美國康州一個村子裏的村民被一件怪事徹底打倒了，一頭母豬生下了一隻獨眼的豬崽。在科學還不發達的時候，這種怪事由清教徒負責解釋。他們懂得些一知半解的遺傳學知識，最後的責任人被鎖定為一個獨眼的小夥子。這個獨眼的小夥子本來可以很好地生活，但這隻獨眼豬崽的誕生毀滅了他。清教徒們認定他與母豬有過不軌行為，獨眼豬崽就是鐵的證據，小夥子被判處死刑。
小夥子有嘴說不清，誰讓那隻豬崽也正好是獨眼呢。這不是開玩笑，地方法官把那隻豬崽當成有效證人，迅速用絞刑架結果了獨眼小夥子的性命！
但獨眼的性狀可以遺傳嗎？獨眼的父親就會生下獨眼的後代嗎？更何況是豬呢！這是典型的拉馬克獲得性遺傳理論在作怪。可憐的獨眼小夥子就這樣被錯誤的理論殺死了。
獲得性遺傳不是拉馬克的專利，達爾文有時也相信用進廢退和獲利性遺傳，而且是越老越相信。他清楚地知道，遺傳對於進化是非常重要的，如果物種產生的突變不能遺傳的話，那麽進化就無從談起。這種認識無疑是正確的，可惜，他當時沒有正確的遺傳學知識作為理論的基礎，當然也不知道新的性狀隻能通過基因的突變而來。而任何基因水平的突變都是有可能將變異傳給下一代的，所以，達爾文的擔心純屬多餘。
在沒有新的遺傳知識的前提下，達爾文隻好拾起流行了很久的“泛生論”並加以改造，以期用這一理論來解釋他眼裏的遺傳和變異現象。錯誤的理論當然不會引出正確的結果。他提出的“泛生論”簡直就是為了解釋獲得性遺傳而量身定做的理論。
所謂“泛生論”，即假設生物體內存在一種很小的遺傳顆粒，達爾文把其稱為胚芽式微粒。這種小微粒存在於身體的任何部分，無處不在，連細胞裏都是，仍處於發育不完全狀態。這種微粒可以傳給後代，並隨著後代細胞的分裂而繁衍。換句話說，達爾文相信機體的每一個獨立的部分或者器官都是可以自我繁殖的，因為這些部位都包含有胚芽。這個說法在植物身上有很好的體現，折下一根樹枝就可以栽成一棵大樹；但是用於動物就很難理解，就算是現在哺乳動物的克隆成為可能，但也沒有誰能砍下一根手指然後再培養一個自己出來。
達爾文以為，用這種理論可以解釋為什麽有的身體特征能夠遺傳，而有一些特征又不能遺傳；為什麽有的孩子像父親，有的像母親，而也有的兼具父母雙方的特征；而有的人身上又會出現返祖現象，長得像他們的祖父母。達爾文以為這都是因為那些微小的胚芽混合的方式不同造成的；但他的解釋非常曲折，概念模糊且自相矛盾，不免非常難懂，連他自己也承認對遺傳是“深深的無知”。這種奇怪的解釋也使他自己陷進了遺傳學的深淵，成為被攻擊的軟肋之一。更嚴重的是，他的這一理論直接支持獲得性遺傳。
其實，當時在奧地利有一個人，名叫孟德爾（GregorMendel），已經為達爾文解決了這個難題，隻不過達爾文不知道而已。
孟德爾出生於1822年，比達爾文小了十三歲。達爾文出版《物種起源》後七年，孟德爾發表了論文《植物雜交的實驗》。這是他在一個修道院裏用豌豆埋頭做了八年實驗總結出的成果，並正式提出了生物的“遺傳因子”理論，開創了現代遺傳學這門重要的學科。
孟德爾在實驗剛開始的時候就已讀到了達爾文的《物種起源》，並做了詳細的讀書記錄，後來他還曾經於1863年去過倫敦，可惜並沒能見到達爾文。數年後，當孟德爾把論文寄給達爾文的時候，達爾文甚至都沒有把論文拆開來過！一個原因可能是達爾文已經很老了，沒有精力閱讀；另一個原因可能是，孟德爾實在是一個無名之輩，而達爾文的名聲卻已是如日中天，兩人缺乏平等交流的基礎。
