孫中山先生在廣西準備北伐，屢次電囑陳炯明籌餉。誰知陳炯明此時已暗受吳佩孚賄賂，不但不肯遵命，反而克扣餉械，散布流言，唯恐北伐軍不敗。孫中山雖念他以前的勞績，不忍重懲，但為革命前途起見，又不得不將他停職。四月二十一日，護法政府下令罷免陳炯明廣東省長及軍總司令等各職銜，廣東省長一職委伍廷芳繼任。陳炯明接到命令後，便帶領本部軍隊連夜趕到惠州駐紮，自己則去了香港。第二天，孫中山先生和許崇智、胡漢民等回到廣州，和伍廷芳等人說起這件事，彼此歎惜不已。陳炯明雖然走了，但沒有影響到廣州治安，再加上孫中山回來布置了一番，越覺得四平八妥。
有人說陳炯明軍隊並未解散，恐怕會與北方軍閥勾結，必須要從根本上鏟除。孫中山先生向來仁厚，聽了這話，便道：“陳炯明雖然根性惡劣，但決不會做反噬之事。此說是以君子之心，度小人之腹。何況炯明的部下有不少明理的人，怎麽會有異動呢？”而後，孫中山和伍廷芳、廖仲愷等人商議：“內部事情雖多，北伐卻萬不可中止，我想立即令李協和率師攻贛，你們覺得怎麽樣？”廖仲愷和伍廷芳都很讚成。孫中山很高興，當即下令命李協和攻贛；又派許崇智、梁鴻楷兩軍同時攻打贛南。許、梁接到命令後，厲兵秣馬，紛紛出動。贛南的守備極弱，怎麽能擋得住北伐軍的精銳呢？一見北伐軍的旗號，便相率潰退。於是，許、梁二人輕易得了龍南、虔南兩縣，略為布置後，繼續推進。
此時，陳炯明部隊已陸續由桂返粵，到廣州以後，向護法政府提出要求，一是要求恢複陳炯明的廣東省長和軍總司令兩職，催促他歸國，二是罷免胡漢民。孫中山先生見了這兩項要求，想起陳炯明以前的功績，覺得非常可惜，便令陳炯明辦理兩廣軍務，所有兩廣地方軍隊均由他節製、調遣。誰知陳炯明受了吳佩孚的賄賂，竟忘了革命的天職，非但不肯就職，反而暗地囑使部將葉舉等人通電請孫中山總統下野；甚至派兵圍攻總統府，占領行政各機關，並派兵進駐韶關，遏阻北伐軍的歸路。
在孫中山總統心裏，最重要、最關心的就是革命救國，其餘的事情都不怎麽在意。北伐軍出師沒多久，黃大偉便占領了崇義，許崇智占領了信豐、南康、贛州，李烈鈞占領大庾，半個江西已納入護法政府管轄之下。孫中山非常高興，任命謝遠涵為江西省長，徐元誥為政務廳長。而北方政府為了討好護法政府，竟同意謝遠涵繼任江西省長。這消息剛好和吳佩孚邀請孫中山先生北上的電報一起到來，孫中山見了吳佩孚的電報，付之一笑，並不回答，隻催促北伐軍火速前進。
六月十五日晚上十點鍾，孫中山正在批閱軍牘，忽然接到一個軍官的電話，說今夜粵軍將有變動，請總統趕緊離府。孫中山不信，依舊批閱軍牘。又過了兩個小時，忽然見秘書林直勉急急忙忙跑進來，向他行了一個禮，道：“報告總統，今晚的狀況很不好，請總統趕快離開公府，暫時避一避！”孫中山從容地說道：“請你先說明白，怎樣一個不好的消息？”林直勉道：“據確實的報告，粵軍準備今夜圍攻總統府，請總統趕快暫避。”孫中山微笑道：“陳炯明再險惡，也絕不會做出這種滅倫反常的事情，何況他的部下又都是我久共患難的同誌，即使陳炯明確有此心，他的部下也未必肯助桀為虐。你聽到的莫非是謠言吧？”正說著，參軍林樹巍驚慌失色地進來了。孫中山正要詢問，林樹巍已開口說道：“請總統趕緊離開總統府，粵軍要來圍攻總統府了！”孫中山道：“你們不必驚疑，這必是不逞之徒在那裏造謠，諸君萬一信以為實，反使粵軍生疑，倒真激成兵變了。”