南宋文士最重博學鴻詞科（宰相多從詞科出身），讀書非常廣博，考訂非常精細。南宋末王應麟《詞學指南》，講明讀書的方法，又作《困學紀聞》，會萃讀書的心得，王應麟成為考據學派的創始人。
明朝士人埋頭八股，空談性理，大抵枵（音梟。空）腹不讀書。一部分矯俗的名士，主張讀古書（文必秦漢，詩必盛唐），因此文字學、音韻學、校勘學、辨偽學、訓詁學、地理學、輯逸學、曆算學，逐漸興起。其中音韻學尤為讀古書的關鍵。明中期以下，較大寺院都有主音和尚，專門研究音韻，發明頗多，給士人很大的便利。陳第（戚繼光部將）著《毛詩古音考》、《屈宋古音考》，證明（用本證旁證）古今音韻不同，實是清朝考據學最重要的先驅者。
滿洲入據中國，義士反抗失敗，匿跡山野，讀書著述，希望文字流傳，人心不死，民族有複興的一天。所以清初期學風注重經史，讀書與抗滿聯結，著述與實踐（致用）一致，可稱考據學派的啟蒙時期。乾、嘉兩朝，學者為考據而考據，學術完全脫離實際生活，可稱考據學派的極盛時期。道光時代，今文學興，攻擊古文學，西漢學（今文）與東漢學（古文）對立，可稱考據學派的變化時期。
（一）啟蒙時期
（甲）浙東學派——史學
黃宗羲，浙江餘姚縣人，學者稱梨洲先生。梨洲博通十三經、二十一史、百家九流、天文、曆算、樂律、道藏、佛藏，尤注重史學。他的讀書程序是：“學者必先窮經，但拘執經術，不切實用，想免做迂儒，必兼讀史。”他著書數十種，《明儒學案》、《宋元學案》最稱巨製。弟子萬斯同繼承黃學，為清初史學大師。斯同以後，有全祖望、邵晉涵、章學誠。學誠著《文史通義》，與唐朝劉知幾《史通》並稱曆史學兩大名著。
（乙）浙西學派——經學
顧炎武，江蘇昆山縣人，學者稱亭林先生。亭林治學宗旨是“博學於文”（包括一切典章製度文物）、“行己有恥”（一切行為沒有汙點）。方法是“讀經自考文（了解字義）始，考文自知音始”。他著作中最重要的有《音學五書》、《日知錄》（仿《困學紀聞》體）兩書。清朝考據學派的規模，從亭林建立起來，被尊為“開國儒宗”。
（丙）懷疑派
考據學最基本的方法是“要證據”、“反對空談”（宋學空談性命的反動），因此證據不充實或並無實證的空論，雖然是所謂“大聖”、“大賢”的著作，都認為可疑，加以攻擊。這一派著名的學者，有閻若璩、胡渭、毛奇齡、姚際恒等人。若璩著《尚書古文疏證》，證明書經一部分是偽書。胡渭著《易圖明辨》，證明朱熹易學出道士傳授，不是孔子的易學，把整個正統派宋學的哲學體係破壞了。毛奇齡著《大學知本圖說》、《中庸說》、《論語稽求篇》等書，猛攻朱熹不稍忌諱，把程朱作為理論堡壘的四書摧毀（朱注四書幸有朝廷保護得不廢棄）了。際恒著《古今偽書考》、《諸經通論》，對經、史、子無不懷疑，可稱懷疑學的專家。
黃宗羲、顧炎武二人都兼長經史，黃偏重史，成浙東史學派，顧偏重經，成浙西經學派，二人治學宗旨都在求實用，排斥空談。對理學態度，黃屬姚江學派的右派，主王但不反程朱；顧接近朱但要用經學代替理學，排王不遺餘力。懷疑派顯立經學旗幟，公開攻擊宋學，所有宋學理論的根據，全被懷疑派用考據方法攻破，宋學在清朝，依賴統治者支持，苟延殘喘，不敢與考據學派正麵對抗。
（二）極盛時期
