兩宮太後再度垂簾聽政，雖然遭到了一些朝臣的反對，但反對勢力十分弱小，形成不了氣候，西太後沿用同治年代軍機處的一班子人馬，總算穩定了政局。光緒皇帝尚年幼，他每日臨朝不過是做做樣子罷了，真正獨攬大權的仍然是西太後。
經過一二年的調整，政權總算穩定了下來，自從鹹豐末年八國聯軍火燒圓明園後，清政府與各國沒起什麽大的衝突，小打小敲不斷，大的戰爭沒有。這些年的休養生息稍稍增強了國力，於是，朝中有人提出該收複新疆、伊犁等地了。
一提起收複新疆，西太後便心煩意亂。同治初年，清廷集中兵力對付太平天國運動以及剿撚之時，西北地區的回民發動了小規模的暴動。因為西北農民起義尚未形成勢力強大的起義軍，所以，西太後對此並沒有十分在意。
可是，到了同治七年，卻從西北傳來一個令大清朝廷不能容忍的消息：西北地主領首金相印趁農民起義之機向浩罕人阿古柏求救，希望外國人阿古柏助他一臂之力，統一新疆各地之後分給阿古柏一些好處。
阿古柏組織強大的兵力攻陷了喀什噶爾城，接著又侵占了南疆八個城池，他幹脆甩開了金相印，自稱“帕夏”(王)。從此，南疆一帶成了所謂的“哲德沙爾王國”。
光緒初年，既然朝臣上奏中提出盡快收複失地一事，西太後不能不認真考慮這件事了。於國於己，她都必須做出西征的決定，失地一日不收，國家一日不得完整，她一日不得安寧。站在國家、民族的立場看，阿古柏政權是個侵略者，大清國不能容忍北方的一個彈丸小國也來侵占大中國的領土；對於西太後個人來說，她也希望通過收複失地之舉，擴大自己的政治影響力，抬高自己在眾朝臣，乃至全國百姓心目中的地位。
因此，南疆非收回不可!
派誰西征、收複失地呢?李鴻章?不行，他正忙著辦海務。曾國藩?更不行，他已經老死了。
“左宗棠，對，就是他!左宗棠勇敢善戰、足智多謀，此時正是他大顯身手之時，何不派他去新疆收複失地!”
主意已定，西太後采納了部分朝臣的建議，封陝甘總督左宗棠為新疆軍務督辦，希望他戎馬生涯中再創輝煌。以前，清朝晉封地方官員，采取的是兵權與財權相分離的方法，以防外臣貪財貪權，中央控製不了他們。可對於西征主帥左宗棠，西太後則另眼相待。
這次西征，她既給了左宗棠以兵權，又給了他以財權，使得左宗棠能大展身手，報效朝廷。古人雲：兵馬未動，糧草先行。要進行規模較大的戰爭，手中沒有足夠的軍餉是不行的。所以，左宗棠上奏朝廷：
“西征兵力不足，軍餉嚴重缺乏，臣實無能為力。”
左宗棠知道，西太後那裏攢了一大筆銀子，她準備撥給李鴻章辦海務，能不能暫借一用呢?左宗棠投了一顆石子，立刻激起了直隸總督李鴻章的掀天之浪。當西太後有意將銀子先撥給西征之用時，李鴻章又是哀求，又是直諫：
“海防乃當務之急，刻不容緩，外國列強伺機進侵我大清，不辦海務，何以強國!”
李鴻章義正辭嚴，西太後覺得他說的也很有道理，她隻好默許左宗棠自籌款項。左宗棠無處去偷，更不能搶，他上奏朝廷：
“能否向洋人借些銀子?”
