1685年，五世喇嘛去世後的第三年，桑傑嘉措聽到了倉央嘉措出生前後的一係列“靈異”現象後，派人將他一家從鄔堅林遷居夏沃，暫住措那宗。據文獻記載，這一係列行動都是嚴格保密的。此後，靈童的一切生活都在格魯派僅有的4個人的照料之下，連他的父母也不得隨便接近。
1688年，靈童開始學習文字。據記載，他非常聰明，學習開始的當天，就掌握了30個字母，並能上下加字、逐一拚讀。
1690年，桑傑嘉措派出學問精深的高僧擔當靈童的經師，在當地的巴桑寺中，他開始正式學習佛法。
1691年，靈童開始給桑傑嘉措寫信，匯報學習情況。從這年的10月開始，他的學習任務更重了，見於記載的便有五世喇嘛著的《土古拉》、仁蚌巴著的《詩鏡注釋》、《除垢經》、《釋迦百行傳》等。甚至，十歲左右的小靈童還完成了《馬頭明王修行法》一文的撰寫。
有意思的是，《詩鏡》是古印度的文藝理論著作。簡單來說就是講詩歌創作的一本書，它對藏族古典文學尤其是詩歌美學產生了巨大的影響，其中有656首詩歌。也許《詩鏡》和《詩鏡注釋》正是倉央嘉措酷愛詩歌的關鍵原因。很多人不理解為什麽出家的人還要學文藝學，其實這正是佛教“五明”中的聲明，是一種研究文字、語法及音韻的學問，是僧人必須學習的。
1696年，康熙皇帝得知五世已經圓寂、桑傑嘉措匿喪不報的事情，嚴厲責問。桑傑嘉措做出將靈童迎往拉薩的決定，但是對他的真實身份，此時還是內部公開但對外保密的。
1697年4月，靈童從措那啟程，前往拉薩，途中在浪卡子暫住。8月，桑傑嘉措公開了五世喇嘛圓寂、靈童即將迎請到來的消息。9月，五世班禪受邀來到浪卡子，給靈童授沙彌戒，取法名為倉央嘉措。這期間，靈童的父親去世。
當年10月，倉央嘉措正式坐床，康熙皇帝派章嘉國師授予封文，正式認證他為六世喇嘛。此後，五世班禪來到布達拉宮上了“第一堂課”，給他講了五世喇嘛一生的巨大貢獻，鼓勵他勤奮學習。
1698年，倉央嘉措開始學習更多的經典，他的老師都是各教派的著名學者，精通多種學問的桑傑嘉措也親自教他。
關於倉央嘉措的學習情況，正史就記載到這裏，從1683年到1698年。
從這段記載中，我們可以看出幾個問題：
一、倉央嘉措並不是在家鄉長大的，而是從小就秘密搬遷，在格魯派的嚴密保護下成長，連他的父母都很難見到他。所以，很多民間傳說他在家鄉自由快樂地成長，是不可能的。同時，即使是他的父母信奉寧瑪派，也還來不及向他灌輸什麽。不過，有意思的是，靈童的父親去世時，恰好有兩位寧瑪派的活佛來探望靈童，確實是這兩位寧瑪派的高僧為他做了超度法事。
二、倉央嘉措從小就受到良好的佛教教育，從他的學習過程和進度來看，他的學習能力和提高速度都是不錯的。很多民間傳說說他從小就不喜好佛學，偏愛遊山玩水，還學了騎射，身負武功，而且年紀輕輕就風流倜儻等等，這些都不太可能。
三、從他的經曆來看，不可能有什麽青梅竹馬的女朋友。他的生活是在嚴密的監控和保護下的，哪裏去找女朋友？而且，從時間上看也不可能。如果真有這樣一個初戀情人，也隻能是在1697年4月他從措那動身前往拉薩之前；因為此後他的身份逐漸公開化，是斷然不可能找女友的了。那麽，1697年他多大呢？15歲。
一個15歲的小孩，在寺廟裏住，竟然已經談了好幾年戀愛了，這不是太好笑了嗎？
由此，可以初步判斷，至少在1698年坐床前後，他的私生活是不會出現什麽**的事情的。那麽，住到布達拉宮之後，會不會真的搞出“夜會情人”的事兒來呢？
1698年到1706年，他正式做喇嘛這6年，關於他的私生活，正史裏是沒有記載的。
不過，學界的統一觀點是，在此期間，倉央嘉措確實有一些喜好遊樂的行為，在學習方麵態度也比較懶散。為此，桑傑嘉措曾反複規勸，督促他的老師和身邊侍從嚴格管教，但適得其反，反而使彼此間產生了嚴重隔閡。最終，導致了倉央嘉措拒絕比丘戒、要求放棄沙彌戒（出家戒）的事情來。
