據說，洪武時期的大臣在每天早朝前，一定要與妻子訣別，安排好後事，猶如上法場一般，意謂此去凶多吉少。下朝後闔家歡悅，慶賀又活過一天，真是“度日如年”。有經驗的大臣都知道，上朝時朱元璋將玉帶高抬在胸前，即表示心境平和，不會輕開殺戒。如果將玉帶按於腹下，肯定怒火中燒，當朝必有不少人難逃殺身之禍。大明帝國就在這種危機中開始崛起。
胡藍之獄
明太祖出身農家，對農民生活多少有點了解。他即位以後，也注意實行休養生息的政策。他告誡地方官員說：“現在天下剛剛安定，百姓財力困乏，好像初飛的鳥，不能拔它的毛；新種的樹，不能搖它的根。”他要官員們廉潔守法，不能貪贓枉法，加重人民負擔。以後，他又招集流亡農民，開墾荒地，免除三年的勞役和賦稅；要各地駐軍屯田墾荒，做到糧食自給。他還興修水利，獎勵植棉種麻。所以，明朝初年的農業生產有了很明顯的發展。新建立的明王朝統治也鞏固下來。
俗話說：“狡兔死，走狗烹。”天下初定，龍袍加身，朱元璋開始利用特務組織對功勳卓著的文臣武將實施大規模的有計劃、有步驟的清洗。朱元璋設立一個叫做“錦衣衛”的特務機構，專門監視、偵察大臣的活動。大臣在外麵或者家裏有什麽動靜，他都打聽得一清二楚。誰被發現有什麽嫌疑，就有被打進牢獄甚至殺頭的危險。明太祖對待官員極其嚴酷，大臣上朝的時候惹他發了火，就在朝廷上被按在地上打板子，叫做“廷杖”，也有被當場打死的。這種做法弄得一些大臣們個個提心吊膽，每天上朝的時候，都愁眉苦臉地向家裏親人告別。如果這一天平安無事，回到家裏，親人就高高興興慶幸他又活了一天。
朱元璋是濠州人，和他一起打天下的如李善長、徐達、常遇春、湯和、胡惟庸等人都來自濠州及其附近地區（即淮西一帶），朱元璋的這些老鄉在朝堂上形成了一個龐大的勢力集團，即淮西集團。淮西集團居功自傲，在朝政上為所欲為，極力排擠非淮西籍的大臣，在明王朝這個新興的統治階層內部，逐步形成了淮西功臣集團與非淮西功臣之間爭權奪利的局麵。
這時的朱元璋不但沒有安撫群臣，製止黨爭，反而坐山觀虎鬥，放任這兩股勢力內鬥，名臣劉基的被害就是這場鬥爭的惡果。劉基是浙東地主集團的代表，知識淵博，博通經史，是朱元璋建國過程中功勳卓著的軍師謀士，屢出奇策。建國後，明朝的禮樂、刑罰、科舉等典章製度的確立也滲透著劉基的見解和思想。劉基性格剛毅，疾惡如仇，與淮西功臣不合，被淮西功臣視為眼中釘，即便劉基告老還鄉後，淮西人也不肯放過他。胡惟庸等人不斷在朱元璋麵前進讒言，最終革掉了劉基的歲祿。不久，劉基憂憤成疾，一命嗚呼。當時也有說法是劉基生病時，胡惟庸派醫生來看過，而劉基服藥後不久就死了。不管劉基是否真的是胡惟庸毒死的，在劉基憂鬱成病的過程中，朱元璋不聞不問，其用心是很明顯的。
然而，淮西功臣集團的得意隻是短暫的。當他們替朱元璋料理了其他功臣之後，他們最後的利用價值也就沒有了。當這些功臣還天真地把天子當做從小一起長大的玩伴時，朱元璋早已為他們準備了殺戮的屠刀。
胡惟庸，淮西定遠人，朱元璋的故舊。洪武三年（1370年），胡惟庸進入中書省，任參知政事。在李善長的推薦下，幾年內胡惟庸連升三級，官拜中書左丞、右丞相、左丞相。洪武十年（1377年），胡惟庸已經變成了皇帝之下第一人，位極人臣了。
起初，胡惟庸還知道收斂，但隨著時間的推移，權力的欲望不斷膨脹，他開始專權用事，朝廷上人命生死、官員升降等大事都要得到他的批準才能處理，朱元璋自然對這種大權旁落的景況十分不滿。再加上朱元璋發現胡惟庸和陸仲亨、費聚等淮西功臣往來密切，這種丞相和軍事將領的勾結更成了朱元璋的心腹大患。
於是，洪武十三年（1380年），朱元璋以“擅權枉法”的罪名，抓捕胡惟庸，處以極刑，禦史大夫陳寧、禦史中丞塗節等數人同案被殺。但是，“擅權枉法”並不構成死罪，為了把此案定成鐵案，朱元璋將胡惟庸的罪名升級，變成了私通倭寇，陰謀造反，而此時胡惟庸已經被處死，死無對證。
胡惟庸案成為一個引線，在隨後的十年中，朱元璋以此為借口，同謀犯越查越多，無數功臣被冤殺。在胡惟庸案爆發十年後，洪武二十二年（1390年），朱元璋以發現李善長和胡惟庸共同謀反的線索為借口大開殺戒。已經77歲的太師、韓國公李善長被賜死，全家70餘人被一同處死，隻留下了朱元璋的親生女兒臨安公主和她的丈夫、李善長的長子李祺，以及他們的兩個兒子，這也許是朱元璋大屠殺中唯一的一次例外。
朱元璋還特意編撰了一本名為《昭示奸黨錄》的書，附錄李善長的供詞，昭告全國。
至此，胡惟庸案才算告一段落。10年中，唐勝宗、陸仲亨、費聚、趙庸等功臣宿舊和依附胡惟庸的六部官屬，約3萬多人被株連殺害。
在處治胡惟庸案的當年，朱元璋趁機裁撤了中書省，收回了丞相權，不再設丞相一職，以防皇權旁落。此後，皇權兼並相權，國家政事由六部分別處理，再經“朝廷總之”。這樣，大權集中於皇帝一人之手，皇帝通過大臣之間的互相製衡來控製朝政，大權獨攬，威臨天下。但是，以皇帝一人之力要想處理天下之事幾乎是不可能的。明成祖朱棣繼位後，命官品較低的翰林院編修、檢討等在午門內的文淵閣當值，以備皇帝在處理政務時商討谘詢之需。這個協理皇帝的部門就叫“內閣”，協理官員就叫“大學士”。
於是，逐漸形成內閣製。久而久之，六部離皇帝越來越遠，內閣離皇帝越來越近。遇有大事，皇帝往往向內閣垂詢，交六部執行，大學士就從製度上的秘書變成了實際上的丞相。
胡惟庸一案使淮西集團文官勢力被鏟除殆盡，剩下的就是武將勢力了。
為此，朱元璋又興藍玉之獄。
藍玉是明初的一員猛將，驍勇善戰，數次統兵出征，立了大功，被朱元璋比喻為大破匈奴的漢代名將衛青和唐代名將李靖，並封藍玉為涼國公。但是，明朝建國後，藍玉日益驕橫起來，在自己的莊園裏豢養了幾千名莊奴和家丁，橫行鄉裏，侵占民田，無惡不作。禦史前來按問，也被他鞭打驅逐。此外，藍玉北征歸來，到達喜峰關關口，還不等關吏開門，便率領手下兵丁毀關而入。種種惡跡令朱元璋忍無可忍。
這第二次屠殺的過程和胡惟庸案大致相仿，隻不過此時朱元璋年事已高，時不我待，因此殺戮更為迅速。洪武二十六年（1393年），藍玉被告謀反，立即被逮捕入獄，第三天就被處死，滿門抄斬。隨後的兩個多月裏，15000人被族誅，其中有1個公爵，13個侯爵，2個伯爵。有的人早已死亡，但是朱元璋的法律是追溯既往的，於是這些人的子孫被株連抵罪。同樣的，朱元璋又編撰了一本書，名為《逆臣錄》，昭告全國。
