隆慶六年六月十六日早朝時，小皇帝朱翊鈞並未出現，而是讓太監王蓁當眾宣讀聖旨，讓首輔高拱回籍閑居，而張居正則順利地接替首輔之位。
關於這次權力鬥爭，本由高拱與大太監馮保之間的仇怨引起，但張居正無疑是最大贏家。史家通常的說法是張居正“附保逐拱”，這被當作張居正人生的汙點而讓人詬病。
張居正與高拱，都是徐階看中並著意栽培的人物。兩人同在國子監共事，又同為裕邸舊臣，關係一直很好，但隨著高拱與徐階反目並欲置徐階於死地，兩人便產生了分歧。張居正尊重導師，在高拱對徐階的三個兒子施以毒手時，張居正則盡力保護。為此，兩位心心相印的政友產生了矛盾。穆宗皇帝死後，兩人的矛盾公開化。說實話，如果不是張居正與馮保結為政治同盟扳倒了高拱，以高拱的性格，在他收拾了馮保之後，也一定會將張居正逐出內閣。為自身的安全計，張居正此舉雖有可指責之處，卻並沒有太多的過錯。政治鬥爭你死我活，與其成為失敗者讓人同情，倒不如當一個勝利者，哪怕受到非議。更重要的是，張居正與馮保結為盟友，並非沆瀣一氣做盡壞事，而是將朝廷中最大的一股政治力量團結起來，使其推行的“萬曆新政”得以順利展開，從這點上看，張居正團結馮保，實際上是做了一件利國利民的好事。
張居正當上首輔的第三天，即隆慶六年的六月十九日，小皇帝在乾清宮前麵的平台單獨接見張居正。其時，張居正因去萬壽山視察穆宗陵寢工程而中暑，在家養病。小皇帝見到張居正，便安慰道：“先生為父皇陵寢，辛苦受熱。”接著又追述先皇之言：“先生忠臣。”爾後又道：“凡事要先生盡心輔佐。”
十歲的小皇帝說出這番話，令張居正大為感動，於是伏地奏道：“臣叨受先帝厚恩，親承顧命，敢不竭力盡忠，以圖報稱。方今國家要務，唯在遵守祖製，不必紛紛更改。至於講學親賢，愛民節用，又君道所當先者，伏望聖明留意。”
這是張居正當首輔後第一次向小皇帝表述自己的施政綱領。關於這一次談話，曆史學家樊樹誌先生在其所著的《萬曆傳》中有如下評價：
這個極力主張對弊政掃除廓清的人，此時隻字不提改革，而強調遵守祖製，不必紛紛更改，用心頗為良苦，非不為過，實不能也。地位尚未穩固，時機還不成熟。他是個深沉有城府，人莫能測的政治家。
樊先生的剖析很有見地。張居正倡導的改革，可以說是從“遵守祖製”開始。所謂祖製，指的是洪武與永樂兩位皇帝在明朝創立之初而製訂的一係列施政綱領。明朝初年的政治，對官員是苛嚴的，不要說貪墨，就是政務稍有懈怠，也嚴懲不赦。但是對老百姓，采取的卻是休養生息的政策。麵對武宗以來吏治腐敗的狀況以及民不聊生的局麵，張居正十分向往洪武、永樂兩朝的國家清明的局勢，因此提出“唯在遵守祖製”。這不是隨口說出的客套話，而是含有正本清源廓清政治的大謀略。
其時，張居正在小皇帝麵前的角色，既是相，又是師。他上麵的那段話，前半段是以首輔的身份說話，而後麵的“至於講學親賢，愛民節用，又君道所當先者”，這席話，又是以老師的身份來教育學生。實際上，在張居正獨秉朝綱的十年，他一直將輔臣與老師兩種身份集於一身。