苗沛霖的團練趁著湘軍在皖南激戰時，於7月18日攻占了壽州，殺死李續宜委任的知州毛維翼。壽州的駐軍隻有五百人，毛維翼原來隻是一個聽差，沒有文韜武略，苗沛霖不把他放在眼裏。但毛維翼竟然堅守了七十六天，部隊靠挖掘城內的野菜和雜蔬充饑。
蔣凝學花重金雇人，在夜裏劃小船運送米麥進城，要求城內再堅持幾天，等到成大吉的部隊到來，就可以解圍了。可是，下蔡外委邱維城在夜裏打開城門，迎接苗沛霖的隊伍。毛維翼率部巷戰，在搏鬥中陣亡。清廷贈給他道員職銜，加以優厚的撫恤。
對於這次失敗，曾國藩上奏彈劾自己和蔣凝學、成大吉等人，清廷對曾國藩以下的有關湘軍將帥，給予了降職處分和其他懲罰。曾國藩請辭總督職位，理由是軍餉匱乏。清廷當然不會同意這位最重要的大臣撂挑子，免不得下詔安慰和勉勵一番。
曾國藩與李鴻章聯合上奏，請求減少蘇州、鬆江和太倉的浮糧，清廷令他們適中定額，革除明代遺留的積弊。
劉長佑在曲周作戰時斬殺撚軍首領張錫珠，責成楊鵬嶺等人勒令投降的撚軍戰士繳出軍械和馬匹，回鄉務農。直隸省內已無撚軍。
苗沛霖在壽州得手後，又令部隊向西南方運動，打起霍邱的主意來。清軍在河南與湖北的邊防，頓時感到吃緊。
曾國藩令蔣凝學分兵防守潁州、霍邱和三流集，令周寬世分兵防守桐城、六安與迎河集，又令成大吉率部駐紮三河屯，毛有銘率部駐紮老廟集，調何紹采率領兩千兵力從寧國渡到江北，取道廬州，抵達臨淮，征調彭玉麟和楊載福的水師從瓜洲進入洪澤湖協助作戰。
唐訓方孤軍待援，命令馬新貽率部返回臨淮，由英翰代他防守蒙城。
蒙城被苗沛霖團練圍困已久，軍民每天靠吃浮萍和樹皮充饑，十人當中有兩三人餓死。
8月下旬，苗沛霖自己率領二萬人殺到黑窯，抄襲臨淮後方。唐訓方的處境更加危險。他知道自己的劣勢在於沒有水師，便派水師將領丁泗濱和王吉率領八十艘舢板駛入淮河，護送軍糧的運輸。吳棠派黃開榜率領一百艘戰船隨後跟進，裝載了許多米麥，李世忠也派一千人來到鳳陽西南。
唐訓方還不放心，又奏調淮揚水師。清廷命令楊嶽斌親自率軍前往。曾國藩認為長江軍事重大，留下楊嶽斌。李鴻章說：“蘇州鬆江之戰，水師功勞最大。”他也認為不能把淮揚水師派出去。
唐訓方命令馬新貽返回臨淮，令英翰率部轉移到蒙城防守。
苗沛霖指揮部隊在淮河兩岸增修壁壘，堵住淮河運道，斷絕湘軍的交通。湘軍水師被巨炮阻擊，傷亡慘重，將士焚船燒壘，退保臨淮，苗沛霖的勢力更加擴張。他為自己終於能夠挫敗湘軍而沾沾自喜，認為湘軍的破亡翹足可待。
這時，由於劉長佑和僧格林沁的兩支部隊在直隸與山東獲勝，僧格林沁得以抽調更多的部隊南下安徽。
劉長佑在直隸的館陶攻擊宋景詩的黑旗軍，得知山東巡撫沒有在館陶以東的堂邑設防，便奏調閻敬銘部向東南轉移，合力夾攻黑旗軍。他自己指揮部隊割禾而進，將黑旗軍誘進伏擊圈，包抄攻擊。黑旗軍撤向河南開州。
僧格林沁的部隊於9月5日在鄒縣白蓮池大敗文賢教起義軍，斬殺起義軍三萬多人，屍橫遍野，血流成河，白骨成堆，令人慘不忍睹。僧格林沁抽調三千兵力，由陳國瑞率領，增援臨淮。
僧格林沁上奏，彈劾劉長佑貽誤軍機，致使未能抓獲宋景詩。宋景詩和張錫珠的部隊從上年冬天攻占武邑，率部返回，從南邊的臨漳，北奔邯鄲，東襲廣平和曲周，然後北奔平鄉、巨鹿、隆平和新河，東插武邑和東光，接著直接向南奔去，從張秋渡河。追趕的清軍狼狽不堪，將領們快要發瘋，士卒們更是抓狂。
劉長佑身為總督重臣，親自率軍追趕，都沒能攆上，偶然相遇，黑旗軍卻又突圍而去。
小皇帝剛剛即位，清廷商議軍事，無非嚴責各路部隊發起攻擊。在各路清軍的攻擊之下，撚軍已到窮途末路，在京畿一帶疲憊不堪，騎兵從此衰弱困頓。僧格林沁率部轉移到蒙城，攻打苗沛霖。
9月下旬，清軍大將都興阿從揚州派來兩千兵力，由王萬清率領，又派富明阿率領兩千名騎兵和步兵隨後跟進，一起增援臨淮。李世忠率領五千人來會合，分別在淮河南北紮營，南至定遠，北到固鎮，連營相望，軍勢頗旺。
苗沛霖見臨淮很難攻克，便集中兵力攻打蒙城。防守蒙城的團練勇丁隻有一千人，日夜盼望援軍到來。僧格林沁的部將陳國瑞已率三千人到達徐州，可以南下增援。唐訓方上奏，請清廷將蒙城一線的作戰交給陳國瑞，將淮河北岸一線的作戰交給富阿明，與蒙城一線的部隊相連。潁州和壽州一線的作戰，交給蔣凝學等湘軍將領。淮河南岸的作戰，則由唐訓方自己負責。
湖北人陳國瑞是一員猛將，少年時投身太平軍，後來投到黃開榜帳下，又被僧格林沁收為部將，以作戰勇猛聞名於山東、河南與直隸，雖然官職隻是總兵，軍民都稱他為“陳大帥”。他性情勇悍，個子卻矮於常人，人們曾稱他為“紅孩兒”。
陳國瑞的部隊騷擾百姓，但凶猛悍銳，為各軍之首，撚軍和苗沛霖團練都害怕他。
陳國瑞一到蒙城，就催動兵馬，頻繁出戰，攻破蒙城以北的五座圩寨，以及附著於圩寨的幾十座軍壘。陳國瑞部將這些軍事設施全數搗毀。每次作戰，他都自報家門，威懾敵軍，對手便心生怯意，不敢出擊。
苗沛霖先是下令挖掘外濠防守，聽說陳國瑞到了，就藏在壁壘裏，不再露麵，隻是命令部隊從壁壘中開炮轟擊，擊傷陳國瑞的許多軍士。
蒙城守將派人參見陳國瑞，傾訴糧食久已匱乏，朝不保夕。陳國瑞與英翰約定同時大舉進攻。
10月23日，陳國瑞揮師冒雨越濠，親自督戰，斬殺後退的軍士。軍士們喊殺之聲動天撼地，穿過壁壘，殺入營中，斬殺大批苗沛霖團練。
苗沛霖的部隊向四周開炮，拋擲亂石。陳國瑞所部冒死衝鋒，不顧炮火與石彈，死傷累累，最終還是未能入城。清點人數，發現三百人陣亡，五百人負傷。陳國瑞收兵，駐紮城外。