新華宮正沉浸在一片哀痛中時，突然有人入內探望，自悔來遲，此人便是國務卿段祺瑞。段已擬好遺命，想呈給老袁親自審閱，不料老袁已長逝，段不禁頓足道：“遲了，遲了。”當下將遺令遞給徐世昌，請他酌奪。徐忙接過來，見遺令中說：
……顧念國事至重，寄托必須得人，依《臨時約法》第二十九條大總統因故去職，或不能視事時，副總統代行其職權，本大總統遵照約法宣告，以副總統黎元洪代行中華民國大總統職權。副總統恭厚仁明，必能弘濟時艱，奠定大局，以補本大總統之闕失，而慰全國人民之望。所有京外文武官吏以及軍警士民，尤當共念國步艱難，維持秩序，力保治安，專以國家為重。昔人有言：“惟生者能自強，則死者為不死。”本大總統猶此誌也。此令。
徐世昌看完後說道：“就這樣頒發出去吧。但現在是元首絕續的時候，必須速速戒嚴，維持大局。還要緊急通知副總統即日就任，免生他變。”段祺瑞答道：“這是最緊要的事情，我這就去辦。”說完，就出宮去了。徐勸大家不要再哭，準備棺殮。於是由袁克定做主，立即召袁乃寬入內，命他辦理治喪事宜，袁乃寬唯唯從命。至於夫人以下，都是哭泣盡哀，閔姨更是連哭帶訴，願隨老袁同去。大家以為她是一時悲戚，沒怎麽注意。等送殮完畢，徐世昌才回寓休息。袁乃寬到處購買棺木，就是買不到上等材料，費了好大勁兒才得了一具陰沉木棺材，出高價購回。這時，前河南將軍張鎮芳卻進獻了一具好棺材，說是百餘年陳品，經克定再三審視，果然與袁乃寬所購的材料優劣不同。但隻死了一人，卻備了兩口棺木，克定心中很不舒服，忽然有人入報道：“大姨太太殉節了！”克定等人極為驚訝，克文則昏暈過去，叫醒克文後，大家一起進入閔姨房中。隻見閔姨僵臥**，玉容不改，氣息無存。枕旁放一信函，由克定取出，上麵寫道：
……憶陛下在日，嬪妃滿前，侍女列後，雖一飲一食，一步一履，悉賴人料量而承應之。今茲鼎湖龍去，碧落黃泉，誰與為伴？形單影隻，索然寡歡，安得不淒然淚下者乎？……夫在天願為比翼鳥，在地願為連理枝。蟬當日讀白香山長恨之歌，未嚐不歎明皇與玉環，其愛情何如是之深且摯。蟬何人斯，既極愚陋，且又失寵，敢冀非分想哉？不過欲追隨陛下於地下者，聊盡侍奉之職務已耳……克定淚如泉湧，就連於夫人及眾姬妾也不勝哀痛，比哭老袁時還要悽慘，克文竟哭暈了好幾次。徐世昌正好到來，獲悉噩耗，料知閔姨太定有特別苦衷，所以一死明誌，不禁稱歎道：“好一個賢婦！好一位節婦！”隨即與克定、克文相見，又勸慰了他們好久。克定淒然道：“我正擔心有兩具靈柩會是不祥之兆，果然又出此變。”徐答道：“袁門中有此義婦，令人欽敬！不僅令尊泉下有人侍奉，而且將來《列女傳》中也應占入一席，豈不是千古光榮嗎？但身後殮葬也需格外完備，好在棺木另有購就，上品選製，足慰烈魂。據老朽想來，怕是令尊有靈，陰為調遣啊！”克定道：“敬尊伯父命令。”於是，將袁乃寬在市場上購買的棺木，作為閔姨的靈柩，並用妃嬪禮殮葬，停喪新華宮內偏殿中。大典籌備處改作袁氏治喪所，掛靈守孝，誦經超度，另有一番排場。
袁氏治喪已經有好幾天，大小男婦都伴在靈前，不缺一人。突然一個披麻戴孝的官員奔到靈前，撫棺痛哭。大家都很驚訝，仔細一看，原來是奉天將軍段芝貴。段自奉老袁的命令，由奉調魯，正打算積極進兵，為君父效力，卻偏偏得了凶耗，驚得形神沮喪，急忙趕回北京。到了新華宮，段立即向治喪所索取麻冕葛衣，到靈前悲號一番，比袁氏諸子還要哀戚好幾倍。後來聽說大喪典禮已由政府特派曹汝霖、王揖唐、周自齊敬謹承辦，他才沒有異言。曹汝霖、王揖唐、周自齊三人本來就是帝製派中首領，現在充任大喪典禮承辦員，自然令大喪典禮極盡隆重，並訂立喪禮條目十三條，奠祭事項八條，定於六月二十八日舉行殯禮。
