清朝是中國曆史上最後一個封建王朝，延續了二百多年，但是清朝的君主專製製度發展到了頂峰，而康熙就是清朝君主集權的重要推動者。康熙從親政前的智擒鼇拜、平定三藩，再到後來的取消大臣輔政製度，都是為了獨攬大權，後來康熙手下再也沒有一手遮天左右天下的大臣。康熙親政之後，將內閣的職能明確了下來，內閣的權力也隨之加強，負責處理日常的政務等，但行政大權始終掌控在自己手裏。
康熙帝親政以後，重新將內三院改為內閣，內閣負責處理日常政務的職能進一步明確下來，隨之而來，內閣權力有所加強，因而出現了明珠、徐元文、李光地等在朝中有一定影響的大學士。然而，明珠等人絕不可能危及皇帝的絕對權威。具有明確權力意誌的康熙皇帝始終堅持將政務大權牢牢控製在自己手中，康熙帝稱：“今天下大小事務皆朕一人親理，無可旁貸。若將要務分任於人則斷不可行”。而在軍機處設立以前，內各部門隻是負責承接書旨，內閣是隻服務於皇帝一人的機構，並不是一個獨立的權力係統，清朝時期的內閣體現的就是皇帝的意誌，是皇權的產物和工具。
為了加強皇權統治，康熙初創密折陳奏製度，密折是將奏文寫在折疊的白紙上，再裝入特製皮匣的奏折，外人無從得知。密折製度始於康熙晚期，完備於雍正朝。
康熙帝曾言：“令人密奏並非易事。偶有忽略，即為所欺。”且必須親自為之，不可假手於人，一切聽聞皆可上報。寫畢將奏文寫在折疊的白紙上，再裝入特製皮匣，皮匣的鑰匙隻有兩把，一把在上奏折官員手中，一把由皇帝保管，除此之外，任何人都無法開啟。官員自派親信家人送抵京城，不可擾累驛站，直達禦前，並由皇帝親自批答。
清朝采用密折製度，允許和鼓勵四品以上的中央和地方官員，直接向皇帝遞密折。密折製度的積極作用有以下幾點：
一是使朝政進一步黑箱化，增添皇權的神秘感。
二是起到了使官員、尤其是同僚，相互告密的作用。如一省之內，督撫、布政使、按察使、道台都可以獨自上折密奏，那麽誰還有膽量背著皇帝做不臣之事？密折製度使同僚變成了“特務”，誰都有打小報告的可能，自然是防不勝防，於是隻好老老實實。
三是大幅提高了行政效率，皇帝對密折的重視程度高，有著優先禦覽的特權，真正實現了及時的下情上達。
四是實行密折製，等同於廣開言路，群臣可以直言進諫，使大臣們相互牽製，加強了皇權。
五是密折奏事的權利隻有得到皇上寵信的人才能享有，臣子們為了獲取皇帝的信任，紛紛獻媚，進一步加強了君主專製。
在密折製對加強皇權有著積極作用的同時，也存在不少消極的作用。
一是讓廣大臣僚用密折言事，其本身就具有鼓勵臣下告密之意。這種專製製度扼殺人的主觀能動性和創造性，扼殺新生事物的成長。當時除了雍正的少數幾個心腹大臣稍敢勇於任事外，廣大臣僚都人人自危。
二是眾多臣僚用密折言事，所言內容彼此都不得而知，某人即使被誣陷也無處申訴，再加上雍正與眾臣僚的關係親疏不一，有人自恃與雍正關係較密，借以挾持上司或他人。
三是廣大臣僚可以用密折越級言事，必定會引起上下猜疑，不利於政務的推行，這也不符合層層負責的科學管理思想。
在文化方麵，為了加強皇權統治，同時也是為了加深對百姓的思想統治，康熙大興文字獄，對知識分子進行思想打壓，著名的“明史案”和“南山集案”均是由康熙製造。
“明史獄”的具體情況如下：
