李烈鈞、許崇智、梁鴻楷、黃大偉、朱培德各部軍隊，在江西的戰事節節勝利，已經占領贛南各地。北軍蔡成勳雖代陳光遠節製江西軍隊，卻也無法抵擋護法軍。孫中山發信催促回軍平亂的那天，李烈鈞正在猛攻吉安，和沈鴻英的部隊激戰，後來蔡成勳、周蔭人等部隊前來支援，北軍陡然增加了許多生力軍，氣勢大振，因此北伐軍不能**。好在湖南陸軍第六混成旅旅長陳嘉祐帶領所部，幫著李軍攻打，還能維持個勢均力敵。想不到廣州政局變動消息傳來，北伐軍頓時生了內顧之憂，隻得撤退。周蔭人部乘勢追擊，陳嘉祐部大敗，隻得退入廣東，助北伐軍討伐陳炯明。朱培德、李烈鈞、許崇智等人退到邊境，大家商議：我軍一齊撤退，北軍乘勢進逼，則腹背受敵，必難取勝。何況我們餉械的接濟已經斷絕，肯定無法支撐很久，不如留一部分軍隊堅守贛南，分一部分軍力去討伐陳逆，這樣才有效用。於是，大家決定先由朱培德、許崇智、黃大偉率部南下，其餘暫留贛南，防止北軍追擊。許崇智的部隊擔任中路，進攻仁化；黃大偉擔任東路，進攻始興；朱培德擔任西路，進攻樂昌。三路軍隊同時進擊，與陳炯明軍激戰多日，互有勝負。李烈鈞這時正在防守贛州，和蔡成勳、周蔭人等部激戰。李烈鈞雖是智勇雙全的軍事家，無奈敵眾我寡，敵盛我疲，餉械又無處籌劃，因此抵抗了半個多月便支撐不住了，被北軍奪去贛州。
就在李烈鈞失守贛州的這一天，許崇智等人的軍隊也吃了敗仗。南雄、始興等處都被陳炯明占領，許崇智等殘部陸續由閩邊退去，知道已不能退回韶關一帶，便分向湖南、廣東交界的地方退卻。韶關那麵，許崇智、黃大偉兩部軍隊戰敗退往閩邊。朱培德、陳嘉祐等部還在仁化、樂昌一帶激戰，無奈子彈缺乏，也隻好同時退卻。至此，所有北伐部隊完全失敗。
消息傳到廣州，孫中山不肯相信。程潛、居正等人都請孫中山離粵，孫中山不從，道：“這種戰報都出自敵方，豈可全信？萬一前方並未失敗，而我先離廣州，又將如何麵對敵前將士？”直到八月九日，各處敗報才被證實，孫中山當即召集各艦艦長，開軍事會議，決定大計。各艦長齊聲道：“贛南既已失陷，南雄又將不保，前方腹背受敵，戰事決難順利。總統株守省河，有損無益，不如暫時到上海去，慢慢地再圖討伐叛逆之計，較為妥當。”孫中山也深知在此無益，便決定離粵赴滬，一麵通告各國領事，聲明總統即日離粵，一麵叫人向商輪公司預定艙位。幕僚一齊諫阻道：“總統一身關係民國存亡，怎麽能做這冒險之事呢？萬一叛軍有什麽陰謀，總統豈不危險？”孫中山侃然道：“我本中華民國總統，一切應當光明正大，怎能鬼鬼祟祟，學末路政客、失敗軍閥的樣子，秘密動身呢？”幕僚再三婉諫，孫中山仍固執己見。
大家正為難時，恰好英領事托人回複說：“孫總統如果決意離粵，我可派炮艦摩漢號護送總統前往香港，不必另搭商輪。而且明天還有俄國皇後號郵船由香港前往上海，如孫總統前往上海，請於下午三點鍾趁摩漢炮艦到香港，我可以電告香港，預備艙位。”眾幕僚聽了都高興地說道：“難得英領事盛意，總統不可辜負了他。”孫中山沉吟未答。那回複的人道：“英領事此舉非常誠意，總統無論從邦交上著想，還是從友誼上著想，都不可辜負他。”孫中山這才同意。到了下午三點，孫中山帶了幕僚登摩漢艦離開廣州。走前，孫中山將艦隊的善後事宜委托秘書林直勉和參軍李章達二人代為辦理，並發一個月的軍餉，以獎勵官長、士兵忠勇奮戰。
