徐勤撲倒地上，那子彈從身上擦過，險些擊入腰椎，他裝做死屍，僵臥不動。隻聽外麵槍聲四起，鬧成一片，頓時呼喝聲、哀號聲亂成一團。徐勤睜開眼，偷偷環看周圍，見身旁已空無一人，便想趁機跑到外麵。誰知外麵到處都是屍體，桌椅也被掀翻在地，徐勤索性轉身入內，到樓上暫避。樓上是警察寢室，留有衣服，他急中生智，立即將身上長衣脫下，把袋中的文件全部銷毀，換上了警察製服。換完裝後，外麵已無喧鬧之聲，徐勤便輕輕地走向樓下，正好遇一仆人上樓。仆人還以為他是警吏，也不去細問。徐勤三步並兩步走到門口，見湯睿、譚學夔等人已血肉模糊，他也顧不得傷心流淚，一溜煙跑了出去。到了海邊，長堤上全部插著顏字旗幟，幸虧他身著警服，沒人盤問。到了長堤的盡頭，巧遇一隻快船，徐勤也無暇問明底細，就躍入船中，飛渡過江，奔香港去了。
第二天，陸榮廷、梁啟超得到海軍司令譚學衡電文，才知道海珠會議的經過。二人當然憤怒，下令討伐龍濟光。正要發兵東下，突然廣東巡按使張鳴岐前來，替龍濟光辯解，把海珠慘案都推在蔡乃煌、顏啟漢身上。陸榮廷立即問道：“龍濟光哪裏去了？”張鳴岐道：“龍都督本在署中等候湯睿、徐勤兩君，不料蔡乃煌、顏啟漢等人暗地設謀，擬害湯、徐。等龍濟光聞知消息，派兵鎮壓已來不及了。”梁啟超接著道：“龍濟光的用意，實際是要害我二人，偏偏湯、徐兩君做了替身，徐君僥幸脫逃，湯君竟斃命，還有王警長、譚顧問、呂會長也同時遇難。鳴岐兄，你想王、譚兩君都是龍濟光的麾下，不過主張和平，便全都死在會場，這老龍還有天理嗎？我等如果不誅逐龍濟光，怎麽對得住湯君？就是王、譚、呂諸人，也對不住呢！”張鳴岐忙爭辯道：“龍都督實在是沒有參與其中，現在專待兩公到會，和解局勢，斷無異心。”梁啟超冷笑道：“我等還想多活幾天，保障共和，休再用老辦法欺我。”張鳴岐又道：“兩公如不信，鳴岐願為人質，可好？”梁啟超道：“你休做第二個王協吉，著了龍王的道兒。”張鳴岐還要再辯，陸榮廷道：“龍濟光如無歹心，必須要依我六款。”張鳴岐忙請陸宣示，陸榮廷道：“第一條，必須交出蔡乃煌、顏啟漢；第二條，必須分調警衛軍出省；第三條，必須整頓龍軍軍紀，解散偵探；第四條，若要我來，寓所由我自己選擇，龍必須到我處會談，我不去龍濟光處；第五條，龍軍的將士，一半留龍自衛，一半必須隨護國軍征贛；第六條，我軍到，龍濟光必須讓出東園，由我軍駐紮。這六條如果老龍答應，我就不去驅逐他；若有一條不依，我也顧不得親戚關係了。到那時與他爭個高下，看他還能害我嗎？”張鳴岐道：“我先去電問問，可以嗎？”陸點頭同意。
龍濟光複電說：“悉如陸命，惟善後條件，請張鳴岐當麵決定。”於是，張與陸、梁兩人協議善後，共有四款：一、是查辦珠海會議禍首，以明心跡；二、是陸、梁至粵，維持粵局；三、是電請護國軍總司令徐勤，通飭各路護國軍，暫停進軍，靜待解決；四、是嚴辦土匪，保護地方。四款議定後，彼此依約辦理。張鳴岐這才回廣東去。
