吳佩孚聽說是老帥的意見，自然沒有話說，便讓吳景濂、王家襄到天津自行召集。這時，李烈鈞、許崇智、梁鴻楷、黃大偉奉了廣東革命政府的命令，誓師北伐，江西省內已有很多地方被他們攻克。吳佩孚雖然料定他們必有內爭，卻也不敢大意，根據陳光遠告急的電報，請政府任命蔡成勳為援贛總司令，率領本部軍隊南下。不過此時的吳佩孚已經不怎麽把這類事情放在心上，他所注意的是政治方麵。恰好孫傳芳因五月十五的電報無人注意，又發了一個電報給孫中山和徐世昌，原電大約道：
……廣東孫大總統，原於護法，法統已複，功成身退，有何留連？北京徐大總統，新會選出，舊會召集，新會無憑，連帶問題，總統一職同時失效。望兩先生體天之德，視民如傷，敝屣尊榮，及時引退，中國幸甚！
徐世昌接了這電報，沒怎麽注意，不想第二天又接到江蘇督軍齊燮元的電報，與孫傳芳的意思相同。
收到意思相同的兩份電報，徐世昌總統知道此事已不能馬虎過去，便和周自齊商量辦法。周自齊道：“事已至此，總統要不聲不響地過去，是萬萬辦不到的。不如借著孫傳芳的電報發一個通電，探探各督軍的意見，各督軍當然不能貿然決定辦法，往返電商，交換意見，必然還需要許多日子，我們大可乘此周旋。現在說得冠冕些怕什麽？”徐世昌見他說得有理，便發了一個通電，稱“一有合宜辦法，立即束身而退，決不留戀”。
就在徐世昌發通電的第二天，即六月一日，舊國會的宣言也到了，宣言說道：
……徐世昌之任大總統，既選自非法，大總統選舉會顯屬篡竊行為，應即宣告無效。自今日起，應由國會完全行使職權，再由合法大總統依法組織政府，護法大業就此告成。其西南各省，因護法而成立的一切特別組織，自應於此終結。至於徐世昌竊位數年，禍國殃民，障礙統一，不忠共和，黷貨營私，種種罪惡，舉國痛心……當吳景濂、王家襄二人，率領一百多位議員發表宣言的時候，馮玉祥和劉鎮華也發來電報請徐世昌辭職，弄得徐世昌六神無主，坐立不安。就在徐總統欲住不能，欲去不舍的時候，忽然保定方麵派張國淦來京，說有要事見總統。徐世昌十分憂疑，趕忙會見。寒暄幾句後，張國淦說道：“近日孫傳芳、馮國璋各督軍的電報和國會的宣言，徐先生都見到了嗎？”徐世昌訥訥地說道：“見到了，都見到了。”張國淦道：“既然都已見到，不知道先生的意見如何？”徐世昌勉強笑了笑道：“我早就想辭職，苦於沒有機會，今日能夠卸下重擔，是最好的了。就是當初我也並不想負這個責任，隻是曹錕、吳佩孚兩帥和張作霖極力勸駕，所以勉強上台。這並非個人私言，張先生洞燭事理，想必知道。”張國淦道：“以往之事，不必再提，徐先生既願辭職，不知何日讓出公府？”徐世昌一怔，笑道：“我也很想早些出京，隻恨尚有幾件事情未了，等布置好了再走，可好？”張國淦道：“曹、吳兩帥吩咐，愈快愈好。徐先生若遲疑不決，多延時日，恐有不利。”徐世昌道：“不會太久，一兩天內必會離京。”張國淦道：“既然如此，我明天再來討取回信。”說完，退了出去。