從正史記載的字裏行間來看，倉央嘉措的錯誤肯定是有的，使得格魯派上層僧侶認為他“迷失菩提”。但這種錯誤是不是半夜裏化名出遊、縱情酒色，甚至真有幾個情人呢？事實上，格魯派認為他“不守教規”，多半是指他拒絕受戒這件事情。至於生活方麵，他也肯定是有些過失的，但未必到了眾叛親離的程度。
年輕人精力充沛、不喜歡枯燥的生活，這是可以理解的；年輕人有些“逆反心理”，對生活有自己的想法，不甘願聽從長輩的指揮，這也是正常的。從這個所謂的“情理”出發，民間普遍認為，因為倉央嘉措從小生活在家鄉比較自由的環境中，此時麵對老邁而無趣的一大批老師、每天學習枯燥的經文，從年輕人的本性出發，采取了“對著幹”的態度。
然而，這樣的理解並不成立。首先，倉央嘉措從小就接受佛教教育，並不存在從自由環境到枯燥環境的不適應；其次，藏傳佛教僧人對上師是無比崇敬的，這種無條件的尊崇是不能用現代教育的師生關係來類比的；第三，幼年活佛的學習生涯確實比較緊張、壓力比較大，但也還不至於無趣到有如困獸的地步。
那麽，到底是什麽讓年輕的倉央嘉措不愛學習呢？他對學習是一種什麽態度呢？
目前，民間對倉央嘉措這一段的學習生活和日常生活有兩種說法：一、以桑傑嘉措為首的老師們，嚴格監督他學習繁重枯燥的佛教典籍，對學習抓得很緊很嚴，這讓渴望自由生活的倉央嘉措產生逆反情緒；二、倉央嘉措沒有受到什麽正規教育，在布達拉宮裏純粹就是一個象征性的擺設，所以，讓他感到“失望，學習也無益處”。而此時的桑傑嘉措忙於政務，醉心於攬權，教學上不太用心，卻總用老師的權威壓人，讓倉央嘉措對他心生不滿。
總之，兩者的結論都是倉央嘉措不喜歡學習、也不聽從老師教導。
然而這樣兩種說法不是非常矛盾嗎？桑傑嘉措對倉央嘉措的學習，到底是管得嚴還是放手不管呢？
很多貌似矛盾的觀點，如果仔細分析一下，其實並不是那麽格格不入的。
對這一問題，實際上有第三種解釋：倉央嘉措不是貪玩不學，而是沒學到真正想學的，所以對當下的學習任務比較消極懶惰；桑傑嘉措不是不管，而是沒管到點子上，倉央嘉措想學的他不教、不管，不想學的他反而拚命教、管得嚴。造成的結果就是：倉央嘉措學習態度懶散，對老師的規勸也保留意見。
用現代的觀點來看，這就是在老師和學生之間，對培養方式和培養目的之間關係的理解產生了分歧。
此時，如果老師們教倉央嘉措另一門學問，用不著桑傑嘉措嚴格管理，他都會學得努力、用功，感到有趣有益。
問題是，倉央嘉措究竟想學什麽呢？桑傑嘉措為什麽不教呢？
我們必須明確的一點是，格魯派發展到清代，已經不是單純的宗教組織，它管理的不僅僅是宗教事務，而是由於宗教集團在地方事務上的特殊作用，成為一種有經濟產業、有組織機構、有政治權力的政教組織。這種宗教集團的領袖不但要在佛學上出類拔萃、在宗教事務上有絕對權威，在地方政治的處理能力上也要有相當的水平。
在這三者中衡量，佛學水平是對個人修為的要求，宗教事務處理能力是教派內部的要求，地方政治處理能力才是集團整體利益的要求。實際上，做不做一個佛學大師並不是很緊要的。比如，第三世、第四世、第八世喇嘛，若論個人的佛學修為並不甚高，但政治貢獻非常巨大。像第五世喇嘛這樣的個人、宗教、政務三者都突出的“學者型領導”，實在是絕無僅有的。
此時的倉央嘉措，學習的是什麽呢？大量的佛教經典。
此時的桑傑嘉措，嚴格教導的是什麽呢？也是佛教經典。
而在當時的政治環境中，各派勢力互相爭鬥，危機一觸即發，學習佛經，確實就是沒有用。
於是，我們可以設想一下兩個人當時的想法。
倉央嘉措的想法，是在紛繁複雜的政治局麵中做出自己的貢獻，也就是參與政事，至於佛學，可以在日後慢慢學；至少在目前，並不是最緊要的。
目前沒有任何證據說明這一猜測是曆史的真實，但兩件事情值得注意：