林直勉道：“粵軍向來蠻不講理，總統絕不能以常情度之。如果真有不利於總統的事，總統怎樣辦呢？”孫中山慨然道：“廣州的警衛軍，我已全部調赴韶關，由此可見，我並沒有絲毫疑忌他們的意思，他們若對我不利，何必出此下策？如果他們敢明目張膽，謀叛作亂，以兵力加於我身，那便是大逆不道，亂臣賊子，人人得而誅之。何況我身當其衝，豈可臨時退縮，屈服於暴力之下，貽笑中外，汙辱民國，輕棄我人民付托的重任呢？我今日隻想為國除暴，討平叛亂，以正國典。至於生死成敗，不是我所計較的。”林直勉、林樹巍見孫先生決心如此，不敢強勸，隻得歎息著出去了。
孫中山因時間已晚，退入臥室就寢。誰知剛睡著，各處的電話接連不斷地來報告兵變，請孫中山速速離開總統府。孫中山神態鎮定，一點也不慌亂。到了淩晨兩點鍾，粵軍有軍官偷偷跑出來報告：“粵軍各營已經用完餐，約定兩點出發，並備好二十萬現金，為謀害總統的賞金，還約定事成之後，準各營兵士放假三日。”孫中山聽了這話，還不肯相信，正要解說，忽然聽到一聲很尖厲的號聲，接著到處都掌起號來。不到一刻，號聲由模糊而漸漸清楚，孫中山這才相信粵軍確實叛亂了，當即傳令衛隊準備防禦。這時已是三點多鍾，林直勉、林樹巍又來苦勸孫中山暫離總統府。孫中山厲聲道：“陳炯明果真敢謀逆作亂，那麽戡亂平逆是我的責任，豈可膽小畏避，放棄職守？萬一力不從心，也隻有一死殉國，以謝國民，怎能說出暫避的話來？”林直勉等人再三相勸，孫中山執意不從。林樹巍見他如此堅決，知道不是言語能動搖的，便顧不了什麽，上前挽住孫中山的胳膊，想用強力讓他出去。一時間，大家都圍了上來，七手八腳地把這位鎮定不屈的孫先生四麵扶住，用力挽出了總統府。孫中山先生掙脫不了，隻得和他們一起走。
這時，路上已布滿了粵軍的步哨，見了孫中山一行人，盤詰得更為仔細。幸好林直勉口才很好，才得以通過。剛到財政廳門前，粵軍的大隊也到了，盤詰得更為厲害，一行人無法通過，孫中山先生隻得單身夾雜在粵軍中間，跟粵軍一起行進。孫先生向來非常鎮定，遇到大事的時候更是從容不迫，粵軍還以為是自己隊伍中人，並不疑心。一直到了永漢馬路出口，孫先生才算真正脫險，然後直奔長堤海珠的海軍總司令部。海軍總司令溫樹德聽說孫中山到來，又驚又喜，驚的是粵軍真的起事，喜的是總統虎口脫險。溫樹德趕緊將孫中山迎到裏麵，說道：“此地也不安全，萬一叛軍大隊攻擊，必又發生危險，總統不如到楚豫艦上，召集各艦長商議一個討賊計劃吧！”孫中山便和溫樹德一同到了楚豫艦上，召集各艦長商議平逆計策。各艦長個個義憤填膺，誓死擁護。
第三天，有人從總統府逃出，向孫中山陳訴粵軍的殘暴。孫中山先問五十多個衛隊隊員的情形，那人道：“衛隊在觀音山秀樓附近對抗了三四個鍾頭，叛軍衝鋒十多次都被衛隊用機關槍擊退。死傷的數目在三四百以上。後來因為子彈缺乏，才被迫繳械。守衛總統府的警衛團和叛軍抵抗了十多個鍾頭，後來子彈告絕，全被繳械。繳械以後，叛軍竟用機關槍掃射，他們全都遇害了。”孫中山歎息不已，那人又道：“叛軍起初用速射炮掃射總統府，後來擔心總統還在秀樓，便用煤油燒斷通往總統府的橋，以防總統出逃。沿路伏著的叛軍更多，專等總統的汽車出來，突然截擊。後來始終沒見總統出府，他們還仔細搜檢了一番呢！”