西太後未作明示，說同意吧，有辱國家；說不同意吧，朝廷實在拿不出銀子去打仗。幹脆，西太後來個：
“左愛卿斟酌辦理。”
這就是默許了。左宗棠通過沈葆楨向外國商人借了白銀一千萬兩，可是，資金缺口仍很大，西太後心想：
“我讓他西征，如果一兩銀子不給他，豈不是有些說不過去。”
於是，西太後諭令戶部將國庫中的銀子撥出二百萬兩，算是給左宗棠的支持吧。左宗棠意識到西太後收複新疆的決心，他勁頭十足，又托人向外國商人借了五百萬兩白銀，七湊、八湊，湊足了二千萬兩白銀。西征開始了。
光緒二年四月初三，左宗棠派大將劉錦棠西進，他自己則駐紮肅州。左宗棠進行了周密的軍事布置，令各路大軍到達安西以後，分道遞進，以漢中鎮譚上連為前鋒，寧夏鎮拔萃跟進，陝安鎮餘虎再跟進。這三個人全受劉錦棠的調遣。
五月一日，劉錦棠率兵出了嘉峪關，攻下古城，他們準備一鼓作氣，奪回烏魯木齊。清兵士氣大漲，烏魯木齊城內的兵軍聞風喪膽，清軍早年叛軍白彥虎不戰自敗，他棄城逃往俄國。阿古柏聽說烏魯木齊已為清兵所戰，他豈能甘心，派五千精兵連夜趕往烏魯木齊。
劉錦棠早料到他會來這一手，早已布下天羅地網，還沒等阿古柏軍隊明白是怎麽一回事兒，阿古柏的軍隊便被打得抱頭逃竄了。烏魯木齊一帶收複，清兵基本上控製了北疆一帶。
光緒二年八月，初戰告捷的消息傳到了紫禁城，西太後喜形於色，她興奮地對恭親王說：
“左宗棠果然不負眾望，他已攻占了北疆、初戰告捷，這是我朝十幾年來少有的大喜事。”
恭親王奕也十分高興，他一向與左宗棠私交甚深，好友為朝廷立了大功，他臉上也覺得很有光彩。
“太後，應嘉獎左宗棠才是。”
“當然了，一定要賞!現在就賞白銀五十萬兩，待左愛卿凱旋歸朝時，再封官進爵。”
為了表示對西征初戰告捷的肯定，西太後又從戶部撥款白銀五十萬兩作軍餉。這個數目雖然不大，但卻使左宗棠的部隊人心大振，許多士兵含淚高呼：
“太後聖明!太後聖明!”
消息傳到了皇宮，西太後表現得十分謙虛，大殿之上，她對眾臣說：
“西征初戰告捷，是左愛卿指揮有力、眾士兵英勇善戰所致，哀家隻不過是作了個決策罷了。”
眾大臣馬上意識到她想得到什麽，以恭親王奕為首的朝臣們齊刷刷地跪了下來，高呼：
“皇上萬歲、萬歲、萬萬歲!”
“太後千歲、千歲、千千歲!”
其中還有兩個大臣伏地大哭，口呼：
“我大清能有今日，全仰仗太後英明。太後光彩照人，臣願為太後效忠!”
西太後的虛榮心得到了最大的滿足，她幹脆站了起來，慷慨激昂：
“乘勝追擊，收複南疆!”
其實，即使西太後不發這道諭令，左宗棠也會收複南疆的。隻不過收複南疆時，遇到了事先沒有預料到的麻煩。
麵對新疆這一片富饒、美麗的土地，不止一個列強企圖占有它。在這裏，伸進來的魔爪有三隻：俄國、英國與阿古柏政權。就在劉錦棠收複烏魯木齊之後，英國充當“和事佬”跳了出來。英國公使威妥瑪找到了直隸總督李鴻章，聲稱：
“我們大英帝國一向與大清國友好相處，英國政府實在不忍心看著大清國因民族紛爭而自相殘殺。如果我們能出麵調停，讓阿古柏投降，那豈不是美事一樁。”
李鴻章正在東南沿海辦海務，他不敢插手西征，便上奏一折，請西太後拿主意。西太後將李鴻章的折子呈給眾大臣看，讓大家發表意見。折子剛傳閱完，大臣沈桂芬便氣憤地說：
“太後，李大人也太糊塗了，他辦他的海務，跑這來攪什麽亂子。”
另外一位大臣曾紀澤(曾國藩之長子)也忿忿地說：
“威妥瑪之言，我大清斷不能接受。他聲稱大清收複新疆是民族紛爭，其險惡目的路人皆知。誰都知道阿古柏政權是外國入侵政權，我們與阿古柏是敵對的兩個國家，而不是什麽民族問題。”
“對，大清國的版圖問題不用英國人來插手。”
“叫威妥瑪少說廢話!”
