湖南將軍湯薌銘與四川將軍陳宦本來都是袁氏心腹，隻因雲、貴義師直逼境內，不得已變計求安。陳於五月二十二日宣布獨立時，湯還在觀望。當時，零陵鎮守使望雲亭早與桂軍聯合，在永州宣告獨立，自稱湘南護國軍總司令，並致電湯薌銘，勸他速定大計。湯正焦急萬分，宣慰使熊希齡剛好到來。二人商議半天，聯名通電中央，要求撤退北軍，免延戰禍。老袁回複照準，既而又有悔心，仍令北軍駐湘，並調倪毓棻軍回防湘境，另派雷震春赴陝。倪到嶽州，湯手執老袁的電文力爭，倪隻好率兵退去。五月二十四日，湘西鎮守使田應詔又在鳳凰獨立，自稱湘西護國軍總司令。於是，湯薌銘為勢所迫，不得已宣布獨立，勸老袁退位。
陳宦、湯薌銘二人受老袁之恩深重，現在恩將仇報，老袁怎能不生氣？鬱憤下，老袁的尿毒症已演變成屎毒症，每次飯後腹痛劇烈，起初下濁物如泥，後來開始便血。這天，老袁請西醫診視，說是髒腑有毒，給他配了點西藥，情況似乎有所好轉。第二天，腹痛又開始發作，腹如刀刺，老袁痛不可耐，連喊西醫耽誤了他，連忙另聘中醫入治。中醫說是尿毒症蔓延所致，仍應從治尿毒症入手，老袁頗以為然，命開方煎服。服完藥後，肚裏怪叫聲不停，老袁說是要大解，忙令人扶著到廁所。剛剛蹲坐，忽然一陣頭暈，支持不住，老袁一個倒栽蔥，墮入廁中。侍役連忙將他扶起，已是滿身汙穢，臭不可近。各姬妾得知後前來探視，隻聞著一陣陣的臭氣，掩鼻都不來及，哪裏還敢靠近？唯獨第八妾葉氏不嫌棄，急忙替老袁換衣褲，並用熱水擦洗。老袁撫著葉氏的手臂，歎息道：“你平時沉默寡言，如今卻能獨任勞苦，不怕臭穢，現在我才知道你的心啊！”葉氏不禁淚如雨下，老袁也灑了幾點淚。
等扶入寢室後，老袁仍精神委靡不堪，閉目靜臥，似睡非睡。一會兒覺得光緒帝與隆裕太後立在麵前，怒視著他；一會兒變作戊戌六君子；一會兒變作宋教仁、應桂馨、武士英、趙秉鈞；一會兒變作林述慶、徐寶山、陳其美；後來又有無數鬼魂，血肉模糊，都向他索命。老袁不覺大叫一聲，嚇得冷汗遍體，睜開眼一看，四周並沒有別人，隻有葉氏在旁侍著，並低聲問他哪裏不舒服。老袁當即答道：“我不過精神恍惚，此外還沒有什麽痛楚，你也很困乏了，怎麽不去休息？她們為何不來？”葉氏道：“姊妹們都來過了，但見陛下安睡，不敢驚動，所以退去了。”老袁道：“你為什麽沒跟她們一道退去？”葉氏忍著淚道：“天下可以沒有妾，但不能沒有公，妾怎麽能退去呢？”老袁不禁哀歎道：“可惜我平日待卿太薄，今日自覺愧悔呀！”
話沒說完，隻見大姨太閔姨進來。老袁自思，眾姬妾中閔氏資格最老，而且性情渾厚，從沒聽說過她與人爭執。倒是自己得了新歡，往往忘卻舊愛，此時回溯生平也覺萬分抱歉。閔姨走近後婉言問候，很是殷勤，反惹起老袁更多的悵觸：“你隨我多年，也算是患難夫妻，今日我已病重，恐怕要長別了。”閔姨道：“陛下何出此言？疾病是人生常事，靜養數日，自然康複，何必過慮！”老袁道：“我年近六十，死不足惜，回憶從前諸多錯誤，就是對卿等，也覺厚薄不均。我死後，卿等不要抱怨。”閔姨嗚咽道：“妾到此已二十多年，一衣一食無不蒙陛下恩賜，怎敢有別的想法？但願陛下逐漸安康，妾才能繼續享受陛下的庇護。萬一不幸，妾……妾也不願再生。”說到最後一句已是滿麵淚水。老袁頓時悲從中來，痰喘交作，經葉、閔兩姨替他撫胸捶背，他才略略舒服，蒙矓睡去。
