就目前所知，南越王宮署由南越王宮殿和禦花園兩大部分組成。南越王宮署於“五大謎團”。
第一大謎團：“番禺城”存在之謎
南越王宮殿目前隻挖掘出一號殿的一部分和二號殿的一角，350多平方米的發掘現場隻占兒童公園東南一個角，整個宮殿最精華的部分還在2萬多平方米的兒童公園下麵。宮殿也找到了，但是在宮署之外還有沒有一個城?
據史料記載，秦末漢初時期全國有十多個商都，而嶺南就隻有“番禺”這一個重要的商都，來這裏經商的人不少都財運亨通，發達者眾。按照考古專家推測，南越王宮署之外應該還有貿易區(市)、老百姓生活區(坊、裏)以及城牆等等，然而這些東西目前卻一點出土的跡象都沒有。“南城王宮署隻是番禺的一部分，當時的城在哪裏?城牆修建在什麽地方?這些年凡是有工地的地方我們都去看過，還是沒有任何發現。”