魏邦平走後，海軍中有傳言說，海圻、海琛、肇和三大艦將私離黃埔，任由魚珠、牛山各炮台炮擊其餘各艦。一時間，人人惶恐，孫中山卻仍泰然處之，非常鎮定，因此傳言漸漸平息。過了幾天，鍾惶可再次代陳炯明到永豐艦向孫中山求和。孫中山笑道：“陳炯明對我毫無誠意，求和的話豈能深信？況且他的部隊本是我的部隊，此次舉動實是反叛行為，所以他隻能向我悔過自首，決不能說求和。”鍾惶可還想再說，忽然魏邦平派人來見孫中山。來人道：“魏司令願擔任調停之責，擬定了三個條件，請總統批示。第一條是逆軍退出省城，第二條是恢複政府，第三條是請北伐軍停止南下。”孫中山斟酌了一會兒，方才答應。鍾惶可見孫中山已經答應，便和魏邦平派來的代表一齊告退。
二人走後，忽然有軍旅長李雲複派代表薑定邦來見。孫中山回顧眾人道：“你們猜李雲複派代表到這裏來幹什麽？”秘書張俠夫道：“大概是求和。”孫中山點頭道：“所見與我略同，就派你代表我見他吧！你跟我多年，說話必定體會我的意思，也不用我囑咐了。”張俠夫隨即出去招待薑定邦，問其來意。薑定邦道：“此次事件實是出於誤會，陳炯明總司令事前毫不知情，近來知道了這件事，十分愧恨，情願來向總統請罪，務必請張秘書轉達總統海涵。李旅長願以身家性命擔保，陳炯明以後斷無叛逆行為，也請轉達總統。”張俠夫道：“李旅長如果能附義討賊，總統必嘉獎優容，毫無芥蒂，斷無見罪之意。但陳炯明是此次事變的禍首，也是民國的罪魁，他如果能赦免，那麽反複無常的叛徒，誰都想效尤，還有什麽典律法紀可言？”薑定邦再三請張俠夫向總統進言勸解，張俠夫道：“轉達是一定的。至於求和，答應不答應，總統自有權衡，兄弟也不敢擅自做主。”薑定邦笑道：“隻要張同誌肯向總統進言，兄弟就感激不盡了。”
張俠夫回來報答孫中山，孫中山道：“陳炯明請罪，根本毫無誠意，卻偏有許多人替他說話，這其中難免別有狡計，我們還是趕緊催促前敵各將士回粵平亂，切不可中了他的緩兵之計。”一旁的林直勉當下插言道：“根據目前狀況，回師計劃實在非常急迫。聽說溫樹德司令因受敗類何某挾製，態度非常曖昧，海圻、海琛、肇和三大艦也受了叛軍賄賂，不日就要離開黃埔。如果這三艦走了，那麽其餘各艦直對魚珠，都在炮台的監視之下，一旦對方炮台發炮射擊，各艦沒有掩護，必然不能抗衡。那時前進被炮台所阻；要繞離黃埔，則海心岡的水勢又淺，各艦肯定無法通過。各艦即使不為炮火所毀，也必被他們封鎖，不能活動，總統須預先布置才好。”孫中山微笑道：“我們既已抱為國犧牲的決心，死生必須置之度外，方寸既決，叛軍還有什麽辦法？種種謠言，何必去信呢？在此危疑關頭，我們隻有明斷果決，才能支撐危局。”
到了晚上，三大艦突然熄燈，人心倍加惶惑。而孫中山起居如常，如屹立的泰山不可搖動，全軍將士很是歎服，心思也略為安定了。到了第二天，陳炯明的部將洪兆麟派陳家鼎拿著親筆信來見孫中山。信中的意思大概說：“本人打算與陳炯明同來謝罪，請總統回省組織政府，而後再任陳炯明為總司令。”孫中山當即寫了一封回信給洪兆麟，信中所寫，無非責以大義，卻一句也沒提及陳炯明。這天，魏邦平來見，孫中山問他逆軍為什麽還不退出廣州。魏邦平頓了頓，才說道：“此事還沒有接洽妥當，最好請總統發表一個和六月六日相似的宣言，責備陳軍各將領不該輕舉妄動。如此一來，陳軍必然根據這個宣言，擁護總統，再組政府。”原來，孫中山先生曾於六月六日在廣州宣言，要求兩件事情：一件是懲辦民國六年亂法的罪魁，一件是實行兵工製。孫中山覺得有些離奇，便道：“你的話真令我不懂，陳軍甘心叛逆，何必去責備他。如果他們確有悔過的誠意，我自當另給他們一條自新之路。可先叫他們把廣州附近的軍隊退出百裏之外，以免殃及百姓，把廣州完全交與政府，然後再談別的。”魏邦平默然，過了好久，才說道：“現今事情危迫，總統為何不略微遷就一些，給陳軍一個擁護總統的機會呢？這也未必不是民國之福啊！”孫中山正色道：“如果不能先令逆軍退出廣州，那麽我寧甘玉碎，不願瓦全。我是國會選舉出來的總統，決不能做叛軍擁護的總統。請魏同誌努力訓練士兵，看我討平叛逆。”魏邦平道：“總統如此固執，肯定會後悔的。”孫中山斷然道：“古時帝王殉社稷，總統是應死民國，有什麽可後悔的？”魏邦平默然而去。