徐世昌憂憤交集，無計可施，想現今掌兵權的隻有京城衛戍司令王懷慶，彼此還有些交誼，便急忙派人把王懷慶請到總統府裏，把張國淦說的話告訴了他，請他代為想辦法。王懷慶想了半天才說道：“這件事，直方要人都已接洽一致，實在已到無可挽回的地步。我看總統還是讓步為好，免得再生事端。”徐世昌見王懷慶竟這樣說，更覺憂憤，想了一會兒，又忽然道：“當初並不是我自己願意當什麽總統，原是他們慫恿我出來的，現在又這樣逼我，我偏不走，看他們怎樣奈何我！”王懷慶想到當初自己也在勸駕之列，沒有作聲，過了一會兒，方才冷笑道：“我看徐老還是見機行事吧！他們原不和你講什麽前情，你要不走，合法總統已經複位，他們必會用武力來對付你，你怎麽抵擋得住？到那時仍免不了一走，還壞了感情，失了麵子，何苦呢？倒不如趁早讓位，冠冕得多。”徐世昌仰首無語，良久才歎了一口氣道：“我走後，他們難保不與我為難，與其走而仍不討好，倒不如現在硬挺著。”王懷慶道：“總統如自願下野，所有生命財產由我負全責保護。”徐世昌默然不語。王懷慶再三相勸，徐世昌才答應。當日便發了一道辭職的通電，並命國務院代行總統的職務。這通電發出後，徐世昌便由王懷慶保護，悄悄出京去了。隨後國務總理周自齊給黎元洪發了一道電文，請他即日複大總統職。
誰知徐世昌雖然走了，黎元洪卻沒有同意複職。黎元洪已隱居天津好幾年，奉、直交惡，直方要人和舊國會議員紛紛與他接洽，他門下的政客也分頭向各方活動。自從恢複法統的呼聲響起，素來冷落的黎宅門前頓時車馬雲集，十分熱鬧，每日催黎氏複職的電報有幾十起，吳佩孚的電報最多。各方代表和國會議員的汽車、馬車，日夜往來不絕。黎氏擔心重蹈覆轍，不肯輕易同意。就在這萬眾歡迎黎元洪複職的時候，忽然來了一份出人意料的反對電報。
反對電報是六月三日盧永祥從浙江拍發的。其後如上海護軍使何豐林以及主張聯省自治的褚輔成、孫洪伊等人也紛紛來電表示反對。黎元洪因此愈加消極。隨後，黎元洪的門下與盧永祥等人爭論不休，但就時勢情理各方麵說起來，黎元洪實有不能不複位之勢。當時，黎元洪推辭的態度非常堅定，無奈直方各要人已成欲罷不能之勢，如國務院代表高恩洪、京兆尹劉夢庚、商界代表張維鏞、安迪生，曹錕的代表熊炳琦、吳佩孚的代表李單率以及各省代表共四十餘人，都紛紛前往黎宅請黎複職。
黎元洪被逼得沒有辦法，隻得說道：“我也是中華民國國民一分子，各方迫於救國熱忱要我出來複職，我又豈能置之不理？但現在國事的症結在於各省督軍擁兵自衛，如能廢督裁兵，我自當犧牲個人的前途。”曹錕、吳佩孚得報後，首先表示願意立即廢督裁兵，並請黎早日赴京就職。其餘如河南馮玉祥、陝西劉鎮華、湖北蕭耀南和孫傳芳等人也紛紛複電讚成，力請黎氏即日進京。再加上黎派政治家們更是紛紛催促，以為機不可失。於是，黎元洪在六月十日連發兩電，表示同意複職。到了第二天，黎元洪由各省代表奉迎入都，攝行大總統職權。當下，黎總統明令撤銷民國六年六月十二日解散國會的命令，內閣各部總長均免去本兼各職。特任顏惠慶為國務總理兼外交總長，譚延闓署內務總長，董康署財政總長，吳佩孚署陸軍總長，李鼎新署海軍總長，王寵惠署司法總長，黃炎培署教育總長，張國淦署農商總長，高恩洪署交通總長。
此令一下，全國歡呼，各省人民頓時有了和平的希望，以為從此可以過上統一太平的日子了。黎氏雖貴為總統，但卻很平民化。單論總統府中的衛隊，以前總有那麽兩三營陸軍駐紮在內外；黎氏複職後，一律裁撤，隻用了一百多個警察。
黎氏複職以後，不但直派各督軍一致擁戴，就連之前持反對意見的盧永祥、何豐林等人也都通電承認。這時。直、奉戰爭還未完全結束，東三省省議會聯合會竟特致電黎氏，主張奉、直停戰，並呈上四條辦法：一、直軍退駐留守營，奉軍即開始撤退出關，於七日內撤盡，以保雙方安全；二、請中央派一與雙方都有友誼的大員，及雙方公證人，共同監視雙方撤退，以期妥協；三、督軍、巡閱使廢止，全國一致，東三省不能獨異；四、撤兵後京奉路即恢複原狀。黎氏接到電報後，一麵轉交吳佩孚、曹錕；一麵電複東三省，征求切實意見。東三省聯合會的電報原由張作霖授意而發的，得了黎氏複電，自然還去和張作霖商議。
