起義以後，起義軍派人四出聯絡，於是甘肅東北部義軍四起，在靈州與固原之間的同心城，以及同心城東南方約一百裏處的預旺城，都有回民舉起義幟。同州城西南約三十裏處有個金積堡，伊斯蘭教哲派第五代教主馬化龍在這裏舉起反清義旗，設立碉卡，訓練部隊。
起義軍攻占寧夏府城後，姓赫的首領派使者迎接馬化龍進城，回民們跪在道路左側，俯首聽命。
馬彥龍和馬占鼇在蘭州西南約兩百裏處的和州起義，向東進軍，攻占狄道，即現在所說的臨洮。在蘭州以西，則有馬桂源和馬本源在西寧起義，趕走總兵和知府。馬桂源自任西寧知府，馬本源自封西寧鎮總兵，辦事大臣玉通無法製止。後來馬文祿占據肅州，即現在所說的酒泉，自稱兵馬大元帥。蘭州東南方的岷縣、渭源、臨洮和東方的安定、會寧、靜寧，以及西南部的循化，都有回民起義。甘肅從西到東，都燃起了起義的火焰。
麵對甘肅全省的起義軍，多隆阿感到兵力不足。他得知湘軍在江蘇已對天京合圍，東南戰事漸漸順利，便請清廷讓兩江總督和巡撫抽調兵力趕赴陝西，並且催促石清吉的湘軍向西開進。