第二天，秘書林直勉聽說這些話，不禁歎息道：“時局如此危迫，竭誠擁護總統的，能有幾人？魏司令不足責怪。隻是不知北伐軍隊到底什麽時候才能南返？”正在感歎，忽然有人闖了進來，林直勉吃了一驚，定睛一看，原來是參軍林樹巍。林樹巍見了林直勉道：“林秘書可知禍在旦夕嗎？”林直勉驚訝道：“為什麽說這話？”林樹巍道：“剛得到可靠消息，三大艦決定於今日駛離黃埔，留下的盡是些小艦隊。我們前無掩護，後無退路，豈不是危機四伏嗎？”林直勉道：“消息確實可靠嗎？”林樹巍正色道：“這事非同兒戲，哪裏有不確實的道理？”林直勉笑道：“此事我早已料到，不過在今日實現，未免太早了。”說完，便和林樹巍一同去見孫中山。孫中山拿出一封信和一個手令給二林看，原來那封信是許崇智從南雄發來的，說北伐軍已經開拔回省。兩人讀完後，眉頭稍展，說道：“北伐軍回省，叛軍應該不日可以討平了。”孫中山道：“最後的勝利，必在革命軍隊，叛逆的必敗。你們再看我的手令。”林直勉拿起手令一看，原來是命各艦由黃埔上遊，經海心岡，駛往新造村附近，掩護長洲要塞。林直勉不禁大吃一驚道：“總統為何下此命令？”孫中山道：“此令還待斟酌，並非即刻就要發布，你們不必向他人提及。”林樹巍道：“命令沒有發布，我們怎麽敢泄露。但總統還不知道三大艦已變節附逆，要離開黃埔了。”孫中山泰然道：“我剛才也接到這個報告，所以有駛往新造村的決心。”林直勉道：“海心岡水位那麽淺，艦隊如何通過呢？”孫中山沒有回答，二人滿腹狐疑地退了出去。
到了晚上，海圻、海琛、肇和三大艦果然升火起錨，駛離黃埔。孫中山得到消息後，立刻下達手令，命其餘各艦經海心岡駛往新造村附近。各艦長得令，都派人來稟報：“海心岡水淺，怎麽通過呢？”孫中山道：“不必擔心，我自有辦法可以通過，否則我怎麽肯下這令？”各艦長隻得遵令前進。到了海心岡，果然安然而過，並不覺得水淺。孫中山向他們解釋道：“我當時雖不信三艦會叛變，但早已想好退路。軍事勝負，原本就很難說，我深恐被叛軍封鎖，所以暗地裏常常派人去測量海心岡的深淺，據報總在十五尺以上，所以我毫不在意。當時不告訴你們，是擔心萬一泄露，被逆軍知道，在海心岡一帶增設炮兵截擊，那麽我們通過時，又要多費周折了。”眾艦長都十分歎服。
孫中山到達長洲後，傳令長洲要塞司令馬伯麟戒備，以防叛軍襲擊。馬伯麟進言，請孫中山駛入省河，乘叛軍沒有準備，突然襲擊，便可大獲全勝。孫中山歎道：“我不是不知此舉可以獲勝，但恐累及人民，於心何安。我們現在所應注意的，是叛軍探知我們離開黃埔，必然派隊來襲擊，不可不防。”正說著，外麵忽然炮聲大作，探報魚珠炮台的叛軍鍾景棠所部渡河來襲。孫中山立即出外眺望，並令各要塞司令派兵應戰，各艦開炮助戰。鍾景棠軍因沒有掩護，死傷很多，紛紛潰退。孫中山正在高興時，忽然見自己的隊伍中飄出幾麵白旗來，不覺一驚，用望遠鏡仔細審視，隻見那幾麵白旗在海軍陸戰隊的隊伍中飛揚。原來是隊長孫祥夫帶領部下倒戈，向馬伯麟攻擊。鍾景棠軍乘勢反攻，馬伯麟抵擋不住，士兵大半潰散。孫中山頓足道：“又傷我這麽多愛國士兵，真是可痛！”