胡惟庸和藍玉兩案，史稱“胡藍之獄”，共四萬五千餘人被殺。到朱元璋駕崩之時，開國的功臣宿將幾乎被他殺光了。
靖難之役
朱元璋在通過一係列的製度變革和無情的大規模屠殺，把軍政大權牢牢地掌握在手中的同時，為進一步鞏固統冶和防範北元勢力，他於洪武三年（1370年）、十一年、二十四年先後三次把自己的二十幾個兒子封為親王（朱元璋共有26個兒子，其中長子朱標立為太子；第9子、26子早死；第20子未到封國；第21、22、23、24、25子五人因年幼至永樂六年始到封地），並陸續派置到全國各地。
諸王在自己的封地建立王府，設置官屬，地位非常高。
朝廷大員、地方官員遇見，均需伏地拜謁，不敢失禮。同時，每個王府都設有護衛親軍，人數少者3000人，多者達萬人。尤其是駐守北部邊疆的各位王爺，因負有防禦蒙古貴族侵擾的任務，地位尤高。
遼、寧、燕、穀、代、晉、秦、慶、肅九王，平日訓將練兵，戰時可以直接指揮駐地部隊。燕王朱棣、寧王朱權曾多次受命帶兵出塞征戰，負責築城、屯田等事，軍中大將均受其節製，除軍國大事需上報朝廷外，小事可以自己臨機處置。至洪武末年，朱棣已有重兵十萬；寧王朱權“帶甲八萬，革車六千”，蒙古兀良哈三衛騎兵皆歸其統轄，勢力急劇膨脹。
洪武二十五年（1392年），皇儲朱標病故，年僅38歲，史稱“懿文太子”。按照嫡長子繼承製，朱元璋並沒有在其他兒子中選拔儲君，而是立朱標之子朱允炆為皇太孫。
朱允炆和朱標一樣，性情十分柔弱。據說有一次朱元璋和眾皇子皇孫一道遊園，明太祖見微風吹動輦駕駿馬的尾巴，心中一動，脫口吟出一個上聯：“風吹馬尾千條線。”讓兒孫們應對，朱允炆對的下聯是“雨打羊毛一片氈”。明太祖一聽不禁暗自皺緊了眉毛，臉色一沉，旁邊的朱棣說道：“兒臣也有一下聯。”明太祖叫他說來聽聽。朱棣說道：“日照龍鱗萬點金。”明太祖一聽，覺得朱棣的下聯不僅工整，而且符合帝王之家的氣魄，不由得大為讚賞。
朱允炆雖然年幼軟弱，但並非昏庸無能，其實他對局麵的認識相當清醒。一天，朱元璋得意地握住朱允炆的手，笑著說：“我已把可能威脅你帝位的大臣們都殺了，而且你的叔叔們也在四方給你戍邊，一旦有什麽叛亂，他們就會勤王的，大明江山永固，你的皇位高枕無憂了。”朱允炆反問道：“如果叔叔們造反，那該怎麽辦呢？”朱元璋頓時語塞，隻好反問道：“你看怎麽辦呢？”朱允炆說：“以德懷之，以禮製之。”意思就是說要用君主的厚待和仁德來安撫，用禮法來對他們加以約束。朱元璋這才比較放心。
公元1398年，明太祖死去，皇太孫朱允炆即位，這就是明惠帝，曆史上又叫建文帝。當時京城裏就聽到謠傳，說幾位藩王正在互相串聯，準備謀反。建文帝聽了這消息害怕起來，把黃子澄找來說：“先生可記得那次在東角門說的話嗎？”黃子澄說：“陛下放心，我怎麽會忘記呢！”黃子澄退出宮門，就找建文帝另一個親信大臣齊泰一起商量。齊泰認為諸王之中，燕王朱棣兵力最強，野心又大，應該首先削除燕王的權力。黃子澄不讚成這個做法，他認為燕王早有準備，先從他下手，容易打草驚蛇，不如先向燕王周圍的藩王下手。周王朱校是燕王的弟弟，他的封地在開封。如果先把周王除掉，就好比砍掉燕王的翅膀，下一步再除掉燕王就不難了。兩人商量停當，就向建文帝回奏。建文帝聽了很高興，就找個理由派兵到河南把周王朱校抓起來押到南京，削去王位，充軍到雲南。
接著，又查出三個藩王有不法行為，於是把他們一個個削去王位。
燕王早就暗中練兵，準備謀反。為了麻痹建文帝，他假裝發了精神病，成天胡言亂語，有時候還躺在地上，幾天不起來。建文帝派使臣去探病，那時候正是大熱天，燕王卻坐在火爐邊烤火，嘴裏還不停地叫冷。使臣一回報，建文帝也相信燕王真的病了。但是齊泰、黃子澄卻懷疑燕王裝病，他們一麵派人到北平把燕王的家屬抓起來，一麵又秘密命令北平都指揮使張信帶兵逮捕燕王，還約定燕王府的一些官員當內應。不料張信是站在燕王一邊的，反向燕王告密。燕王得到消息，就把王府裏充當建文帝內應的官員全抓起來，宣布起兵。燕王是個精明人，知道建文帝畢竟是法定的皇帝，公開反叛，對自己不利，就找個起兵的理由，說要幫助建文帝除掉奸臣黃子澄、齊泰。“靖難之變”由此開始。
燕王本來就有帶兵打仗的經驗，手下有一支經過訓練的精兵。他起兵南下，很快攻下了一些據點，許多州縣的官員紛紛投降。建文帝害怕起來，撤了齊泰、黃子澄的職，想要燕王退兵。燕王哪肯罷休。打了三年，到了1402年，燕軍在淮北遇到朝廷派出的南軍的抵抗，打得十分激烈。有些燕軍將領主張暫時撤兵，燕王說：“這次進軍，隻能進，不能退！”
沒多久，燕軍截斷南軍運糧的通道，發起突然襲擊，南軍就一敗塗地了。燕軍勢如破竹，進兵到應天城下。建文帝見形勢緊急，一麵要將士拚死守城，一麵派人向燕王求和，願意割讓土地，請求燕王退兵，又遭到燕王的拒絕。過了幾天，守衛京城的大將李景隆打開城門投降，京城終於被燕軍攻破。燕王帶兵進城，隻見皇宮大火熊熊，正在燃燒。燕王趕快派兵把大火撲滅，已經燒死了不少人。他查問建文帝的下落，有人報告說，燕兵進城之前，建文帝下命令放火燒宮，建文帝和皇後都跳到大火裏自殺了。燕王朱棣即位，這就是明成祖。到了1421年，明成祖遷都北京。
《永樂大典》
靖難之役後，朱棣被方孝孺等士大夫們視為“大逆不道”。為了給自己正名，朱棣迫切的需要做一件事情來挽回士大夫們的心，這樣一來可以消除朝野上下的抗拒力量，二來可以把士大夫們重新集結起來，籠絡他們。朱棣實際上就是要做給別人看，你們都說我殺戮文臣，我就偏要向你們展示一下自己的文治武功。朱棣率先想到的是，將天下分散在各種典籍中的文字分門別類的收集起來，做一本包涵天文、地誌、陰陽、醫算、僧道、技藝等多種資料的大百科全書，這樣便於人們考索和摘錄。想到做到是這位馬上皇帝的特點，在他即位後，馬上下詔，讓解縉等人著手編著《永樂大典》。
想把古今典籍裏的書全部編纂進去出來，並不是想想就能實現的，首先就需要搜集各種各樣的古籍，有了這些古籍在編纂時候才能萬無一失。朱棣問解縉難道文淵閣的藏書還不夠多嗎？解縉說，經史方麵的書還算齊全，但是子集類的可就差的不是一點半點了。朱棣馬上交代禮部尚書說，不管是朝中的還是民間的，看誰家有古時傳下來的遺書，隻要是好書，奇書，不要過問價格，統統買回來。大規模的收集古書為《永樂大典》的編纂提供了極大的便捷，可這不過是簡單的準備工作而已。為了讓編纂的朝臣們安心修書，凡是參與編纂《永樂大典》，朱棣都給予了他們非常好的待遇，可以說是有求必應。有的人每天來往與文淵閣不是很方便。朱棣就把文淵閣附近的房子都騰出來供他們居住。而且還下詔令給光祿寺每天為這些人提供酒肴、茗果，如果是朝中的大臣參與編纂，每天可以不上早朝。
