隨著湖口太平軍的撤退，都昌、建德、彭澤和鄱陽的太平軍都向東北方推進，進入安徽。
這時圍攻天京的湘軍處境艱危，曾國藩上奏，請調江忠義的部隊從湖口北上安徽，轉戰青陽，江忠義卻因病返回南昌就醫，在半路死於江西吳城。清廷下詔，將他按總督規格賜恤。
江忠義死後，沈葆楨將他的部隊全部留在江西，江西從此有了一支勇悍精銳的部隊，與王德榜和段起的部隊協同作戰。
沈葆楨上奏請用九江的洋稅專門供給江忠義和席寶田這兩支部隊。適逢曾國藩向九江征餉，關道蔡錦青從稅銀中分出一萬五千兩交給曾國藩，然後才向巡撫報告。沈葆楨大怒，將蔡錦青謾罵一通，還寫信詰問曾國藩。曾國藩向他道歉，但兩人之間已有積怨。
8月下旬，江西的太平軍返回安徽境內，包圍青陽，攻擊銅陵、寧國和涇縣。
9月下旬，一支太平軍從福建進入江西，向湖口和彭澤運動，不久進入安徽，襲擊池州，參與對青陽的圍攻。
9月24日，李榕率部增援青陽，被太平軍擊潰。這時鮑超的部隊已在協助曾國荃攻打天京，打得頗為順手。曾國藩令鮑超率部返回安徽，派喻俊明的水師部隊和他的親軍喻吉三部，以及江忠義舊部和席寶田的部隊，先後趕到青陽，要求他們按期限向太平軍發起攻擊。彭玉麟也到青陽視察水師部隊。
太平軍見湘軍幾支勁旅趕到，撤掉對青陽的包圍，南下石埭。鮑超的部隊已經趕到南陵，得知青陽已經解圍，便東攻建平。
石埭和太平的太平軍頻頻攻擊寧國與涇縣，失敗而退。10月下旬。他們的將領古隆賢向朱品隆投降，湘軍進占石埭、太平和旌德，遣散四萬名投降的太平軍。
11月12日，湘軍進占高淳。鮑超和楊嶽斌的部隊都在東壩會師。
11月13日，易開俊率部從涇縣出兵，劉鬆山從寧國出兵與他會合，共同攻克寧國縣。
湘軍占領安徽南部後，由鮑超全軍駐守。王可升防守溧水，李榕防守建平，投降的太平軍將領洪容海防守高淳。在青陽，在石埭，在太平，在旌德，在涇縣和寧國府，湘軍都分派了兵力駐守。
於是，安徽南部與天京之間，湘軍各部息息相通，太平天國的國都已經陷入湘軍的重圍。
湘軍大戰安徽期間，曾國藩坐鎮安慶，繼續關心輪船的製造。
自從蒸汽機試製成功之後，曾國藩就下令立即著手試製輪船。
比造蒸汽機更加困難的是，造船不僅要有“機巧”，還必須要有一定的設備。徐壽組織眾人集思廣益，總結了中國人造船的傳統經驗，設計出許多獨具特色的造船設備。經工匠晝夜趕工，製造出一整套造船所需的基本機械設備。這些設備結構簡單，卻非常實用。
有了設備，工程進展得更快，不到一年就初步完成了輪船模型的研製。該模型為暗輪式汽船，長三尺，汽鍋原料為“與鋅相似的合金，模型的汽筒直徑是一又十分之七寸，機器的運轉達到二百四十次的速度”。
據上海英文報紙《字林西報》報道，1863年11月，安慶造成了一艘螺旋式汽船。不過，試航時隻能行駛一華裏，就因蒸汽耗盡而完全停頓。
曾國藩聽到報告，亦喜亦憂，但他鼓勵科學家們繼續努力，造成可以投入使用的輪船。