曾國荃於10月下旬命令蕭慶衍等部結紮筏子渡水，紮營扼守天京東路。可是，蕭慶衍發現，太平軍已窺破曾國荃的意圖，搶先占據河東阻截。蕭慶衍下令隔河開炮轟擊，朱吉玉與李祥和率部占據西岸，修築三座壁壘，與太平軍相持。
11月1日，李祥和率部從上遊渡河，蕭孚泗的吉字營從下遊渡河，攻破太平軍的五座壁壘。城內太平軍出兵增援，蕭慶衍命令部隊邊作戰邊築壘，在東岸構成防線。
11月5日，太平軍又分幾路出擊，蕭孚泗、彭毓橘和陳湜等人率部扼守雙橋門以東，蕭慶衍率部進擊中路。交戰之後，太平軍稍有退卻，湘軍將士們奮臂高呼，太平軍掉頭退走。蕭慶衍指揮騎兵截斷太平軍的退路，攻克上方門和高橋門。
在右路方山與土山作戰的太平軍，被熊登武的部隊挫敗，也放棄壁壘逃走。
在這種情勢下，駐守七甕橋的太平軍各部也想撤走，蕭孚泗和彭毓橘率部擋住了東邊，李臣典率部攔住了西邊，不讓他們逃走。城內的太平軍著急了，出動大部隊營救，與湘軍搏殺。雙方傷亡慘重。
蕭孚泗命令部隊趁夜放火，太平軍頂著煙霧突出營壘，湘軍進占七甕橋。
接下來，湘軍從方山南進秣陵關，攻打博望鎮。在這裏，太平軍環繞全鎮修築了七座壁壘，上可以接應水陽，旁側可以控製金柱關。
金柱關守將朱南桂聽說鮑超在水陽作戰，邀約朱洪章等人的部隊出兵小丹陽，以襲擊博望鎮，使博望的太平軍無法增援水陽。朱南桂率領所部八營趁夜銜枚急進，於拂曉抵達博望，攻克兩道關卡。
太平軍開壁大戰，漵浦人武明良率部繞過第一壘，襲擊軍營。太平軍回頭一看，七座壁壘已換掛了湘軍旗幟，大為驚慌，狂奔逃走。朱南桂率部追到長流觜，太平軍戰士多半淹死。
湘鄉人朱南桂是羅澤南舊部，此戰以後，因功以總兵記名。
曾國荃見博望已經攻克，隻有中和橋孤零零地處在湘軍包圍之中，便於11月6日派趙三元率領七個營的騎兵和步兵，南襲秣陵，到達中和橋，一舉攻占。秣陵關的太平軍正在吃飯，見湘軍騎兵和步兵突然殺到，拔腿便逃。湘軍追到河幹，被水阻擋，無法渡河，斬殺來不及渡河的兩百多名太平軍。
從此以後，紫金山西南方沒有了太平軍的壁壘。
11月8日，曾國荃來到孝陵衛勘察地勢，準備調部隊紮營合圍。太平軍從朝陽門和太平門出兵襲擊，蕭慶衍和陳湜分別領兵攔截，蕭孚泗和李臣典所部從側邊殺入太平軍陣列。激戰正酣，一名太平軍將領出來督陣，曾國荃派槍手將他擊斃，太平軍陣勢大亂。天國章王和順王退入城內。太平軍餘部奔向淳化鎮。
安徽寧國和太平的太平軍進駐高淳與溧水，企圖南攻蕪湖。彭玉麟親率水師攻打高淳以南四十裏的水陽，楊嶽斌率部前來會師，兩軍聯合攻克窯灣、金寶圩、水陽、新河莊和塘溝的太平軍壁壘。
11月12日，湘軍水師攻克滄溪和長樂，太平軍將領楊友清投降，湘軍進占高淳。
11月15日，曾國荃派兵攻克淳化、解溪、隆都、湖熟和三坌鎮，搗毀太平軍的二十多座壁壘。於是天京東南側幾乎全被湘軍占領。
11月17日，彭玉麟、楊嶽斌和鮑超的部隊攻克高淳東側的東壩，接著攻克高淳以北的建平和溧水，解散數以萬計的太平軍。
李秀成於10月下旬又集結了八九萬兵力撲向後宅，命令各位王爺率部自己的部隊，從望亭與後宅紮營，交替前進。李鶴章領兵攻打後宅，無法撼動太平軍。李秀成又將各路大將的主力集結在西路，企圖保住無錫，增援蘇州。
程學啟與戈登正在率部攻打蘇州五龍橋。五龍橋位於寶帶橋以西五裏處，太平軍靠著這座橋，可以從澹台湖和鯰魚口到達太湖，然後前往浙江。
程學啟親率水陸四千兵力，從寶帶橋攻擊五龍橋左麵，戈登的輪船從鯰魚口攻打五龍橋右麵。李朝斌率水師進入澹台湖，攻破太平軍的六座壁壘。
譚紹洸從盤門出兵增援，被張遇春的部隊擊敗。譚紹洸邀約嘉興與湖口的太平軍到達同裏，攻打太湖東南側的平望，為蘇州太平軍聲援。
程學啟叮囑戈登率部防守五龍橋，自己率領水陸三路南下平望，在八坼會師，大敗從嘉興與湖口開來的太平軍。天國會王和榮王隻身逃脫。程學啟令陳有升等部駐守五龍橋，於是蘇州從盤門進入太湖的道路也被斷絕。
李秀成所部占據了後宅、西倉和馬塘橋，李世賢所部靠北占據了惠山和高橋，向南抵達坊前和梅村，隊伍排列幾十裏，攻擊猴山。
李鶴章令周盛波和劉銘傳所部攻打坊前，令張樹聲和郭鬆林所部攻打梅村和麻塘，自己率領洋槍隊援應。三路出擊，都獲大捷。隻有李秀成設在麻塘的石營無法攻克，郭鬆林負傷，部隊撤回。