眾臣義憤填膺，西太後順應了民心，諭令遠在新疆征戰途中的左宗棠：
“堅決消滅阿古柏侵略軍，不準英國人插手。”
英國公使威妥瑪隻好灰溜溜地退出時局，這時，俄國公使又來了。他要向大清政府提供無償貸款，以擊退阿古柏軍隊。起初，西太後有些糊塗認識，她認為俄國人是出手真誠。但是，一向諳熟洋人手段的恭親王一針見血地指出：
“太後，大清朝的事情，絕對不能讓老毛子來插一手。那些老毛子不會安好心的。”
“何以肯定他們有歹意?”
“他們可能無條件地幫助中國嗎?那些俄國人很精明，如果我朝上了他們的當，他們將趁機進駐新疆，趕走了一個阿古柏，又來了一個老毛子。請太後三思!”
恭新王說得十分在理兒，西太後不得不相信，她又諭令左宗棠：
“立刻乘勝追擊，不留任何幻想，憑我大清的實力，收複南疆!”
左宗棠手中有了“尚方寶劍”，他更可以馳騁沙場、一展雄姿了。光緒二年深冬，左宗棠仍派驍勇善戰的劉錦棠帶兵出征，不到三個月，收複失地數城，喀喇沙爾、庫爾勒、庫車、拜城、阿克蘇、烏什等地相繼回到了祖國的懷抱。
捷報頻頻傳來，南疆全部收複，左宗棠以六百裏加急上奏朝廷：西征以勝利而結束!
奏折到達大殿時，西大後正在聽朝，忽聽大殿外有人高叫：
“左大人六百裏加急到!”
西太後料想一定是喜訊，因為這幾天，天天都有左宗棠的折子，折子裏盡是喜訊。西太後諭令：
“呈上來!”
李蓮英彎腰垂首呈上折子，西太後急忙打開折子，隻見她眉開眼笑：
“眾愛卿傳著看吧!”
人們從西太後的表情上斷定左宗棠又打勝仗了。恭親王最先接過折子，讀罷，他大叫：
“左老弟，你好樣的!”
一個月後，左宗棠容光煥發、英姿勃勃。大殿之上，他喜上眉梢。由於收複失地有功，他被晉封為二等侯爵。他的手下劉錦棠封為二等男爵。
一時間，左宗棠成了“民族英雄”，這位曾鎮壓過太平天國農民起義軍的人物，如今又被老百姓傳頌，他的千秋功過自有曆史來評說。
西征剛剛結束，北疆伊犁地區又起風波，這叫西太後很頭疼。光緒四年四月二十九日，俄國在本屬於大清國的伊犁地區布置了重兵，這擺明了是給大清朝廷看：你們雖然收複了南疆及北疆的部分地區，但伊犁仍被我們占著!
消息傳到京城，引起了朝野的震驚，這逼得朝廷不得不作出決定：派吏部右侍郎崇厚為欽差大臣，出使俄國，商談伊犁問題。崇厚臨行前，西太後召見了他，對他說：
“左宗棠剛剛告捷，你這次出使俄國，任重道遠。第一任務是盡量把伊犁要回來，它本來就是我大清的國土。第二是引渡叛逃俄國的白彥虎，等他回來後，非斬了他不可!”
