倪嗣衝帶兵到達南京，想仗著兵力脅迫各省代表，仍承認袁世凱為大總統。五月十九日開第二次會議，倪昂然蒞會，代表安徽宣言道：“總統的問題，關係全局安危，如果驟然易位，財政、軍政兩方麵必會生亂，所以愚見仍推戴袁總統，請他留任。”話剛說完，山東代表丁世嶧起身說道：“倪將軍的高見，鄙人很不讚成，袁總統熱心帝製，種種行為已失眾信。如今，袁總統自知錯誤，已有去意，難道中國除了袁總統，就沒人維持得了大局嗎？”倪嗣衝臉色一變道：“袁總統下台，應請何人繼任？”丁世嶧還沒來得及回答，與丁一起來的孫家林從旁答道：“自然應屬副總統，這還用問嗎？”倪怒目視丁、孫兩人道：“你二人是靳將軍派來的嗎？靳將軍擁護中央，竭誠報國，為何派你二人到來？你二人莫非私下勾結南軍，來此搗亂不成？”丁、孫二人正要答辯，湖南代表陳裔時已起立道：“古人有言，君子愛人以德。倪將軍不要太固執，敬請三思！”湖北代表馮筼、江西代表何恩溥等也應聲道：“敝代表也有此意。”倪嗣衝見反對的人多，頓時怒不可遏，拍案吼道：“袁總統離位一日，中國便混亂一日！我隻知挽留袁總統，若有異議，就用武力解決！”丁世嶧、孫家林等人冷笑道：“既然要用武力解決，還用開此會議嗎？”馮國璋主席目睹這種情形，擔心惹出一場爭鬧，於是出來調停，道：“諸君不必徒爭意氣，須知能戰然後能和。眼下南方五省已極端反抗中央，即使項城退位，南方也必會有種種要求，而繼任的總統恐怕也難以全部答應，將來仍不免相爭。國璋始終主和，但即使想和平解決，也應先準備武力，免得讓南方輕覷，各代表認為怎麽樣？”這一席話，才得到燕、奉、吉、豫、熱、夏諸代表的同聲讚成。馮又提出兵力、財力兩個問題，燕、奉、吉、豫等代表有的願意出若幹士兵，有的願意供應若幹軍餉，其餘代表多托詞推諉，山東、江西、兩湖各代表則沉默不言。馮國璋隻好宣告散會，第二天再議。
第二天，齊集會場，各代表多主和不主戰，馮國璋、倪嗣衝也不便力辯。提及總統問題，大家想交給國會表決，馮遊移兩可，倪不以為然。五月二十一日，再開第四次會議，仍無結果。徐州代表李慶璋倡言，既然為和平解決起見，不如讓南軍也派遣代表到此議決，一勞永逸。此提議得到多數讚成，於是由李主稿，電達獨立各省，靜候回音。散會後，李竟隨倪嗣衝走了。
就在南京會議期間，上海革命黨首領陳其美遇刺上海。以前肇和艦的變動以及鎮江、江陰的獨立，都由他一人策劃，因而不但袁政府視他為仇敵，就是南京上將軍馮國璋也時刻防備他，命偵探隨時密查。刺殺陳其美的兩個刺客，一個叫許穀蘭，一個叫宿振芳。被抓以後，許供稱受南京軍官指使，宿供稱受北京政府指使，究竟是南是北，無從訊實，但殺人償命，最後把許、宿二人槍斃了事。
袁世凱聽說陳其美已死，自然欣慰。不料，陝西來一急電，由陝西將軍陸建章和鎮守使陳樹藩聯銜，電文上說：
秦人反對帝製非常強烈，數月以來，討袁討逆各軍風起雲湧。樹藩因欲縮短中原戰禍，減少陝西破壞區域，業於九日以陝西護國軍名義宣言獨立，並請求建章改稱都督，與中央脫離關係。建章念及總統廿載相知之雅，斷不敢讚同，念及陝西八百萬生命所關，又不忍反對。現擬各行其是，由樹藩以都督兼民政長名義擔負全省治安，建章即當返回都門束身待罪，以明心跡。
