由於苗沛霖長期經營淮河流域，清軍對苗沛霖團練的攻擊，成為一場惡戰。陳國瑞的力量還不足以對付這個本地軍閥，清廷的四路部隊都投入了戰鬥。
11月7日，富明阿率部來到蒙城。李世忠增派一萬兵力沿淮河南岸攻擊下蔡。唐訓方分兵前往大小蚌埠，謀攻懷遠。富明阿見蒙城外麵沒有清軍壁壘，以此為理由，彈劾唐訓方。
僧格林沁本部已經平定直隸和山東，回師南下。民間圩寨聽說清軍大舉開來，紛紛投向清廷。壽州鄉民田端書等人，集結兩萬人，聲稱要協助清廷殺賊，圍攻下蔡，燒毀苗沛霖的糧台，向僧格林沁報捷。
11月下旬，李世忠的部隊掃平了壽南的二十六座圩寨，攻克下蔡。
12月2日，陳國瑞在蒙城東南門作戰，大獲全勝。部隊一邊攻擊，一邊修築壁壘，斷絕苗沛霖的糧道。富明阿的部隊分守各個險要地勢，與陳國瑞部形成犄角。僧格林沁屬下的翼長舒通額也領兵趕到。各個圩寨的團練懾於軍威，紛紛剃發投降。
唐訓方集結水師和陸師，一起圍攻蚌埠。守將張士端請求招撫，獻出蚌埠和懷遠。
12月7日夜晚，唐訓方的部隊逼到懷遠城下，見東門已經打開，湘軍便開進城內。
當晚，陳國瑞等部攻擊蒙城外濠，苗沛霖親自巡濠，見敵軍殺來，轉身逃跑，跌倒在地，他的部下從後麵將他擊殺，將頭顱割下，送到王萬清的軍營。
撚軍首領相盤、葛小年、鄒煥林和龔耀駢同時被殺。程二坎、李大個和魏群兒請降，安徽北部逐步平靜。張宗禹等人的部隊向西推進，襲擊河南的南陽和湖北的襄陽。
王萬清將苗沛霖被部屬殺死的事情秘而不宣，向上麵報告，說是他自己在巡濠時砍死了苗沛霖。有人說：“殺苗沛霖的人，就是陳玉成的舊黨。王萬清殺了他，是為了滅口。”
苗沛霖一死，他的殘部聽到消息，立刻瓦解。富明阿等人率部進入蒙城。清廷收到捷報，賞賜王萬清勇號，獎銀一千兩。
12月11日，陳國瑞部將康錦文和宋慶攜帶苗景開抵達壽州，城內的苗家團練開門投降。
這時，清廷各個體係的部隊為了爭功，發生了小小的內鬥。
李世忠派部隊趕到壽州，要求進入，殺死五名守門將領。宋慶等將領為了報複，鬥殺李世忠部將朱元興和杜宜魁，用器械拘捕蔣立功，乘勝進占下蔡，搗平苗家老巢，將苗氏家族及苗沛霖的妻兒押送僧格林沁的軍營，全部處死。
12月12日，蔣凝學和成大吉的部隊攻克潁上。
12月14日，毛有銘的部隊攻占正陽關，康錦文和程文炳率部一同入城防守。
12月16日，蔣凝學的部隊移駐正陽，還不知道苗沛霖的餘部已經獻關，而守關的駐軍卻把蔣凝學部誤當成敵人，隔河發炮阻擊。毛有銘後來發覺對方是自己人，連忙下令停火。
僧格林沁上奏，說將領們為了爭功而發生械鬥。清廷把此事交給曾國藩處置。曾國藩認為，陳國瑞和李世忠的部將械鬥，殺傷人數，彼此相當，而李世忠已經領著他的部隊回滁州了。因此這個案子，隻要殺掉苗景開，就可以結案。至於正陽的那場戰鬥，由於兩軍沒有通氣，發生誤鬥，並非出自有心，請求免議。於是外省軍隊全部從淮河南北撤走，湘軍部隊分別回到皖南和湖北。安徽的撚軍各部，有的被消滅，有的投降，事情就此平定。