這時，忽然有士兵進來報告，說外交總長伍廷芳和衛戍司令魏邦平來見。孫中山立刻傳見，兩人進來見了孫中山，便討論起平叛的事情。孫中山命魏邦平將所部集中大沙頭，策應海軍進攻陸上的叛軍，恢複廣州防地，魏邦平遵命。孫中山又向伍廷芳道：“今天我必須帶領艦隊討平叛軍，否則中外人士必定要笑我沒有平亂之方；而且不知我行蹤所在，更易使革命誌士渙散。假如畏懼暴力，蟄伏黃埔，不盡討賊職守，徒為個人避難苟安之計，將怎樣曉示天下呢？”伍廷芳聽了非常讚服，立刻出艦登陸，通告各國駐粵領事，嚴守中立。
孫中山當即統率永豐、永翔、楚豫等七艘軍艦出動，由黃埔經過車歪炮台，駛至白鵝潭，命各艦對準大沙頭、白雲山、沙河、觀音山、五層樓等處的粵軍發炮。粵軍因沒有障阻，根本抵抗不住，死傷約六七百人，大部分士兵潰逃。艦隊沿長堤向東前進，不料魏邦平所部陸軍竟沒能如期響應。粵軍乘勢複合，發炮抵抗。孫中山知道亂事不能立即平定，隻得暫時率艦回到黃埔，商議第二次進剿方法。陳炯明見海軍擁護孫中山，知道不收買海軍，就不能消滅孫中山的活動能力，便動員海軍中立。海軍正憤激異常，怎麽肯被收買？於是，陳炯明實行大放假的約定。粵軍在廣州城內燒殺搶掠，無惡不作，甚至白晝**，肆無忌憚。有個女子被**至五六次之多，腹脹如鼓而死。孫中山在艦上聽到這些消息，愈加傷感，因陸軍力量薄弱，他當即寫信給前敵李協和、許崇智、朱培德、黃大偉、梁鴻楷，令他們迅速回粵平亂。隨後，孫中山先生從楚豫艦移到永豐艦辦公。
此時，各處起義的軍隊頗多，黃埔一帶有徐樹榮、李天德、李安邦等人，所部約一千多人，軍威稍振。孫中山正想攻取魚珠、牛山各炮台，為掃滅叛軍做準備。忽然有人進來報告說：“伍廷芳總長逝世了。”孫中山不覺吃了一驚，流著淚向左右說道：“本月十四日，廖仲愷因赴陳炯明惠州之約，不想被扣石龍，生死未卜，已使我十分傷感；現在伍總長忽棄民眾托付的重任，先我而逝，豈不可傷？”海軍將士聽了也十分悲憤，誓死討賊，並全體填寫誓約，加入中華革命黨，表示服從總統，堅貞不渝。
這時，粵軍動員海軍初見成效，各艦中的某些官長已有些不安分的舉動，因此也有士兵來問孫中山：“我們的長官和叛軍訂立條約，是不是已得到總統的許可？”孫中山不好明言，又不願追問，隻微微點頭而已。於是，海圻各艦兵士都疑心溫樹德司令有不利孫中山之舉，想拒絕司令回艦。孫中山得知後，再三調解，才沒有實行。其實這時的海陸軍有顯明從逆的，有態度曖昧的，也有主張中立的，不過都隻在醞釀之中，還未完全成為事實。所以孫中山以誠示人，大義感人，以期眾人感動，不為賊用。陳炯明一直在暗中操縱叛軍，並未公然露麵，卻已被輿論唾罵得非常厲害。陳炯明沒有辦法，隻得派鍾惶可帶著他的親筆信，到永豐艦上晉謁總統，懇求和解。
孫中山看了信，還沒下什麽結論，忽然魏邦平來見，孫中山便把這封信交給他看。魏邦平把信看了一遍道：“看他這封信也還說得懇切，或者有些誠意，不知總統可準調解？”孫中山正色道：“當初宋亡的時候，陸秀夫恐帝受辱，甚至投水而死。今日之事，不可讓先烈白白犧牲。我雖才疏，也不敢不以文天祥自勉。宋代之亡，尚有文、陸；明代之亡，也有史可法；如果民國亡的時候，沒有文天祥、陸秀夫這樣的人，怎樣對得住為民國而死的無數同誌？將來又怎樣做國民的模範？既自汙民國十一年來莊嚴燦爛的曆史，又自負三十年來效死民國的初心，還成什麽話？”魏邦平見孫中山說得義正辭嚴，不覺色變。