廣東獨立尚未就緒，浙江的獨立又鬧出一場笑話。原來，廣東獨立的消息傳到浙江，浙江將軍朱瑞及巡按使屈映光向中央請兵，鞏固浙防，還將城內兩旅屯兵調駐城外。旅長童保暄本是辛亥革命的發起人，朱瑞怕他生變，所以將他調出城外。還有葉煥華一旅，朱瑞也令移駐，無非是防止童與葉聯絡，所以一並遷防。此時，駐上海第十師因浙事緊張，奉袁政府命令改赴浙。南苑第十二師航海南來，也有直接赴浙的消息。浙人不滿，紛紛致電阻止。有誌共和的童旅長躍然奮起，入城見朱，請求立即獨立。朱瑞集眾商議，參謀長金華林、師長葉頌清均反對，旅長葉煥華也說獨立不是好辦法。童保暄道：“今日不獨立，恐怕他日無暇獨立了。”朱瑞道：“本將軍的意見，不必獨立，也不必不獨立，就中立吧。”
隔了一天，童保暄探知，軍署密謀想誘他入署，置於死地。於是，便想出先發製人的計策，號召二十三團、二十四團，於四月十一日夜間潛行入城，直攻軍署。軍署守衛猝不及防，竟一哄兒散去。童保暄跑進署中一看，不見一人，於是徑直跑進內室，將樓上樓下全部找了一遍，一個人影都沒有。原來，朱瑞機警得很，自從得知兩廣獨立，他便時刻預防著，先將家眷運往上海，隻自己留住署中。這次，童保暄攻擊軍署，朱瑞急忙換上便服，走到後院，翻牆向北逃了。署中其他人員正要報知將軍，見朱瑞正在爬牆，大家也模仿起來，陸續出逃。童保暄四下找不著人，知道朱瑞已經逃走了，於是前往巡按使署。巡按使屈映光倒還識時務，表示讚成獨立，並極力褒獎童保暄，願推他為都督。童保喧推讓道：“都督一席，當然推舉屈公，保暄資曆尚淺，怎能勝任？今日此舉，無非是民情所驅，不得已而為之。”屈映光道：“那麽就集眾公舉吧！”當下召集長官，共同推舉，結果是老屈當選。屈仍避去都督字樣，隻稱巡按使兼浙軍總司令。於是，寧、紹、嘉、湖、台等處也即日宣告與袁政府脫離關係。然而，老屈仍是想擁護老袁，於是也模仿起龍王，但在曉諭居民時，他卻比龍王還要圓滑，說是：
軍民擁至軍署，要求獨立，不料將軍失蹤，本巡按使為軍、政、紳、商、學各界及浙江地方秩序相迫，已於今日決定兼任浙軍總司令，維持全省秩序，主任軍民要政。除總司令部人員另行組織外，所有在省文武機關部署，一律照常辦事，不準擅離職守。傳諭所屬，一體遵照！
看這告示，連“獨立”二字都不敢說出，肯定這屈映光的獨立是假的。果然一道密奏，呈達袁大總統，屈映光極陳不得已的苦衷。這樣兩麵討好，老屈還以為可以安然無事，不想突然來了寧台鎮守使周鳳岐的急電，說：“省城、寧、紹先後獨立，人心歡喜，秩序井然。隻是公又沿用舊稱，以致群情迷惑。寧、紹眾誌成城，誓死討逆，萬無反覆餘地，務必請公立即明白賜複，鳳岐當嚴陣以待。”老屈接閱後，已是驚惶不定，忽然北京政事堂又頒發一道申令，竟將老屈的秘密電文和盤托出，直令老屈無從自解。於是，周鳳岐通電各省，攻訐老屈道：
屈映光以巡按使兼總司令的職銜布告中外，非驢非馬，驚駭萬狀。……若仍推戴他為本省長官，實令我三千萬浙人，無麵目以見天下。並且他通電輸誠，偽命嘉獎，既誓死效忠於獨夫袁世凱，又表示忠誠於民國。宜速斥逐，勿俾貽禍。