更為可惜的是，當孟德爾的論文發表後的第三年，達爾文才出版《動物和植物在家養條件下的變異》一書，仍然是在用他錯誤的“泛生論”解釋遺傳問題。博覽群書的達爾文就是沒有看到孟德爾的論文，而這論文對他來說是如此的重要，幾乎可以讓他重新修訂自己的全部作品中關於遺傳的論述。而且，造化是如此地捉弄人，有一個德國的植物學家曾把自己寫的《植物雜種》一書寄給達爾文，當中多次提到了孟德爾的論文，而且作了詳細的評論。達爾文收到了這本書而且認真閱讀過，有他認為重要的地方還用筆畫了下來，可他跳過了所有關於孟德爾的字句！對於收集資料非常勤勉的達爾文來說，這真是讓人難以理解的事情。這樣一種嚴重的錯過，直接導致達爾文關於遺傳的觀點全部是建立在錯誤理論的基礎之上，因而毫無價值可言。
孟德爾的教士身份可能也妨礙了達爾文對他的認識。當時宗教和科學的對立情緒非常強烈，達爾文自己都擔心有被燒死的可能。為此，達爾文對宗教界人士是戴著有色眼鏡來看的。而孟德爾，一度做過一個修道院的主教，達爾文當然會對他的研究持懷疑態度。
有學者認為達爾文是在故意忽略孟德爾，因為在孟德爾之前，曾有一位法國博物學家出版過《植物雜交新研究》一書，書中的很多論點與孟德爾相似。達爾文曾認真讀過這本書，可以想象，因為書中的觀點和他的遺傳理論相違背，所以達爾文看後很不高興。他給胡克寫的信中曾提到過此書說：我無法想象它會保存下去，這裏麵提到的雜種問題，隻有上帝才知道。
如此看來，就算達爾文真的讀了孟德爾的論文，可能也隻會一笑置之。當然，這隻能是猜測了。
最可能的原因仍然是，孟德爾的研究太超前了。他直接在一堆無序的研究中跳進了有序的遺傳學研究的大門，而且他用了前人都沒有使用過的數學方法來研究遺傳，這更是讓他曲高和寡。很多人以為他在玩擲骰子的遊戲。比如，孟德爾曾不辭辛苦地把自己的研究成果向多位專家做過自我推薦。其中有一位專家收到了孟德爾的十封信，很多大學的圖書館也收到了孟德爾論文的油印本，但這些書信和複本都沾滿了塵埃，無人問津。
孟德爾的研究就這樣被埋沒了。
所以，不止是達爾文，當時的科學界全部無視孟德爾的研究成果，更有甚者，他們還對孟德爾進行了無情地嘲笑和諷刺，結果把孟德爾搞得抑鬱而終。直到三十五年以後，孟德爾的論文才被三位科學家重新發掘了出來。再後來，1909年，科學家創造了“基因”一詞來替換孟德爾的“遺傳因子”，現代遺傳學的基礎漸漸清晰起來。當科學界用基因的眼光來考察生物的進化現象時，他們得到了一些新的認識。達爾文的一些錯誤看法得到了糾正，“新達爾文主義”出現了。
“新達爾文主義”的開創者，正是那個堅持不懈地切小鼠尾巴的魏斯曼。魏斯曼1834年出生於德國，家庭條件不錯，從小受到了良好的教育，22歲博士畢業後做起了醫生，這個職業為他思考生物學問題提供了一些方便，在讀了達爾文的《物種起源》以後。成為了生物進化論的重要支持者。以醫生的職業標準來看，他是個不務正業的人，因為他出版了一本論述雙翅目昆蟲發育的書。這和治病救人實在是沒有多少聯係，但這本書使他得以進入大學專心進行研究工作。因為狂看顯微鏡，以至於他把眼睛看壞掉了，沒有辦法，隻好轉而研究動物學，並在理論生物學方麵取得了不錯的成績。1875年，他出版了《進化論研究》，並請達爾文為英譯本寫了序言。與孟德爾相似，雖然魏斯曼曾三次到過英國，卻也一直沒能和達爾文當麵談論進化論。達爾文接連錯過孟德爾和魏斯曼這兩個可能對他的遺傳理論產生重要影響的人，實在是科學史上的一大憾事。
魏斯曼在遺傳學方麵的研究使他成為現代遺傳學的開拓者之一。他提出的“種質論”遺傳學說與孟德爾的“遺傳因子”理論有異曲同工之妙。兩人一道為日後的基因學說奠定了理論框架，後來經過摩爾根的努力，遺傳學大廈得以基本完成。
“種質論”認為，生物機體可以分為“種質”和“體質”兩部分。這個“種質”，就類似後來的基因或染色體，而“體質”則相當於細胞質，也就是基因以外的部分。
