1713年，康熙皇帝冊封班禪額爾德尼，分化西藏政教權力；1728年，雍正將後藏地方政教權力劃給班禪，不受喇嘛管轄；1751年，乾隆加強駐藏大臣的權力。
乾隆年間，六世班禪的一個兄弟是噶瑪噶舉紅帽係第十世活佛，另一個兄弟是劄什倫布寺的仲巴活佛，還有一個侄女是香巴噶舉桑定寺的女活佛，而八世喇嘛與六世班禪也是親戚。乾隆皇帝察覺出這個問題，說：“佛豈有為私？”因此，清政府製定了金瓶擎簽製度，“去轉生一族之私”。
1815年，九世喇嘛年僅11歲就去世了，而在此前西藏各方都說他出生前後有種種“靈異”表現，因此沒有進行金瓶擎簽。1818年，西藏各方又說找到的靈童也很“靈異”，還要求直接認定，嘉慶皇帝大怒，說“今所報幼童，其所述靈異何足征信”？認為那些“靈異”說法都是扯淡。
1904年，英軍入侵西藏，十三世喇嘛土登嘉措前往北京求助，而駐藏大臣、投降派有泰卻向朝廷奏報說，土登嘉措“貽誤兵機，擅離招地”，清政府革去了土登嘉措的十三世喇嘛名號。1910年土登嘉措在清政府錯誤政策壓迫下逃亡印度，又一次被革去喇嘛名號。
至於清政府幹涉活佛轉世條件、停止犯罪活佛的轉世等等事情，也有很多。從這個角度看來，不是清朝皇帝對活佛不尊崇，隻不過這種尊崇是有條件的，如果謀私、舞弊、甚至危害到地方政治和祖國統一，皇帝是不會手軟的。
按照以上分析，關於倉央嘉措的身後迷蹤便可以排出一個清晰的時間表，而“阿拉善說”裏一些難以琢磨的疑案也可以迎刃而解。
1682年，五世喇嘛去世，桑傑嘉措隱匿消息，並延續五世喇嘛生前的政策，繼續大力支持噶爾丹。此後他秘密培養倉央嘉措、培植本土勢力，希望建立一個以五世喇嘛為模版的政治格局。
1688年起，噶爾丹吞並河套地區、統治天山南北、控製青海後，以哲布尊丹巴不尊敬喇嘛為借口出兵喀爾喀蒙古，期間不聽從清政府調停，兵火直接威脅到中原地區。
1690年到1697年，康熙皇帝三次征討噶爾丹，噶爾丹自殺，其侄子策妄阿拉布坦繼任。此時康熙得知五世喇嘛已死多年，對桑傑嘉措狠狠地訓斥了一頓，卻並不想過度打壓，於是認可了倉央嘉措的身份，批準他坐床，以免引起西藏動**。
1703年，拉藏汗繼位，他不滿自己有職無權的現狀，處處與掌握實權的桑傑嘉措為難。1705年，桑傑嘉措鋌而走險，兵敗被殺。拉藏汗以倉央嘉措是“假”為借口，請求廢黜，並立自己選定的益西嘉措（有學者認為這是他的私生子）。
1706年，康熙派護軍統領席柱、學士舒蘭下旨意給拉藏汗，要他將“假”倉央嘉措押解到北京來，實際上康熙隻不過是試探拉藏汗對中央政府的態度。
1706年冬，倉央嘉措被押解到青海時，和碩特蒙古“西藏派”和“青海派”將他“放行”，並以“病逝”為由上報朝廷。康熙也很滿意這樣的結局，為了息事寧人、不激化各方麵的矛盾，所以在沒有屍首、遺物等情況下，認可了這種說法，而且很明智地不予追究。
而“放行”後，也許“青海派”背地裏接走了倉央嘉措，由此形成蒙文《哲布尊丹巴傳》中的“營救說”，不過，這一說並不影響整個“阿拉善說”的大局。
1707年，拉藏汗未經選定就奏報朝廷，已經立益西嘉措為六世喇嘛，企圖造成既定事實。但西藏地方政府和格魯派並不承認。而為了穩住西藏局勢，康熙默認了益西嘉措的身份，隻不過，其金印印文為“敕賜第六世喇嘛之印”，而非“敕封”，一字之差，實際上透露出康熙的真實想法。很快，1713年，康熙冊封第五世班禪洛桑益西為“班禪額爾德尼”，實際上是削弱喇嘛的治藏權力，治權逐步收歸到中央政府。
1708年，格桑嘉措出生，被格魯派認定為倉央嘉措轉世靈童。此後康熙和拉藏汗都曾派人查訪，尤其拉藏汗甚至想加害他。於是，1714年前後，格桑嘉措輾轉避難到青海，受到“青海派”首領羅卜藏丹津和博碩克圖濟農之子察罕丹津（此時為郡王）的歡迎。
1715年，“青海派”奏請清政府承認格桑嘉措“真”的身份，並且要武力護送他回拉薩。此時清政府正對準噶爾用兵，不希望青海西藏動亂，因此以武力威懾穩定局勢。後來將格桑嘉措送往塔爾寺。這一舉動實含良苦用心，塔爾寺是格魯派的主要寺廟，地處西寧附近，是蒙古和西藏的交通要道，這一方麵便於軍隊保護，另一方麵便於格桑嘉措博得兩族各階層人心。