正在老屈煩惱之際，商會請他赴宴。於是，老屈便寫了一條回複商會。商會一看他的複條，頓時哄堂大笑。隻見條上寫道：“本使向不吃飯，今天更不吃飯。”其實他也不至於這樣愚蠢，無非是提筆匆匆，不加檢點罷了。當時，浙省官紳正組織參議會，共有二十六人，正會長選定王文卿，副會長選定張翹、莫永貞，決定四月十四日在都督府開成立大會。正、副會長請屈映光正式獨立，屈還是遲疑不決。此時來一電文，說龍都督與廣西聯盟，居然主張北伐，聲討老袁。這時，屈映光才放大了膽，革除巡按使的名稱，自稱為都督。
廣東都督龍濟光既然承認了陸榮廷的條件，本應逐條照行，偏顏啟漢聞風先逃，匿跡上海。蔡乃煌是龍濟光舊友，龍一時不忍下手，隻好虛聲北伐，自明真正獨立的態度。陸、梁因龍濟光六大條件無一履行，於是率兵進至肇慶，迫龍遵守約定。龍束手無策，隻得請懇張鳴岐，讓他與譚學衡一起去拜見陸、梁。陸榮廷道：“鳴岐屢來調停，總算顧全友誼。但據我想來，粵都督一席，濟光已做不安穩，不如另換他人，請岑春煊上台吧！”張鳴岐道：“凡事都好商量，唯獨讓他交卸粵都督一職，恐難如命。”陸榮廷道：“濟光的號令，已出不了廣州一步，難道還有許多民軍願受他節製嗎？”張鳴岐道：“粵中軍民盡可受廣西節製，隻是廣東都督仍令濟光掛名，這樣行嗎？”梁啟超從旁笑道：“這叫做兒戲都督，鳴岐兄如果真為濟光好，也不應叫他做個傀儡吧！”陸榮廷又道：“鳴岐，龍既承認我六大條件，就應該立即執行；否則隻有武力相見，其他的什麽也不用說了。”張鳴岐告辭道：“等我與濟光熟商，再行回複。”陸又對譚學衡道：“海珠慘變，令弟譚學夔遭難，君何不立即索要仇人，為弟報冤？古人有言：‘兄弟之仇，不反兵而鬥’，難道你未聽說此話嗎？”譚學衡無詞可答，隻好退去。
張、譚二人走後，陸榮廷立即命莫榮新率軍五千，進抵三水。三水離廣州不遠，警報連達省城。龍濟光知道自己山窮水盡，隻好與張鳴岐一起到肇慶。雙方再行協議，決定五款：一、廣東暫留龍為都督；二、肇慶設立兩廣總司令部，岑春煊為總司令；三、處蔡乃煌死刑；四、從速實行北伐；五、各地民軍，自岑入粵，設法撫綏，並自三水劃清防界，以馬口為鴻溝，西南以上，歸魏邦屏、李耀漢、陸蘭清防守，西南以下，歸龍分派巡船防守。彼此不得逾越，免致衝突。
陸榮廷、梁啟超齊聲道：“這五條協約是即日就要履行的。我等因親友關係，竭力為君和解，君不要再抵賴了。”說得龍濟光滿麵羞慚，隻能連聲答應。一入省城，龍濟光便與譚學衡密談數語，學衡會意，當即調集數百名軍士徑直前往蔡乃煌寓所，事先並不通報，直接闖了進去。蔡乃煌莫名其妙，正與那新納的小妾對飲談心，猛然看見譚學衡，知道要出事了，急忙起身想要逃跑。誰知譚學衡一把將他抓住，彷彿老鷹抓小雞似的。可憐這蔡老頭，生平哪曾受過這種待遇，嚇得渾身亂顫，連抖帶哭道：“這……這是為了何事？”譚學衡也不細說，一直將他拖出門外，交給軍士，隨即押出城。行至長堤，譚學衡喝一聲道：“快將殺人犯捆起來，送他到地獄去。”蔡乃煌這才知死期已到，慌忙向譚學衡嚷道：“我沒犯什麽大罪，就是罪應處死，也要讓我與濟光先見一麵，憑什麽由你來殺我？”譚學衡道：“你還說沒有大罪嗎？往事不必論，就是前段時間的海珠會議，你與顏啟漢等人通謀害死多人，我弟學夔也死在你手上，問你該死不該死呢？”蔡乃煌不禁大哭道：“龍濟光賣友保身，譚學衡替弟複仇，就是我蔡乃煌晦氣，替人受罪。不想我活了六七十歲，反在此地受死！”話還沒說完，已被軍士捆在柱上，一聲槍響，一顆子彈已進入他的胸腔。蔡乃煌動了動，氣絕而亡。堤上觀看的行人都說這是個貪賊，應該槍斃，沒有一個惋惜。