第一，五世班禪給倉央嘉措受戒之後，給他講的第一個故事就是五世喇嘛光輝的政治生涯，並勉勵他為了眾生的幸福而努力。1698年的倉央嘉措，16歲，深知五世喇嘛生平的他，不會不知道他的前世在同樣的年齡做了什麽。1632年，格魯派在管理大昭寺的問題上發生內部矛盾，有的人提出借助蒙古人的武力，有的人提出借助當地政治勢力，是16歲的五世喇嘛做出了用宗教力量解決的決定，化解了一次危機。而這第三種方案，顯然不是一般的政治頭腦和政治經驗能夠想出來的，這是非常高超的政治技巧。這就是說，在同樣的年齡，五世喇嘛已經參與政務了，而倉央嘉措連政務的門檻都沒邁進呢。
第二，此後倉央嘉措要求退還沙彌戒，可他卻沒有要求辭掉活佛的身份和職務，這意味著他並不想放棄政治權力。據此甚至可以有更為大膽的推測：倉央嘉措認為有出家戒在身，便不宜參與政治事務，否則才是真正的“不守清規”。於是，他要求暫時放棄出家但保留活佛身份，待他完成政治使命後好好地做一個真正的出家人。
而桑傑嘉措的想法顯然不是這樣的。
桑傑嘉措是要培養出一個偉大的宗教領袖，這包含兩方麵，第一，他要求倉央嘉措努力學習佛教經典，做一個佛學精湛的大師；其次，不希望他過早卷入政治鬥爭，他要為倉央嘉措保駕護航，給他充足的時間學習，並為他日後執政掃清政治障礙。至於政治鬥爭的危險，還是自己擔了吧。
所以，他對倉央嘉措的佛學學習要求非常嚴格，但卻在政務上大權獨攬。到了後來，他眼見鬥不過拉藏汗時，不惜鋌而走險，為的就是孤注一擲，給倉央嘉措掃最後一個雷。
實際上，兩個人都有一個共同的心願，那就是要倉央嘉措做一個像五世喇嘛那樣卓絕的政教領袖，桑傑嘉措尤其如此。他幾乎就是用五世喇嘛的標準來培養倉央嘉措，但他也知道，五世喇嘛的政治能力是從小摸爬滾打錘煉出來的，而倉央嘉措還太嫩。所以，對這個心願的實現方法和過程，兩人有不同的打算：年輕氣盛的倉央嘉措躍躍欲試，而老成持重的桑傑嘉措小心謹慎；初生牛犢的倉央嘉措想佛學、政治兩步走，而深知鬥爭風險的桑傑嘉措想先替他淌政治混水。
這樣的分析結論，與民間和一部分學者對桑傑嘉措的評價並不相符。很多人認為，桑傑嘉措是個利欲熏心、權力欲極強的人，但若仔細分析他的生平，這樣的觀點是可以商榷的。因為，他是受了五世喇嘛“托後”的人，而他的作為，是不折不扣地執行著五世喇嘛生前的政治策略的。至於他們之間的關係，更可以說是中國曆史上少見的“君臣”典範。
1653年，桑傑嘉措出生於拉薩一個大貴族家庭，他的家族與五世喇嘛出生的家族關係極為密切。據說五世喇嘛十幾歲的時候就經常出入他們家。這個家族為早期格魯派政權的創建立下過其他人無法比肩的功勳。桑傑嘉措的叔叔赤烈嘉措更是很早就隨侍五世喇嘛，忠於職守，深得信任。很多次五世喇嘛患病，都由他貼身服侍，日常的事務也是他來處理。
桑傑嘉措8歲的時候被送到布達拉宮生活，五世喇嘛對這個孩子非常喜歡。1668年他的叔叔去世後，五世喇嘛親自教他多種學問，並有意培養他從政的能力，還利用自己的威望不斷提高他的政治地位。
有學者考證桑傑嘉措是五世喇嘛的私生子，這在史籍中有隱晦的記載，確實也有可能。但無論他們的血緣關係如何，五世喇嘛對桑傑嘉措寄予厚望、刻意培養，這一點是毋庸置疑的。
那麽，五世喇嘛想做什麽呢？
這就是他一生中最大的政治理想，也是他最終沒有實現的願望，他想讓這個願望在桑傑嘉措和後世的倉央嘉措身上實現。也就是說，他此時在做以後的政治布局，這盤棋能不能下得贏，晚年的他明知道自己看不到了，但這個棋局布得有必勝的把握，是他該做的。
這盤棋確實下了太長時間了。
1642年，五世喇嘛聯合和碩特部蒙古的固始汗消滅了西藏的敵對勢力，一舉確立了格魯派集團在西藏的政教地位。但蒙古人這一來還就不走了，反而從格魯派原計劃中的“施主”變成了事實上的“領主”，形成了格魯派與蒙古人聯合統治的政治格局。這實際上等於消滅了一個地方勢力，又引來了另一個外族勢力，雖然日子好過多了，但還是沒有自己獨立的政治權力。
此後的五世喇嘛，致力於收回各級官員的任免權、逐步限製蒙古人的政治權力。其中關鍵的問題就是第巴這個職位。這是和碩特蒙古勢力派往西藏地方政權中主持日常事務的官員，擁有在政務方麵絕對的權力，可以說是一個“總理王”。