清朝最怕漢人寫曆史，明末義士卻最注意亡國史實的記錄和保存。清朝對史學家大費苦心，玄燁招集遺老名士（博學弘儒科），令參加官修《明史》的撰述。從康熙十八年到乾隆四年凡六十年，《明史》才修成，顯然借史館收買失節的史學家。別一方麵用嚴刑壓迫，如莊廷鑨案、戴名世案，都是有意大屠殺，向民間史學家示威。弘曆廣搜野史，屢次燒毀，企圖消滅漢族反滿的意識。看清朝費力這樣大，可見黃宗羲提倡史學的識見遠大。
顧炎武想用經學來保存民族意識，繼顧氏興起的經學家，專力音韻訓詁，放棄顧氏讀經致用的本意。清朝看出經學沒有危險性，加意提倡，任令與宋學鬥爭。弘曆提倡尤力，開四庫全書館，收容著名考據家，乾、嘉兩朝，考據學派發展到最高度。
（甲）吳派
清初期經學，與宋學對立，也就是考據與空談對立。至於經學采西漢人說或采東漢人說，卻並不重視。宋學被懷疑派戰敗，經學（漢學）轉入極盛時期的第一階段，吳派是這一階段的代表。
吳派首領惠棟，江蘇吳縣人。惠棟博極群書，著《九經古義》、《周易述》、《明堂大道錄》等書，搜集漢儒舊說，凡漢人說不論是非，都當作珍寶，毫無批評，一概接受。這一派的學風是“好古”、“信古”、“博學”。成績是散佚的漢人舊說，都被采集在一處，供給考據家豐富的材料。章學誠說吳派隻有功力，沒有理解，一生做細碎的工作，不能有串貫的思想，好比一條吃桑葉不吐絲的蠶。
（乙）皖派
戴震是極盛時期第二階段也就是最高階段的代表人。他是安徽休寧縣人，讀書極博，理解極精，依據許慎《說文解字》鄭玄經注作學問的尺度，判斷是非，如老吏折獄，被尊為清朝考據學派唯一的大師。許鄭都是東漢人，講古文經學，所以戴震一派稱古文學派又稱許鄭學派。
皖派的學風是“實事求是”、“無征（證據）不信”，這當然是很好的科學精神。可是他們隻能依靠許鄭去批判別人，卻不能依靠真是來批判許鄭。他們專力經學，旁及小學（文字學）、音韻、訓詁、天算、地理、金石、樂律、典章、製度、校勘、考古等等，凡經過他們整理的古書，解釋明確，使讀者節省無限的精神，對學術確有極大的功績。可是這個功績並不能抵消他們共同的缺點。他們篤信許鄭的學說，篤信經是無可懷疑的聖訓。經的形成有先後不同的時代，內容有真實和假訛的區別，這些，他們是完全不理的，隻要說得合許鄭合經文，那就斷然下判決了。所以他們標舉“實事求是”、“無征不信”是科學的，但得出的結論卻未必真是、真可信。
（丙）戴震的哲學
漢宋鬥爭，漢學戰勝了，漢學必須建立自己的哲學，才能防止宋學的反攻，戴震在這一重要事業上，有了很大的成就。震著《孟子字義疏證》、《原善》兩書，疏證用訓詁學探求孟子本義，尤為一生第一大著作（戴氏自稱所以正人心）。疏證主旨在說明理就是條理，條理必據人情作標準，凡不合人情的理，隻是些個人意見，一定不是公理。他痛論宋儒談理的禍害道：“尊者用理責卑，長者用理責幼，貴者用理責賤，不問那個理是否合理，總認為是合理的。卑者，幼者，賤者據理爭辯，就是合理也認為不合理，因此在下麵的人，不能把天下人的同情同欲（物質要求），達到上麵。上麵用自己的理責下麵，下麵的人都成了罪人，被法律殺死的罪人，還有人憐憫，被理殺死的罪人，誰去憐憫他？”
戴震真不愧為被壓迫者的大哲學家，也不愧為對宋儒理學革命的第一人。
（三）變化時期