魏斯曼認為，“種質”是連續的，從上一代傳給下一代，生生不息，永不消失。“體質”則不然，隻不過是一具“種質”借以路過的臭皮囊，機體一旦死亡，“體質”即告消失。“種質”因為存在於“體質”之中而得到了保護，因此，“種質”不容易受到環境的影響。這種說法，基本上描述了基因和細胞質的關係，而且為後來道金斯提出“自私的基因”理論有一定的啟發作用。更難能可貴的是，在這一理論基礎上，魏斯曼得出了很多正確的遺傳學知識。他認為，既然隻有“種質”能傳給下一代，那麽“體質”特征就不會遺傳下去。
可不要小看了這個理論，這可是從根本上否定了拉馬克的“獲得性遺傳”！
正因為如此，所以，魏斯曼在進化思想上是堅決排斥獲得性遺傳的。他比達爾文的態度要堅決得多。達爾文常常在自然選擇和獲得性遺傳之間徘徊。他有時諷刺拉馬克，有時卻又用獲得性遺傳來解釋一些現象。相對於達爾文在這一方麵的糟糕表現，魏斯曼有理由驕傲一下，為此他的理論被稱為“新達爾文主義”。所謂“新達爾文主義”，就是繼承了自然選擇理論，但徹底放棄了獲得性遺傳的達爾文主義。
魏斯曼對達爾文的錯誤抱著寬容的態度。他在向達爾文致敬時曾說到：“這樣一些彎路是難以避免的。”
可是魏斯曼走得太遠了，因為對生存競爭的過度相信，以至於認為生物各器官之間也存在競爭，並以此解釋某些器官的退化現象，因為這些器官在競爭中處於下風，漸漸被淘汰了。進而，魏斯曼把這一廣泛競爭的思想“推廣到一切生命單位”。按這種說法，同一機體的細胞與細胞之間也存在競爭。現在看來，這似乎是不合適的。同一機體細胞之間的合作精神明顯要大於競爭，否則的話，如果細胞之間的競爭過於激烈，一個人施施然地正走在路上，不免要麵對突然散架解體化為烏有的危險。
達爾文之所以時有搖擺，是因為他沒有建立一套正確的遺傳理論。雖然他和魏斯曼一樣，都在用強大的頭腦對遺傳現象進行著合理的推測，但他推錯了方向。
當然，推錯方向的不止達爾文一個。在當時的科學界，雖然拉馬克的理論在達爾文風潮衝擊之下，相信的人已經很少了，不過仍有很多支持者，而且，他們采用了與達爾文的支持者相同的手法，對拉馬克的理論作了改進，稱之為“新拉馬克主義”。“新拉馬克主義”者和“新達爾文主義”者進行了長期的論戰，雖然幾乎一直是處於下風，但他們的戰鬥精神卻並沒有消失。
“新拉馬克主義”一詞是在魏斯曼對獲得性遺傳進行猛烈批評之後出現的，源自於拉馬克的祖國法國，但這種思想卻早就存在。他們針對達爾文的理論提出的針鋒相對的主要觀點是：自然選擇不是真理，最多隻能算是生物進化的輔助因素。在他們看來，生物具有強大的可塑性，隻要環境發生改變，生物也就隨之發生改變，以適應新的環境；並且，這種變異絕不是如達爾文所說的那樣是隨機發生的，而是經過環境的誘導而出現的，或者是生物對環境長期習慣的結果。這就是所謂的定向變異。定向變異產生的性狀就是“獲得性”性狀。自然選擇雖可以淘汰不適應的個體，但獲得性遺傳才是真正“適應”的原因。
這種說法特別容易理解，而且在表麵上看起來，似乎也和實際情況相吻合。比如在暗無天日的洞穴中生活的動物，由於長期見不到光線，它們的眼睛沒有什麽用處，於是乎日益萎縮，最終消失了。這似乎正是典型的用進廢退和獲得性遺傳。
不要說普通讀者，就連達爾文都對這一現象不知所措。他在《物種起源》曾專門介紹了鼴鼠等穴居動物眼睛退化的事實，然後達爾文說：“這種眼睛的狀態很可能是由於不使用而漸漸縮小的緣故。”但他還不甘心徹底放棄自然選擇的作用，所以接著又說了一句：“不過恐怕也有自然選擇的幫助。”
真實的情況是，仍然是自然選擇在起作用。在黑暗環境下，當眼睛不能給動物提供生存優勢時，反而會一變而成為劣勢。因為眼睛經常發炎，加上地下的某些營養跟不上，所以，眼睛退化的變異體反而更容易成功生存。而埋在皮下殘存的眼睛在感知方向方麵仍起到重要作用，所以也不能徹底抹掉。