好的待遇也是要講究條件的，這些條件反映再嚴格的責任製度上。凡是參與編纂的大臣每天必須按時間到編修的集中地點，早進晚出，誰要是雇人代寫，消極怠工，全部依法論處。官府每天提供筆墨紙硯，在抄寫的過程中如果有一點差錯發紙重來，不管抄多少遍，最後都隻能算一頁。一頁稿件在抄寫完之後，要寫上編纂者的名字，誰是分校官員，誰是總校官員，這些都要標的一清二楚，職責非常明確。正是因為高標準，嚴要求，傳到今天的《永樂大典》才沒有一點塗改、挖補、添加的痕跡，可見編纂者之用心。
第一次編纂較為順利，僅僅用了一年多的時間，就編著完成。解縉拿著書給朱棣看的時候，朱棣心裏非常開心，還專門賜名為《文獻大成》。147個編纂此書的大臣都也受到朱棣的賞賜。可惜的沒過多久，朱棣在翻閱的時候，覺得《文獻大成》並沒有自己想想的那麽好，覺得還有“尚多末備”。於是下詔另重修此書，這下可把朝野上下都驚動了。第一次編書時，已經是人才匯聚，可是這樣的書皇上還不滿意，那究竟什麽要的書才能皇上想要的呢？朱棣也想到這一點了，此書耗147個大臣一年之力，也僅僅如此而已，要想完美就得花大本錢。在第二次修書的時候，朱棣把管理陣容擴大了，以前隻有解縉一人負責這個浩大的工程，這次他加派了姚廣孝、劉季篪與解縉共同主管此事。在他們三人之下，又有總裁五人，副總裁二十餘人，同時從禮部挑選中外官員和宿學名儒充任纂修，讓國子監和各府、州、縣學中善書的生員任繕寫。第二次修書，規模之大可以說是亙古未有，朝臣文士、宿學老儒共計2，169人，繕寫就多的無法統計了。
其實，在修書的同時，朱棣還是藏有一些私心的，他的侄子建文帝在靖難之役後一直也沒有了蹤跡，這讓他始終有點耿耿於懷，擔心總有一天這侄子回來找自己算賬。所以這次是借修書知名，匯聚天下飽學之士，看能不能從他們那裏打聽到蛛絲馬跡。尤其是在聽說建文帝可以已經出家為僧的消息後，朱棣更是主張在《文獻大成》裏加錄佛道兩教的著作，借此來拉攏佛道信徒，根絕後患。
在耗費了六年的時間之後，《永樂大典》終於編纂完成。共計有22，877卷、目錄60卷，分裝成10，095冊，全書字數約3億7千萬字。在內容編排上，全書按照《洪武正韻》的韻母目排列單字，每一單字下詳列讀音，解釋字意，再備錄篆、隸、楷、草各種字體，把自古以來的各類資料整段、整篇，甚至整部地抄寫下來。內容上保存了14世紀以前中國曆史地理、文學藝術、哲學宗教和其他百科文獻，與法國狄德羅編纂的百科全書和英國的《大英百科全書》相比，都要早300多年，堪稱世界文化遺產的珍品，也是中國最著名的一部大型古代典籍。但是作為一項龐大的編纂工程，其中還是不可避免的存在一些漏洞。比如在收錄過程中，所收資料取韻缺乏規範，這大大的減弱了它的檢索功能。後期的《四庫總目》對此的評價是比較中肯：“割裂龐雜，漫無條理，或一字一句分韻，或析取一篇，或名分韻，或全錄一書，以書名分韻，與卷首《凡例》多不相應，殊乖編纂之體。”
由於編修《永樂大典》的工程過於龐大，所以完成之後，遲遲沒有能夠刻印。而備份工作也遲遲沒有展開，直到嘉靖末年才開始重錄了一個副本。到明朝滅亡時候，《永樂大典》的原本不見了蹤跡，有人說是在文淵閣中被全部燒毀了，也有的說是陪同明成祖下葬了，各種說法都有。副本得以傳承，但是到了清朝時期，副本也損失慘重，到清朝末年經過英法聯軍的搶劫和八園聯軍的焚毀後，基本上已經所剩無幾了。現存於世的《永樂大典》殘本，不足全書的百分之三，但裏麵也保存著相當多的珍貴資料。而朱棣當初編纂此書，也實在是為祖國文化事業的傳承立下了大功一件。
七下西洋
“靖難之役”之後，朱棣成為明朝第三位皇帝。最初幾年，全國局勢嚴峻，人心不穩。朱棣以他獨特的政治手腕，以鎮壓和懷柔雙管齊下的政策，在嚴厲打擊懷有反抗之心的前朝大臣的同時，也對跟隨他“靖難”奪位中立下功勞的文臣武將，給予充分的優待，追封戰死的將士。對能真心歸附的前朝大臣，也都量才施用。當然朱棣很清楚自己是藩王起兵奪取皇權，深知藩王擁兵過重對中央的威脅。最初，他為穩定局勢，還是恢複了周、齊、代、岷四位親王的封號，但很快又找了些借口，逼他們把兵權上交。
為了進一步加強中央集權統治，並能更加有效地抵禦外寇入侵。朱棣深思熟慮後，決定遷都北平。北平是朱棣發家的地方，勢力根深蒂固，而且附近城市就屯有重兵。天子居中坐鎮，內憂外患都不足為慮。
永樂四年（1406年），開始修建北京宮殿，改造北平城。至永樂十九年（1421年）春，正式遷都。首都南京為留都，並稱南北兩直隸。
成祖在位期間政通人和，社會得到了很大發展，國力強盛，“北虜”蒙古勢力已被驅逐出關外；“南倭”在明軍的打擊下不敢再貿然進犯，集權統治已十分牢固。明成祖要向異域展示國家的富強，軍隊的強大，恢複海外各國的朝貢往來，重塑“天朝大國”的地位。
永樂三年（1405年），明成祖朱棣派鄭和下西洋。開創了中國航海史上前所未有的輝煌時期。
伴隨鄭和出使的隨員有兩萬七千餘人，除了水手、官兵之外，還有采辦、工匠、醫生和翻譯等。海船的性能、裝備都是當時世界上最先進的。
船隊中的大船舶名為寶船，長44丈4尺，寬18丈。就是普通的船長度也有37丈，寬15丈。其船隊規模之大在當時是絕無僅有的。1492年，哥倫布首次進行遠洋航行，其船隊僅有三艘船和九十名水手。
鄭和率領船隊，攜帶國書和大量金銀、綢緞、瓷器等物品，從蘇州劉家港啟航，在福建五虎門（今閩江口長樂港）集結操練，待到入冬，東北季風盛行的時候，船隊拔錨揚帆，第一站到達占城（今越南），揭開了七下西洋的序幕。
明朝時以婆羅洲（今文萊）為界，將南海以西的海洋及沿海各地，遠及印度和非洲東海岸的廣大地域概稱為“西洋”，以東稱“東洋”。鄭和所到之處，主要是當時所稱的“西洋”範圍，即東南亞各國，故史稱“鄭和下西洋”。鄭和每到一國，都會和當地君主會見，宣讀明成祖的詔書，贈送冠服和珍貴的禮物，並賜給國王誥命銀印，向這些國家表達明朝願意與之建立和發展友好關係的願望。招徠各國向明王朝稱臣納貢，與這些國家建立起上邦大國與藩屬之國的關係。同時，鄭和船隊也與當地進行貿易活動，以中國的手工業品交換各國的土特產品。