馬伯麟登永豐艦向孫中山謝罪，孫中山安慰他道：“馬同誌忠勇可嘉，如果人人都像馬同誌這樣，那麽叛軍早已討平了。今日戰敗，禍首是孫祥夫，馬同誌又有什麽罪呢？”馬伯麟遜謝。孫中山又道：“現在長洲要塞已失，我想令各艦攻占車歪炮台，為我海軍根據地，不知馬同誌覺得如何？”馬伯麟道：“車歪炮台地勢非常險惡，炮隊密布，要想攻克，肯定很難，想通過，也絕不容易；不如把艦隊駛到西江去活動，還比較妥當。”孫中山笑道：“馬君隻知其一，不知其二。我們如前往西江，必須經過牛山、魚珠各炮台，又有三大艦駐在沙路港口，監視我們各艦的行動，就算我們能夠衝過牛山、魚珠，三大艦勢必阻止我們通過，到那時我們反而進退兩難了。所以這時除襲取車歪炮台，駛入省河之外，沒有別的妥當方法了。”大家這才恍然大悟。
當下，孫中山率領永豐、楚豫、豫章、廣玉、寶璧各艦由海心岡開到三山江口。當時天已微微亮了，各艦率先向車歪炮台粵軍的陣地發起攻擊，粵軍發炮還擊。當時，艦隊炮少，而粵軍布置周密，大炮又多，所以孫中山率領的各艦長非常惶恐。孫中山奮然道：“民國存亡，在此一舉；今日之事，有進無退。”說完，令座艦先進，再令各艦繼續前行，奮勇衝擊。不料，艦隊剛到炮台附近，粵軍預先布置在那裏的兩營野炮隊便鋪天蓋地地向艦隊發射炮彈。艦隊猛攻了好久，因陸上部隊太少，隻攻克東廊一岸。各艦通過時都受微傷，孫中山的座艦卻受重創，連中六彈。各艦不得不直開到白鵝潭，以圖再舉。此時永翔、同安各艦趕來附義討逆。
當時，白鵝潭附近的商人擔心在此開戰，影響商機，派稅務司夏竹和西方人惠爾來見孫中山。夏竹先問道：“總統來此，是否為避難？”孫中山正色道：“我是中華民國的總統，此地是中華民國的領土，我當然可以自由往來，怎麽能說是避難？你說的什麽話，我真不明白！”夏竹支吾道：“並非本人多問，因此地是通商港，接近沙麵，假如發生戰事，牽動外國戰艦，發生交涉，可如何是好？所以總統不如暫時離開廣州，使商業免受影響。”孫中山憤然道：“這話是你應該說的嗎？我生平隻知公理和正義，不畏強權，不服暴力，決不怕無理的幹涉。”夏竹默然。惠爾在旁看了，不覺肅然起敬道：“總統真是中國人中的愛國奇男子，誰說中國沒有人才呢？我今日才見到總統的大無畏精神啊！”夏竹聽了這話更覺慚愧，忙和惠爾一同致敬而退。二人離開後，又有海軍總長湯廷光來信，請求準予調解。孫中山當下寫了一封回信，表示同意。
第二天，孫中山正在慰勞海軍將士，忽然接到湯廷光送來的議和條件，完全以敵體相視，並以次日十二點為限。孫中山毅然令秘書起草，回絕調停。信內有這樣的話：“葉舉等叛逆之徒如無悔過痛改的誠意，那我們就如來函所稱，以明日十二時為限，兵戎相見！”各士兵得知來函的內容，十分激憤，爭著要見孫中山，情願誓死討賊。孫中山慰諭道：“昨天，各艦通過車歪炮台時，忠勇奮發，殊堪嘉尚。中國海軍如果都能夠像昨天那樣勇往直前，奮勇殺敵，則前途大有希望。現在，處於萬分危迫之中，你們卻還能如此勇敢向義，同誌們，叛逆之徒必將被我們討平，不過是時間問題，大家不要急於一戰。”各兵士這才憤然退出。
此時，水上警察廳所轄的廣亨、廣貞兩艦前來支援。不料開到車歪炮台附近，卻被粵軍炮火截住，兩艦激戰了幾個鍾頭，因艦力薄弱，無法通過，隻得和東廊附近陸上的各部隊一齊退到江門。孫中山得到消息，正和幕僚談論讚歎，忽然汪精衛來見，孫中山問他有什麽事。汪精衛道：“剛才得到一個確實的消息，說叛軍在韶關大敗，我滇軍已占領芙蓉山、帽子峰等要害，推進速度極快，簡直是所向無敵……”汪精衛剛想說下去，忽然張俠夫匆匆進來說道：“奇怪了，剛來附義的永翔艦又要離開這裏了，也不先來稟告一聲，不知是何道理？”汪精衛道：“我剛進來時，聽說是溫樹德司令它召去的，不知道是否屬實？”張俠夫道：“我們該截住它，別讓它離開。”孫中山搖頭道：“它既稱有溫總司令的命令，就由它去吧，不必阻擋。”又對汪精衛道：“你繼續說韶關的消息。”汪精衛道：“我軍的飛機隊，聽說也已經飛過韶關，在馬霸、河頭等地方拋擲炸彈，命中的很多。現在，省城叛黨都有遁逃的現象，韶關大概指日便可被我軍收複了。”