接著老袁的兒子們陸續入室請安，見老袁一副萎靡的樣子，多半掩麵哭泣。閔、葉兩姨擔心驚擾老袁，讓諸子退到外寢靜心等待。諸子退去後，袁克文見大哥袁克定似乎對父親的病不以為然，並且臉上也無淚容，不由得懊惱道：“大哥！你知道父親的病從何而起嗎？”克定道：“無非寒熱相侵。”克文搖頭道：“論起病源，大哥是禍首。”克定沉著臉道：“我有什麽過錯？”克文道：“父親熱心帝製，都由阿兄慫恿而來。今日帝製失敗，西南各省紛紛獨立，父親連日接到的電報都是冷嘲熱諷，令人難堪。你想父親年近花甲，怎能受此侮辱？古語有雲：‘憂勞所以致疾’，更何況父親現在是鬱憤交集，怎能不病？”克定道：“我曾稟告父親，切勿取消帝製，他不肯聽，以致西南革命黨得寸進尺，前日反對我父為帝，今日反對我父為總統，他日恐怕還要抄我家，覆我族。父親自己不明，與我有什麽關係？”克文冷笑道：“大哥非但不引咎自責，反要埋怨老父，真是太狠心了！父親曾有誓言，決不為帝，大哥想做太子，竭力慫恿，於是父親顧子情深，竟背棄從前的誓言。弟前日嚐諫阻此事，不敢表示讚同，今日父親抱病，大哥又怎麽忍心非議父親，不顧念親恩？”此時克端在旁座，他與克定素有芥蒂，也勃然大怒道：“大哥素無骨肉親情，二哥還說他幹什麽？”克定被兩個弟弟譏諷，頓時惱羞成怒，大聲道：“你二人算是孝子，我卻是個不孝的罪人，你等何不進去請命父親殺了我？將來，袁氏門楣由你等支撐，袁氏家產也由你等處分，這樣你等才快意了。”克文還沒來得及回答，克端已嚷道：“皇天有眼，帝製未成，假使父親做了皇帝，大哥做了太子，恐怕我等早就被處死了。”克定不等他把話說完，竟惡狠狠地反駁道：“你是什麽人，配來講話？”克端也不肯忍讓，幾乎要動起武來。猛然聽見內室有聲音，指名讓克定入內。克定聽是父親的聲音，這才進去。隻見裏麵怒罵道：“我還沒死，你兄弟幾個便吵鬧不休！你已經害死了我，還要害死你兄弟嗎？”說著喘咳不止。克定見狀，隻好伏地認罪。老袁喘咳稍微平緩了些，又指斥了數語，隨即召諸子入室，約略訓責，揮手讓諸子都退了出去。
之後，老袁病勢逐日加重，起初還傳諭秘書廳，遇有緊要文件，必呈送親閱，到六月二、三日，老袁已病得連文件也不能看了。急得袁氏全家一個個淚眼愁眉，就是向來與老袁不和的於夫人也念著多年夫妻的情誼，整日求神拜佛，虔誠禱告，並願減損自己的壽數，隻求丈夫多活幾年。各房姨太太與諸公子商量，不是請中醫，就是請西醫，結果是神佛不顯靈，醫藥也無效。老袁不吃不喝，也不說話，像失去知覺一樣，昏睡了一兩天。六月五日早晨，老袁忽然清醒，命克定速請徐世昌入宮。不一會兒，徐世昌入宮來到病榻前，老袁握住他的手，哽咽道：“老徐！我將與你永別了。”徐世昌仍強詞慰藉，老袁長歎道：“人總有一死，不過我死在今日太不合時宜了。國事一誤再誤，將來全仗老友維持，我也顧不得許多了。隻是我的家事，也想盡托老友，願老友勿辭！”徐答道：“我與元首雖屬異姓，但不亞於同胞，怎麽敢不效勞。”老袁道：“我死在旦夕，隻是兒輩才識淺薄，將來全賴老友指導，才可免辱門楣。”徐又答道：“諸公子多屬大器，他們若有事谘詢老朽，我自當竭盡愚忱，以報知己。”老袁聽後，命侍從召諸子齊集，一律囑咐道：“我要死了。我死後，你等大小事最好都向徐伯父請教，然後再行。須知徐伯父與我是至交，請訓徐伯父，就像請訓我一樣，休得違背我的遺囑！”諸子都哭著答應。老袁又對徐世昌道：“老友承你不棄，視死如生，應受兒輩們一拜。”徐欲出言推讓，克定等人已遵著父命，長跪在徐麵前。徐急忙挽起克定，並請其他侄兒都起來。老袁道：“一諾千金，一言百係，想老友古道照人，定不負所托。”