當然，鄭和七下西洋，所到之處並非都是友好的歡迎，也會有糾紛，有戰鬥，但都被輕而易舉地解決了。在近30年間，鄭和碰到過三次戰役：一次是擒獲盤踞在蘇門答臘半島的陳祖義海盜集團，一次是幫助蘇門答臘平滅叛亂，一次是錫蘭山（今斯裏蘭卡）國王企圖搶劫鄭和的船隊。
永樂年間，在鄭和下西洋的帶動下，明朝的外交關係迅速發展。通過鄭和的船隊，更多的國家了解了中國，了解了明朝國勢之強盛，物產之豐富，紛紛派遣使臣回訪，表示願意實現雙方的友好交往。有的國家的君主還攜妻帶子親赴中國訪問。許多年不與中國來往的東南亞國家，甚至一些從未與中國有過交往的東非國家都與明朝政府建立了外交關係。
在明成祖看來，鄭和下西洋最大的外交成果就是“遠人來貢，百王來朝”。
鄭和下西洋是以強大的軍事實力為後盾，有助於調解東南亞各國的矛盾，平息衝突，消除隔閡，有利於維護周邊的穩定，提高了明朝的威望。活躍而頻繁的朝貢往來，客觀上帶動了海外貿易的發展。中國的絲綢、瓷器早就聞名海外，南亞各國都想和中國發展貿易，隻是由於明初一直實行海禁政策而沒能實現。鄭和的到來，主動帶給各國發展貿易的機會，自然令各國趨之若鶩，紛紛響應。在與各國的文化交往中，鄭和及隨行人員馬歡、費信、鞏珍等記錄了各國風土人情，特別是帶回了當時人稱“麒麟”的長頸鹿、斑馬、鴕鳥等珍禽異獸，令國人大開眼界。
此外，在科技上，鄭和下西洋，開辟了新的航海路線，對西太平洋和印度洋進行了考察，搜集和掌握了許多海洋科學數據。通過大量的海洋勘測實踐繪製而成的《鄭和航海圖》，是鄭和海洋考察活動的標誌，比世界公認的最早的英國“挑戰者”號海洋調查活動（1872-1876年）早了四百多年。
永樂二十二年（1424年），明成祖朱棣死後，仁宗朱高熾和宣宗朱瞻基先後登基。他們和朝中保守的大臣們一樣，認為“下西洋”勞民傷財，收效不大；打破海禁，有傷體統，辱沒了文化傳統和儒家風範。於是重新執行“海禁”政策，“罷寶船弊政”。
宣德六年（1431年），鄭和以死諫要求出海，得到了宣宗的批準。作為明王朝開放政策的餘波，鄭和完成了他最後一次下西洋的活動，不過規模已大不如前。有說法認為，宣德八年（1433年），就在這次航海的歸途中，一代航海家在他熱愛的大海上離開了人世。也有記載鄭和於宣德十年（1435年）病卒於南京。
轟轟烈烈、名噪一時的下西洋壯舉終於落下了帷幕，明朝剛剛開啟的大門又緊緊地關閉了，隨著海禁政策的實行，中原大地進入了漫長的閉門自守的歲月。
仁宣之治
洪武、永樂時代是明王朝的創業時期。在這個時期，大明帝國內政、國防逐步發展，至永樂末期而達頂點。洪熙、宣德時期承洪武、永樂之餘緒，政局穩定，國力進一步增長，但政策導向已有明顯變化。對內，政策上由嚴急趨向平緩，政治環境相對寬鬆；對外則由不間斷的軍事進攻轉為守土保境，國力稍稍舒緩。加上仁宗、宣宗銳意求治，與民休息，因而當時出現了“吏稱其職，政得其平，綱紀修明，倉庾充羨，閭閻樂業……蒸蒸有治平之象”的局麵，史稱“仁宣之治”。
明成祖朱棣尚武，一生禦駕親征無數。終於在永樂二十二年（1424年），北征返京的途中病逝。太子朱高熾即帝位，改年號洪熙，是為明仁宗。朱高熾，明成祖的長子，生於洪武十一年（1378年），生母是徐達之女徐皇後。
洪武時期，朱高熾就被立為燕王世子，皇祖朱元璋很欣賞他的儒雅與仁愛。朱高熾身材肥胖，走路十分吃力，隻能靠兩個內侍攙扶著行動，行動慢慢吞吞，跌跌撞撞。對於生性好武的明成祖來說，相比這個以寬厚仁孝出名的長子，還是覺得次子朱高煦和自己相像。但朱高熾的兒子朱瞻基卻文武雙全，最得明成祖朱棣喜愛。加上長子繼業的傳統，所以最終還是朱高熾成為太子，永樂九年（1411年）再立14歲的朱瞻基為皇太孫。
洪熙元年，仁宗皇帝病發猝死，終年47歲，盡管明仁宗在位不到一年，但他對大明江山的貢獻毋庸置疑。明成祖初期熱衷於軍事，大部分時間都在北征，朱高熾掌管朝中政務，使自己的政策得到很好地推行，已經為“仁宣之治”打下了良好基礎。在仁宗駕崩時，當時太子朱瞻基還在南京，皇叔朱高煦打算在朱瞻基奔喪的時候半路截殺，然後自立為帝。但朱瞻基在父親病重後立即日夜兼程趕到了北京，贏得了先機。當時朱高煦沒有料到朱瞻基會來得如此之早，還沒有將埋伏設好。
宣宗即位之後，著手扶植自己的軍事力量，準備抵禦外藩的挑戰。皇叔朱高煦當初在靖難之役戰功赫赫，始終沒放棄武力奪權的野心。現在仁宗病逝，新皇即位，政局未穩，正是天賜良機。於是他像父親朱棣一樣扯起了“清君側”的大旗，舉兵謀反。
早有防範的宣宗皇帝禦駕親征，聲勢壓倒了叛軍，而且朱高煦勢力已被暗中瓦解，事先相約共同起兵的幾路人馬都按兵不動，明軍很快就平息了叛軍，大勢已去的朱高煦棄城投降。宣宗展現了仁厚的一麵，沒殺皇叔朱高煦，僅僅將他軟禁了起來。
明宣宗政治開明，任人唯賢，一時間人才濟濟。朝中文有“三楊”（楊士奇、楊榮、楊溥）、蹇義、夏原吉；武有英國公張輔，地方上又有像於謙、周忱這樣可以信賴的官員。再加上爺爺和父親之前打下的良好基礎，使得當時政通人和，百姓安居樂業，經濟得到空前的發展，終於迎來了中國曆史上繼“文景之治”“貞觀之治”“開元盛世”之後的又一盛世--“仁宣之治”。
仁宣時期的政治較為安定。雖然有漢王朱高煦的叛亂（1426年），但很快平定，也沒有因此而廣加株連。這個時期沒有壓倒一切的內部和外部危機，沒有黨派之爭，也沒有國家重大政策方麵的爭論。在安定清明的政治下，人民生活得到改善，社會經濟得到恢複和發展。仁宣時期是明朝曆史上第二個社會經濟的恢複期，既緩解了永樂時的困境，又為明代中期的社會發展奠定了基礎。
土木之變
明太祖在位的時候，吸取了曆史上宦官專權引起國家混亂的教訓，立下一條規矩：不讓宦官過問國家政事。他把這條規矩寫在大鐵牌上，掛在宮裏，想要他的子孫世世代代都遵守。但是到明成祖的時候，這條規矩就給廢除了。
明成祖從他侄兒手裏奪得皇位，怕大臣反對他，特別信任身邊的宦官，在他遷都北京以後，就在東安門外設立“東廠”，專門刺探大臣和百姓當中有沒有謀反嫌疑的人。他怕外麵的大臣靠不住，讓親信太監做東廠提督。這樣，宦官的權力漸漸大起來。到了明宣宗的時候，連皇帝批閱奏章，也交給一個宦官代筆，叫做司禮監。這樣一來，宦官的權力更大了。