對於伊犁問題，西太後心中自有打算，她當然也想收複失地，但她不想與俄國人開仗。對付一個阿古柏政權，大清朝不費吹灰之力，但要對付強大的俄國，她則心有餘悸。她認為隻要能收複失地，又不需要動用武力，賠幾個銀子沒什麽。她的這種指導意見已暗中傳達給了欽差大臣崇厚。
崇厚帶著西太後的暗示到了聖彼得堡，他竟未與俄國人討價還價，就輕而易舉地簽定了《伊犁條約》。這是一個辱國喪權的不平等條約，以討回伊犁為代價，崇厚做出了令人難以容忍的讓步。消息傳到朝廷，眾大臣議論紛紛，堅決要求懲治對敵人屈膝投降的欽差大臣崇厚，西太後逼於壓力，不得不諭令崇厚立刻回國，待查清事實後再作處置。
朝臣們不能接受《伊犁條約》中的一些款項，如向俄付兵費白銀二百八十萬兩、割伊犁以西五百裏土地給俄國、割可西河以西和麗山以南土地，直至特克斯河給俄國、蒙古及天山南北路等處，俄商往來貨物均不納稅……
要回了一個伊犁城，大清國也付出了昂貴的代價，朝臣們豈能容忍，他們紛紛上奏朝廷，請求廢除《伊犁條約》。
光緒六年春，西太後考慮到朝中呼聲太高，若不廢除《伊犁條約》，恐怕難以向眾臣交待。她反複思量，最後，她找到了曾紀澤。曾紀澤繼承了父親曾國藩的智謀，但又比他的父親能說會道，憑著他那三寸不爛之舌，他能把稻草說成是金條。當西太後單獨召見他時，他拍著胸脯說：
“太後如此厚愛臣，臣定當竭盡全力，報效朝臣。”
西太後沉吟著，她反複強調：
“伊犁是大清的國土，一定要收回，但同時又要避免出現崇厚之做法。既要讓俄國交還伊犁，又要讓它別得寸進尺，不然，朝臣又要反對你了。”
“嗻。”
曾紀澤作為欽差大臣也到了聖彼得堡，這個人與崇厚有很大的不同。崇厚膽小怕事、畏手畏腳，總認為俄國人有三頭六臂，在洋人麵前不敢出大氣。曾紀澤從小隨父親征戰南北，什麽樣的場麵他沒見過，這次出使俄國，他果然表現出色。
當曾紀澤麵對麵與俄國公使談判時，他並沒有被外國人所嚇倒。一開始，俄國人態度很強硬，對曾紀澤不理不睬，他反複強調：
“曾先生，你們大清國有一句古話，叫‘言而有信’，請問，怎麽解釋?”
俄國人是指《伊犁條約》已經簽定，你們賴不掉的!
曾紀澤大模大樣地坐下，這位俄國人手端酒杯，以挑釁的口吻，說：
“先生，喝酒嗎?”
曾紀澤站起身來，走到桌邊，斟了滿滿一大杯酒，說：
“這伏特加遠遠比不上我們的茅台酒。伏特加倒像漱口水，一點兒酒的醇香也沒有。”
說罷，一大杯酒，他一仰而盡。俄國人稱讚道：
“海量!”
曾紀澤不卑不亢地說：
“如此說來，先生是個‘中國通’了，既然如此，我們中國有句老話，想必你也聽說過。”
“說吧，沒有我不知道的。”
曾紀澤提高了嗓門，說：
“君子愛財、取之有道!”
“這個嘛，這個問題是指人與人之間的關係，好像曾先生扯遠了。”
“不，一點兒也不遠!沒有國，哪有家；沒有家，人何以存活。我大清國的土地被你們侵占去，現在，我們名正言順地討回國土。”
“沒有說不還你伊犁呀。”
“先生，你的智商不低吧!大千世界，你見過還人家東西時，還附加許多條件的嗎?再者，你們侵占我大清國土不說給我們補償，反而伸手向我們要銀子，豈有此理!”