此通告頒布後，京內外政界要人，除饋贈厚賻外，又恭送挽聯，幾天內竟達上千件。挽聯上措詞的意思，不是誇大功績，就是頌禱將來。隻有籌安會的首領楊度措詞非常微妙，首聯說：“共和誤民國，民國誤共和，百世而後，再平是獄。”對聯說：“君憲負明公，明公負君憲，九泉之下，三複斯言。”
承辦喪禮的官員日夜籌備，紙車、紙馬、紙船、紙亭以及一切儀仗都已備好，專等屆期啟靈。至於袁氏家眷更是忙碌得不得了，所有寶貴物品都要裝箱，還要編列號次，一件件登載簿記，就是一絲一縷，也沒有遺失。一群女官則由袁克定做主，全部遣散回去。女官也在收拾行李，等送柩出宮後準備回去。女官長安靜生因蒙皇帝特寵及各妃嬪厚愛，依依不舍，整日以淚洗麵。
轉眼間已是六月二十八日，這天早晨，新華宮外人山人海，擁擠不堪。七點整，隨從、輿衛都已到齊，一隊又一隊，一排又一排，全部執著器仗，魚貫而行。所有鳳旌鳳翣、仙幡寶幢、錦幛花圈、彩幄香櫥都異樣鮮亮，格外精巧，跟賽會差不多。所經之地，斷絕交通，前後左右全部由軍隊荷槍擁護。皇子、皇孫引柩前來，一片麻衣。後麵跟著一輛極大的靈輿，用花車裝載，接著是閔姨棺木，兩旁護從的人多如牛毛。各外交團、清室代表以及國務卿以下文武各官都坐著摩托車，在後恭送。走在最後的是袁家女眷與女官婢媼等數百人，有坐汽車的，有坐馬車的，有坐騾車的，多半是淡妝素抹。最注目的是那個禦幹兒段芝貴，一直隨著靈柩，痛哭流涕，而且滿身縞素，與別的送殯人員迥然不同。旁觀者間接得知他的故事，都說是義重情深，不愧為孝子。到了車站，站長已備好專車，將所有錦幛花圈全部懸掛在車上，然後妥奉靈棺安置在車內。一幫送殯人員這才鞠躬告退，隻有各機關特派的承祭官及與袁氏感情較深的親友陸續登車。女官、侍從將主人的行李物品搬進車，安排妥當後才下車返回。霎時間，輪機轉動，風掣電馳一般，向彰德去了。至此，袁家事全部收場。
副總統黎元洪於六月七日就任，因處於前總統新喪期內，所有禮儀多半從略。各省將軍、巡按使致電北京表示祝賀，獨立各省都督也一律電賀。
陝西都督陳樹藩於黎就任當日取消獨立，並請政府優禮袁氏，敬死恤生。第二天，四川都督陳宦取消獨立。廣東都督龍濟光也於十三日電達中央，稱已於六月九日取消獨立。
政府連接各省電報，非常欣慰，特授陳樹藩為漢武將軍，督理陝西軍務兼署巡按使，並讚賞龍濟光，說：“該上將具有世界眼光，急謀統一，忠誠愛國，深堪嘉獎。該省善後事宜統由該上將悉心籌劃，妥為辦理。”
由於帝製派仍盤踞國都，南方各省仍處反對地位，全國一時未能統一。張勳、倪嗣衝等人始終服從袁氏，準備即日聯合私黨，自請出兵十萬開赴前敵，後因政局變化，才暫時按兵不動。張勳張辮帥深謀遠慮，暗想黎元洪、段祺瑞當國，定有一番變革，自己最好預先防患，未雨綢繆。於是把南京會議的各省代表截住，邀請他們暫時留住徐州，再開會議。可惜，四川、湖北、湖南、山東、福建等處代表走別的路回省，無從攔阻；隻有直隸、奉天、吉林、黑龍江、河南、山西幾省以及京兆、熱河、察哈爾等代表被攔住；另外徐州鎮守使張文生、徐海道尹李慶璋、安徽軍署參謀長萬繩栻三人也一起到會。六月九日，眾人在徐州召開會議，張勳擔任主席，朗聲宣言道：“現在，政局更新，黎元洪繼任，中央政見或留或革，不可預知。但世事糾紛尚無定局，我輩都身兼重職，不能坐視，還望同心協力，共保治安。南北不能不統一，中央不能不擁護，就是前清皇室及袁大總統身後一切，均宜請新政府實心優待，不得怠慢。我是這樣認為的，諸君又是什麽意見呢？”各代表齊聲讚成。張勳又道：“既然諸君讚同，那我輩不可不開列大綱，與眾共守。”各代表答道：“請指教。”張勳立即命秘書員草錄十大綱，交給到會的各代表審閱。十大綱為：