有一年，皇宮招收一批太監，蔚州地方的一個流氓，名叫王振，年輕的時候讀過一點書，參加幾次科舉考試沒考取，在縣裏當教官，後來因為犯罪，本來該充軍，他聽說皇宮招太監，就自願進宮做了太監。宮裏識字的太監不多，隻有王振粗通文字，大家都叫他王先生。後來，明宣宗派他教太子朱祁鎮讀書。朱祁鎮年幼愛玩，王振想出各種各樣的法子讓他玩得痛快，朱祁鎮挺喜歡他。明宣宗死後，剛滿九歲的太子朱祁鎮即位，這就是明英宗。王振當上司禮監，幫助明英宗批閱奏章。明英宗一味追求玩樂，根本不問國事。王振趁機把朝廷軍政大權抓在手裏。朝廷大員得罪王振的，不是被撤職，就是充軍。一些王公貴戚都討王振的好，稱呼他“翁父”。王振的權力可算頂了天了。
這個時候，我國北方蒙古族的瓦剌部強大起來。1449年，瓦剌首領也先派三千名使者到北京，進貢馬匹，要求賞金。王振發現後先謊報人數，下令減其馬價，想從中撈取好處，結果導致雙方失和。其實瓦剌名為進貢，主要還是偵察，探聽明廷的虛實。太師也先還曾提過與明廷皇室通婚，出於敷衍的目的，王振也私下擅自答應，而朝廷根本不同意，回複瓦剌的詔書中沒有允許通婚的意思，瓦剌覺得受到了愚弄，雙方仇怨加深。
王振見瓦剌不肯就範，就取消了賞賜，瓦剌便以此為名發動對明朝的戰爭。明英宗年少，不知天高地厚，想禦駕親征。王振本人也想名留青史，於是就力勸皇帝禦駕親征。21歲的英宗和王振一樣對軍事一竅不通，對戰爭隻有浪漫的想法，希望能有機會成就二祖那樣的事業。當時明朝的主力部隊都在外作戰，根本無法調回，朝中大臣們都力勸英宗不要親征，但英宗根本聽不進去，而且王振又大權獨攬，根本不理會朝臣的意見。於是從北京附近東拚西湊了50萬大軍，正統十四年（1449年）七月十七日，英宗偕王振統領大軍，浩浩****地出發了。
當時天降大雨，關於出師不祥的謠言四起，軍心渙散，加之糧餉接濟不上，士兵饑寒交迫，一路餓死了很多士兵，將士們士氣非常低落。前方戰敗的消息不斷傳來，毫無作戰經驗的王振不知所措。隻見被瓦剌殺害的明軍屍橫遍野，英宗和王振開始害怕起來，下令撤軍。王振是蔚州人，離大軍駐紮的大同不遠，於是王振請求英宗給他衣錦還鄉的機會，讓大軍繞道蔚州撤退。盡管王振的提議立即遭到所有人的反對，認為這樣會耽誤撤退的時機，所建的一所家廟但是有英宗做後台的王振根本就肆無忌憚，於是大軍退向蔚州方向。這時王振突然變卦，原因是擔心大軍經過會踩壞家鄉的莊稼，那麽自己反而背上罵名，於是又開始按原路撤軍，寶貴的時間浪費在毫無意義的舉動上。大軍快撤到懷來時，由於補給跟不上，王振命令原地駐紮等待。
如果當時英宗能及時進駐懷來，瓦剌軍也隻能一籌莫展，但大軍偏偏又在距離懷來城僅二十裏的土木堡停頓了一天一夜，最終被瓦剌軍趕上並包圍。明軍的水源被切斷了，困於死地。瓦剌也先假意議和，趁明軍防備鬆弛，發動總攻。蒙古鐵騎衝破戰陣掩殺過來，明軍相互踐踏，死者滿山遍野，根本無力組織抵抗，很快就全軍覆沒。英國公張輔，尚書鄺野、王佐，學士曹鼎、張益等人全部戰死。王振本人及兄弟王林也戰死於亂軍之中。隨從皇帝的大臣中，隻有肖惟禎、楊善等幾個人逃了出來。二十餘萬大軍全軍覆沒，大量器械、糧草等輜重被全部繳獲，英宗被俘，這就是著名的土木堡之變。英宗就這樣開始了一年的俘虜生活。
北京保衛戰
英宗被俘、土木慘敗的消息傳到北京，朝廷眾官一片恐慌，聚集在殿廷上號啕大哭。皇太後和留守京城的郕王朱祁鈺急召大臣朝議。翰林侍講徐理竟公然主張逃跑，建議遷都南京。他的這一謬論當即遭到兵部左侍郎於謙的堅決反對，於謙說：“言南遷者，可斬也。京師天下根本，一動則大事去矣，獨不見宋南渡事乎！”於謙的正確意見，得到了吏部尚書王直、內閣學士陳循的支持。在於謙、王直、陳循以及商輅、王豌等堅決主戰的激勵下，朱祁鈺和皇太後決心抗戰，並把戰守重任托付給了於謙。
於謙受任後，立即和主戰派官員一起，采取了一係列緊急措施來穩定局勢，安定民心。
首先，調外省軍隊增援。土木之變中，京師精銳喪失殆盡，殘兵不及十萬，軍心震恐，上下無鬥誌。於謙於受事的第二天立即奏請朱祁鈺調取兩京、河南備操軍，山東及南京沿海備倭軍，江北及北京諸府運糧軍，以及寧陽侯陳懋所率的浙兵急赴京師守衛。同日，又命令將通州漕糧全部移入京師。當時通州倉存糧百萬石，因擔心落入瓦剌手中，起初打算焚毀。後來，於謙接受了應天巡撫周忱的建議，征調順天府大車五百輛運通州倉糧進京。各地軍隊陸續來到京師，糧食儲備更加充足，京師人心漸趨安定。
其次，清洗王振同黨勢力。八月二十一日，於謙升任兵部尚書。
二十三日，朱祁鈺登臨午門代理朝政，右都禦史陳鎰等慟哭請族誅王振，王振私黨馬順嗬斥群臣退下。
給事中王竑一躍而起，一把抓住馬順的頭發，激憤地說：“你們這些奸黨，論罪早就當誅，到今天還敢如此囂張！”
群臣隨之一哄而上，當即把馬順擊斃。並向郕王朱祁鈺索要宦官毛貴、王長隨，朱祁鈺派人將二人從宮中轟出，眾人你一拳，我一腳，二人血濺廷陛，當場斃命。不一會，有人又把王振的侄子王山捆來，眾爭相唾罵，朝班大亂。朱祁鈺見狀欲起身離開，於謙分開眾人上前攔住，請他當場宣諭說：“順等罪當死。”眾乃定。謙袍袖為之盡裂。隨後，朱祁鈺又下令把王山捆送刑場，淩遲處死；王振家族無論老小一律斬首。不久，王振黨徒宦官郭敬、彭德清從大同逃歸京師，也被抄家下獄。
內部隱患一除，於謙即進一步加強戰備。八月二十四日，於謙推薦右都禦史陳鎰安撫畿內軍民。同日，請封鎮守宣府總兵楊洪為昌平伯，以表彰其護城之功。二十五日，升廣東東莞縣河泊所閘官羅通任兵部郎中守居庸關；派四川按察使曹泰守紫荊關，封石亨為武清伯，總管京營兵馬。
二十八日，下令將南京軍械兵器運往京師，以備作戰之需。
為進一步穩定政局，有利於對瓦剌的鬥爭，於謙等人以國家無主，太子幼弱為由，請太後立朱祁鈺為帝。
九月六日，朱祁鈺即皇帝位，是為明代宗（又稱景帝），遙尊朱祁鎮為太上皇，以明年（1450年）為景泰元年。
根據敵我雙方的軍事態勢和也先的氣焰，於謙估計也先一定不會就此罷兵。所以，他一方麵繼續選派得力將領，增補關隘，加派援軍，調整長城防守，另一方麵又派遣禦史白圭、編修楊鼎等15人，募兵畿內、山東、山西、河南等地，並招募民夫，更替沿河漕運官軍，集中京師備用。同時，工部征集資財，命京內外軍工廠晝夜加工，趕造攻戰武器，以備作戰之用。