下午四點，摩漢號出發，七點出虎門要塞，孫中山在船上向大家說道：“想不到我們今日竟能脫險，一息尚存，此誌不懈，民國的責任仍在我們身上，萬萬不可輕棄，負了初心。”參軍林樹巍道：“總統忠心為國，對於世界政治情形觀察得尤其透徹，不知道中國究竟要怎樣，才能富強，脫離殖民地的地位？”孫中山向來是沉默嚴肅的，這一天卻和往日不同，談論風生，很有悲歌慷慨的樣子，當時便回答道：“中國要求自由平等，脫離列強的壓迫，除了革命之外，自然沒有第二條路可走。就拿聯省自治來說，不過是一種變相的軍閥割據，萬萬不可實行，而且是決不能實行！”張俠夫道：“美利堅、德意誌不都是聯邦製嗎？為什麽他們實行就可以富強，在中國卻不能實行呢？”孫中山道：“你們可謂知其一不知其二。美、德各國本來沒有軍閥割據的事情，而且他們的領土較小，不能單獨存在，所以可行。至於中國，不但土地比世界各國要大，而且人民也比各國要多得多，假如準許各省自治，則各省無論在財力、兵力上以及其他，都可以脫離中央而獨立。軍閥借自治之名，行割據之實，所以不如分縣自治，較為妥當。因為縣的範圍有限，一鄉一縣的事情，人民容易見到，該興該革的地方也容易實行，可以不至於如省自治製那樣難管理。”張俠夫道：“總統偉論，我們都明白了。但這是內政問題，若就外交而論，又該聯絡哪一國呢？”孫中山道：“這也不可執一而論，須看他們的情形。”大家齊聲道：“總統不妨把各國的情形講給我們聽聽，看中國該學哪一國，該聯絡哪一國？”孫中山道：“美國人向來重感情，主持人道；法國尊重主權，又崇尚道義；英國外交，則專重利害，不過他的主張，中正不偏，又能識別是非，主持公理，所以對外態度，總不失其大國之風。現在，我國的外交，該學英國公正的態度，美國遠大的規權，法國愛國的精神，即尊重主權，尊重本國的主權，以立我民國千百年永久之大計。從國際地位上來說，和我們中國利害相同，又毫無侵略顧忌，而且又能提攜互助、策進兩國利益的卻隻有德國。可惜我國人不明白德國的真相，因為大戰失敗，便以為不足齒列。殊不知德國的人才有學問，可以資助我國發展實業，建設國家。所以此後我國的外交，對於海軍國，固然應當注重，不過對於歐、亞大陸的俄、德兩國，更不能不特別留意。不可盲從他國，反被別人利用啊！”眾人聽了，都欣然表示同意。一直討論到淩晨兩點鍾，才各自就寢。
早晨六點，摩漢艦到了香港。中午十二點，俄國皇後號郵船起航。第二天，接到廣州英領事的無線電，報告白鵝潭海軍和保護人員離粵赴港的情形。孫中山複電感謝。一行人在郵船上住了五天，無非討論些國家、世界的事情，也談論廣州事變。到了八月十四上午，郵船開到上海，孫中山在吳淞口登陸。當時，上海各團體代表在岸上歡迎的足有好幾千人，孫中山聽說他們在風雨中已等候了好幾天，極為感動。確定寓所後，當天下午孫中山便召集中華革命黨的同誌，討論國會和時局問題，於第二天發表了《護法宣言》。
宣言發表以後，南北人民才知道廣東兵變的內幕，極為痛恨陳炯明，將他斥為國家之賊，社會之蠹；而對於孫中山先生的信仰之心，卻愈發深切堅固，認定孫先生為現代唯一救世主。