這時，張作霖已改稱東三省保安總司令，他從灤州退出後，因戰爭失敗而影響到東三省市麵，不但人心恐慌，銀糧更是吃緊，紙幣的折扣逐漸低落。於是，張學良主張與直派議和，請英國傳教士德古脫氏動員外交團出來調停。德古脫因張學良是教徒，同意幫忙，卻沒想到外交團因怕承擔幹涉中國內政的嫌疑，大都不肯出來調停。張學良沒有辦法，隻得仍請德古脫以私人名義，介紹自己和直軍直接談判。此時，直軍司令部已移至秦皇島，但吳佩孚還在保定，陸軍總長一職也未就任，司令部的事情完全由彭壽莘處理，所以德古脫氏先介紹張學良到秦皇島和彭壽莘會晤。兩人談了一回，意思非常接近。當下，彭壽莘特致電陳明吳佩孚，雙方商定於六月十一日會商具體辦法。張學良回去和張作霖說明，張作霖當時沒有表態。
到了六月十一日那天，奉、直兩軍又發生一次衝突，奉方得了一個小勝利，張宗昌等人便攛掇張作霖乘勝反攻。張作霖認為是條妙計，無論別人如何阻止，他都不肯聽，並立刻加派大隊人馬大舉進攻。直軍怎麽肯服輸，自然是猛烈反攻。雙方激戰了一天一夜，奉軍大敗而退，直軍**。正在直軍揚揚得意之時，卻踩到了奉軍埋設的地雷，前鋒軍士當場被炸死了幾百人，於是趕緊退回陣線。奉軍又乘勢反攻，不料這時直軍的援軍來到，兩方就此激戰起來。相持了三天三夜，雙方死傷均達數千人。吳佩孚此時已命張福來回防嶽州，聽到這個消息，急忙和王承斌同到陣線上來視察。察看了一會兒，吳佩孚便和王承斌定計道：“如此作戰，損失太大，卻沒有把握完全得勝，不如派軍隊過九門口，繞到長城北麵，攻敵軍背部，敵軍首尾受敵，我們定可獲大勝。”王承斌當天便帶領本部軍隊，悄悄地繞到奉軍背後。
奉軍正和直軍死戰，想不到槍炮紛紛從背後飛來，奉軍還以為是自己軍隊倒戈，軍心立刻渙散，紛紛潰退。副總司令孫烈臣親自督隊，見此情形，知道遏止不住，隻得敗退。想不到王承斌的軍隊沿途截擊，不但士兵死傷極多，而且連孫烈臣也身中流彈，不能作戰。張作霖經此大戰，知道已到了非講和不可的時候，隻得叫張學良央求德古脫說服外交團調解。張學良不肯，說：“當初我勸父親暫時忍耐，息戰講和，也好養精蓄銳，等有隙可尋時，再圖以逸待勞，必然可以報此大仇。可是父親偏要聽別人的話，乘勢反攻，才有今日的敗局。德古脫原和直係約定十一日商訂具體辦法，我們已是失信，再去求他，他怎麽肯答應？”張作霖變色道：“你是我兒子，怎敢揭我短處？沒了你，難道我就不能講和嗎？”張學良碰了一個釘子，隻得硬著頭皮去和德古脫商議。德古脫果然不肯答應，說：“你們已經失信一次，害得我無臉再去見人。”張學良回去報告張作霖，張作霖沒有辦法，這才授意東三省省議會聯合會向北京政府求和。黎元洪回電，要求他們提出切實辦法。於是，張作霖回電，願派張學良、孫烈臣為代表，入關講和。吳佩孚則派前線的王承斌和彭壽莘為代表。雙方磋商了好幾天，才訂定和約，劃出中立地方，雙方各不駐兵，並請王占元、宋小濂監視撤兵。到了六月二十八日，雙方軍隊都撤退完畢，直軍調回洛陽，秦皇島的司令部也於七月四日撤銷。隨後，京奉路完全通車，一場大戰就此了結。
吳佩孚自黎元洪入京就職後，以為大功告成，從此南北和平。隨即，電請孫中山、伍廷芳、李烈鈞北上，共議國事。