李世賢和汪海洋的部隊進入江西，兵力確實不少，戰鬥力也確實很強。在楊嶽斌趕到江西之前，湘軍各部已針對太平軍的部署，分別進行了攻擊和防守。
江忠朝和席寶田率部攻擊崇仁的李世賢所部，邊曉棠也收攏舊部參戰。劉典和王文瑞率部從樂安向北推進，鮑超率部從豐城南下，約定在崇仁城下會師。
王沐率部從撫州攻打金溪，到達滸灣時，被太平軍伏擊打敗。太平軍包圍撫州。王德榜和王開琳等部駐紮安仁，東扼貴溪，西圖東鄉。周寬世部駐紮進賢，守衛省城南昌。水師將領孫昌國率部駐紮弋陽，劉於潯率部駐紮盱水。這是湘軍在江西用兵以來最為強盛的一次兵力部署。
楊嶽斌率部到達江西時，又提議增兵八千人，由於軍餉缺乏，沒有實現。
西安將軍多隆阿在5月18日因傷勢發作而離開人世。清廷賜給他優等的撫恤和“忠武”稱號，在陝西和甘肅為他建立祠堂。
多隆阿是齊齊哈爾人，轉戰湖北和安徽有功，為胡林翼所器重。他統領的部隊多數是湘軍，對太平軍陳玉成的部隊殺傷最大。他平生不識漢字，但通過耳濡目染，竟然掌握了古代的用兵方法，料敵和決策，如有神助。在旗人將帥中，所立戰功可與僧格林沁和塔齊布比肩。
多隆阿統領部隊十多年，所得的俸祿和賞賜，都分贍將士，不曾拿回家裏。每當有家書寄來，他拿到手裏便撕個粉碎，說：“別讓它擾亂我的心神。”
多隆阿死後，清廷任命穆圖阿為荊州將軍，統領多隆阿的湘軍部隊，率部回援湖北。
穆圖阿還負有一個使命，就是與劉蓉會同辦理陝西的軍事。固原提督雷正綰仍然率部與陶茂林和曹克忠的部隊會師，增援甘肅。清廷罷免了訥欽的職務，派將軍都興阿統領寧夏的部隊。
陶茂林已經率部完成在神峪河的作戰，約雷正綰率部一齊攻打平涼城。城內的回民起義軍向固原求援，集結八千精兵向湘軍攻擊。陶茂林部在米家溝攔截起義軍，取得勝利。起義軍奔赴大和溝，遭到雷正綰所部的阻擊。雷正綰派騎兵出擊，將起義軍追到紙坊川，將這支起義軍全部殲滅。
隨後，雷正綰等部逼近平涼紮營。曹克忠所部在長寧驛和馬麻鎮接連擊敗起義軍。李雲麟所部在仙河擊敗太平軍，由於糧食已經吃完，返回興安。
劉蓉還牽掛著四川的防務。當貴州的起義軍攻擊南川時，劉蓉增募湘軍二千人，由曾誌友和成耀星等人率領，增強秀山和綦江的防禦兵力。清廷任命劉嶽昭為雲南按察使，唐友耕為雲南提督，但兩人都未上任，仍然留在四川駐防。
當時有多路太平軍和撚軍進入湖北境內。而由藍二順率領的順天軍，從湖北鄖西進入陝西，聲言要為兄弟們複仇。
藍二順聯合天國啟王梁成富，於6月份從小路行軍，突然出現在距西安不遠的大峪，把西安的清廷官員嚇了一跳。清廷嚴厲責備劉蓉和李雲麟，並留下穆圖善的後隊在陝西作戰。
這支起義聯軍從長安附近的子午鎮和灃河攻占戶縣，沿著山腳西行，金順率騎兵攔截，將起義聯軍擊敗。
劉蓉見多隆阿舊部大半已經東援湖北，便調李雲麟所部從興安增援省城。清廷又擔心興安與漢中兵力空虛，令李雲麟部駐紮漢中，扼守華陽、佛坪和留壩一線，以防起義軍進入四川。
李雲麟防得了南，防不了北。聚集在陝南的各路起義軍，在陝西回民的引導下，到達西安以南的杜曲，距西安不過六十裏。
6月12日，金順與起義軍在杜曲開戰，在陣中斬殺七百人。起義軍西撤，退守秦渡。彭基品率部渡過灃河，向起義軍攻擊。起義軍奔向西北方向的戶縣，金順和黃鼎率部追趕到周至的祖庵。
雷正綰和陶茂林的部隊在甘肅包圍了平涼，城內的回民起義軍糧食已經吃光，藥材已經用完，緊閉城門，不敢出戰。湘軍搭起雲梯登城，於6月22日攻克平涼。起義軍向西北撤退，防守瓦亭，於6月24日攻克瓦亭。
在此之前，在瓦亭以西的靖遠，回民起義軍首領張保隆向恩麟請降，用計進占了鹽茶和固原兩城，臬司楊柄鋥和總兵穆隆阿受降。固原位於瓦亭以北，標誌著甘肅北路已無起義軍。湘軍便向南開赴張家川。
西安附近再次告急，太平軍分別占據樓觀、黑水和西駝峪，軍營綿延四十裏。劉蓉將蕭慶高部調到戶縣作戰，由穆善圖部協助。
6月23日，劉蓉出城指揮軍事，大舉征調各路將領，包括鍾玉勝、曹克忠、孟宗福、何勝必和黃鼎等部，新舊混雜。
6月29日，劉蓉親率劉厚基的湘果營會同穆圖阿的部隊攻擊店子頭的太平軍，被太平軍擊敗，何萬春中炮身亡。王謨、米方多爾和濟蘇彰阿受傷。金順率領騎兵左衝右突，湖南將領唐友勝從側麵夾擊，才將太平軍擊退。
從這時起，清廷許多大臣議論劉蓉有名無實，不可重用。清廷下詔垂詢駱秉章的看法。駱秉章回答：有什麽才幹，就給他什麽職務，人人都可派上用場，不能放棄。
6月份，貴州的苗民起義軍攻占天柱和玉屏。