南京會議龍濟光既然聯絡桂軍，就應該遵約北伐，當即龍委任段爾源為廣東護國軍第一軍司令，馬存發、李鴻祥為廣東護國軍第二、第三軍司令，揚言北伐。其實，龍的內心仍是擁護中央，不過為陸、梁所迫，隻好假意反抗老袁，虛張聲勢而已。隻是廣東獨立，閩防吃緊；浙江獨立，江防吃緊，老袁擬調的第十師、第十二師隻能顧守江防，不能分管閩防。老袁隻好另調海陸各軍，命海軍總長劉冠雄統率。因海軍用海容、海圻兩兵艦裝載，陸軍無船可乘，隻得將天津寄泊的招商局輪船扣住數艘，強迫運兵。船由天津出發，行至浙江溫州洋麵，正值大霧迷蒙，茫不可辨。裝陸軍的新裕商輪正向南行駛，不知為何竟與海容艦相撞。不到二十分鍾，新裕全艦沉沒，一名團長、一名團副、七百四十名士兵和二十四名機師、水手、夥夫，全部葬身魚腹。軍餉十萬元、四架機關炮、六尊山炮、五十萬顆彈藥、無數軍衣軍械全部沉入大海。其餘艦船到了福州，與福建護軍使李厚基一道布置防務，福建省才稍微安定些。
老袁接到新裕艦沉沒的電告，不勝歎息，默思天意絕人，萬難再戰，隻好再請徐世昌、段祺瑞二人商議良策。徐、段仍提議讓馮國璋、陳宦東西協力，調停和議。當下致電馮、陳，不到兩天便有陳宦的複電，說：“與蔡鍔電商，先將總統留任一事提作首項，已由蔡鍔電告雲貴，等有成議，再行報命。”但馮國璋並無複電。原來，江蘇沿海的革命黨往來非常方便；上海華洋雜處，更是革命黨人聚集的好地方。陳其美是革命黨的得力幹將，自從袁氏稱帝，他已由日本來到上海，設立機關，暗中圖謀革命。雖與護國軍宗旨不同，但推翻袁氏的意思總是相合的。剛開始，陳千方百計想逼馮獨立，馮雖寂然不動，但也不嫉恨黨人。陳知道獨立無望，於是派手下混入鎮江，打算行刺要塞司令龔青雲。然而，機密泄露，未能得手。於是，陳轉到江陰，攆走旅長方更生，宣布獨立，推舉尤民為總司令，蕭光禮為要塞司令。尤民本來是綠林出身，專事敲詐，不知撫恤。一時間，江陰人民非常恐慌，連忙致電南京，向馮求救。馮國璋派兵支援，人民也群起逐尤，內應外合，尤民與蕭光禮隻好棄城逃跑。馮正恨老袁的疑忌，幾乎要與袁決裂，偏巧中央屢次發來電報，懇請他竭力調停，馮顧念舊情，所以猶豫不定。之後接到徐、段電文，說：“四川將軍陳宦已向蔡鍔提出議和條件，仍推戴袁為總統。”於是順風使帆，依方加藥，立即提出調停意見八條：
一、應遵照清室遺言，交付袁氏組織共和政府全權，使之仍居民國大總統地位。
二、慎選議員，重開國會，但須排除激烈分子。
三、懲辦禍首。
四、各省軍隊，須以全國軍隊按次編號，不分區域，並實行征兵製。
五、明定憲法，憲法未定以前，用民國元年約法。
六、民國四年冬季分派委任的將軍、巡按使，一概仍沿用將軍等舊稱。
七、滇事發生後，所有派至川、湘各軍一律撤回原駐地。
八、大赦黨人。
