軍事上的勝利，並不意味著政權的鞏固，相反，各種矛盾和弱點越來越明顯地暴露出來了。
失敗由內部開始
太平天國定都天京後，頒布和實行了一係列製度和政策，進行了北伐、西征和天京城外的破圍戰。到公元1856年上半年，除北伐失敗外，太平軍在湖北、江西、安徽等戰場都取得了很大勝利，又打垮了江南大營和江北大營，達到了軍事上的全盛時期。但是軍事上的勝利，並不意味著政權的鞏固，相反，起義隊伍中的各種矛盾和弱點越來越明顯地暴露出來了。這首先表現在領導集團的分裂上。
建都天京後，太平天國領袖們的思想作風發生了變化。起義初期那種“敝衣草履，徒步相從”的樸素的思想作風多被拋棄，代之而起的是對權利地位和奢侈生活的追求。太平軍進入南京後，立即大興土木，把兩江總督衙門擴建為天王府，拆毀了大批民房，動用了成千上萬的男女勞力。東王府的修建也是“窮極工巧，聘心悅目”。如冠履服飾、儀衛輿馬等都極其奢華。此外，天王洪秀全還不斷選取民間秀女入宮。這些情況表明，太平天國領袖們在進入天京後，生活上的奢侈腐化已經相當嚴重。
奢華的生活也使得太平天國領袖們之間的關係逐漸疏遠，宗派色彩日益明顯。洪秀全整日躲在深宮，把大部分精力用於宗教神學的著述，而楊秀清、韋昌輝、石達開等各自通過家族、親戚、部屬等關係，結成自己的集團，並各自控製一部分軍隊。楊秀清掌握了大部分軍政實權，這些集團之間爭奪權力的鬥爭日益尖銳。公元1856年9月，太平天國領導集團發生了公開的分裂。
內部人員的勾心鬥角
楊秀清有出色的政治和軍事才能，在太平天國起義前期做出了很大的貢獻。但是，隨著起義的發展和個人權勢的上升，楊秀清驕傲專橫的傾向日益嚴重地表現出來。他對太平軍將士隨意加以杖責或處死，北王韋昌輝、燕王秦日綱等地位很高的領導人都受過他的杖責。
甚至因洪秀全粗暴對待妃嬪，楊秀清竟借“天父下凡”，要予杖責。楊秀清這樣專橫的作風，加深了他與洪秀全、韋昌輝等人的矛盾。公元1856年八九月間，江南大營被打垮，天京被包圍的形勢暫時解除，楊秀清乘機進一步擴大個人權勢，又一次借“天父下凡”逼洪秀全封他為萬歲。洪秀全心裏明白，這是楊秀清借天父的名義，玩弄鬼把戲來抬高自己的地位。他雖然答應了楊秀清的要求，但立即密令在江西督師的韋昌輝、在湖北督師的石達開迅速返回天京。
韋昌輝對楊秀清長期懷有不滿情緒，但表麵上卻惟命是從。韋昌輝討好楊秀清的目的是想等待機會，奪取大權。在接到洪秀全的密令後，韋昌輝立即率領心腹部隊3000多人於9月1日深夜趕到天京，與已經趕回來的燕王秦日綱匯合，他們領兵包圍了東王府，次日將楊秀清及其眷屬全部殺死。
洪秀全得到消息後，指責韋昌輝濫殺無辜，要加以處罰。韋昌輝表示願意在天王府當著文武官員和眾將領的麵接受處罰。他還表示，凡是東王楊秀清的親屬和下屬官員都可以來觀看，以此安撫他們的不滿情緒。其實這是韋昌輝的陰謀，他讓自己的親信秘密埋伏在周圍，要趁機把楊秀清的餘部一網打盡。果然，韋昌輝受罰的當天，楊秀清的五千多部下和官員都來觀看，他們見韋昌輝跪在台上，就放下了武器，進了事先安排好的房子裏等候。行刑開始，韋昌輝接受杖責，就在人們聚精會神觀看時，事先埋伏的韋昌輝的親信衝了出來，楊秀清的部下和官員無法反抗，全部被殺，接著天京城內發生混戰，太平天國優秀將領和戰士兩萬多人沒有死在敵人手裏，卻慘死在韋昌輝的刀下。經過這場屠殺，韋昌輝控製了天京，獨攬軍政大權。
一波未平，一波又起
9月中旬，石達開從湖北趕到天京。他回到天京後，責備韋昌輝不該濫殺。韋昌輝又企圖殺死石達開。石達開聞訊後連夜逃往安慶，他在天京的一家老小全部被韋昌輝殺害。於是石達開調集在安徽的部隊，要求洪秀全懲辦韋昌輝。
韋昌輝的倒行逆施，濫殺無辜，激起了天京廣大將士的憤怒。洪秀全看到韋昌輝比楊秀清更加飛揚跋扈，如果縱容下去，必然會威脅到自己的地位，他趕緊命令全體將士齊動手，捉拿韋昌輝及其死黨。韋昌輝見形勢不妙，隻好逃出天京，但他沒跑多遠就被抓住了，押回天京。洪秀全把韋昌輝和秦日綱連同他們的家屬及心腹200多人一起處死，還命人把韋昌輝的人頭送到石達開的大營。
11月底，石達開回到天京，洪秀全命他管理政務。但是，洪秀全經過了楊，韋事件之後，對石達開也開始存有了猜忌，所以封他自己的長兄洪仁發為安王、次兄洪仁達為福王，以牽製石達開。石達開被迫於公元1857年6月離開天京，率部獨立作戰。他的這一行動，使太平軍的兵力大大分散和削弱。
這場太平天國領袖因為權力鬥爭而引起的鬥爭，曆史上稱為天京內亂。天京內亂帶來了極其嚴重的後果，它破壞了內部的團結；削弱了軍隊的戰鬥力；損傷了元氣，喪失了乘勝殲滅敵人的有利時機。石達開的領兵出走，標誌著太平天運動國開始走向失敗。