老袁將電稿扔在案上，恨恨道：“樹藩謀逆，建章逃生，都是一群負恩忘義的小人！還要用此等電文敷衍搪塞，真是太讓人生氣了！”此後憂憤交迫，一向硬朗的老袁竟生起病來。
陝西獨立，袁世凱不得不發兵爭討，無奈中央已無兵可遣，無餉可籌。中、交兩銀行因被財神爺梁士詒任意提用，現款殆盡。五月十二日，政府頒布停止兌現兩銀行鈔票的閣令。頓時，商民怨聲載道，不但銀幣沒有著落，就連銅幣也沒有地方換，百姓都將此歸咎於國務卿段祺瑞。其實，這是梁財神的計策。兩行紙幣濫發，梁怕百姓一起來兌現，一時無從應付，所以先發製人，密擬停止兌現的命令，強迫段蓋印。段祺瑞明知不妥，但上受袁製，下被梁迫，閣員又多半梁黨，隻好蓋印頒行。當時，社會上稱此閣令為段內閣的經濟政策。
自此令頒布，袁政府的信用更是掃地，所有調遣，官軍多不奉命。老袁沒辦法，不得不從外麵著想，命倪嗣衝轉調倪毓棻軍，從湖南移軍陝西，倪嗣衝複電遵行。既而山東將軍靳雲鵬屢次致警電，一電說國民黨吳大洲入據周村，自稱護國軍山東都督；一電說革命黨居正入據濰縣，自稱東北軍總司令。最後又來一電，勸老袁即日退位，免致地方糜爛。老袁火冒三丈，命靳火速來京，麵陳魯事，將軍職位由張懷芝暫行代理。
此時，全國警電紛紛到達京師，不是痛罵，就是勸退。害得老袁又氣又愁，竟得了尿毒症，每次小便都非常痛苦，請名醫開藥，毫無效果。徐世昌入府探望，得知老袁的病源後，推薦前禦醫陳蓮舫為他診治。老袁立即召陳入京診視，陳認為：“髒腑伏毒已有多年，一旦暴發，來勢凶猛。現在，救急良方隻有每次小便後，讓人吮咂，舐去毒液。吮咂前，先用清水和麻油漱口，除去口中熱毒，才可吮含，慢慢舐去毒液。這樣或許可以稍奏微效。”老袁點頭無語。等陳醫退出，便召眾妾入室，命她們按照陳醫的方法施行。眾妾都有難色，你看我，我看你，不發一言。老袁不禁惱怒起來，道：“你們太沒良心了！難道坐視我死嗎？”眾妾仍然無語。老袁看了眾妾一番，又開口道：“還是汪姨、香兒、翠媛三人吧。”三妾聽到此話都怏怏不樂，可又不好推辭，隻得勉強答應。於是，每當老袁小便，三妾便輪流吮咂。舌舐稍重，老袁痛徹肺腑，呻吟不已。有時痛到極處，亂踢三妾。三妾無從呼冤，隻能背地裏痛罵陳醫來泄憤。過了半個月，老袁的尿毒症果然好了一些。五月二十三日，輪到翠媛值差，從早到晚，她不辭辛苦地吮咂。傍晚，老袁與她共進晚餐。
二人正在把酒閑談時，安靜生女官長送入一份電報，呈給老袁。老袁一看，頓時暴跳如雷，提起手中酒杯向女官長擲了過去。安女士忙把頭一偏，隻聽杯子“啪”一聲，摔得粉碎。翠媛莫名其妙，急忙起座走到老袁身旁，去看電文。誰知老袁又隨手拿起一隻碗，向翠媛擲了過去。翠媛趕緊躲閃，但已來不及，左額角被碗擦過，頓時皮破血流。安女士急忙溜出去，傳來數名婢仆，為翠媛上藥，並用翠媛腰間的白方巾代為包裹。老袁一看，更是火冒三丈，向婢仆吼道：“我還沒死，你們便用白布給她纏頭，莫非要咒我死嗎？”說著便起身找了一個門閂，把婢仆們打得鼻青眼腫，最後把門閂扔在地上揚長而去。平時，老袁對待下人還算寬仁，此次如此反常，好像瘋了一樣，下人們不由得猜疑起來，於是出室探查。