這八大綱通電傳出，尚未接到複電。忽然聽說陳宦通電中央，說是蔡鍔電商雲南、貴州，唐繼堯、劉顯世未能滿意，馮國璋不由得憤憤道：“袁項城專會欺人，如今徐世昌、段祺瑞也來欺我嗎？”於是電致政事堂，勸袁退位。
國務卿徐世昌接到馮電，暗想：“這下壞了，化甫也要變誌了。”急忙入報老袁，老袁惶急萬分，徐世昌道：“現在事已燃眉，還請總統放寬一步，挽回大局。”老袁皺眉道：“難道我真退位不成？”徐世昌道：“並不是非退位不可。但請總統規複內閣製，並用幾個新黨人物，或許能調停此事。”老袁道：“除了要我退位外，其他請老友替我做主。我已心煩意亂，不知所從了。”徐世昌立即草擬閣員，陸軍蔡鍔、內務戴戡、農商張謇、教育湯化龍、司法梁啟超、財政熊希齡，遞交老袁酌閱。老袁心裏雖一百個不願意，但此時也隻能點頭同意。於是，徐世昌向各省發去電報，結果連等兩日不見複音。再電請熊希齡、張謇、伍廷芳、唐紹儀、範源濂、蔡元培、王正廷、王寵惠，到京商議組建內閣。哪知這幫名流電複世昌，都要求老袁退位。徐世昌不禁長歎道：“項城，項城，你攪到這個地步，叫我如何收拾呢？”思考了一會兒，入見老袁，略將外來各電敘述一二，又獻策道：“據我看來，還是要祺瑞組織內閣。祺瑞是軍閥中人，並與馮國璋是莫逆之交，將來或戰或和，較有把握，請總統即日照行。”老袁道：“你要祺瑞出場，我也不能不依。但你不能去別的地方，一切善後方法，仍應替我考慮。”徐世昌道：“謹遵鈞命，我一定留在北京。”老袁於是召入段祺瑞，囑他組閣。段再三推讓，經徐世昌從旁力勸，他才答應。於是四月二十一日，老袁公布政府組織令，實行責任內閣製。第二天，任段為國務卿，組織內閣。陸軍方麵仍由段祺瑞兼任，外交仍任陸征祥，財政改任孫寶琦，內務改任王揖唐，海軍仍任劉冠雄，交通改任曹汝霖，教育改任張國淦，農商改任金邦平，司法仍任章宗祥。各部總長名單發布出來，京都人士仍稱為帝製內閣。這八部總長，沒有一個不是帝製派，而且財政、交通兩部都屬梁士詒黨係。至於軍務全權，仍在統率辦事處，老袁並沒有交給段氏。段氏登台，不過取消政事堂，恢複國務院，改機要局為秘書廳，改主計局為統計局，修正大總統公文程序，但也算是恢複國體的表示。其目的就是調停南北，主張議和。馮、段畢竟是故交，段既為內閣領袖，馮自然格外幫忙。於是，由馮國璋首先發起，通電各省道：
……滇、黔、桂、粵意見尚持極端，接洽且難，一時無法開會議和。為了促進和談，現就國璋思慮所及，籌一提前辦法。國璋先與各省聯絡，結成團體，各守疆土，共保治安，一麵貫通一氣。這樣對於四省與中央，我輩可以左右輕重，然後依據法律，審度國情，妥定正當方針，再行發言建議，融洽雙方。我輩操縱有資，四省與中央的談判或易就緒。若四省仍明顯違背眾論，自當視同公敵，全力征戰。政府如有異同，亦當一致爭持，不少改易。如此循序漸進，現狀可望轉機，否則淪胥遷就，愈滋變亂。一旦土崩瓦解，省自為謀，中央將孤立無援，我輩亦相隨俱盡。諸公如果同意國璋的見解，或有更好的見地，均望從速電複。