十月，也先以英宗為人質，率軍入紫荊關，過易州（今河北易縣），到良鄉，一路勢不可當。十日，大軍跨過盧溝橋，直抵北京城下，軍隊駐紮在於城門外。英宗被安置在德勝門外土城關。於謙在景帝的支持下，布署北京城防，調動諸將分領官軍22萬，布列於北京九門外。於謙親自到城門上，決心和守城的將士們同生共死。於謙和石亨陳兵於德勝門外，以抵擋瓦剌軍主力。身後城門關閉，以示背城死戰。官兵們被於謙勇敢堅定的精神感動了，士氣振奮，鬥誌昂揚。
也先派出一萬騎兵進攻德勝門，明軍炮箭齊發，瓦剌軍陣腳大亂，也先的弟弟也中炮身亡。乘敵人慌亂之際，明軍衝入敵陣，殺得敵兵潰不成陣。
也先慌忙回撤土城，明軍緊追不放，城外居民見瓦剌兵敗，也爬上屋頂，向敵人投擲磚石，以助軍威。也先又轉攻西直門，也沒能得逞，隻得退下來。
繼而率部向南轉移，到彰義門土城（外城廣安門）時，又遭到石亨義子石彪的截擊，也被殺退。
也先環攻不下，隻好挾英宗拔營退兵，由良鄉往西，出紫荊關而去。於謙又派出騎兵一路追擊，在清風店、固安等地又多次擊敗了敵兵，沿途斬獲頗多，奪回被掠的大批百姓和牲畜。十一月初八，北京城城門解禁，北京保衛戰勝利結束。此後，於謙繼續整頓防務，充實邊關，嚴防也先卷土重來。
於謙率領軍民力戰九門，取得了北京保衛戰的輝煌勝利。在戰爭中，於謙將火器部隊與步兵和騎兵部隊結合起來，協同作戰，有效地抗擊了瓦剌軍的進攻，創造出明代城市陣地防禦作戰的特殊戰法。京城中軍民齊心，同仇敵愾，也是大敗瓦剌軍取得北京保衛戰勝利的重要保證。
驅除權奸
土木之變以後，明王朝開始衰落。明英宗以後的幾代皇帝，都昏庸腐敗。他們沒有吸取王振誤國的教訓，一味依賴宦官。宦官專政的局麵越來越嚴重。明憲宗朱見深在位的時候，宦官汪直專權，在東廠以外，又設了一個西廠，加強特務統治，冤死不少好人。
1505年，明武宗朱厚照即位。他身邊有八個宦官，經常陪伴他打球騎馬，放鷹獵兔。明武宗貪圖玩樂，覺得劉瑾等稱他的心意，十分寵信他們。這八個宦官依仗皇帝的勢力，在外麵胡作非為。人們把他們稱為“八虎”。
劉瑾是武宗朝“八虎”之首，因得武宗的寵信，胡作非為，一手遮天，甚至代替皇帝批閱奏章。後來劉瑾被武宗升為司禮太監，掌管了朱批大權。劉瑾誣陷曾上疏武宗誅殺“八虎”的謝遷、劉健是“奸黨”，把他們統統趕出朝廷，充軍邊疆。那些為謝遷和劉健說情的大臣，也被革職查辦。朝中大臣都在劉瑾的**威之下惶惶度日，曲意逢迎。如果哪位官員對劉瑾稍有微詞，就會遭到殘酷的打擊報複。
正德三年（1508年）夏天的一次早朝上，武宗把禦道上出現的一封揭發劉瑾種種罪行的匿名信交到劉瑾手中。劉瑾惱羞成怒，為了追查匿名信的出處，他竟然命令滿朝文武三百多人跪在奉先門外，這真是曆史上少見的荒唐事。當時，正值盛夏，驕陽似火，可是劉瑾卻不允許這些官員喝水。其中有些年老體衰的官員中暑而死。一直跪到天黑，劉瑾也沒有查出蛛絲馬跡，於是又命錦衣衛將這些官員抓入天牢。後來，還是劉瑾發現匿名信來自宦官內部，跟朝臣無關，才把大臣們釋放。
此後，更沒有人敢對劉瑾的荒唐舉動提出半點異議。劉瑾權勢熏天，所有國家大政方針都由他一人決定。宰相焦芳、吏部尚書張彩、兵部尚書曹元都是他的心腹，無異於他的家奴，朝中大臣趨炎附勢，稱劉瑾為“千歲”。
這樣荒唐的朝政自然叛亂頻發，劉瑾當權五年後，寧王叛亂，打出的就是討伐劉瑾的旗號。雖然這場叛亂僅十八天就被平息了，但是卻給了宦官張永一個扳倒劉瑾的機會。張永本來也是“八虎”之一，但是一直遭到劉瑾的排擠，日久生怨，他早就想把劉瑾除掉了。於是，張永在慰勞平叛大軍的慶功宴上，彈劾劉瑾十七條不法之事。武宗一怒之下下令逮捕劉瑾。
第二天又在劉瑾家中抄出無數金銀珠寶和龍袍、禦帶等違禁物品。武宗雷霆震怒，以謀逆罪對劉瑾處以淩遲酷刑。
劉瑾雖然被殺，但是明武宗的昏庸腐敗卻是無可救藥的。他殺了劉瑾之後，又寵信了一個名叫江彬的武官，在江彬的教唆下，他多次離開北京到宣府尋歡作樂。把朝政大權交給江彬，江彬又趁機貪汙受賄，排斥好人。由於明王朝的腐敗統治，土地兼並十分嚴重，百姓的賦稅和勞役負擔更加繁重，農民起義此起彼伏。1510年，北京附近爆發劉六、劉七領導的起義。這次起義延續兩年，起義軍橫掃河北、山東、山西等8個省，四次逼近北京，給腐朽的明王朝一次沉重的打擊。
明武宗死後，他的堂弟朱厚熜繼承皇位，這就是明世宗。明世宗剛即位的時候，在政治上采取了一些改良措施，像限製宦官權力，整頓稅收，等等。但是後來他迷信道教，在宮內設壇求仙，漸漸不大過問朝政。
凡是迎合他信道的，就得到重用，大學士嚴嵩，就是因為善於起草祭神的文書，逐步取得了內閣首輔地位的。嚴嵩並沒有什麽才能，他隻知道奉承拍馬，討得世宗的歡心。他當上首輔後，和他兒子嚴世蕃一起，結黨營私，貪贓枉法，幹盡壞事。當時一些沒骨氣的朝臣都投靠他，有三十多個官員做了他的幹兒子。有了這些爪牙，他更加可以操縱朝政了。
嚴嵩掌權的時候，北麵韃靼部（蒙古族的一支）強大起來，統一了蒙古各部，成為明朝很大的威脅。嚴嵩不但不想加強戰備，反而貪汙軍餉，讓兵士們受饑挨餓。韃靼首領俺答好幾次打進內地，明軍都沒有力量抵抗。1550年，俺答帶兵**，一直打到北京城郊。明世宗派嚴嵩的同黨仇鸞為大將軍，統率各路援軍保衛京城。嚴嵩怕仇鸞打敗仗，指使仇鸞不要抵抗。結果，讓韃靼兵在北京附近擄掠了大批人口、牲畜、財物，滿載而歸。京城附近十幾萬明軍，竟一箭不發。過了一年，仇鸞又勾結俺答，準備和韃靼講和。這件事引起了一些正直大臣的憤慨，特別是兵部員外郎楊繼盛。
楊繼盛為人正直，認為堂堂天朝大國不能損其國威。他多次向明世宗上奏，反對議和，隻要朝廷上下能夠發奮圖強，富國強兵，驅逐韃靼便指日可待。明世宗雖然也有心與韃靼一戰，但他性格軟弱，經不起嚴嵩、仇鸞等人的誇大其詞，最後楊繼盛遭到排擠，降職到狄道（今甘肅臨洮）做典史。
楊繼盛雖被貶到狄道，但他的心誌絲毫沒有因這點挫折所動搖。狄道是少數民族聚居的地方，當地人大多不識漢字。楊繼盛到了那裏勤政愛民，興辦學堂，變賣了家產幫助家境貧寒的青少年讀書。當地百姓都愛戴楊繼盛，呼他為“楊父”。