清廷頗為擔心安徽北部民圩眾多，命令唐訓方籌劃善後。僧格林沁又請求在蒙城和亳州的中間地帶，增設文武官員，添加駐防部隊。唐訓方上奏，請求將鳳台縣交給下蔡管轄，把渦陽縣的縣治改為雉河集。清廷大臣們都打算趁勢鏟除李世忠的勢力，僧格林沁請求派李世忠的部隊協助攻打金陵，責成李世忠交出城池和鹽卡。吳棠則請求從豫勝營中挑選幾千名精壯軍士，分別由曾國藩和唐訓方管轄，把他們混雜在湘軍部隊裏，觀摩熟悉營規。
曾國藩上奏說，李世忠成為眾矢之的，有兩個原因。第一是因為心懷叵測，第二是因為專門從擾民中取利。他從同治元年陰曆九月開始統領李世忠的部隊，仍然擔心他倒行逆施。後來搜獲太平忠王的文書，發現李秀成極力主張攻打江浦和浦口，以打通北伐的道路，才知道李世忠確實沒有私通太平軍。
曾國藩雖然肯定了李世忠沒有對清廷懷有二心，但他反對借用李世忠的兵力征討太平軍。李提督沒有二心，他的部眾卻決不可用。李世忠發表檄文聲討苗沛霖，慷慨請行，似乎是因為他已知道世人容不下自己，借此來表明他的歉意。他的部隊到了壽州和下蔡，接連與友軍發生爭端，他的部將蔣立功被捕，朱興元和杜宜魁被殺，李世忠仍然出語謙遜，不像往年那般倔強，似乎知道自己大禍將要臨頭，隻能委曲求全了。
但是，這次作戰，李世忠部在懷遠與壽州一帶，焚燒搶掠，令人慘不忍睹，民怨沸騰，實為眾所周知。試論其中的原由，還在於勝保當初納降時，處置不盡妥當。收留一萬八千人，聽任他們盤踞幾座城市，養成桀驁不馴的脾氣。勝保認為天長、六安、滁州和來安，本來是造反者出沒的地區，便放手讓李世忠納稅收厘，又上奏令李世忠用鹽供給月餉，自捆自賣，形成風氣，習慣而成為自然。
曾國藩說，自從袁甲三和他接管李世忠的部隊以來，也不能籌發官餉，來改變以前的做法。於是在李世忠勢力範圍之內的幾個縣，田地荒蕪，百姓離散，再也無可盤剝了。淮河航運不通，賣鹽的利潤也就減少。今年征討苗沛霖，路途上竟然買不到大米，任何部隊駐紮在這種地方，都不可能不侵擾百姓，何況駐紮在這裏的是李世忠的烏合之眾呢？
因此，曾國藩認為，李世忠剛剛協助清廷消除了苗沛霖的勢力，可以追究他騷擾百姓的罪過，卻不必懷疑他會背叛朝廷。
曾國藩還說，凡是降將驕兵，當他們力量有餘時，必然會驕橫跋扈，無法製約；當他們力量不足時，就會破壞法紀，連累朝廷。借助別人的力量，是軍事上的大忌。淮河上遊的往事，就是因為清軍無能，導致權勢下移。現在李世忠的部隊，實力比不上湘軍，朝廷何必依靠他們呢？何況僧格林沁曾經征調過苗沛霖的團練，他們從來就不聽從調遣，反而刺激他們生變，毫無益處。
他提出的辦法是：命令李世忠遣散部隊，交還城池，退出厘卡，停止供給餉鹽，放他回歸鄉裏，安享晚年。
僧格林沁對李世忠還不放心，派人到五河偵察他的動向。發現李世忠已經在執行曾國藩的命令，大家才打消了疑慮。
劉長佑在這一年裏提出建立直隸六軍。各個行省編練軍隊的做法，就是從這裏開始。