一、尊重優待前清皇室各條件。
二、保全袁總統的家屬生命、財產及身後一切榮譽。
三、要求政府，依據正當手續，迅速組織國會，施行完全憲政。
四、催促獨立各省，取消獨立，倘若固執成見，仍以武力解決。
五、絕對抵製迭次倡亂的暴烈分子參與政權。
六、嚴整兵備，保衛各本省區地方治安。
七、抱持正當宗旨，維持國家秩序，設有用兵之處，軍旅餉項，通力合籌。
八、嗣後中央若有弊政，並危害人民，務當合電力爭，以盡忠告。
九、固結團體，遇事籌商，對於國家前途，務取同一態度。
十、等國事稍定，聯名電請中央減政，罷除苛細雜捐，以緩民困。
各代表本來就沒有主見，樂得隨聲附和，全體表示讚成。張勳高興地說道：“諸君熱心為國，鄙人深感佩服。此次回省，請轉達貴將軍、貴都統互守此約，切勿背棄盟約！”各代表又連連答應。散會後，張勳盛宴餞行，歡然送別。此次會議，時人稱為“七省同盟”，即直、皖、晉、豫及關東三省。張勳因鞏固地位的目的達到，樂不可支，立即通電各省詳述會議情形及錄示十大綱，要求各省同意。從此，軍閥風潮波及全國，北京的大總統好似傀儡一般，不像從前袁總統得勢時，一呼百應，遠近風從。
黎元洪為人敦厚，反對帝製，就職時，中外歡慶。唯獨帝製派蠢蠢欲動，想推倒黎來鞏固自己的地位。一時間，人心浮動，流言四起，在京官吏紛紛移居天津，幸虧段祺瑞竭力鎮定，才沒出現大的騷亂。四川、陝西、廣東取消獨立，中央勢力加厚一層。此時，西南軍務院撫軍長唐繼堯通電政府，開出四大條件：
一、恢複民國元年公布的舊約法。
二、召集民國二年解散的舊國會。
三、懲辦帝製禍首十三人。
四、召集軍事會議，籌商善後問題。
副撫軍長岑春煊又通電中央及各省，說：“撫軍長所說的四個條件，是南方獨立各省的一致主張，如果政府一律照辦，本院將即日撤銷。”接著，河南將軍趙倜、南京將軍馮國璋也先後致電北京，力請恢複舊約法，召集舊國會，政府置之不理。於是，舊議員穀鍾秀、孫洪伊等人在上海刊登廣告，自行召集會員，除前時附逆的省議員外，其他所有省議員限期六月三十日以前，齊集上海，準備定期開會。才十多天，就有三百多名議員匯集上海。這消息傳到北京，國務卿段祺瑞不便沉默，於是致電南方各省及全國各重要機關，說政府對恢複元年約法並無成見，隻是需要仔細考慮恢複的辦法，不能操之過急。又致電上海國會議員說：“約法問題，議論紛紜，政府不便擅自斷定。諸愛國俊傑，法理精邃，必能折中一是，希望詳加討論，示以周詳！”
這兩電發表後，南方各省極端反對，唐紹儀、梁啟超回複辯論，說：
三年約法，絕對不能視為法律；此次宣言恢複元年約法，絕對不能視為變更。如今大總統繼任，國務院成立，均根據元年約法。一法不能兩容，三年約法若為法，則元年約法為非法。然而三年約法，不僅國人均不認可它為法，即就是今天大總統及國務院之地位皆必先不認可它為法，而得以存在。
段祺瑞仍然不同意，隻打算修正三年約法，或加入一些條款；或仿效約法會議辦法；或參照南京參議院成例，由各省長官選派委員三人；或點出該省國會議員三人，組織修正約法委員會。正籌議時，忽然上海海軍宣告獨立，推舉李鼎新為總司令，宣布加入護國軍，要等恢複元年約法，國會開會及內閣成立後，才取消獨立。
當時，海軍一直分為三隊，即第一艦隊、第二艦隊及練習艦隊。第一艦隊與練習艦隊同時停泊上海海邊，所以同時獨立。第二艦隊仍停泊長江各埠，可能還不知道其他兩艦情況。但第一艦隊實力最為雄厚，軍艦最多，一經獨立，立即引起了全國的關注。