正當楊繼盛把狄道治理得井井有條之時，韃靼卻屢屢破壞和議，多次進攻邊境。仇鸞怕皇帝降罪，在驚恐中病發身亡。此時，明世宗意識到楊繼盛的意見是對的，讓他複職調回京城。此時仇鸞身死，嚴嵩也想拉攏楊繼盛以便繼續控製軍權，哪知楊繼盛對嚴嵩是深惡痛絕，認定他是禍國殃民的罪魁禍首。楊繼盛回到京城不到一個月就揭發嚴嵩十大罪狀，上奏章給明世宗，而且條條都證據確鑿。他在奏章中尖銳地指出，嚴嵩之所以犯下了十大罪，還可以輕鬆蒙蔽皇上，是因為有“五奸”在暗中幫他，世宗身邊已經布滿了嚴嵩的間諜、爪牙、親戚、奴才、心腹，所以聖聰蒙蔽，讓小人可以為所欲為。
這道奏章無疑擊中了嚴嵩的要害，嚴嵩惱羞成怒，繼續在明世宗麵前混淆黑白，誣陷楊繼盛。最後，明世宗還是相信了嚴嵩，結果楊繼盛被打了一百廷杖，打進大牢。
楊繼盛雖然被廷杖打得遍體鱗傷，渾身潰爛，連獄卒看了都心中不忍，但他卻泰然處之，像沒事兒一樣，一身正氣讓人歎服。楊繼盛不死，嚴嵩始終寢食難安，最終攛掇明世宗把楊繼盛殺害了。
嚴嵩掌權21年卻不知收斂，一心隻想著擴張自己的勢力。他的黨羽遍布朝廷各個重要職位，無法無天，終於也惹怒了明世宗。一次明世宗請道士藍道行扶乩（一種迷信活動），藍道行以扶乩的結果暗示世宗要除掉嚴嵩，迷信的明世宗這才下定了決心，暗中安排禦史鄒應龍逐步削弱嚴嵩的勢力，在時機恰當時一舉將他鏟除。鄒應龍經過周密考慮，決定先從彈劾嚴世蕃下手。
嚴世蕃依仗父親權勢，無惡不作，早已怨聲載道。鄒應龍彈劾嚴世蕃的奏章一石激起千層浪，明世宗果然下令把嚴世蕃懲辦，發配到雷州，並且以此勒令嚴嵩退休。
嚴世蕃和他的同黨卻不知悔改，他們在去往雷州的路途中逃出，悄悄回到老家，網羅了不少亡命之徒和江洋大盜，並和漢奸汪直一起串通倭寇，準備逃亡日本。這件事最後還是傳進了明世宗耳朵裏，於是，他下令把嚴世蕃及其同黨斬首示眾，嚴嵩革職為民。至此，明朝曆史上最大的權奸終於倒台了。
掃除倭寇
古時的日本稱為倭奴國，所謂倭寇是指由日本漁民、農民、商人、武士、浪人等組成的海盜集團的泛稱。他們從13世紀初到16世紀末，在中國沿海地區開始有組織、有計劃地對當地人民進行武裝劫掠。在這一過程中，也有很多中國人與之相勾結。所以中國史書上將這些日本海盜以及後來與之勾結的內奸，統稱為倭寇。從元末至明萬曆三百年的時間內，倭寇不斷侵擾中國沿海地區，極大地幹擾了民生。
倭寇的活動自元朝末年就已經開始，當時日本進入分裂時期，內戰不斷，許多敗將殘兵、海盜商人及破產農民不得已流亡海外。而當時中國恰好也是即將朝代更迭，無暇鞏固海防，倭寇屢次襲擊濱海州縣得手。洪武時，海防整飭，又下達了禁海令，基本控製了海防。經永樂十七年（1419年）六月的望海堝一戰，明遼東總兵劉江成功圍剿了數千名來犯倭寇後，倭寇幾乎銷聲匿跡。正統以後，因軍事力量逐漸空虛，致倭患又起。這一時期的倭寇和內陸勾結比較嚴重，他們如果遇見官兵就謊稱要去進貢，乘守備不注意就開始肆行殺掠。但總體說來，在嘉靖以前，倭寇作亂僅僅局限於個別地區，持續時間也很短，沒有引起明朝的足夠重視。
自嘉靖以後，倭寇活動猖獗到一發不可收拾的地步。這其中的主要原因還與日本本土的局勢變化密不可分。首先，日本內戰加劇造成日本社會各階層人士的大量破產和失業，在無奈的情況下，他們大多成為寇盜。其次，日本商業得到了發展，資產階級萌芽開始產生。國內大小藩侯的奢侈欲望愈益增長，對中國物產和金銀的需求增加。第三，這一時期也有大量的中國商人、破產農民和失意知識分子流落到了日本。其中有資本者開始進行走私貿易，無資本者就聯和日本海盜一起進行搶劫。
這時，這些流落在外的中國人也成為倭寇的重要組成部分。像僑居日本的汪直、徐海、毛烈、陳東、葉明（葉麻）、鄧文俊、林碧川、沈南山等，都是此類漢奸中的代表人物。他們熟悉中國地理，在日本封建地主的支持下，襲用倭人服飾旗號，開始對中國東南沿海地區進行大肆掠奪。但此時的明世宗朱厚熜卻無心過問這些事情，隻專心研究道教。朝廷之上，嚴嵩一手遮天，貪汙腐敗之風橫行。蒙古又不斷騷擾邊境，倭寇活動更加猖獗。1553年，漢奸汪直、徐海內外勾結，倭寇聚集了幾百艘海船，開始想在浙江、江蘇沿海一帶進攻，他們細分成許多小隊，分頭進攻，很快就搶掠了幾十個城市。沿海的官吏腐敗，兵士沒有戰鬥力，一看見倭寇馬上扭頭就跑。
倭寇之患讓躲在深宮裏求仙問道的明世宗也無法回避，他隻好叫來自己倚重的大臣嚴嵩商量對策。嚴嵩的黨羽趙文華抓住皇帝喜好求神信佛的心態，提出要解決倭寇侵犯問題，唯有虔誠地向東海禱告，有了神明保佑，不愁倭寇不除。明世宗果然相信了趙文華的鬼話，於是就派他到浙江去禱告。後來，倭寇橫行越來越肆無忌憚，隻好選派了熟悉沿海防務的老將俞大猷前去平定。俞大猷到了浙江，連續大勝，打擊了倭寇的囂張氣焰。但很快，提拔俞大猷的浙江總督張經就被趙文華陷害，俞大猷也受到株連而丟了官職。沿海的防務再度陷入混亂，倭寇的猖獗活動又無法遏製。這種局麵一直持續到朝廷把山東的將領戚繼光調到浙江才得到改善。
戚繼光是山東蓬萊人。他到了浙江，先檢閱那兒的軍隊，發現那些軍隊紀律鬆散，根本不能夠打仗，就決心另外招募新軍。他一發出招兵命令，馬上有一批吃夠倭寇苦的農民、礦工自願參軍，還有一些願意抗倭的地主武裝也參加了進來。戚繼光組織的新軍很快發展到4000人。戚繼光是個精通兵法的將領，他知道兵士不經過嚴格訓練是不能上陣的。他根據南方沼澤地區的特點，研究了陣法，親自教兵士使用各種長短武器。經過他嚴格訓練，這支新軍的戰鬥力特別強，“戚家軍”的名氣就傳開了。
過了幾年，倭寇又襲擊台州一帶，戚繼光率領新軍趕到台州。倭寇在哪裏騷擾，他們就打到哪裏。
那些亂七八糟的海盜隊伍哪兒是戚家軍的對手，交鋒了九次，戚家軍一次次都取得勝利。最後，倭寇在陸地上呆不住，被迫逃到海船上，戚繼光又用大炮轟擊。倭寇的船起了火，大批倭兵被燒死或掉到海裏淹死，留在岸上的也隻得乖乖投降。倭寇見到浙江防守嚴密，不敢再侵犯。第二年，他們又到福建沿海騷擾。一路倭寇從溫州往南，占據了寧德；另一路倭寇從廣東往北，盤踞在牛田。兩路敵人互相聲援，聲勢很大。福州的守將抵擋不了，向朝廷告急。朝廷又派戚繼光援救，戚繼光帶了新軍趕到寧德，打聽到敵人的巢穴在寧德城十裏外的橫嶼島。那兒四麵是水，地形險要。倭寇在那兒紮了大營盤踞，當地明軍也不敢去攻打他們。戚繼光親自調查了橫嶼島的地形，知道那條水道既不寬，又不深。當天晚上潮落的時候，戚繼光命令兵士每人隨身帶一捆幹草，到了橫嶼對岸，把幹草扔在水裏。幾千捆幹草扔在一起，居然鋪出了一條路來。戚家軍兵士踏著幹草鋪成的路，神不知鬼不覺地插進倭寇大營。經過一場激烈戰鬥，盤踞在島上的兩千多個倭寇全部被殲滅。戚家軍攻下橫嶼，立刻又進兵牛田。到了牛田附近，戚繼光傳出命令，說：“遠路進軍，人馬疲勞，先就地休整再說。”