朱國楨乃明末宰相，其從朝廷退下來以後著有《明史》稿一部，清兵入關後，朱氏後人將書稿賣給莊氏，莊氏乃當地富庶人家，在得到書稿後，又請人將明末崇禎一朝曆史補上，並請人整理作序，命名為《明史輯略》，並署名莊氏族人。在該書中，在闡述明朝在遼東與滿人交戰時，仍用明時語言習慣，沿用明朝年號，且在始終稱入關的大清先祖和清兵為“賊”，對清室先世也是不加尊稱而直呼其名，等等，在清統治者看來，這無疑是“詆毀清朝”的“十惡不赦”之罪。因此，在這起案件中，凡涉及此書的人，包括整理、潤色、作序的人，及其姻親，無不被捕，每逮一人，則全家男女老小全部被捕。與此書相關的一些人，如刻板、校對、印刷乃至購買和藏書的人，也是被株連。入獄者多達2000餘人，審訊後定死刑70餘人，其中18人被淩遲處死，行刑時人頭落地，血肉橫飛，場麵慘不忍睹，按照大清律法，各犯之妻、妾、媳、女及15歲以下之子、侄、孫等沒官為奴及徙邊者無數。這是清朝一宗大案，發生在康熙二年。
如果說，“明史案”發生時康熙還未親政，不能把責任推到一個小孩子頭上的話，那麽發生在康熙五十年（1711年）的《南山集》文字獄，康熙就是罪魁禍首了。
戴名世很有才華，門人尤雲鄂為戴刻了《南山集》，集中引用了方孝標的《滇黔紀聞》中若幹內容。這《南山集》並無攻擊清朝的文字，僅僅是在記述明弘光帝逃亡南京事，用了“永曆”的年號。不過當時已是大清當道，明朝早已滅亡，再使用明朝年號，就是反清舉動，最終，《南山集》一案株連戴、方（苞）兩家，三代之內，年16歲以上者俱處死，母女妻妾及15歲以下之子孫俱給功臣家為奴。此外，刻印者、作序者等無一幸免。
正因為文字獄過於嚴酷，康熙年間許多文人“以文為戒”，生怕一不小心觸犯忌諱，所以詩不敢作，文不敢寫，即使寫出來，都言不由衷，詞不達意，晦澀難懂。乾隆時禦史曹一士曾上疏說“比年以來，小人……往往挾持睚眥之怨，借影響之詞，攻詰詩書，指摘文字。有習見事生風，多方窮鞫，或至波累師生、牽連親故，破家亡命”。這便是當時的恐怖現實。
可以說，文字獄是封建專製主義空前強化的產物，其根本目的是要在思想文化上樹立君主專製和滿洲貴族統治的絕對權威。這種文字獄造成了極其嚴重的社會後果，影響了中國社會的進步和發展。
為了強化統治，除字獄外，康熙還吸取了明朝東林黨的教訓，禁止創立書院，同時，為了禁錮知識分子的思行，還禁止言論和出版自由，在民間的一些出版商所能出版的也隻有出版一些與科舉製度有關的書籍，如果違反，則嚴懲不貸。因此，在康熙在位的很長一段時間內，清朝文化都陷入了長期的沉寂狀態。
教育方麵也是如此，清廷規定，在學校所講解的儒家經典書目，必須要以宋儒朱熹所詮釋的範本為一舉，其他得全部被禁止，科舉考試製度必須完全嚴格按照宋儒得集注，通過科舉製度讓讀書人隻寫八股文，以此來禁錮讀書人的思想，這種愚民政策所造成的文化專製，完全扼殺了讀書人的額自由精神和獨立思想，當曆史進入18世紀，西方各國已經先後掙脫封建製度的鎖鏈，走上資本主義道路，政治、經濟、科學、技術等都在迅猛發展。而我們，由於特殊的曆史環境和現實的種種原因，仍然頑固地緊閉著與西方交流的大門，而且蠻橫地推行文化專製主義政策，消除異端，禁錮思想，統製言論，維護封建統治，直接地、人為地造成整個社會的落後，拉大了與西方的差距，阻礙了中國社會的進步和發展。