隻見老袁高坐內廳，麵帶慍色。過了一小時，忽然來了一個婦人，約有三四十歲，大家從外遙望，原來是於夫人的義女，四川將軍陳宦的正室。陳宦向來與正妻不和，就職入川時，他隻令幾個姬妾隨行，把正妻撇在京中。陳妻為人老實，深得於夫人寵愛，因此經常入宮，互拉家常，有時還會小住數日。這次老袁傳召，她自然奉命前來。一入內廳，陳妻見義父怒目相視，不禁跪下磕頭。老袁憤憤道：“你可知陳宦近日都幹了些什麽？”陳妻答稱不知。老袁厲聲道：“他已與西南各省的亂黨一起謀逆了。”陳妻驚訝失措，支吾道：“他……他受恩深重，應該不會做出這樣的事，想是傳聞有誤。”老袁不等她說完，便從袖中取出一紙擲向地上，嗬叱道：“你還要為你丈夫辯護嗎？他有電文在此！”陳妻拾起電文，兩手微顫，隻見上麵寫著：
……宦為川民請命，項城虛與委蛇，是項城先自絕於川，宦不能不代表川人與項城告絕。自今日始，四川省與袁氏個人斷絕關係。袁氏在任一日，其以政府名義處分川事者，川省皆視為無效。至於地方秩序，宦有守土之責，謹當為國家盡力維持。新任大總統選出，即奉土地以聽命，並即解兵柄以歸田，此則區區私誌，於私於公，以求無負者也。……陳妻讀完，無詞可答，禁不住流下淚來。老袁又道：“我改元洪憲時，他未嚐獨立；如今我已取消帝製，他卻獨立起來，我不曉得他是什麽用意？難道我的總統位置，他不肯承認嗎？別人反對，我還可以饒恕，但你丈夫的功名富貴統是我給的，今天他竟然宣布獨立，太忘恩負義了！我恨不得親手斃了他，以泄心頭之恨！現在，他居住四川，我不能拘他到京，隻有將你扣為人質。你若想活命，就立即發電到四川，讓他即日到來，束身歸罪。你丈夫一日不來，你一日不得自由。”說著，叫入女官：“把她拉出去，幽禁起來，不得放走！”女官領命，將陳妻帶入一間僻室，讓她居住。陳妻無奈，隻好央求女官，通報於夫人。於夫人得知後，立即吩咐婢奴道：“你快去傳話給陳夫人，隻說我很掛念她，本應前去說情，但因我與老頭兒不和，實在是心有餘而力不足，不如轉求洪姨太吧！”侍婢奉命去告知陳妻，陳妻又轉托女官，向洪姨求情。洪姨一聽此事，便對女官說道：“你放她回去吧！”女官道：“這……這事恐怕不便……”洪姨道：“有我擔當，怕什麽！”女官才應聲而出，將陳妻放了回去。
第二天，洪姨將此事告知老袁。老袁怒道：“你敢違抗我的命令嗎？”洪姨含笑道：“妾聽說罪不及妻兒，古已有明訓。即使陛下晉位為帝，也應效法從前的帝王，更何況仍為民國元首呢？”老袁又怒道：“我已有令，不準再稱我為陛下或萬歲爺，為何你又犯禁？”洪姨仍笑道：“古稱皇帝為元首，今也稱總統為元首，元首可以並稱，陛下又為什麽不可並呼？”老袁聽了，也覺得有道理，這才稍稍開顏道：“你可真是善辯呀！”洪姨又道：“陳夫人與陳宦不合，人所共知，陳宦獨立，夫人怎麽知道？陛下以為拿住了她，就可以牽製陳宦嗎？妾認為，陳宦得知妻子受罪，反而會感激陛下。陛下為何為宦殺婦，讓宦暗笑呢？”老袁不覺點頭，口中仍然大罵陳宦。洪姨又勸慰了一會兒，老袁才到辦公室，召集段祺瑞等人商議四川事宜。最後決定罷去陳宦的職務，令周駿督理四川軍務，曹錕督辦四川防務，張敬堯幫辦四川防務。