1716年，倉央嘉措來到阿拉善旗，結識了阿旺多爾濟一家。
1716年，康熙先後兩次給格桑嘉措下旨，旨意中明確表示：“爾實係前輩喇嘛轉世。”此時實際上有兩個喇嘛，但清政府已經牢牢地將格桑嘉措掌握在手裏，而且與“西藏派”和準噶爾部都有矛盾的“青海派”，勢力逐漸壯大。
1717年，準噶爾部入侵西藏，殺掉不得人心的拉藏汗，廢黜了益西嘉措。此前康熙默認益西嘉措為六世喇嘛，實屬不得已為之，畢竟清政府應付不了西藏、西北兩線作戰，因此，一方麵承認益西嘉措、穩定西藏；一方麵著力培養格桑嘉措、穩定青海，隻等時機成熟後一舉解決。此時準噶爾先和拉藏汗火拚，省了康熙很大的力氣。
1719年到1720年，康熙任命皇十四子允禵為撫遠大將軍，對西藏用兵，並護送格桑嘉措入藏。此舉可謂一舉四得：一、拉藏汗已死，徹底清除西藏的和碩特蒙古勢力；二、驅逐了準噶爾部，顯示了清政府的實力和威嚴，得到藏民擁戴；三、將對清政府十分忠心的格桑嘉措立為喇嘛，西藏宗教集團和地方貴族勢力從此更加服膺清政府；四、在西藏地方事務上，軍事上借此機會駐紮軍隊，政治上除舊布新，徹底清除蒙古勢力在西藏的統治和蒙藏之間多年的鬥爭，加強中央對西藏的統治。
但“青海派”的羅卜藏丹津原以為自己會接替拉藏汗當個有實權的“藏王”，沒有達成個人目的便心生不滿，後來公開反叛，這簡直是不識時務。此時“青海派”的曆史使命已經結束了，康熙駕崩前曾囑咐雍正盡量與準噶爾部和平相處，西藏也有了清政府駐軍，“青海派”的存在還有什麽用處？
至此，可以說，康熙當年犧牲倉央嘉措一人換來的十幾年穩定，已經收到了成效。
1720年，康熙正式冊封格桑嘉措為“弘法覺眾第六世喇嘛”。實際上康熙不是不清楚，格桑嘉措在藏族人民心目中是倉央嘉措轉世，他應該是第七世，隻不過，此時準噶爾部還未降伏，他不能將多年前的公案點破。
1724年（雍正二年），雍正冊封格桑嘉措為“西天大善自在佛掌管天下佛教知一切斡齊爾喇嘛”，既不說他是六世，也不說他是七世。而恰在這一年，他下令阿拉善旗民眾遷居青海，或許，他是知道倉央嘉措當年未死的。
1724年到1745年，倉央嘉措在阿拉善和青海之間往來，據說擔任了13個寺廟的堪布。1745年，倉央嘉措在阿拉善圓寂。
1756年，阿拉善當地建造南寺，倉央嘉措的肉身塔也建在這裏。
1757年，清政府徹底平定了準噶爾叛亂，在西藏、青海和蒙古等問題上，清政府再無後顧之憂，但當年康熙皇帝耍的政治手腕卻是不能被外人知道的，因此乾隆朝有意銷毀相關檔案，尤其是當年護軍統領席柱、學士舒蘭揭露“放行”真相的奏折和康熙首鼠兩端的後一道旨意，所以正史記載中隻存有“病逝說”。
但他想不到，正是這一年，阿旺多爾濟寫成了《倉央嘉措秘傳》。
1757年，格桑嘉措去世。直到此時，乾隆皇帝還是沒有確定格桑嘉措是第幾世喇嘛，他等的是一個時機，一個塵埃落定的時機。
1760年，乾隆皇帝感念倉央嘉措當年的悲劇性結局，給不起眼的南寺賜名廣宗寺，授予鐫有藏滿蒙漢四種文字寺名的禦筆金匾，以此肯定了倉央嘉措的貢獻。
但阿旺多爾濟是必須死的，於是，不久之後，阿拉善郡王羅布藏道爾吉將阿旺多爾濟迫害致死。郡王敢殺活佛，隻能理解為有強大的後台支持，羅布藏道爾吉此後也很快去世，恐怕是有殺人滅口的嫌疑。
1780年，乾隆禦筆撰文《須彌福壽之廟碑記》，碑文用滿蒙藏漢四種文字正式宣布：“黃教之興……八轉世而為今喇嘛”，雖然沒有正式冊封，但已經默認格桑嘉措的轉世靈童強白嘉措為八世喇嘛。
1781年，清政府正式冊封強白嘉措為八世喇嘛，從而理順了曆史遺留的喇嘛序位問題。這就是乾隆皇帝苦等的那個時機——變相承認倉央嘉措是真正的六世喇嘛，既不明確否定康熙的“過失”，也不一錯再錯地丟皇家的臉麵，此時清政府對西藏的統治製度完備、人心膺服，沒有人願意細究當年的老賬，還給倉央嘉措曆史身份的時機終於到來了。