戴震的考據學、哲學，徹底擊敗了宋學，可是他這唯物主義的哲學，統治階級決不允許它發展，首先出來痛斥的是浙東學派章學誠，認為戴震心術不端，離經叛道。皖派中也極少有人敢繼續發揮（隻有焦循一人），戴震自稱第一大著作的價值竟一錢不值了。其餘專講訓詁名物的一部分，雖然盛行，支離曼衍，已有人（方東樹《漢學商兌》）譏為豬肉店的賬簿了。皖派極盛時期，同時也是開始衰落時期，代它興起的是西漢今文學派。
（甲）常州學派
戴震弟子孔廣森治公羊學（今文經學），著《公羊春秋經傳通義》。他不是有意恢複西漢今文學，來對抗皖派的東漢古文學，本意隻在“備一家之言”，後起今文學派也不認他是開山祖。
真正今文學從莊存與開始。存與，江蘇武進縣人，與戴震同時。他自知訓詁考據，絕不能爭勝，要對抗皖派，必須別辟新境，“其中多非常異義可怪之論”（何休《公羊傳注·自序》）的公羊學成為最好的對象了。
存與著《春秋正辭》，不講訓詁名物，專求所謂“微言大義”，學風與皖派大異，但並不攻擊古文學派。
（乙）今文學派的發展
存與創立今文學派，同縣劉逢祿繼起，著《春秋公羊經傳何氏釋例》，凡何休所謂“非常異義可怪之論”，如“張三世”（據亂世，升平世，太平世）、“通三統”（夏、商、周三代不同，隨時因革）、“絀周王魯”（魯代周為王）、“受命改製”（孔子受天命為素王，改革舊製）等說，次第發明，公羊學卓然成一有力的學派。
劉逢祿著《左氏春秋考證》說《左傳》是劉歆偽造書。此後凡今文學家無不攻古文經，一概指為劉歆偽書，立說不免武斷，篤信古文經的東漢學派，卻遭遇勁敵。古文學派的長城——《左傳》、《周禮》兩經，尤成眾矢共射的鵠的。
（丙）今文學的分派
議政派——《公羊春秋》在西漢本是議政的要典，附會穿鑿，是這一學派的特長。道光時代，西洋勢力侵略益急，中國政治腐朽，危亡可憂，一部分先覺誌士，借公羊學發揮改製變法的思想。龔自珍（浙江杭縣人，著作名《定庵文集》）是這一派的代表，引公羊義譏評時政，排斥專製，晚清思想的解放（包括文章體製），自珍出力最大。光緒時代所謂新學家，無不讀《定庵文集》，影響非常廣泛。自珍又著《西域置行省議》，光緒時立新疆省，就是依據他的議論。與龔自珍並稱的有魏源（湖南寶慶縣人），著《海國圖誌》，談世界地理，又著《聖武記》，主張變法圖強（主張買外國船代替中國戰船，在當時要算新見解）。龔、魏生在舉國昏聵的時代，獨能指天畫地，規劃天下大計，確是豪傑之士。他們都擅長考據學，但不屑自拘在考據圈子裏。那些拘守今文經義的經師派自以為是，指他們是偽今文學派，自稱為今文正統派。按照龔、魏的看法，這些夏蟲井蛙，幾乎不值一笑。
議政派發展到康有為、梁啟超，造成近代史上著名的戊戌政變。
經師派——這是庸俗化的今文學派。這一派講究今文師法，斤斤與古文學派爭孔子真傳、經學正統，如戴望、皮錫瑞、王闓運、廖平一類人，學問既不及古文學派的精切，識見又僅限在公羊、王製（《禮記》中一篇）小範圍內，在學術史上不能占什麽地位。
（丁）清末漢宋調和派
由於今文議政派的發展，使守舊頑固分子感到憤怒和恐慌。他們的代表是廣州陳澧。澧擅長音韻學，著《東塾讀書記》，調和漢宋學，取鄭玄、朱熹學說牽合為一事，反抗維新議政派。他們得達官貴人的獎勵，戊戌以後，流行很廣。浙江朱一新（義烏縣人，著《無邪堂答問》），也是這一派的首領。