電文發去後，沒有獨立的省份陸續電複，均表示同意。於是，馮國璋再就前日提出的八大綱略加變更，電達各省，各省均無異議。隻有旅滬二十二行省公民如唐紹儀、譚延闓、湯化龍等人，聚集一萬五千九百餘人反對。馮國璋欲罷不能，到蚌埠與倪嗣衝籌商了大半夜，又邀倪一起到徐州會晤張勳。倪、張本來就擁戴老袁，於是與馮國璋串通一氣，發起南京會議，由徐州通告各省，說：“……茲特通電諸公，擬請諸公明賜教益，各派全權代表一人，於五月十五日以前齊集寧垣，開會協議，共商時局，庶免分歧而期實際。”
當時，廣東護國軍已在肇慶設立兩廣司令部，推舉岑春煊為都司令，梁啟超為總參謀，李根源為副參謀。岑從香港到肇慶，當日誓師北伐，有“袁生岑死，岑生袁死”等語。隨後組織軍務院，推舉副總統黎元洪為民國大總統，兼任陸海軍大元帥。軍務院設撫軍，以唐繼堯、劉顯世、陸榮廷、龍濟光、岑春煊、梁啟超、蔡鍔、李烈鈞、陳炳焜等人充任。又由各撫軍公推唐為撫軍長，岑為副撫軍長，於五月八日通告軍務院成立。
浙江都督屈映光辭職，軍民公舉嘉湖鎮守使呂公望繼任。呂就職後，明目張膽，誓討袁氏，任周鳳岐、童保暄為師長，列入護國軍。消息傳到廣東，廣東軍務院依條例，請他就任撫軍一職。於是，雲南、貴州、兩粵及浙江，合力討袁。老袁得知消息後，急忙召來楊度、朱啟鈐、周自齊、梁士詒、袁乃寬等人，密謀抵製。席間隻聽見紙筆聲，並沒有什麽談論，後來將所擬底稿付之一炬。但紙裏包不住火，很快各處媒體探出原電，並登載出來，文中說：
各省將軍、巡按使、都統、護軍使、鎮守使鑒：
……北京政府始而臨時，繼而正式，幾經法律手續才告成立，全國奉行，列邦承認，豈是少數革命首領所能廢除的？首都問題，係由國家議會決定，奠定基業已數年，是各國駐使所在地點，國際關係最切，對內對外，豈是少數革命首領所能擅易的？大總統地位，由全國人民代表按照根本大法選舉。全國元首，五族擁戴，又豈是少數革命首領所能指派的？並且黎公黎元洪現居北京，謹守法度，又豈肯受少數革命首領之指派？廣東距京數千裏，強加以黎之虛名，而由唐繼堯、岑春煊等人主其實權，不啻挾為傀儡，侮蔑黎公，莫此為甚。凡此種種，違背共和，鏟除民意，實係與國家為仇，國民為敵。政府方欲息事寧人，力謀統一，不想少數革命首領竊據一隅，以共和為號召，乃竟將共和原理，國民公意，一概**而抹煞之。這要能隱忍，國將不國。誰生厲階，至今為梗。尊處如有意見，望電南京，請馮、張、倪三公會同各省代表，並案討論。院處電。
此電自五月十日發出，轉眼間就到了十五日，南京會議期限已到，各省代表先後到達南京，共有二十多人。還有中央特派員蔣雁行，及海軍司令饒懷文、參謀長師景文等也一律到會。陝西、四川所派代表張聯棻、張軫援二人，仍在途中。五月十七日，南京會議第一次舉行，由馮國璋擔任主席，各省代表全部列座，除蔣雁行因不是代表隻能旁聽外，各代表均有發言權。馮提出第一條袁氏仍為總統的問題，讚成馮的不過十分之二三，反對馮的卻有十分之三四，其餘各守中立，既不反對，也不讚成。論辯了好長時間，最終第一條未能通過。馮國璋不便強迫，隻好說改日再議，代表當然散席。徐州代表李慶璋、蚌埠代表裴景福兩人，立即將第一次會議結果電達張勳、倪嗣衝。隔了一天，蚌埠倪將軍親自帶兵三營，直抵南京。