俄國人一聽這口氣不對勁兒，來者不是崇厚那種膽小鬼。他們也撕破了臉皮，大叫：
“大俄羅斯能被你們國力衰弱的清政府嚇倒嗎?談不成，咱們走著瞧!”
“我泱泱中國也不會被你們嚇倒!”
俄國人企圖以威嚇相逼，不料，曾紀澤鎮定自如，他又盡飲一杯伏特加，笑著說：
“恐怕貴國也不願開仗吧!貴國與英國正為爭奪土耳其而耗盡國力，而我們大清國剛剛取得了西征大捷。我們不說自己多麽強盛，至少不比你們國力弱吧!”
俄國人無言以對，談判隻好暫告一段落。就在曾紀澤出使俄國的同時，左宗棠上奏朝廷，表明態度：
“我泱泱大國，豈能拱手相讓土地，如若談不成，臣願再戰伊犁，收複失地。”
西太後征詢了眾臣的意見，主戰派與主和派各占一半，他們相持不下，各據理由：
“太後，西征大捷足以說明大清國力強盛，可以與俄國一戰，祖國河山，寸土不讓!”
“太後，以大清現狀不宜再起戰事，若與俄國交戰，英、法兩國會不會從東南沿海進犯我國。”
各說各的理兒，吵得西太後頭暈腦漲，她口諭：
“今天就議到這兒吧，明天再議!”
回到寢宮，西太後豈能安睡，她左思右想難以入寢。
“小李子。”
“奴才在!”
“去恭王府一趟，讓恭王爺立刻進宮。”
李蓮英坐上轎子，急匆匆趕到了恭王府請來了恭親王。奕散朝回府後，也是心神不寧，作為首席軍機大臣，收複失地一事，他必須明確表態。當李蓮英來請他入宮時，他心裏還是七上八下的。
“太後吉祥!”
恭親王很恭敬，來了個單腿安。西太後手一擺，說：
“老六，又不是大殿之上，不必拘禮。老六，今日大殿之上，你一言未發，為何?”
恭親王沉吟著，他吞吞吐吐地說：
“左宗棠收複新疆威振四方，若現在向俄國人妥協，勢必招致朝野的反對。”
“對，我也這麽想。隻是若真的和俄國人打了起來，恐怕大清不是他的對手。”
西太後顧慮重重，恭親王當然也不敢說穩操勝券。不過，早年就與洋人打過交道的他比西太後更了解洋人，他安慰西太後說：
“洋人往往是虛張聲勢，若真的開仗，他們不見得打得過我們。目前，英俄關係惡化，沒有英國的支持，俄國不敢貿然行動。”
“如此說來，我們可以虛晃一槍，表現出強硬的樣子，嚇一嚇老毛子。”
恭親王點了點頭，西太後舒了一口氣。第二天臨朝時，西太後諭令：
“我朝列祖列宗打下的江山不容外國人強占，伊犁必須收回，俄國人的苛刻條件不能全部接受。從現在起，各地招募兵勇，迅速調往北疆、天津、山海關一帶，以備戰事。”
諭令發出後，西北及東南邊陲城市相繼布置了重兵，戰備物資源源不斷運往那些地區。俄國間諜得知這一情況後，立刻將清廷的戰備情況報告給俄沙皇。
光緒六年七月，俄國政府主動照會曾紀澤，他們換了一副麵孔，說：
“曾先生，《伊犁條約》可以作一些修改，不過，你們可不要得寸進尺。”
曾紀澤笑著回答：
“我們寸土不讓!”
雙方經過多次商議，最終達成一致：重新劃分西北境界、收回伊犁、補償俄方損失，數額由清廷酌定(900萬盧布)。
修訂後的《伊犁條約》仍是一個不平等條約，但經過努力，大清國爭回了一些麵子。西太後沾沾自喜地說：
“老毛子被大清國震住了。”