蔣益澧所部向杭州發起的總攻，於3月29日黎明掀起第二個**。高連升率部攻打觀音堂，擊破三座壁壘。陳炳文率領一萬兵力爭奪這個要地，蔣益澧督率親兵，聯合馬德順的騎兵，衝向陣中，奮力砍殺。陳炳文無力支撐，退入城內。
德克碑所部發射炸炮轟擊鳳山門，將城牆炸塌三丈。丁賢發率領一批精壯的軍士，加上十幾名洋兵，捷足先登。太平軍發射槍炮，拚死抵抗，湘軍傷亡一百人。高連升和王聯芳負傷，包紮好傷口，繼續進攻，還是被太平軍擊退。
蔣益澧決定多路出擊，加強攻勢。3月30日，他給各部頒發獎勵，在杭州五門陳列兵陣，令劉清亮等部攻擊錢塘門，令高連升和德克碑所部攻擊鳳山門，令王月亮等部攻擊清波門，令劉連升等水師部隊登陸，攻擊望江門和清泰門。劉清亮等部阻擊增援的太平軍。
蔣益澧自己率領親兵，抵達武林門督戰，另派徐文秀部攻擊城北長街。
徐文秀的部隊銜枚疾走，逼近長街之後，吹響號角，揮舞旗幟，軍士們一擁而上，拔除木樁和竹簽，跳越濠溝，突入工事。
太平軍埋伏在壁壘後麵開炮轟擊，軍士們剛剛登上城牆，就被擊倒。徐文秀手執小旗，冒著炮火跳入內濠，周廷瑞與賀國輝跟隨在後。陳炳文又率領一萬兵力過來爭奪，劉清亮、王東林和席得元率部分路阻擊，將太平軍稍稍擊退。
眼看徐文秀的部隊就要攻破長街的壁壘，城內忽然又衝出幾千名太平軍。蔣益澧急令洋槍隊逼近城門射擊，最先衝出城門的太平軍全被擊斃，後麵的部隊退入城內，隻有陳炳文所部還在城外作戰。
長街的攻堅戰從中午打到傍晚，湘軍傷亡四百人，太平軍傷亡幾千人。徐文秀被長矛刺傷。清泰門、清波門和其他各門前的戰鬥，湘軍都無法攻克太平軍堅固的壁壘，蔣益澧命令各部收兵。
杭州的太平軍雖然進行了頑強的抵抗，但是陳炳文缺乏繼續堅守的信心，於是在當晚打開北門逃走。
蔣益澧聽見城內打更的梆子聲漸漸稀疏，但不久又聽見人聲鼎沸，知道太平軍已經逃走，便下令集合部隊進城。各路部隊分別從幾道城門開進城內，於3月31日進占杭州。
駐守餘杭鎮的汪海洋所部太平軍，也打算棄城東奔，與杭州的太平軍會合，一起奔赴杭州以北的德清。湘軍進占餘杭鎮。
左宗棠上奏，報告他的部隊已進占杭州和餘杭。清廷下詔，獎給左宗棠太子少保銜，封他為一等恪靖伯爵，獎給蔣益澧運騎尉世職，兩人都賞穿黃馬褂。對於提督高連升以下的將領，都分別給予不同的獎勵。
李秀成在天京得到杭州失陷的報告，更加恐慌。每天都驅趕老弱婦女出城，以節約糧食。他屢屢向洪秀全報告城中已無糧食，洪秀全對王公大臣們說：“全城都吃甜露吧，這東西可以養生。”
所謂甜露，就是野草。大家雖然知道天王所言荒誕，卻也拿他無可奈何，於是在城內種麥割草，聊以充饑。
程學啟在嘉興負傷以後，已經無心體味攻克重鎮的喜悅，一直在蘇州療傷。他自從在安慶投降時因曾貞幹出於信任而冒險救了他的命，一直願為曾貞幹效死。後來追隨曾國藩，又得到曾國荃的激賞。李鴻章帶領湘淮軍奔赴上海時，請求曾國藩把這員安徽大將調到他的屬下，於是程學啟和他的開字營就編進了湘淮軍的係列。