說到這裏，老袁開始氣喘起來，好長時間不發一聲。徐世昌起身打算退出去，老袁阻攔道：“老友請坐！我還有許多事情要托付老友，千萬別走！”徐又坐下。袁讓諸子退了出去，傳召各姬妾入室，各姬妾依次進入室內。老袁指著徐世昌對眾姬妾說道：“這是我平生好友，我死後，你們有疑難事情，盡可請命老友，酌奪施行。如果你們不守規矩，我老友可以代為幹涉。諸子中有人欺負你們，你們也可稟告我友，靜待解決，千萬不要爭執，惹人笑談！”各姬妾聽了此話號啕大哭，老袁也哽咽起來，連老徐也淒切起來。約摸過了半個小時，老袁命諸妾退出，悄悄地對徐世昌說道：“你看她們怎麽樣？”徐隨口恭維道：“都是幽嫻貞重的福相。”老袁微笑道：“老友太過獎了。這十數姬妾中，有三種區別，周、洪二氏最為聰明，但性格太陰，不足載福；閔氏、黃氏、何氏、柳氏隨我多年，應當不致有他變，但性格庸柔，免不了受人欺侮，我頗為深慮；範氏、貴兒及尹氏姊妹仍不脫小家氣象，所幸各有所出，將來或依子終身，不致中途改節；至於阿香、翠媛，兩人年紀尚輕，前途難恃，她兩人是否肯守節，這倒是一樁大難事。我看諸姬中，隻有第八妾葉氏秉性純良，得天獨厚，而且子嗣也多，他日應該能享受厚福。”徐答道：“元首已仔細分類，當然不會有錯。”老袁又道：“老友！我死後，各姬妾能相安無事，就不說了。萬一周、洪兩妾興風作浪，淩逼其他姬妾，還請老友顧念舊情，代為裁處，以老友的威望，不怕她不懾服。”說著又牽住徐世昌的衣服，哭著說道：“老友！我死後，我的兒子必將分家產，說不定有一場絕大的爭鬥，我宗族中沒人能排難解紛，此事非老友不可。抑強扶弱，全仗大力。”徐囁嚅道：“這……這事卻不便從命！”老袁道：“老友！你的意思我也曉得，我立一遺囑，先令兒輩與老友麵證，將來自然不致有異言。”說到這裏，立即命侍從取過紙筆。老袁靠在枕頭上，邊寫邊歇，好不容易才寫完，遞交給徐世昌，隻見上麵寫著：
……萬一他日分家產，除克定你的母親與你當然分別享受優異之份不計外，其餘約分三種：一、隨我多年而生有子女者；二、隨我多年而無子女者；三、服侍我不久而有所出及無所出者，當酌量分給。大體以我財產百之十之八之六依次遞減。至於我的女兒，已經出嫁者，各給以百之一；未接受聘禮者，各給百之三。仆從婢女，謹願者留之，狡黠者去之。然而無論或去或留，都提百之一，分別攤派之，也以侍奉我年份的多少，定酬資之多寡。隻是分析類別時，必須以禮貌敦請徐伯父為中證。而家產分定後的證明書，亦必經徐伯父審定，方可發生效力。如有敢持異議者，違背徐伯父，就是違背我。則你將戴大不孝之罪，上通於天。今草此遺訓，並使我諸子知之！
徐世昌讀完後，便對老袁道：“很好很好。”老袁召入克定等人，讓徐宣讀遺囑。遺囑隨後裝在信封裏，封固，暫放枕邊，等彌留時再拿出來。此時，老袁已有倦容，於是徐世昌告退，約第二天清晨再會。正好國務卿段祺瑞入內問病，老袁不願多談，由克定代述病狀，老袁點頭示意。徐、段一起退去。之後，老袁一直鼾睡到晚上，昏迷不醒。這天晚上，於夫人及眾妾全部陪坐。半夜時，老袁蘇醒過來，見於夫人在旁邊，便對於夫人說道：“此後家事，全靠你主持。我因你生平忠厚，擔心你不能駕馭全家，所以已將大事托付給徐世昌了。”說完，對眾姬妾道：“你等一定要自愛！”接著，對諸子道：“我想要說的都已寫在遺囑中。隻是我身後大殮不必過豐，惟祭天禮服不應廢除。治喪以後，應帶領全眷扶柩回籍，葬我於洹上。大家和睦度日，不宜再入政界，餘事悉照遺囑履行。”諸子均伏地受命。老袁略飲湯水，沉沉睡去。很快雞聲報曉，老袁又開始呻吟起來，忽然瞪目呼道：“快！快！”說了兩個“快”字，舌頭已經僵硬，再也說不下去。克定聽了，知道老父已經垂危，急忙命左右請徐世昌、段祺瑞入宮。不一會兒，段已到來，老袁掙出最簡單的聲音，連喘帶說道：“可……可照新約法請黎元洪代任，你快去擬遺令。”段慌忙出去。徐剛趕到，隻見老袁臉上大放紅光，睜著眼，噓著口，動了好一會兒嘴唇，才叫出“老友”二字。又歇了好久，才作拱手的模樣，說了“重重拜托”四字。徐不禁流淚道：“元首放心吧！”隨後聽見老袁直聲叫道：“楊度，楊度，誤我！誤我！”說完這兩句，又張了兩次嘴，沒有說出一個字，便撒手去了。這一天是一九一六年六月六日，老袁終年五十八歲。