這些話很快傳到敵人那裏。牛田的倭寇真的相信戚家軍暫時停止進攻，防備也就鬆懈下來。就在當天晚上，戚繼光下令向牛田發起總攻擊。倭兵毫無準備，匆促應戰，禁不住戚家軍猛攻猛衝，紛紛敗退。倭寇頭目率領殘兵逃到興化，戚家軍又連夜跟蹤追擊，一連攻下了敵人六十多個營寨，消滅了潰逃的敵人。到天色發白的時候，戚家軍開進興化城。城裏的百姓才知道附近的倭寇已被戚家軍消滅。大家興高采烈，紛紛殺牛帶酒，到軍營來慰勞。
第二年，倭寇又侵犯福建，攻下興化。這時候，俞大猷已經複職。朝廷派俞大猷為福建總兵，戚繼光為副總兵。兩個抗倭名將一起，大敗倭寇，收複興化。1565年，俞、戚兩軍再次配合，大敗倭寇。到這時，橫行幾十年的倭寇被基本肅清了。
張居正改革
明穆宗臨終前，把自己年幼的兒子朱翊鈞（萬曆皇帝）托付給高拱、張居正等幾位大臣，希望他們好好輔佐朝政，教導小皇帝長大成人。其中最得明穆宗信賴的就是張居正。
張居正原籍湖北江陵，自幼聰明伶俐，而且勤奮好學，是鄉裏遠近聞名的神童，22歲時就高中進士。他在走上仕途之後，更表現出卓越的政治能力，處理事情無論大小都十分認真負責。富有才幹的他很快就得到上司的賞識，因此他的官職一升再升，不到幾年的時間，就進入內閣做了大學士。
接受了穆宗遺命的高拱和張居正，都是朝中的權臣。明朝從太祖洪武皇帝起就廢除了丞相，增設了內閣，在內閣大學士中選出一人作為首輔，全權負責，地位相當於丞相。當時的內閣首輔就是高拱，權力還在張居正之上。但高拱為人過於自大，做事喜歡獨斷專行。盡管張居正是一個有革除朝廷弊端大誌的人，也非常受穆宗器重，但始終有高拱壓在上麵，使他難以有所作為，所以張居正始終隱而不發。
但張居正的機會很快就來了，小皇帝朱翊鈞即位不久，人心不穩，高拱的獨斷專行就給他惹來了麻煩。原來高拱得罪了宮中太監馮保，而馮保是宮中最有權勢的太監，皇帝年幼，還隻能任人擺布，於是馮保聯合對高拱早有意見的太後，罷免了高拱的官職，而張居正順理成章當了內閣首輔。
張居正大權獨攬以後，隨即針對嘉隆以來的社會實際，實行了一係列改革。
目睹嘉隆以來“紀剛不肅，法度不行，上下務為姑息，百事悉以委徇”的頹敗政局，張居正認為其症結在於吏治腐敗。為此，他於萬曆元年（1573年）頒布實施“考成法”，以加強對各級官員進行監督考察。所謂“考成法”，就是對官吏的定期逐級考察製度。具體方法是：六部、都察院把應辦事情酌量道路遠近、事情緩急，定期限，立文簿，月終注銷。同時另造文簿兩冊，一送六科注銷，一送內閣查考。“撫、按奉行不力者，六部舉之；六部欺蔽者，科臣舉之；六科違製，內閣糾之。”這種逐級負責、層層考察製度的推行，保證了朝廷政令的貫徹執行，提高了行政效率。
與此同時，張居正還大力精減機構，裁汰冗官。在用人上，不拘一格，唯才是舉。對貪官汙吏則堅決懲處，毫不留情。經過這陣急風暴雨式的整頓，官吏“自是，一切不敢飾非，政體為肅”。朝廷政令“號萬裏外，朝下而夕奉行”。明自中葉以後，一方麵由於貴族、官僚、地主大肆兼並土地卻大量隱瞞實際數目，拒不納稅，另一方麵廣大農民卻產去稅存，因而導致賦役負擔嚴重不均，社會矛盾尖銳。同時，政府賦稅征收日益困難，財政日益危機。為解決這一矛盾，張居正於萬曆六年（1578年）下令清丈全國土地。凡莊田、民田、職田、**地、牧地，通行丈量，限三年完成。清丈結果比弘治時期多出三百萬頃，其中僅隱占田地即被查出八十多萬頃。
在清丈土地的基礎上，張居正於萬曆九年（1581年）下令在全國推行“一條鞭法”。
所謂一條鞭法，顧名思義就是將賦稅和勞役相結合，統一折算成銀子上交官府，官府再利用這筆錢雇人來幹活。這樣一來，百姓免除了勞役之苦，而且交一次稅就很長時間不用再交，既減輕了負擔，又安定了生活。而且這樣一來稅收賬目清楚，那些經常投機逃稅的地主們也隻能老老實實地向官府交稅。
一條鞭法的效果立竿見影，確實利國利民。老百姓都擁護這項新法令，張居正深得民心。短短幾年間，國家財政收入就成倍增長，糧食也有了充分儲備。皇帝和太後也更加信任張居正，這讓張居正更能放開手腳，大膽進行自己的改革。
張居正緊接著就打算懲治腐敗的問題。當時許多貪官不學無術，貪贓枉法，成為吞噬國家根本的蛀蟲。很快張居正就製定了“考成法”，就是對朝廷大小官員進行定期考試，不合格的官員就降職甚至罷官，合格的官員才能留任，成績優秀者則給予獎勵並且升職。
“考成法”實行以後，朝廷的用人製度得到改善。這樣，很多屍位素餐的官吏不敢再混飯吃。百姓們更是拍手稱快，他們以前經常受到昏庸官吏的壓迫，而現在有了“考成法”，能為民辦事的官吏越來越多，百姓怎能不高興。很多有能力的官員更加努力工作，知道總有一天會被升職的。
接著張居正的眼光又瞄準了國防。明朝在嘉靖皇帝時，解決了南方倭寇騷擾的問題，但北方常有韃靼騎兵的侵犯，給京城北方造成了很大威脅。張居正對此煞費苦心。如果不消除邊防隱患，明朝統治始終不能穩定，老百姓生活也無法安寧。必須要有一位得力將領才能勝任，張居正的目光很自然地落到了抗倭英雄戚繼光的身上，他相信能擔當這個重任的隻有戚繼光。張居正能知人善任，這是他改革能夠取得成功的關鍵。這一點前任內閣首輔高拱根本無法與之相比。
戚繼光被張居正調到北方後，馬上開始整備北方各鎮的軍務，重點防範韃靼人。戚繼光果然不同凡響，很快整頓了軍隊，加強了部隊的戰鬥力；接著他命部隊並征集民工在山海關到居庸關這一段長城上重新修了幾千座堡壘相互呼應，防禦能力大為增強。這一來讓韃靼騎兵寸步難行，他親自訓練的戚家軍勇猛善戰，加上堅固的防禦幹事，接連多次讓敵軍無功而返。韃靼人隻好求和，表示永遠和明朝友好，一直戰火不斷的明朝北方邊境終於安定下來。戚繼光繼**平倭寇之後再次立下大功，同時，張居正善於用人的功勞也很大。
正當萬曆皇帝20歲，開始逐步接手朝政的時候，張居正患病死去。本來萬曆皇帝也很懷念這位教導自己的老師，但很快他就發現沒有張居正在身邊是這樣無拘無束，不需要再為犯下錯誤而擔驚受怕。很多恨張居正的小人立刻借機挑撥，萬曆皇帝開始痛恨這位張先生的嚴厲，很快他下令抄了張居正的家，把他的爵位也給撤了。張居正的改革措施當然也遭到破壞，剛剛有一點轉機的大明帝國政治又走了下坡路。