程學啟表現出的勇敢和謀略，湘淮軍中無人可以相比。突圍陷陣，無人可擋，見者以為神兵。而在軍事上所做的判斷，也可謂料事如神，連勝敗都能預見。當他預見到己方將敗時，便告誡手下的將領：“你們都不喜歡打敗仗，那就讓我去當誘餌吧。我把賊寇引來了，你們拿捏好火候，在適當的時候和適當的地方來援助我，就能把賊寇打退了。”結果往往和他預見的一樣。
程學啟手下的將領，對他心服口服。每次約定出擊，都會如約而至。洋人將領戈登素來欽佩他的才幹，但對他殺降非常不滿，很久不願跟他見麵。戈登的反目和李鴻章對他的指責，令他心中不快。因此，在額頭的創口已經愈合後，他仍然快活不起來，終日愁思。
有一天，他獨自坐著想心事，心中波瀾起伏，創口竟然開裂，流血不止，就此去世。
戈登聽到程學啟的死訊，流下兩行眼淚。他將程學啟的將旗帶回祖國，將這個安徽軍人作為一代名將來紀念。
李鴻章議論程學啟的功勞，稱他為吳中第一。他的意思是，湘淮軍在江蘇東南部的作戰，從上海開始，在嘉興結束，大功告成，程學啟的死，算是終結的標誌。
清廷下詔，在蘇州和嘉興為程學啟建立祠堂。
程學啟因鬱悶而死，湘軍有一員大將也跟他一樣鬱悶。
清廷的大臣們不能體諒多隆阿根據前線戰況做出的安排，依照常規對他督促責勉。多隆阿不得不一次又一次地對周至發起硬攻，徒然折損許多部將。
3月9日，多隆阿下令引爆地雷，城牆隻炸開幾尺缺口。將領們率部衝鋒，士卒傷亡三千多人，仍然無法攻克。
陶茂林的部隊已經抵達千陽，曹克忠打敗了麟遊的各支起義軍，雷正綰在甘肅靈台再次取得大捷。增援甘肅的部隊，已進甘肅和未進甘肅的，都有捷報傳來，惟獨多隆阿自己被順天軍拖在周至，久無戰果。多隆阿憤懣不平，加緊督戰。
3月30日，多隆阿下令攻擊月城，對將領們說：“我們輪番攻擊，敵軍就無法休息。不出兩天，賊寇必定逃走。逃走時必然從西門出城。出西門不遠便是山，我軍預先埋伏，便可捕獲他們的頭領。”
開戰後，多隆阿登上望樓，擊鼓督戰，一顆子彈射來，擊中他的左眼，他仍然擂鼓不息。
當天夜裏，順天軍果然從西門通過地道出逃。
3月31日，多隆阿部攻占周至。順天軍首領身中數槍，率領十多人逃到南山，為民團所殺。為首者自稱藍大順，其餘的人自稱藍三順、藍四順，直到藍九順。民團將這些人的首級傳到漢中。
藍大順就是藍朝鼎，其實他在四川就死了，占據洋縣的起義軍首領姓曹，冒用了他的名義。
經過這一仗，進入陝西的順天軍，已經所餘無幾。秦州的起義軍又東進留壩和佛坪，商南的起義軍殘部向西推進，兩軍會師。
多隆阿傷重，進入西安養傷。
清廷收到捷報，頒賜珍貴藥品給多隆阿治療眼傷，派他的兒子多雙全到他身邊照顧。不久，多隆阿因傷勢惡化，請清廷任命穆圖阿代理欽差大臣。清廷批準。
多隆阿就此離開了清末的軍政舞台，距離人生的終點也隻有一步之遙了。